自三十七年冬，首都告警，群情惶急，不知所以为计。一日，师（傅斯年）召集同人会议，惨然曰：“研究所生命，恐遂如此告终矣。余之精力遂消亡，且宿疾未愈，虽欲再将研究所迁至适当地区，使国家学术中心维持得以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽其最大努力，妥为介绍安置。”
同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪为之盈眶者。
师于是不觉大感动，毅然曰：“诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。”
本所迁移之议，于是遂决。
历史组青年学者王叔岷在渡海前夕写下自己的感受：
史语所连同故宫博物院、南京博物院、中央图书馆珍贵文物搬运上船，由下关出发，驶往台湾，茫茫沧海，碧鸥绕樯翔舞，久久不去。去乡之情，情何以堪!因思孔子乘桴浮于海事，占此绝句：
急遽传桴满载行，千年文物系儒生。
碧鸥何事随樯舞，沧沧茫茫去乡情!
史语所大部分人已迁台，傅斯年又临危受命，负责抢运平津地区的一批学人。当时运输工具十分紧张。1948年11月10日，傅斯年直接面陈蒋介石。蒋指定此事由傅斯年、陈雪屏、蒋经国三人共同负责。当时他们商定，要接的学者分四类：各院校馆所的行政负责人、因政治关系必须离开者、中研院院士、在学术上有贡献者。史语所秘书那廉君见证此事：
1948年末，北平局势紧张，孟真（傅斯年）先生那时在南京，千方百计联络接出尚在北平的一些学人。他努力的对象包括当时的交通部长俞大维先生，青年部长陈雪屏先生以及其它有关单位和个人。而替他办事的，却只有我一个人，因为那时候史语所同仁早已到了台湾……
我跟孟真先生东奔西跑。他整天地跑□□、国防部、交通部、青年部，其辛劳情形除非实际参与其事者，无法加以想象。有时候跑到中午，赶不及回去吃饭，照例的是在新街口“三六九”各吃一笼包子，孟真先生心事重重，彼此对坐闷吃，默默无语。一直到最后一批飞机从北平飞到了南京，我们招待这些学人住在史语所的大楼里面，这才松了一口气。被接出北平城的有钱思亮、陈寅恪、毛子水、英千里等人，多数是知名学者。
胡适是蒋介石拟定的抢救名单的第一人，1948年年初，蒋介石专门派大员飞抵北平劝其南下。但胡适以忙着筹备北大五十周年校庆为由，迟迟不肯动身。此后，蒋介石多次亲自打电报催促，最后关头，胡适才逃出北平。12月17日，在南京的中研院礼堂，胡适出席了北大同学会五十周年校庆大会，会上，胡适失声痛哭，自责不已。次日的《申报》报道：“胡氏之报告，一再说明渠如一逃兵，不能与多灾多难之学校同度艰难。……且称‘乃一不名誉之逃兵’。声泪俱下，与会者几同声一哭。……旋复由朱家骅、狄膺致词后，即至隔室痛饮佳酿，据校友会报告。所储佳酿共计百斤，但愿狂饮，不欲剩余……”