道光六年（1826），魏源去北京参加会试，落第，仍然回到江苏，最后完成了《皇朝经世文编》的编辑工作。这时，江苏巡抚陶澍有意改革漕运和两淮的盐政，命魏源等进行襄佐。这正是魏源实现自己的变革理想的一个大好时机。由欲经世致用到进行改革，是魏源思想上的又一次大飞跃。《清史稿·陶澍传》记载陶澍（1778-1839）的业绩说：“[道光]五年，调江苏[巡抚]。先是，洪泽湖决，运道梗阻，协办大学士英和陈海运策，而中外纷议挠之。澍毅然以身任，奏请苏、松、常、镇、太五府州漕粮百六十馀万石归海运，亲赴上海，筹雇商船，体恤商艰，群情踊跃。六年春开关，至夏，全抵天津，无一漂损者，验米色，率莹洁，过河运数倍。商船回空，载豆而南，两次得值。船馀耗米十馀万石，发部帑收买，由漕项协济天津通仓之用，及调剂旗丁，尚节省银米各十馀万。事竣，优诏褒美，赐花翎。明年[指道光七年]，遂偕总督蒋攸铦合疏陈海运章程八条，冀垂令甲，永纡漕累。格于部议，未果行。又以绅衿包完漕米，横索陋规，为漕务之害，奏请惩办。学政辛从益意不合，争之。澍复疏言：陋规日增，势必取偿小民，若预计有司不减浮收，置陋规于不问，非釜底抽薪之计。仍执前议，治包抗从严焉。”
《陶澍传》又云：道光十年，授两江总督，“时淮盐败坏，商困课绌，岌岌不可终日。澍疏陈积弊，请大删浮费，以为补救……澍谓除弊即以兴利，无事轻改旧制，偕鼎等[指尚书王鼎及侍郎宝兴]合疏，胪陈利害，条上十五事。鼎等复请裁盐政，归总督管理，报可。澍受事，缴还盐改养廉五千两，裁减衙门陋规十六万两有奇。凡淮南之窝价，淮北之坝杠，两淮之岸费，分别减除，岁计数百万两……革总商以除把持；散轮规以免淹滞；禁粮船回空带芦盐，及商船借官行私。令行禁止，弊风肃清。淮北尤疲累。先借款，官督商运，继仿山东、浙江票引兼行之法，于海州所属中正、板浦、临兴三场，择要隘设局给票，注明斤数、运地。无票越境，以私论。仍留畅销之岸，江运八州县、湖运十一州县归商运。十二年奏准开办。越半岁，溢销逾额。复推广于江运、湖运，各岸减价裁费，商贩争趋。而窝商、胥吏、坝夫、岸胥，一旦尽失其中饱需索之利，群议沸腾，言官摭浮言，屡事弹劾，赖宣宗鉴其忠诚，倚界愈专……道光元年至十年，淮南行六纲，淮北仅行三纲。澍承极弊之后，自十一年至十七年，淮南已完六纲有馀，淮北率一岁行两纲之盐，尽完从前带欠，且剂淮南悬引，两淮共完正杂银二千六百四十馀万两，库贮实存三百馀万两……晚年，将推淮北之法于淮南，已病风痹，未竟其施。然天下皆知票盐减价敌私，为正本清源之计。后咸丰中乃卒行之”。
陶澍逝世后，魏源为他写了行状、神道碑铭、墓志铭等三篇文章，详细地叙述了他进行两项改革的思路、政策、措施和效果。他写道：陶澍实行海运时，“海艘数千，米百六十万石，倏抵天津，不损一人一舟。每百石费仅数十金，视河运省费固倍，视前抚臣章煦所奏海运每百石价三百两之数且省数倍”。又写道：关于盐政，陶澍“专心一力，厘除积弊，其大端着有成效者四：一曰裁浮费以轻成本……二曰慎出纳以重库款……三曰严粮私船以清纲销……四曰革五坝十杠以省淮北”，又“减税裁费，招商请票。不数月，商贩辐辏，场盐一空……一年行两纲之盐，尽完从前之带残，且剂淮南之悬引……公承极弊之后，自道光十一年辛卯开纲，至戊戌卸任，两淮八载完正杂银二千六百四十馀万两，而在岸缓纳之课尚不在内”。魏源赞颂道：“公自任督、抚以来，如漕务之创海运，三江三修水利，淮南之裁浮贵、截粮私，淮北之裁坝杠、改票税，皆恒情所动色相戒，公奋不顾身。力排群议，卒能创始善终，可久可大，而海运、票盐尤百世之利，后之筹国者必将取法焉。”
后来，李元度着《国朝先正事略》，中有陶澍传一篇，基本材料都取自魏源的文章。
可见《清史稿》、《国朝先正事略》等史书，都准确地记载：陶澍是江淮地区海运和票盐两大改革的推动者和主持者。魏源本人也作如此说。这是符合历史实际的。但上二书有个共同的缺点，即没有叙述魏源在陶澍改革中的参谋作用，甚至上二书及《清史列传》、《清代七百名人传》等在魏源专传中，也没有提及魏源的改革思想和改革实践，或仅三五句，太简。这是极不妥的。现今有些文章论述魏源的改革思想和改革实践，又未同时论及陶澍的主导、主管作用，也是极不妥的。1932年，姚永朴作《碑传集补》，其中《魏源传》对二人的关系作了求实的叙述：“陶公澍为总督，筹办海运、水利，变淮北盐为票法，多谘于先生。”
魏源积极投入了陶澍推动和主持的两项改革中。
