下篇：《南洋马来族与华南古民族的关系》（1957）。该文做为上篇的补充，补充的资料有新得的资料如近年来所得古物的证据、别人的学说。文中包括：南洋人种和民族的分类；印度尼西亚族名称的混淆；两种马来族的分别；马来族的混合成分（海洋尼革罗种、吠陀族、印度尼西亚族、蒙古利亚种海洋系）；马来族的起源地点；马来族迁移的路线；马来族和华南古民族有无关系；体质方面的相似；风俗文化的相似；史前遗物的相似以及结论。通过该文，进一步论证以蒙古利亚种为主要成分的马来人形成的地点是在中国东南，古越族就是马来人并对印度尼西亚人与尼革利陀人更早在印度支那就已开始混合作了补充。这就是说，马来人是经过多次种族混血融合而形成的。马来族的重要成分是蒙古利亚种海洋系是从华南来的。现代的华南，尤其是东南区的人民还有几点体质特征和马来人相似。马来族应是在印度支那以至华南一带，由三种以上成分混合而成，即汉族、华南族、傣族和缅甸族等吸收同化。对马来人迁移路线做了补充，认为马来族南迁的路线两条：“第一是西线，是主要的，即由印度支那经苏门答腊、爪哇等到菲律宾，其证据是印纹陶和有肩石斧。第二条是东线，是由闽粤沿海到台湾，然后转到菲律宾、苏拉威西、苏禄、婆罗洲，其证据是有段石锛，有肩石斧。”
（四）开辟荆榛：台湾高山族研究
林惠祥是我国研究台湾高山族第一人。1929年7月至9月，他历时50天，只身一人在台湾调查高山族文化及其先民文化遗存，写下《台湾番族之原始文化》这本开辟荆榛之作。
1．《台湾番族之原始文化》
1930年中央研究院以专刊形式出版《台湾番族之原始文化》这本学术著作。
全书分为上中下三篇，上篇“番情概说”根据作者所见所闻及由台湾总督府图书馆所得材料，将番族的一般状况分类叙述。内容包括总论、各族分述、生活状况、社会组织、馘首及战争、宗教、艺术、语言、智识这些方面。在总论中，介绍了名称、种属、支族、体质、人口、历史、理番事业（以史料来展现番族与清政府、汉人、日本政府的关系、政府治理番族的缘由、政策、手段和结果）；在各族分述中，作者从族称之意、居住地、性格、体型容貌、妆饰、衣服、饮食、家屋、家族制度、产儿、葬、求偶、馘首、祖先崇拜等方面入手，介绍了太么族、蒲嫩族、朱欧族、阿眉族、野眉族的概况；在生活状况方面，介绍了生业（类型、方法、农具、在农业、狩猎、渔业、手工和交易中的性别分工）、住所（构造、材料、屋内配置、屋之种类）、食物（烹饪法、食材、器皿）、衣服饰物（衣服原料、种类、男女服饰、妆饰品之种类、原料）；在社会组织方面，介绍了番族及部落、家族、婚姻、成丁惯例、社会制裁；在宗教方面，介绍了灵魂观念、祖先崇拜、多神的信仰、动物崇拜、琐物崇拜；在艺术方面，介绍了雕刻、绘画、刺绣、塑土、装身、跳舞、音乐；在语言方面，介绍了语系、语音、构造；在智识方面，介绍了数目、时间、年龄、方位、度量衡、记事法。
中篇标本图书将每种标本各加说明及摄影，以明其性质与形状。从形状、材料、装饰、使用方法、作用与意义等方面介绍，分为武器（刀、枪、匕首、标枪、弓箭、盾、盔）；衣服（头冠、帽、上衣、裹腿、鞋、腰带、筒袖、披肩、蔽体布、腰带、裙、包头等）；货币及饰物（贝壳、珠串、颈饰、耳饰、脚饰、腰袋带饰）；家具（筐、囊、架、桶、盆、匙、筒、伞、笠、渔具、捕鼠机等）；艺术品（木雕、泥人等）；娱乐品、宗教及仪式品、记事绳、舟、石器时代遗物。
