1949年元旦之夜，南京城一派死寂。胡适与傅斯年相守度岁，置酒对饮，瞻念前途，潸然垂泪。1月5日，陈诚就任台湾省主席，即致电傅斯年，要他迅速赴任，接手台大，“共负钜艰”。离开南京的那个寒夜，胡适、傅斯年夫妇在前，那廉君随后，相继走出史语所的红门。众人心事重重默然无语，工友老裴红着眼圈，对他们说：“等着你们快些回来！”
被列为学人抢救重要人物的史学大家陈寅恪，离开北平后先到上海，后留在广州，再没有继续南下。
“弃暗投明”，是中研院社会所所长陶孟和的公开宣称。他反对迁台，主张留守南京。1948年11月30日，他参加在京人员谈话会时就提出，“搬不搬要同全所同人商量，以多数人意见为依归”。12月9日，朱家骅主持临时院务会议时，陶孟和汇报说，社会所以“全所人员多一票”的结果决定不迁。朱家骅以“出席人员中包括助理研究员不符合规定”为借口，否定陶的意见。陶孟和针锋相对，批评朱家骅推翻社会所多数人不同意搬迁的决定，是置多数人的意志和权利于不顾。朱家骅下令陶孟和率社会所迁桂林。陶孟和置之不理，既不组织迁桂林，也不作迁上海的准备。陶孟和患有心脏病，单身住在研究所办公室主持所务，他给所里工作人员打气，对大家
说：“朱家骅是我的学生，我可以顶他，他不敢把我怎么样。”
1949年1月，上海祁齐路的在君馆，中研院将南京和上海各研究所的人员、仪器、图书等集中起来准备搬迁。此时，蒋介石下野，由李宗仁代总统，国共又重启“和谈”，不少人抱有“划江而治”的幻想。朱家骅商请其他各所搬迁。当时除社会所明确反对以外，其他各所的领导层都同意搬迁。不过，他们选择搬迁的地点不是台湾，有的决定迁移重庆，有的准备迁移桂林，还有十分之一不到的研究员、行管员及其家人，共四十余户，集中在上海，观望时局。
4月20日，“国共和谈”破裂，据次日的《申报》报道，政府职员凡是不愿南迁广州而留在南京的，每人发疏散费金圆券五百万元；自动向指定地点疏散，交通工具自找的，发疏散费三百万元；愿意随政府南迁的，交通工具统筹办理，发给疏散费三十万元。4月24日，代院长朱家骅召集院务会议，会上，中研院的成员同意了迁台的决议。但情况很快生变。就在朱家骅南下广州期间，原来愿意撤退迁台而集中在上海的中研院人员有四十余户改变了主意，决定留在大陆。除了史语所和数学所外，所有的研究所都拒绝迁台。
地质所所长李四光与朱家骅的关系融洽，同是地质所创办人。1948年2月，李四光出席在伦敦召开的第十八届国际地质学会，偕夫人许淑彬赴英，并经挪威接受奥斯陆大学授予的哲学博士学位。朱家骅要求地质所南迁广州，地质所代所长俞建章以国民党部区部书记之身，服从了这一决定。但研究员许杰、赵金科等密拟了《反对搬迁誓约》，签字者达十一人，并密告在英国的李四光所长。1949年1月末，李四光给俞建章发来专电，他认为搬迁“只好任有志者前往；若为地质所同人避乱似无多大意义，我个人绝不赞成”。4月初，李四光收到周恩来委托出席布拉格“维护世界和平大会”的郭沫若签署请他“早日归国”的邀请信。他遂下定了决心。