该书系蔡元培等主编新时代史地丛书之一。全书约10万字，共分八章：绪论（人类种族的起源、人种分类法、区分人种的体质标准）大陆蒙古利亚种（总论、北部蒙古利亚种、南部蒙古利亚种）海洋蒙古利亚种——马来种（总论、各论）、美洲土人（总论、北美民族、中美民族、南美民族）高加索种（总论、北欧民族——以挪耳的系为主、中欧民族——以阿尔卑系为主、含米特族——属地中海系、闪米特族——属地中海系、亚洲高加索种）、非洲尼革罗种（总论、苏丹族——西部苏丹族，中部苏丹族，部苏丹族、班都族、尼革利罗族）、海洋尼革罗种（概况、巴布亚西亚族、尼革利陀族、塔斯马尼亚人）、系统不明人种（先达罗维荼族、澳洲土人、波里尼西亚人、密克罗尼西亚人）。本书的编发，作者在序言中指出：“系根据体质区分种族，再就种族叙述文化，目的在介绍通俗的知识，故避免枯燥的专门论调，期于简明有趣，而又不悖科学性质。”这是一本科普读物，对青少年普及人种知识和世界人种起源有一定的教育意义，故被列为“新中学文库”。
5．《论长住娘家风俗的起源及母系制到父系制的过渡》
1951年冬，厦门大学师生到惠安县参加土改工作，林惠祥教授曾根据所了解第二区瑞东乡长住娘家风俗，撰写《论长住娘家风俗的起源及母系制到父系制的过渡》论文。
该文内容包括：（1）研究的缘起。作者认为这种风俗的起源可以用民俗学来说明。由人类婚姻家族发展史上来说明这种风俗是由母系氏族社会到父系氏族社会的过渡期所发生的风俗，再加以后来的封建社会的影响，因而使它长期残留下来，并改变和恶化了原来内容。作者指出这种风俗在现在社会已绝无意义，其残留不过由于习惯而已，应当在思想上要有新的觉悟，并在实际生活上实行改革，便可消灭这种不合理的风俗了；（2）福建惠安县长住娘家风俗的事实：结合资料与他者观点，由资料的综述概括出这种风俗的定义、后果、现状；（3）各地的同类风俗：认为在南方及西南边疆地方，其名称虽不一律，但情形却一样。文中略举了广东的“不落家”风俗、广西少数民族仲家（现称布依族，下同）的坐家俗、贵州和广西的苗族和藏族也有不落家的风俗；（4）这种风俗起源的推测：母系社会到父系社会过渡期的遗俗。其残存的原因是另有些特殊的因素，如经济原因、夫家虐待等。从分析母系与父系的四点不同点——世系、财产继承、家长族长的地位和居住，来说明改变居住实为最重要的条件，为母系改为父系的关键。而女方的挣扎抗拒之所以不会引起太大的社会影响，是因为社会组织只能服从生产方面的经济基础，男方有经济基础的支持，女方虽挣扎也是无效，因此不能引起太大的社会骚乱来阻止这种变革的进行，这也可以证明唯物主义的正确；（5）解析母系到父系过渡期男方主动发生的风俗——“产公”或“产翁”风俗、抢夺婚姻和佯战结婚、买卖婚、服务婚、轻视和禁止赘婿、抑制舅权和禁止中表结婚；（6）过渡期女方主动发生的风俗——长住娘家风俗、“赶表”、“拜同年”、“做后生”“打私交”、“自梳妹”、“金兰会”、“十姊妹”等妇女组织、怀孕后结婚或二度结婚礼、姑舅表婚；（7）残余的长住娘家风俗。
最后得出结论：长住娘家或不落家或坐家等名称的风俗都是同样的风俗，其起源是原始社会时代末期由母系制度到父系制度的过渡期所发生，以延缓那种变革，延长母系制度的寿命。到了父系制度确立以后，这种风俗便归消灭，只有少数地方，由于特殊原因，还残存到封建社会。但因时移世换，已经失掉了原来的意义，且受封建社会的影响，也改变了内容和性质，以致这种残存的古俗变得不合时代而且对妇女不仅无利而且有害。同时，作者也提出了合适的消减这种风俗的建议。
