当晚，举行盛大宴会。据史语所考古组石璋如回忆：
从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称作游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃，喝酒都可以，可是天候不巧，打了响雷下
起阵雨，大家就集中到总办事处的讲演大厅去……
那道惊雷仿佛是不祥的预兆，形势很快急转直下。
首届院士会议闭幕前，国民党军队在山东济南的防守战中溃败，防线退到淮海地区。朱家骅预感到下一步的战局将持续恶化，长江天堑难恃，宁、沪抑或不保，于是考虑再度将中研院搬迁到安全地区，初定的目标有广州、桂林、重庆和台北四地。他曾以中研院代院长兼□□长的身份“视察台湾教育”，确定应变策略：以台湾大学为基地，安排由内地迁台的研究院所和专家教授等。
1948年11月，淮海战役胜败已判，南京岌岌可危。朱家骅出面，在南京鸡鸣寺一号中研院总办事处连续召开“在京人员谈话会”。中研院总干事兼物理所所长萨本栋主持会议，在南京的七个研究所的负责人姜立夫、陈省身、张钰哲、俞建章、罗宗洛、赵九章、陶孟和、傅斯年等与会。最后商定了以下几项紧急措施：
一是立即停止南京九华山中研院的数学、化学和物理三个研究所的基建工程，将装修房屋的木料改钉木箱以备搬迁之需；二是各所尽快征询同人意见，眷属可自行疏散，或于十日内迁往上海，可能出国者尽量襄助其成；三是南京地区文物、图书、仪器、文卷先集中上海，由安全小组封存，再伺机南运；四是搬迁经费，一个月前国民政府实行金圆券改革，提拨了四百万圆供中研院使用，决定用这笔钱作搬迁经费。随即，朱家骅以□□部长之名义，任命史语所所长傅斯年兼任台湾大学校长。
九华山物理所工地，寄托着国民政府建立核科学的梦想。1946年年初，美国宣布将在太平洋比基尼岛试爆原子弹，朱家骅派中央大学物理系教授赵忠尧前往参观。参观后转往美国本土，设法购买近代物理研究所需的图书、仪器和设备。赵忠尧曾是清华大学物理系主任叶企孙的助手，后在美国加州理工学院获得博士学位，抗战中回国，任中央大学物理系主任。赵忠尧作为观察员在比基尼群岛观摩了美国在太平洋上进行的原子弹试验后，又到美国的一些核物理实验室访问，了解核物理实验的新进展，并做一些研究工作。1948年院士选举告一段落后，总干事兼物理所所长萨本栋急于赴美考察原子能，寻求技术奥援。但不久国民政府江河日下，萨本栋也在1949年1月31日以胃癌撒手人寰。留在美国的赵忠尧决定不去台湾。其间，台湾大学校长傅斯年曾发来急电：“望兄来台共事，以防不测。”赵忠尧却回电说：“我回大陆之意已决!”后来他返回