魏源与陶澍的关系很深，是湖南同乡，都曾就读于岳麓书院，且陶澍之父曾向魏源的祖父魏志顺借过银两，以助陶澍求学深造。故后来陶澍慕魏源之才，延为幕僚，大都言听计从。魏源对这位前辈也很尊敬，嘉庆二十四年（1819），年仅二十六岁的乡试副贡生魏源，专程去重庆拜望时任川东道道员的陶澍，并作《题陶云汀给谏庚午出蜀入蜀图，即送其观察川东之行》四言古诗五首，诗中颂扬陶澍道：“气笃《太子太保两江总督陶文毅公行状》。江山，仁敏风雨。桔槔之惠，爰得我所。请图益州，以陋杜甫。”道光十年（1830），陶澍升任两江总督，魏源集杜甫诗句，成律诗六首相赠，中云：“杖藜还跃马，老树饱经霜。”此颂陶澍。“经济惭长策，追踪恨渺茫。”此言自己。
道光十五年（1835）十二月初四日，道光帝亲书“印心石屋”匾额赠陶澍，这是封建时代臣下的莫大荣耀，于是“中朝士大夫迄吴楚之士，多为诗文，以道扬盛美”。陶澍命魏源将这些诗文编次成十卷。魏源更作《御书印心石屋诗文录叙》，极颂陶澍在漕、盐、河三大政的改革中，力排众议，“持之愈力”，而道光帝“任之愈专，凡所奏请，朝上夕可”，及陶澍“入觐，面陈得失”，道光帝“昼日三接，都俞密勿无间”等等事实。魏源还专作《御书印心石屋颂》六章。
颂皇帝的题字，颂陶澍的新旧住屋，颂陶家先德，可说到了极点。魏源以有这样的同乡前辈而深感三生有幸，写道：
“源自弱冠识公京师，中岁栖迟江左，受知至恳以笃。”所以，魏源对幕主陶澍也贴心尽力，不但建言，且代幕主写过不少书信和文章，今天能见到的、且已收入《魏源全集》的，便有《海曙楼铭》、《国朝古文类钞序》、为王凤生《江汉宣防图说》所作序、为凌介禧《江南水利全书》所作序，等。其中，以代时任江苏巡抚的陶澍复两江总督蒋攸铦论南漕的信，议改漕运为海运最为切实。回信在追叙道光五年（1825）海运的成绩之后，说：“永行海运之议，人不敢主持者，一则军船之丁役难散，二则津、通之收兑难毕，三则海商之经久难恃。”接着，回信提出“先将漕务最困之苏、松、太仓三属之丁船移派于通省，以补他府改造改签之数”的办法，解决“丁役难散”的问题；提出以“船至直沽，仓场侍郎验米交仓，即与商船无涉，俟通州需米，由仓场随时拨解”的办法，解决“收兑难毕”的问题；又指出，于商船，“朝廷优给运价，视民雇有加，是以各商闻风鼓舞，争效子来”，今后只要“官刻价值，商情阻畏”，足可人存政举，解决“海商之经久难恃”的问题。回信最后说：“天时人事，穷极变通，会海运别无事半功倍之术，为救弊补偏则不足，为一劳永逸则有馀。”这是一篇坚持漕运改革、办法又切实可行的纲领性文书。
魏源与同乡前辈贺长龄的关系也很密切，不但受命编纂了《皇朝经世文编》，且为贺长龄代写了此书的叙言。在陶澍进行漕、盐两政改革时，贺长龄正为江苏布政使，是陶澍的有力的支持者与同事。道光七年（1827），贺长龄由江苏布政使调任山东布政使时，入京陛见，在宝应县船上赋诗云：
谋国端应计长久，宜民通变本无方。
曾闻刘晏场输课，亦有陈瑄海转粮。
事涉补苴终罅漏，道归易简自平康。
关心财赋东南地，谁与披云达帝阍。诗以简朴的语言，抒发了自己为东南财赋补苴塞漏、进行改革的政治责任感。后来，他请魏源代写了《海运全案序》。
文章回顾历史说：“三代有贡道无漕运，汉唐有漕运无海运，元明海运矣，而有官运无商运。”只有到了道光五年（1825），“淮决商堰，竭运河”，“渎告灾”，才“非海运无由也”；只有到了道光五年，漕运弊端丛生，帮费倍增，“民告竭”之时，才“非商不为功也”。文章总结说：“法不易简者，不足以宜民；非夷艰险勇变通者，亦不能易简。”在代贺长龄复署两江总督魏元煜的信中，魏源论述了漕粮海运的有利条件，河运的种种困难，批驳了海运可能遭遇“海盗”、“风潮”、“霉湿”的浮言，以及在海运过程中，在出海口的上海和上岸口的天津，“得其人则能行，不得其人则不能行”的理由，可谓设想周详、举措完备。
是时，魏源仅是陶澍、贺长龄的幕僚，但他又绝非只是个文书。上述代陶、贺写的信札和文章中的观点，无疑既是陶、贺的，也是魏源的。《碑传集补》说陶澍“多谘于先生”，那末，魏源到底提供了什么建议？在上述信札和文章中，到底哪些是由魏源提出而幕主首肯了的？后来，魏源又以自己的名义写了《筹漕篇》、《筹鹾篇》，以及《上江苏巡抚陆公论海漕书》、《上陆制军请运北盐协南课状》等，这些，是否受陶澍、贺长龄的改革思想和实践的影响？是魏源在陶澍逝世后有意将陶澍开创的事业坚持下去？还是魏源认为自己的主张必须继续实行……凡此种种，历史也难以一言辩白。当是你中有我，我中有你。魏源是陶澍贺长龄进行漕、盐两政改革的忠实帮手和伴侣。