在林惠祥先生高山族民族志的视野中，台湾的“番族”指不包括平埔族的高山族，但在其考古学的视野里，台湾“番族”包括含平埔族在内的高山族及其先民。高山族诸族群语言不通，文化也很有差异。林惠祥在《台湾番族之原始文化》中非常关注这种差异，在他的书中有提及：“此种风俗在昔时除野眉族，各族皆有之，其后渐趋衰微。现只行于太么族及蒲嫩、派宛二族之一部；此外各族或时一为之，如阿眉族固已属开化之民族，然其北部者因生存竞争之故，有时亦斩太么之首置于首级架上。”
近几十年来，民族志传统的表述方式受到质疑和批评，那就是在民族志文本中看不到调查者的踪影，所以新民族志提倡写出他们与当地人的行为互动和心理互动。而在林惠祥的《台湾番族之原始文化》一书中，竟可以看到新民族志所提倡的某些方法。在该书下篇的游踪纪要里，林先生叙述了他的所经路程，调查及采集之手续，及所经历番社的特殊的状况。同时，作为一个人类学家，林惠祥在这一部分由衷地表达了基于文化相对论的对所调查对象文化的尊重和欣赏。
《台湾番族之原始文化》一书附录作者所写的《中国古书所载台湾及其番族之沿革略考》一文，这意味着林惠祥对台湾高山族文化的调研隐含着对台湾与大陆关系的关注。在这篇附录论文中，林惠祥运用古代文献资料首次对古代台湾与大陆的关系进行研究。指出三国时代大陆人所到过的“夷洲之为台湾觉无疑义”、隋时的“流求”即台湾。也就是说，台湾番族在三国时还处于石器时代，到隋代时属于铁器时代。
值得注意的是，林惠祥开创的民族学、考古学和历史学的综合研究法，在《台湾番族之原始文化》中已露端倪。于《台湾番族之原始文化》一书中，林惠祥在探讨高山族来源时，认为高山族来源自南洋，而1937年当他在福建武平发掘新石器时代遗址时，开始洞见了大陆与台湾新石器的渊源关系。后来，在从考古资料的掌握基础上，林惠祥先生指出了高山族先民主要是从大陆迁去的，后来也有南洋土著漂徙台湾。
2．《台湾石器时代遗物研究》
在该文中，林惠祥对台湾新石器时代文化研究做了总结。其中，对高山族来源“大陆说”做了较充分的证明。关于高山族的来源问题，过去人们大都认为是从南洋来的马来种，日本帝国主义就有这种说法，并以之作为他们侵略台湾的理论根据。而国内学者因为客观条件所囿，不能对台湾高山族进行实地调查，亦大多沿用这种说法。林惠样教授则根据上述两次在台湾采集到的新石器和陶器的特征，在这篇论文里率先对上述说法提出异议。他在探讨台湾的石器时代文化来源问题时指出：“台湾的新石器时代的文化虽有一点地方特征，但从大体上看，却是属于祖国大陆东南一带的系统。”关于台湾石器时代的民族问题，他认为台湾新石器时代人类应是由大陆东南漂去，台湾的新石器时代人类便应是古越族的一支。台湾土人的来源不止一种，其中一种出自祖国大陆的古越族，其后与来自南方的别族逐渐形成为现在的高山族。
他对新石器时代台湾与大陆的文化关系和民族关系做出这样的结论：“我国台湾在新石器时代便曾有一支人类由大陆的沿海地区漂流过去，带了新石器的文化即磨制石器和印纹陶、彩陶、黑陶技术进入台湾，这种从大陆过去的新石器时代的人类，便成为后来的高山族的一支主要来源。”
3．《马来人与中国东南方人同源说》
林惠祥于该文中认为，马来人与古代中国东南方人即古越人同源。那么，也即论证台湾高山族与大陆东南古越人同源。他于论文中提出越族所居的大陆东南是马来人的起源地，当然也就是作为马来人一支的台湾高山族的起源地，这也就是台湾高山族来源“大陆说”。
