2月13日，南京方面面对外界及革命党内部的重重压力，孙中山履行承诺，向临时参议院递交辞呈，并推荐袁世凯继任临时大总统。孙中山同时提出了袁世凯上位的三个条件：第一，临时政府设在南京；第二，新总统必须到南京受任，本大总统始行解职；第三，新总统必须遵守《临时约法》。
定都南京，袁世凯非常不乐意，但最让他惊骇莫名的，肯定是第三条即新总统必须遵守《临时约法》——南京临时参议院上个月28日才成立，这个《临时约法》目前尚在起草阶段，什么内容都还没人知道呢，若是自己同意了，岂不是等于签了张空白支票给别人？
不过袁世凯并没有用语言把自己的不满表露出来，而是以“政府机关不容一日中断”为由，以“全权组织临时共和政府”的名头，布告各级政府部门和军警机关，让他们继续各司其职，一如以往；清内阁被直接改组为“中华民国临时政府”，全班人马原封不动，只是各部大臣改称各部首领，至于袁世凯本人，则叫“临时政府首领”。
这个意思很明白——老子是清王朝的继承者，是根据清帝的《退位诏书》而“全权组织临时共和政府”，名正言顺。
紧接着，袁世凯就以“本全权”的名义，照会各国驻华公使，通告政权变更一事。
此时的中华民国，一南一北两个临时政府并存，结果是谁也不能得到各国的承认，无论袁世凯还是孙中山，当的都还只是关门总统。
2月14日情人节那天，临时参议院在南京召开临时大总统选举大会，17省代表出席，袁世凯以17票全票当选为中华民国临时大总统。临时参议院随即给翘首以待的袁世凯发去一封电报，电文如下：
北京袁慰庭先生鉴：昨孙大总统辞职，经本院承诺，业已电知尊处。本日开临时大总统选举会，满场一致，选公为中华民国临时大总统。查世界历史，选举大总统，满场一致者，只华盛顿一人，公为再见。同人深幸公为世界之第二华盛顿，我中华民国之第一华盛顿。公之伟业，共和之幸福，实基此日。务请得电后，即日驾莅南京参议院受职。共和万岁！中华民国万岁！
将之比作华盛顿，这种夸法不由得让人心生得意，但得意归得意，要让他去南京就职，袁世凯却是打心眼里不愿意。
这很好理解，毕竟老袁的根基在北方，北京才是他的老巢，而整个南方诸侯并起，南京更是革命党的地盘。体育比赛还有主场优势一说，更何况是你死我活的政治斗争？
事实上孙中山坚决主张定都南京，主要目的确实就是为了拘束住袁世凯，只是这个主张，即使在革命党内部也颇有争议，大部分人并不认同，其中的代表人物，正是当初极力反对孙中山搞总统制的章太炎和宋教仁。
章太炎是革命党内的铁杆反孙派，之前他就有“论功当推黄克强（黄兴），论才当推宋教仁，以德当推汪精卫”之言，不赞成孙中山当临时大总统。此时老章认为，南京地处东南，难以控制东北和蒙古，而这才是眼下的焦点。清廷虽已退位，但在北方仍很有影响，此时日、俄心怀叵测，一旦清廷余孽和满蒙分裂势力相勾结，后果实在堪忧，甚至不排除清廷有复辟的可能。
因此，他在上海《大共和日报》上发表了一封致临时参议院的公开信，直言定都南京有百害而无一利。章先生是老革命，坐过牢亡过命，又是公推的当世第一大学问家，而且其理由堂堂正正很有号召力，对参议员们影响着实不小。
另外，黎元洪以首义之区且地处南北中心为理由，通电主张建都武昌；更有一派意见，认为各国在北京建有公使馆，且在《辛丑条约》中取得在北京、天津至山海关铁路沿线的驻军权，迁都南京，恐怕它们不会答应，所以还是维持现状的好。
意见如此纷扰，那就还是投票决定来得好。参议院表决的结果是20∶8，通过了定都北京的决议。
孙中山当然大怒，立即将同盟会议员黄复生、邓家彦、康宝忠、李伯中等人招来，骂得很难听，说他们是革命的败类；黄兴更是怒不可遏，扬言参议院若不自行推翻此决议，他将带宪兵拘捕所有议员。
