在《台湾石器时代遗物的研究》一文中，林先生系统比较了两地共存的有段石锛、有肩石斧、印纹陶、彩陶等特征鲜明的考古文物，更明确指出：“台湾的新石器时代文化虽有一点地方特征，但从大体上看，却是属于祖国大陆东南一带系统。”“台湾新石器人类应是由大陆东南部迁去。”他从微观的考古调查、发掘入手，又以宏观的大势鸟瞰，最早论证了台湾史前文化的源头在大陆东南，并提出了中国东南区考古文化区系性的科学理论。结合两次圆山调查成果，林惠祥在这篇论文中，就闽台考古的许多重要问题都作了精辟的论述，已经形成了闽台考古研究的基本理论框架，迄今关注闽台关系的历史、考古学者在这方面的许多成果仍没有超出林惠祥当年的研究范围。因此，林先生不但是大陆学者中实践台湾田野考古的第一人，而且在闽台文化关系的考古学研究上，为后人创立了一套迄今仍适用的理论框架。
《中国东南区新石器文化特征之一：有段石锛》是林先生临终前完成的最后一篇遗作，发表于1958年。在著名的《中国东南区新石器文化特征之一：有段石锛》一文中，概况了“原始型”、“成熟型”、“高级型”三种不同形态有段石锛，这种对有段石锛分布的类型学概括，为有段石锛的起源和传播提供更为坚实的科学论证。“在中国大陆东南区即闽、粤、浙、赣一带地方发生，然后向东南面传播于台湾、菲律宾以至太平洋三大诸岛。”林先生不但开创性地通过一种典型考古文物首次复原了我国大陆东南史前文化通过台湾向东南亚、西南太平洋群岛传播地海上通道，还因最早发现考古学上的“东南区”文化，从分区的高度认识中国境内不同族群的史前文化，突破中原中心模式，成为区系类型这一基础考古方法在我国的奠基者之一。林先生最早提出，有段石器是古代百越文化的遗物，二十多年来的考古发现与研究证实，有段石器是新石器时代百越文化的重要特征之一。对有段石器的研究，无疑是探讨古越人历史的重要途径。所以，这篇文章的意义不仅在于对有段石锛做了专题研究，而是通过它比较明确地界定了考古学文化上“东南区”的时空范围，与华北、东南亚、西南太平洋群岛等周邻关系的基本线索等，这些论述迄今仍是东南区考古学者所必须遵循的基本理论框架。
李亦园认为，林教授在包括台湾的华南各地考古发现及其研究，最重要的贡献仍是在肯定台湾在新石器时代即是大陆东南部新石器文化的一部分。林教授在《台湾新石器时代遗物的研究》及《中国东南区新石器文化特征之一：有段石锛》两篇论文中，有如下的阐述：“在二三千年前只有这种人住在大陆东南即台湾的对岸，他们又是处在新石器时代末期，他们又习惯水上生活，多食海产，善能驶舟，他们的石器陶器又和台湾发现的相同，然则推测这种人会被漂流到澎湖台湾，似乎不会完全无可能吧。这样讲来台湾的新石器时代人类便应是古越族的一支了。（1955）”
可见我国台湾在新石器时代便曾有一支人类由大陆的沿海地方漂流过去，带了新石器的文化即磨制石器和印纹陶彩图黑陶等技术进入台湾，这种从大陆过去的新石器时代人，便成为后来的高山族的一支主要来源。到了后来台湾脱离新石器时代，进入铁器时代，也是由于大陆方面于三国和隋代传入铁器。台湾在新石器时代，无论民族和文化都有大部分是由祖国大陆过去的，由此可以推知台湾是自太古以来，即自远古当地初有人类以来，便和中国大陆有很密切的关系了。（1955）
有段石锛是怎样从大陆向诸岛发展的，有段石锛既是大陆发生的，究竟是怎么过海传到台湾岛、再越过大洋向菲律宾和波里尼西亚诸岛，它的路线是怎样的？试为推测如下：
台湾应是由闽粤过去。台湾距离大陆很近，只有一百余海里，古书说在福建东面海里晴天还可依稀见台湾的远山。三国时发现台湾，其时台湾的土人还在石器时代，推测台湾的开始有人类约在三千年前，闽粤在三千年前还在新石器时代，由时间算来是相当的……古时闽粤人既能漂流过去，当然新石器时代的石器陶器技术也可能带去。现在隔一衣带水的两地都发现相类的石器陶器，如有段石锛有肩石斧印陶变相的彩陶黑陶，这是有其理由的。（1956）
而《台湾番族之原始文化》一书用民族学的方法调查研究高山族，林惠祥是中国学者第一人。此前记述高山族较多的中文资料的就是清代文献了。所以该书是我国现代学者第一本有关台湾高山族的调查报告和专著，书中部分文物保存在厦门大学人类博物馆。书中以大量考古、文物和文献资料，论证了高山族和祖国人民之间密切的渊源关系。该书，曾被列为历史语言研究所专刊。同时，林先生还到台北圆山调查新石器遗址，发现新石器和陶片等物，根据福建和台湾新石器时代文化的比较，论证祖国大陆和台湾之间悠久的历史渊源关系。