（二）考古人类学
在林惠祥30年的考古生涯中，主要的学术兴趣就是中国东南区史前文化特殊性的研究。他的这项研究立足中国东南沿海，联系东南亚和西南太平洋岛民文化。1931年，林惠祥先生从蜂巢山发现的常型石锛，依稀看到了环西南太平洋有段石锛文化圈涵盖中国大陆的可能，继而对武平有段石锛发掘的研究，揭示了中国大陆东南区有段石锛与环西南太平洋有段石锛文化圈的内在关联。最后，他深化了环西南太平洋有段石锛文化圈的起源和传播的理论。林惠祥教授先后发表的考古学科学论著有：《福建南部新石器时代遗址》（1954年）、《台湾新石器时代遗物的研究》（1955年）、《雷公斧考》（1955年）、《福建武平县新石器时代遗址》（1956年）、《1956年厦大考古实习队报告》（1956年）和《福建长汀河田区新石器时代遗址》（1957年）等论文多篇。现简述其有代表性的几篇论文。
1．《福建武平县新石器时代遗址》
该文是十余年前原本专论武平的发现的论文。这一篇关于遗址遗物的记录比较明细，推论详尽，图片丰富。全文包括：一、发现缘起及工作经过；二、遗址（遗址范围、遗址所在、遗址形势、遗址的土质、遗物所在、遗址的性质）、再行探索的预测（尽探法、集中注意法、扩张法）；三、遗物（石器、陶器）；四、与他处石器时代遗物的比较；五、推论：①当时住民的生活文化（地理环境、居住、器物、食物、生业）；②年代（由比较言之——华北的石器时代若终于三千数百年前，此地的石器时代应在其后约一千年，即春秋时代以前；由记载言之——武平的石器时代最迟亦应终于春秋时，即二千五百年前）；③古民族——石器时代的武平住民绝非华夏族而系越族；④这种文化的散布地方——由此可见武平的石器时代文化与台湾、香港、南洋群岛颇有关系，期间的广东大陆应有石器时代，而与武平毗连的潮、梅一带似更当有武平式的新石器文化。
2．《台湾石器时代遗物的研究》
林惠祥根据他在1929年和1935年两次调查台湾的圆山贝塚遗址，从该遗址的出土物，同大陆东南沿海特别是福建同期遗物进行比较研究，并联系当时的台湾住民，写出了《台湾石器时代遗物的研究》一文。文中，林惠祥认为，研究台湾石器时代不但可以上溯台湾历史到更早的远古时期，还可以帮助了解大陆东南部以及南洋太平洋的石器时代，尤其是与台湾只隔一衣带水的福建。文章内容包括：一、考察采集的经过；二、遗址概况（圆山地理位置、寻遗址经过、遗物概况）；三、遗物分论；四、遗物总论，结合1929年考古发现做综合讨论：磨制石器（数量及种类、制工石质及大小、用途及用法、特殊的重要的石器）、陶器、打制石器；五、推论：台湾的石器时代的年代问题——约在二千数百年前进入台湾，终止与大陆铁器文化的进入（三国时期）；台湾的石器时代文化来源问题——分为有段石锛、有肩石斧、印纹陶器、黑陶、彩陶，证明台湾的新石器文化是由大陆东南部传过去的，至于传播的路径应以福建较有可能，新石器时代的人到达台湾后，将在故乡所学得的生活技术便也带到了台湾；台湾石器时代的民族问题——作者认为台湾土人来源不止一种，其中的一种出自祖国大陆的古越族，其后与来自南方的别族如菲律宾人、马来人等逐渐形成现在的高山族；台湾新石器时代和大陆的关系——台湾自太古以来，即自远古当地初有人类以来，便和中国大陆有很密切关系。