三、林惠祥对中国人类学发展的贡献
作为一个勤奋的学者，林惠祥对我国人类学发展贡献是多方面的。纵观林惠祥教授一生的科研历程，其显著贡献有以下几个方面：
（一）对历史的研究及人类学理论与方法的贡献
林惠祥的人类学研究深受进化论和美国历史学派的影响，通过整理考古和民族志资料，推证人类文化发展的总体历程，其作品中有许多重“综述”式的专著和论文。
《文化人类学》一书出版于1934年，由上海商务印馆刊为“大学丛书”，自出版后即成为国内通行甚广的大学教科书，单就台湾一地而言，台北商务印书馆曾一再刊行至第8版（1993年刊出），而至80年代尚为包括台湾大学、清华大学等学校人类学系中所常用，可见其影响力之深。本书材料搜集非常丰富全面，对研究原始社会组织、婚姻制度等问题，有独创的见解，对人类学总论、略史以及物质文化、社会组织、宗教艺术、语言文字等方面。广征博引，去粗取精，集各派之长，叙述详尽，受到学术界的广泛重视与欢迎。该书的问世，从理论上确立了我国人类学研究的新体系，受到当时学术界的重视。蒋炳钊评价：“该书既是采众家之长，又融合自己的见解而变成的，它是我国出版的第一部《文化人类学》专著。”
特别应该指出的是，林惠祥教授在书中分析人类学的研究对象与分科中，认为人类学应分为体质人类学、史前考古、文化人类学（民族学）、民族志四个分科，反映了30年代人类学研究的特点。林先生在30年代撰写该书时，即具备很先进的人类学观点，从他全书的篇章安排即可明确看出。其主体论述各篇内容已相当完备，基础观念陈述至为清晰，故为一般初入门者所喜爱。而第一篇及第二篇关于人类学的总论及略史部分，也至为清楚明确，引导入门者极具效力，而且至今仍具当代启示意义。例如在该书第12～14页论述人类学名称与分科所列各表的方式，不但在台湾长久以来都持大致相同的观念，而目前在大陆也仍可供国家教委作分科参考之重要材料。而关于人类学的研究对象，首先，他认为人类学所要探究的是人类历史上的事实，因此所采用的方法也应是历史的方法，即“用历史的眼光”。林惠祥提出历史的研究法，明显是受到以鲍亚士为代表的美国历史学派的影响所致。其次，他认为人类学研究的重点是史前时代与野蛮民族，但强调不能忽视有史时代和文明民族的研究。因此，在建国以后的学术研究过程中，林惠祥又把视角从他所熟悉的一些少数民族转向福建惠安东部的汉族，用马克思主义关于人类社会演化的观点，探究惠东长住娘家习俗的历史来源，所提出的观点至今还经常被一些学者所引用。
二十世纪三十年代初，随着我国现代民间文艺研究的逐步发展，人们已越来越感受到民俗学理论知识的重要。但是，由于各方面的原因，当时的学术界都比较缺乏系统介绍民俗学基本理论知识的书籍，许多民俗学家，多从事于搜集和比较的专门研究，而忽视了对最浅近的民俗学基本知识的介绍。在这种情况下，林惠祥《民俗学》一书，系统介绍了民俗学基本知识的同时，又从民俗学的角度对故事、歌谣、谚语和迷语等民间文艺形式做了一些介绍和论述。而且，林惠祥教授在《民俗学》一书中提倡研究民俗学，并始终把民俗学的综合理论研究和实地调查结合起来。他在解放前后从事闽台考古和民族调查研究中，把民俗的内容也包括在内，并曾撰写《论长住娘家风俗的起源及母系制到父系制的过渡》等论文。因此，不仅满足了一些学者，特别是刚步入民间文艺研究领域的人渴望系统学习民俗学理论知识的需要，而且也在一定程度上推动了当时民间文艺研究朝着纵深方向发展，若干观点且被认为具有创意而作为教学范例，由此可见林惠祥教授的学术远见确是很难得的。