陈孔立表示，《台湾番族之原始文化》对于正确认识台湾有启发。书和后期的一些研究，有一个鲜明的特点，就是既讲两岸的共同性，又讲台湾的特殊性。他的研究结果有力地说明了“台湾新石器人类应该是由大陆东南部迁去的”，“台湾新石器文化属于祖国大陆东南一带系统”，同时，也强调台湾有其“地方特征”。我们今天研究台湾历史，也应当既强调两岸历史地共同性，又重视历史地特殊性。只强调台湾的特殊性，而忽视两岸的共同性，就不能正确认识历史上的两岸关系，不能正确认识今天的两岸关系，不能正确认识和对待台湾的前途问题。林惠祥的研究，科学地阐明和解释台湾历史和了古代的两岸关系。
李亦园认为，《台湾番族之原始文化》可以说是中国科学家研究台湾高山族的轫始，象征台湾光复后大批中国学者在台湾研究南岛系民族文化的前驱。虽然以目前的眼光看来，林先生的“番族”研究也许因新增资料较多，已有较不合适宜的部分，但是在若干基本观念上，却还是很值得称道的，例如在《台湾番族之原始文化？番情概说》第6页有这样的一段话：“明末荷兰人亦曾一度侵占台湾之一隅，与番族略有接触。以上皆外人对于台湾番族之关系。然其事迹一瞬即过，影响极微。惟三百年来汉人大批移植，愈聚愈众，番人之在西南方平地者乃渐受感化；但番人并非原住西海岸，后因受汉人逼迫乃退入深山，其实番人自息便多有居住山地者，此由山地亦有石器时代遗址之发现可证明也。”说高山族人并非原住台湾西海岸，而是自昔便多有居住山地者。若非有广阔的文化视野以及考古学的知识，绝不能有此体认。因为有人甚至到现在都还认为有一种常识性的推测，认为高山族之所以居于台湾中央山地，是因为我们汉族移居台湾西海岸后，才逐步被迫逃亡山区的。其实高山族原来即定居台湾山地，早已适应山区居住之生活方式，可由其生产工具多系适应于刀耕火种即可证明。而汉人于三百多年前移入台湾时，台湾西部海岸平原，另有现被称为平埔族的南岛语系族群所居住，后来平埔族都已被汉人所同化，只有原居于山地的高山族尚保有相当程度的原有文化。所以林教授的观点确已表现出他对台湾南岛语系民族文化渊源之真知灼见。
《马来人与中国东南方人同源说》一文是1938年1月林惠祥参加“远东史前学家第三次大会”后留居新加坡后撰写的。《马来人与中国东南方人同源说》的发表，对南洋华人社会特别是新、马华人社会产生积极的影响，社会舆论认为“其可使中、马之民族感情更为融洽”。林惠祥当时作了说明：“作者不过以客观态度，由实际证据”来提出此说，而不是先臆造出观点。
林惠祥“中马同源说”至今仍对南洋华人社会起着积极的影响。菲律宾著名华文报纸《世界日报》（1998-8-9）刊登菲律宾华裔青年联合会的专栏文章《民族融合，共同进步》，文中指出：“南洋马来族（包括菲律宾民族）与中国东南的百越族同源的论断，对我们研究和了解菲中两国民族，特别是菲律宾的原始民族同中国东南的百越族和闽粤人的历史渊源，意义更为重大。根据林惠祥教授的研究，菲中民族的渊源，甚至可以追溯到史前时期。林惠祥教授这一学术上的重大成就，最使我们菲律宾华人感到亲切和振奋，其对菲中关系和菲华关系的深远意义实在是无以伦比的。”文章还指出：“我们认为，学习林惠祥教授的这种民族学术研究，对处理好民族关系（华菲关系）和促进民族融合（华菲融合），谋求共同进步，无疑是很有实际帮助和指导意义的……正确地认识和处理地民族之间的关系和问题，不要犯狭隘地民族主义的错误。”
李亦园表示，林惠祥教授对我国民族学研究的另一项贡献，就是提出现在称为南岛语系民族（当时称为“马来族”）与华南古越族的关联关系。林先生在《南洋马来族与华南古民族的关系》的后篇一文中有这样的说法：“马来族的祖先原住华南，马来族的祖先一部分南迁到印度支那和南洋群岛，其留下的一部分便是华南古民族即越族。证据（1）是马来族与越族子孙现代中国东南沿海的闽粤人民体质之相似；（2）是马来族与古越族文化古语言文身段发拜蛇巢居精于航海术等的相似；（3）是有史以前的古物之相似。（1981：318）”，认定南岛族的起源地在华南以及中南半岛，前此虽有若干说法提出，但林教授把这一假设更具体予于证明，实是一种创见，而开了华南与太平洋文化关系研究之先河。这种假设与理论，后来又经凌纯声教授，因在台湾所得资料丰富，得以更加扩大论证，而形成环太平洋文化讨论的热潮（参看《凌纯声先生论文集》，1979），期间林惠祥教授的创导之功不可没。