黄兴身为临时政府陆军总长，放出这等狠话，自无人敢等闲视之。参议院只好重新投票，在宪兵的压力之下，加上当场有同盟会议员声称不建都南京就要自杀，搞得气氛极为凝重，好在投票结果令人满意，19∶8，这一次终于达成了定都南京的决议。
于是参议院就给袁世凯发了电报，封他为“中国华盛顿”之外，还请他来南京受职。袁世凯则回了一封电报：
南京孙大总统、黎副总统、各部总长、参议院、各省都督鉴：清帝辞位，自应速谋统一以定危局，此时间不容发，实为唯一要图，民国存亡，胥关于是。
顷接孙大总统电开，提出辞表，推荐鄙人，嘱速来宁，并举人自代，电知临时政府，畀以镇安北方全局各等因。世凯德薄能鲜，何敢肩此重任！南行之愿，真电业已声明，然暂时羁绊在此，实为北方危机隐伏，全国半数之生命财产，万难恝置，非因清帝委任也。
孙大总统来电所论，共和政府不能由清帝委任组织，极为正确。现在北方各省军队暨全蒙代表皆以函电推举为临时大总统，清帝委任一层，无足再论。惟总未遽组织者，特虑南北意见因此而生，统一愈难，实非国家之福。若专为个人职任计，舍北而南，则实有无穷窒碍。
北方军民意见尚多分歧，隐患实繁；皇族受外人愚弄，根株滋长；北京外交团向以凯离此为虑，屡经言及；奉江两省时有动摇；外蒙各盟迭来警告。内讧外患，递引互牵，若因凯一去，变端立见，殊非爱国救世之素志。若举人自代，实无措置各方面适宜之人。然长此不能统一，外人无可承认，险象环集，大局益危。
反复思维，与其孙大总统辞职，不如世凯退居。盖就民设之政府，民举之总统而谋统一，其事较便。今日之事，惟有由南京政府将北方各省及各军队妥筹接收以后，世凯立即退归田里，为共和之国民。当未接收以前，仍当竭智尽愚，暂维秩序。
总之，共和既定之后，当以爱国为前提，决不欲以大总统问题酿成南北分歧之局，致滋渔人分裂之祸。已请唐君绍仪代达此意，赴宁协商。特以区区之怀，电达聪听，惟亮察之为幸！袁世凯咸。
这里的“咸”，是15日的代码。
平心而论，袁世凯列出的若干理由也是实情，比如北方军心不稳，有兵变的危险；奉天、黑龙江及蒙古在日、俄煽动下有独立倾向等，确实都是重大隐患。
至于说洋人希望他留在北京，这更是千真万确，事实上除了日本、俄国，各国一向很看好袁世凯，认为唯有他才能给中国带来稳定和繁荣，因此在袁世凯迫清廷退位的过程中，洋大人们助了他一臂之力，现在好不容易成功了，哪里舍得让他远离北京，权力受到掣肘？而若民国政府始终得不到各国的承认，外交上肯定会很麻烦，这也是个大问题。
因此，袁世凯提出了解决方案：“与其孙大总统辞职，不如世凯退居”，前提是南京临时政府先把北方各省及军队接收安顿好。
这么说就显得过于冠冕堂皇了——袁世凯费尽心机好不容易才当上这个临时大总统，哪里肯如此退居山林之下？其实就在这一天，在其它文件里他已经改称自己为“新举临时大总统”，瘾还没过够呢！
谁都知道，北方的地盘及军队尽在袁世凯掌握之中，没有人接得过去。孙中山当然也很清楚这一点，虽然百般不愿，也只好接受了大家的意见，以南京临时政府的名义，派出一个九人专使团，以教育总长蔡元培为迎袁专使，参议院副议长王正廷、外交部次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、前议和参赞汪精卫、参谋次长钮永建、法制局长宋教仁、陆军部军需处长曾昭文、步兵卅一团团长黄恺元为团员，会同袁派到南京来协商的唐绍仪，一起前往北京，迎接袁世凯南下任职。