而《神话论》一书，是林惠祥奉献给当时民间文艺研究的一份厚礼。当然，如实地说，林惠祥的这些观点在理论上虽没有多少突出的己见，并存有某些局限性，但是它作为人类学派中的一种学说，于三十年代初期在我国问世后，不仅传播了神话学的基础知识，丰富了我国当时的神话学理论内容，而且也为我们今天的神话学研究提供了一个理论上的参照系统。此外，《神话论》一书，还以相当的篇幅，分别介绍了大洋洲、非洲、北美洲、南美洲、阿拉伯、波斯、犹太、印度、埃及、巴比伦、希腊、罗马、日耳曼、北欧、中国及日本等洲级、国家和地区的神话，涉面广泛，实例丰富，为后人了解世界各主要民族的神话概况，提供了重要的参考资料。
《世界人种志》和《神话论》两书也许因为当代的理论变迁极大，目前已经不被普遍引用。但无论如何，《民俗学》、《神话论》和《世界人种志》等书均由商务印书馆出版，均系根据文化人类学的分科，广泛采用国内外有关学说的资料写成的。这些著作，对介绍和普及人类学各分科知识，起到了导引作用。
林惠祥教授在《神话论》、《世界人种志》、《民俗学》等书中，都是通过整理世界各地考古学和民族志材料，采用“文化残余”和“文化类比”的方法，把不同的文化现象加以罗列、排比，然后，分别将不同的文化排列为高低不同的序列，用以代表全人类文化的进化过程。
归国后林惠祥教授的人类学研究带有强烈的时代特色，即受马克思主义影响很深，他于《论长住娘家风俗的起源及母系制到父系制的过渡》一文中，就体现出研究理论和观点中的马克思主义人类学特点，强调社会进步式的演进和人类社会发展的阶段论等特征，即从演化论角度来解释说明这种风俗是由母系氏族社会到父系氏族社会过渡期所发生的风俗，再加以后来的封建社会的影响，因而使它长期残留下来，并改变和恶化原来的内容。同时，对于《论长住娘家风俗的起源及母系制到父系制的过渡》此论文的相关评价，蓝达居认为，至于这种婚俗的功能，林惠祥教授采用了主位的解释，根据当地民众的说法将它与妇女自杀的社会悲剧联系起来。这种“长住娘家”或“不落夫家”的风俗，后来在数十年后却又不断引起人类学家们的兴趣，曾在1991年举行一次台、港与大陆三地学者的研讨会，其后又不断地有更多学者做更深入的田野工作（庄英章，1997；简美玲，1997），或做更广阔的比较研究（李亦园，1997），似已经掀起另一波研究热潮，但归根究底其“始作佣者”仍是林惠祥教授。
（二）从事文化区域的研究，建构我国东南人类学研究的视野框架
在菲律宾第三届远东史前学家大会上，林惠祥教授宣读了《福建武平新石器时代遗址》一文，介绍了武平的新发现，指出，“武平式印纹陶也见于马来半岛的陶器上，有段石锛见于台湾、南洋各地，由此可见武平式文化与台湾、香港、南洋群岛的密切关系。”有了考古研究的坚实基础，他对史前中国东南区民族与南洋民族的关系之探讨也就水到渠成了。从台湾。福建武平等地、浙江、广东的考古发现和东南亚的考古发现出发，他科学地阐明了祖国大陆和东南亚古代的关系。翔实的考古资料和可靠的论证引起与会各国考古学者的浓厚兴趣。