中国大陆，成了□□核弹研究的领军人物。这是国民党政权送给新政权的一份厚礼。
1948年秋冬之交，国内战争的焦点逼近长江，国民政府机关单位纷纷南迁。中研院植物研究所李先闻院士率家人先行离去。行前，他告别同人时，几乎所有的人都劝他不要走，认为国民党失去政权只是改朝换代，共产党来了也同样要从事科学研究，没有必要千辛万苦地离开。其实，他的走是为了去台湾研究热带植物，他在台试验推广甘蔗的新品种已有数年，被台湾人誉为“甘蔗之神”。
11月，故宫博物院理事会理事长翁文灏在南京的私宅召开谈话会，研究文物去向。与会者有故宫博物院和中博院的理事朱家骅、傅斯年、李济、徐森玉、杭立武等人，会议作出了选择精品文物运台的决议。初定精挑文物600箱，后扩大挑选范围，选出文物3824箱，其中北平故宫博物院2972箱，中博院852箱，还有中央图书馆及北平图书馆的善本图书和外交部条约档案等。与会者还提出利用此便，将史语所和数学所的图书、文物和仪器一并迁移到台湾，包括殷墟出土的甲骨文和铜器、居延汉简、宋代以来的善本书、明清内阁大库档案、拓片七万纸、民间文学逾万册和中西文图书约十五万册，装了两千多箱。所有物资，分三批陆续运往台湾。12月22日，
国民党海军首次派出中鼎轮装载文物起航，由李济督运开往台湾，于28日抵基隆港。1949年1月6日，运载文物图书资料的海沪轮起航，9日驶抵基隆港。
中研院社会所所长陶孟和得知文物图书运台的消息后，在1949年3月6日的《大公报》上发表署名文章《搬回古物图书》。他说，对于这种搬迁，“我们积极地反对，我们严厉地予以斥责。我们主张应该由政府尽速将它运回”，“这些古物与图书决不是属于任何个人，任何党派”，“它们是属于国家的，属于整个民族的，属于一切人民的”。选择弃暗投明的郭宝钧，也坚决反对文物运台，他后来在正式出版的考古报告这样写道：“……反动派已密谋逃窜，将古物、记录、正稿、图版等，皆劫运往台湾……我相信在不远时期，定能将这批宝贵遗物，重运归来。”
在这转轨易辙之际，史语所人心惶惶。1948年11月15日下午，傅斯年主持召开了所务会，夏鼐在日记中写道：“谓院方态度，不阻止也不鼓励同人及眷属避难离京。至于迁都问题，须由最高当局决定。又谓万一南京陷落，中研院中人为□□所欲得而甘心者，仅有两个半，即朱院长、傅本人，至于萨总干事仅能算半个。故傅云不能留在南京，以免落入□□之手。中研院即在□□之中亦必存在。惟史语所与社会所必须改组，语言及考古尚可仍旧，历史组必另派一唯物史观者来主持工作云云。”3对于自己苦心经营二十年的史语所，傅斯年也曾一度灰心。陈槃回忆：