这是要拿礼数来拘住对方的面子，让他不好意思不来。而这一类事情本是袁世凯的擅长，应付起来有的是经验，他先是下令要求直隶省和天津地方政府要热情接待，更于26日专使团到达天津当天，派出大儿子袁克定专程前往迎接，规格不是一般的高。不仅如此，此行的东道主北京市政当局，还宣布将组织三天庆祝大会，每天晚上都将进行提灯游行，以庆祝中华民国的成立，以及对专使团表示热烈欢迎。27日专使团抵达北京，袁世凯更是下令打开以往只有皇帝出入才开的正阳门，用最隆重的礼节来欢迎蔡元培一行。
进得城来，放眼看去，只见家家户户都挂上了民国的五色国旗，除四处张灯结彩，还张贴着欢迎南京专使的标语，整个北京城完全沉浸在一片欢乐祥和的气氛之中。
专使团被安排住进了王府井大街东侧东安门附近煤渣胡同的一个豪华招待所，这里最早是恭王奕所创立的神机营的衙门所在，庚子之乱衙门被毁之后，清廷又在此办了一所贵胄政法学堂，入民国后袁世凯将之改为招待所，蔡元培一行便是第一批入住的客人。
招待所周围负责安全保卫工作的，是赵秉钧派出的警卫部队，由600名警察组成，日夜巡逻不在话下。
吃完午饭略事休息，蔡元培等人便来到中南海谒见袁世凯，略微寒暄之后，蔡元培呈上临时大总统的选举状和孙中山的亲笔信，并催促袁总统尽快南下就职。袁世凯一口就答应了下来，一点推辞都没有，这完全出乎所有人的意料。
更让人没想到的是，袁世凯还说了，他要先把北京这边的工作布置一下，安排好合适的人留守，这样自己才能放心走。这种非常务实的态度，令大家没法不频频点头称是。接下来，袁世凯展现出了最大的诚意，说他计划走京汉路南下，先到武昌和刚刚当选副总统的黎元洪见个面，再换乘轮船去南京。
这还有什么说的呢？自然是宾主尽情欢笑，晚宴上，吃到的每一口菜，喝下的每一杯酒，蔡元培等人都无不觉得味道好极了。
没有人知道袁世凯为什么突然改了主意；更没有人知道，如果他依然无意南下，将会使用什么手段来过这一关。因为就在这几天，他的宝贝儿子袁克定策划了一起兵变，把事情搅黄了。
这里得先简单交代一下袁克定，他是袁世凯和原配于夫人所生的唯一一个孩子，从小跟着父亲在朝鲜长大，见过些世面。清朝末年的时候当到过农工商部左丞，也算是个有资历的人。不过所有这些资历，在袁大少爷眼里都不如袁世凯的大公子这个名头来得耀眼，所以当老袁重出江湖后不再让子女当官，他倒也无所谓，因为在他看来，老爸不当皇帝可惜了，而自己不当太子更是天理难容。
因为存着这个念头，袁克定对父亲南下就职一事很是抵触——他给父亲的定位绝不是中华民国的总统，而是一个新朝代的开国皇帝！因此，2月21日那天，南京专使团刚从上海出发不久，袁大公子就召集了杨士琦、杨度、曹锟、姜桂题等自己熟悉的文武大员开会，通报说南方派人来迎接大总统去南京就职，大总统貌似有点心动了。但是，大总统若是一走，兵权就得移交出去，而他只被允许带最多一个协的人去南京作为卫队，剩下的人马就要惨遭裁军！
杨士琦、曹锟他们几个自然是义愤填膺，奈何谁也没准主意，只是在那儿发牢骚，袁克定大失所望，觉得他们就像拿了钱在网上发帖的托儿一样，成不了大事；只有一直沉默不语的姜桂题，像是不叫但真肯咬人的狗一般，似乎值得信赖，便看着他说：“我看不如等那几个专使来了，大家闹一闹，把他们吓回去再说。”谁知姜桂题根本不搭茬——老爷子虽然没读过书，但活了这么大一把年龄，而且在官场混了大半辈子，好歹也懂得明哲保身的道理，怎么可能跟着袁老四的儿子瞎混？
这会就没法再开下去了。但袁克定总觉得不能被南方牵着走，得要主动。既然姜桂题装傻充愣，杨度、杨士琦是文人也指望不上，那么就只能将希望寄托于曹锟。于是过了几天，他单独召见了曹锟。
曹锟此时是新军第三镇的统制，属于北洋嫡系，算是个实干家，对袁氏父子一向忠诚。这人比较憨直，没什么心眼，那天开会说不出什么所以然来，但心其实是热的。