3．《中国东南区新石器文化特征之一：有段石锛》
文中内容包括：一、引言（有段石锛是中国东南区新石器文化的重要特征、有段石锛的来源问题、这种石器的用法用途及其形制的解释、有段石锛的名称）；二、有段石锛在中国东南区的发现（台湾的发现、香港的发现、杭县古荡和杭县良渚镇的发现、福建武平的发现、广东海丰的发现、长汀的发现、福建其他地方的发现、广东的发现、江西的发现、浙江的发现、江苏的发现、安徽的发现、华北的发现）；三、有段石锛在南洋及太平洋诸岛的发现（太平洋中玻里尼西亚诸岛的发现、菲律宾的发现、苏拉威西及北婆罗洲的发现）；四、有段石锛的发生地点及散布地方；五、有段石锛的发明发展及用途（发明、有段石锛的发展步骤三阶段、有段石锛的使用法及其用途、有段石锛在后代的影响）等内容。最后，林惠祥先生得出结论：有段石锛是研究我国东南区新石器时代的重要文物，也是研究东南亚以至太平洋诸岛的重要古物。研究的结果不但可以了解我国东南区的新石器时代文化，也可以帮助了解东南亚以至太平洋诸岛的古代状况；可将有段石锛分为初级型、中级型和高级型三种；由以上各地目前已发现的资料看来，这种有段石锛确是大陆东南区即台、闽、粤、赣、浙一带的特征物，这是可以决定的；有段石锛应是由一大片地方的某一个地方发生，然后流传开来。不过根源虽出自一处，但这种石器传到某一地方，该地便也发生地方色彩，在某一方面特别发展，因之和原来的地方也有些小异。而且，林先生由于自己的发现并参考国内外别人的研究，提出意见如下：①有段石锛是出自亚洲大陆，然后流传于台湾至菲律宾和波利尼西亚。②有段石锛应是在中国大陆东南区即闽、粤、浙、赣和苏皖一带地方发生，然后北向传于华北、东北、东南面传于台湾、菲律宾以至玻里尼西亚诸岛。有段石锛应当是古代百越族的文化物质，也便是发生在中国东南区的。③由有段石锛的发展阶段言之。在大陆上各地发现的有段石锛也有前后的阶段，在闽、粤、赣的多属初级阶段和中级阶段，少有高级阶段，在浙江、江苏等处发现的便有高级阶段。可见有段石锛应是在闽、粤、赣发生，发展到高级阶段然后向北方及海外发展。
（三）民族史
民族史研究是林惠祥学术生涯中的一个重要组成部分，也是其成果最为卓著、影响至为深远的学术遗产之一。从30年代初林惠祥开始从事人类学引介、推广、研究起，民族史的取向就一直贯穿于其学术活动的始终，1936年版的《中国民族史》，代表了其民族史研究的最高成就，其他如《中国原始社会史》（1951）、《中国文化之起源及发达》（1937）、《马来人与中国东南方人同源说》（1938）、《南洋人种总说》（1938）、《福建民族的由来》（1948）、《南洋民族与华南古民族的关系》（1958）、《南洋民族的来源与分类》（1958）等著述，也都不同程度地体现了林惠祥对人类学之民族史的不懈追求。
1．《中国民族史》
该书系中国文化史丛书之一，于1936年出版。全书30余万言，分上下两册约14万字，共分18章。