除此之外，林惠祥教授在为创办厦门大学人类学博物馆收集和充实展品，为考古学教学工作和科学研究事业方面也作出卓越的成就和贡献。解放前，林惠祥就在厦门大学担任教学工作，曾为本科生开设过《考古学通论》、《原始社会史》以及其他专题课程。特别值得一提的是他把自己多年来倾尽心血成立的私立人类博物馆无私捐献给国家，成立厦门大学人类博物馆，并亲自编写《厦门大学人类博物馆陈列品说明书》和制作模型，这是解放后我国唯一的综合性大学附设的人类学专科博物馆，成为宣传人类学知识的重要基地。
可见，林惠祥教授不仅对华南考古工作有开创之功，而对闽台文化渊源的论证，确是厥功至伟。
（三）开启了当代中国民族系统分类的先声
20世纪二三十年代，林惠祥着重研究了中国各民族，尤其是南方各民族的来源、历史发展等，1936年出版了《中国民族史》。
《中国民族史》（上、下册）也由商务印书馆出版，是已出版的同类书中最为详尽、系统分明的重要著作。该书最大贡献在于分类与分期两项，林惠祥认为，以前各学者的分类、名称有异同，数目不等，系统有别，主要原因在于各着眼点不同。于是他吸收了当时梁启超《中国历史上民族之分类》、章嶔《中华通史》、张其钧《中华民族志及中国地理》、宋文炳《中国民族史》、赖希加《中华民族论》、王桐龄《中国民族史》和吕思勉《中国民族史》等书的观点加以综合，对中国各民族的来源、历史发展等，分类叙述；并创立了“两重分类法”，即以历史上民族与现代民族各为一种分类，然后讲前者连合于后者。两种分类并用而不致相互矛盾，历史上的各民族混合分歧的结果便成为现代之民族，因而此两种分类可体现出其民族演变的线索而相连接。这样的分类，在所有中国民族史的分类系统中最具有整体性和科学性，至今仍然不失为中国民族史古今民族分类及总体叙事架构的蓝本。
这种中国古今民族分类表及民族史之分期，常被转载和引用，代表一种承先启后的地位。而且，在此之前的民族史研究者并没有受过系统的人类学训练，因此，林惠祥的民族史研究就得独树一帜，其价值和影响也远远超出了民族史研究本身。在书中，林惠祥认为民族为历史现象之一要素，在相当程度上表明了他的辩证观和历史唯物观，并暗示了他人类学研究的浓厚的历史倾向，为南方人类学学术特色的形成——“中国历史学派”打下了基础。再者，他明确指出民族史为人类学之一部分，在同时代的国内学界为所仅见，表明了他作为一个人类学家的学科意识及理论方法归属感，尽管他自身在民族史研究中或许未必曾充分彻底地贯彻人类学的精神，他的民族史作品与现当代人类学之民族史也有相当大的距离，但对于中国早期甚至当代人类学的学科建设及其与民族研究的关系确认来说却有重要的指导意义。
该书出版后，由日本学者中村、大石合译成日文，得到推崇，日本专家学者论及我国民族时，常引为参考书。日本东亚调查局编的《中国民族问题》一书，称林惠祥教授是“中国著名民族研究者”。1993年商务印书馆重版该书时，编辑部在《重印说明》中说：“《中国文化史丛书》是我馆三十年代出版的一套设计文化领域甚广的丛书，半个世纪过去了，至今仍未见可以替代它的文化史出版。应学术界要求，酌量重印，以供参考。”可见该书的学术价值。
黄向春认为，与前人及同时代其他学者相比，林惠祥的中国民族分类系统明显表现出以下三个特点：1．强调历史上与现代之人类群体的差别。2．强调族际关系的恒常发生与复杂性。3．强调民族融合的绝对性。
文婷认为，《中国民族史》对中国民族来源和分类系统颇多创见，是同类书中最详尽的一种；作为中国较早的一部有关各民族历史的著作，在民族史研究的历史上有重要作用；书中的一些理论观点和方法，对后世产生了深远影响，对于今天的民族史研究来说亦有借鉴及参考之用；它反映着时局动荡、中西文化碰撞交融的时代，中国传统学术所发生的蜕变；通过这部书，我们可以一斑窥全豹地试着分析林惠祥及当时部分史学家的民族思想。
总之，民族史研究是林惠祥学术生涯中的一个重要组成部分，是林惠祥以具有独特社会历史格局的中国民族为对象，力图把新兴的人类学与传统的历史学相结合所做的一种努力与尝试，从一个侧面反映出林惠祥一贯秉持的人类学的“历史性”的精神，反映了人类学思想的时代特征以及早期中国人类学学科建设与发展的阶段性特征。
（四）积极追求人类学的应用，使人类学真正“走向人民”