第一章中国民族之分类，系由横的方面论中国民族之分类；第二章中国民族之分期，由纵的方面论中国民族事迹在历史上的分期，第一、二章为总论。第三章华夏族（汉族来源之一）、第四章东夷系（汉族来源之二）、第五章荆吴系（汉族来源之三）、第六章百越系（汉族来源之四）、第七章东胡系（满族来源之一）、第八章肃慎系（满族来源之二）、第九章匈奴系（回族来源之一）、第十章突厥系（回族来源之二）、第十一章蒙古系（今日为一族）、第十二章氐羌系（藏族来源之一）、第十三章藏系（藏族来源之二）、第十四章苗瑶系（今自为一族）、第十五章罗罗缅甸系（自为一族）、第十六章僰掸系（今自为一族）、第十七章白种（同化于他族）。第十八章黑种（同化于他族）。林惠祥先生在此书中对中国民族的分类提出“二重分类法”，“即以历史上民族与现代民族各分为一种分类”，这两者不是截然分离的，因为“历史上一民族不止蜕变为现代一民族，而现代一民族亦常不止为历史上一民族之后裔”，历史上民族通过接触、混合、同化，“故从大体言之，可以指称古之某族之后即为今之某族，或言今之某族即为古之某族之裔”。值得注意的是，林惠祥在其《中国民族史》自序中论及民族史之性质亦即其效用：研究民族史“为实际政策之参考”、“为民族主义及大同主义之宣传”，认为解决民族问题必参考民族历史以为根据，“民族主义为大同主义之初步，民族史视各民族为平等的单位而一致叙述之，实即于学术上承认各民族之地位，故目的虽不在宣传提倡民族主义，然而实收宣传提倡之效，民族史复于各民族在过去之接触与混合多所阐述，所以各民族已皆互相杂糅，且有日趋同化之势，使各民族扩大眼光，舍去古时部落时代之狭隘的民族观念而趋向于大同之思想。”同时，除在一般意义上指明民族史之性质外。林惠祥还进一步指出了中国民族史的性质：“中国民族史为叙述中国各民族古今沿革之历史，详言之即就各族而讨论其种族起源、名称沿革支派区别、势力涨落、文化变迁，并及各族相互之间接触混合等问题。”
2．《南洋马来族与华南古民族的关系》
该论文分为上下篇。上篇原名为《马来人与中国东南方人同源说》，发表于海外。下篇是林惠祥先生于20多年后再对上篇的补充。
上篇：《马来人与中国东南方人同源说》（1938）。文中内容包括：一、何谓马来人？（提出广狭二义。马来人之成分似以从亚洲大陆南下者为多，故马来人应以称为海洋蒙古利亚种或马来人较为适宜）；二、马来人与中国东南方民族有无关系；三、中国东南方之古越族究系何种民族？（林惠祥臆测，此越族者或即为留居大陆之古代马来人即所谓原马来人也）；四、马来族与古越族在体质上之相似；五、马来族与古越族在文化上之相似（断发、文身、黑齿、短须、跣足、拜蛇、巢居、语言）；六、马来族与越族史前遗物之相似（有段石锛、有肩石斧、石箭镞、陶器纹饰）；七结论。文中，他指出：闽粤人是中原南下移民与闽粤土著族混合而成的。闽粤土著族即古越族。古越族与马来族渊源关系的证据有：（1）马来族与古越族在体质上的相似。马来人直发、广头、短面、矮躯，与闽粤人相近；马来人与闽粤人同有“马来眼”及其折衷型。所谓的“马来眼”即眼圆而大，不斜吊，有双眼脸。（2）马来族与古越族在文化上的相似。具体的项目有断发、文身、黑齿、跣足、拜蛇、巢居以及胶着语即多音节语言。（3）马来族与古越族史前遗物的相似。中国东南部、南洋、太平洋诸岛共有有段石锛；中国东南部与印度支那和南洋共有有肩石斧。（4）中国东南区与南洋共有几何印纹陶器。同时，林惠祥在该文指出：远古时，蒙古利亚种之一支居于中国东南，后来南下，经印度支那沿海以及进入南洋群岛后，与尼革利陀人、印度尼西亚人混合，从而形成马来人。至于留居中国东南的一部分则称为越族。