此时袁克定已经改了主意，觉得就算吓跑了这一拨专使，还会有下一拨过来，这帮厮们真要子又生孙孙又生子那样子子孙孙无穷尽地来劝说，老爷子纵然是铁石心肠也难免会有被感化的一天，那老子这个太子还当不当了？也算是急中生智，袁大公子居然想出了一条釜底抽薪之计——不如把赖在宫里的宣统皇帝给赶出去，直接把老爸推上皇位黄袍加身，这样就不仅老爸不用冒风险离开北京，自己的太子梦也圆了！而且，等到老爸百岁之后，自己顺理成章就成了皇帝，那才爽呢！
曹锟果然不负他年轻时“曹三傻子”的名号，对如此脑残的阴谋居然一诺无辞。2月29日晚上，第三镇派出第3营的官兵直闯东华门，欲冲进大内驱逐溥仪，可惜守卫宫门的军队是冯国璋统领的禁卫军，袁克定和老冯的关系连一般都算不上，没敢提前跟他打招呼，原指望着曹锟的人马能硬闯进去呢，哪曾想火烧东华门之后却遭到禁卫军的顽强抵抗，第3营官兵只好知难而退，随即展开了有序的劫掠。应该是有人指挥，变兵们抢着抢着就涌向了煤渣胡同专使团下榻的招待所，虽然有警察护卫，专使们还是不放心，赶紧翻墙而出，匆匆跑到了旁边老外开的六国饭店躲了起来。
变兵们见招待所也进不去，就沿着王府井大街一路鸣枪点火，抢到了前门、大栅栏一带，边抢还边喊：“袁宫保要走了，我们没人管啦！弟兄们抢啊！”
这是提灯游行的最后一夜，大街上本来很热闹，被变兵这么一闹，哪里还有人敢在街上待着？
第二天也就是3月1日，变兵在北京西城继续抢劫，与此同时，兵变蔓延到了通州、天津、保定等地，不仅放火抢劫，还有外国传教士被杀，很有点当年闹义和团时候的架势，这下子事情就闹大了。
袁世凯心知不好，赶紧派拱卫军和禁卫军出动维持秩序，为了怕事态失控，两军都接到命令，不许首先向变兵开枪。变兵毕竟人少，况且并不是真要造反，所以乱局很快就被弹压了下去。
但麻烦还是来了。3月2日，英、日、法、美、德五国公使开了个联席会议，决定从天津调动军队入京，观望局势。洋人效率很高，3日，英军1000人，美、法、德、日各200人开到北京，并举行了阅兵式；紧接着，日军1000人从旅顺、俄军1000人从哈尔滨、德军100人从青岛各自开往天津，气氛紧张得令人窒息。庚子之乱中被祸惨重的北方各省更是人心浮动，所有人都知道，新生的民国，正面临着一场巨大的危机。
焦点立即集中到了袁世凯身上。北方各省军政要员纷纷通电反对大总统离京南下，认为只有袁世凯才有能力挽狂澜于既倒，而且他也有这个义务和责任。相对于此，像在南京还是北京就职，简直就是一个不值一提的问题。
袁世凯很好地利用了这次机会。兵变平息后的3月2日，他就以中华民国临时政府的名义通告各方，说北京发生的事情是一起偶然事件，参与者只是第3镇第3营，原因是他们听说大总统要去南京、北方军队将被裁汰而导致军心不稳，以至于上街抢掠，事情虽然恶劣，但并非无可收拾。接着他向孙中山通报了兵变情况，说明此事没有任何政治背景。蔡元培专使证明了这一点，在他向孙中山及临时参议院的报告中，明确指出变兵只是放火抢掠并未滥杀无辜，此事与政治无关。接下来袁世凯又给南京临时参议院发去一个电报，情真意切地表示，鉴于北方局势不稳，他希望可以暂留6个月，并提出了请黎元洪先到南京就任副总统、代行总统职权的方案。
这个时候专使团帮了袁世凯的忙。内部开会的时候，汪精卫表示：“今天的问题，应当首先实现统一，成立全国统一政府，才能安定大局。其余一切问题，都不妨尽量迁就。”外患当前，蔡元培、宋教仁等也以国事为重，果断放弃了之前的成见，紧急磋商之后，电请南京临时参议院允许袁世凯在北京就职，以稳定局势。
3月6日，临时参议院开会讨论专使团的建议，除少数同盟会议员支持孙中山“新总统必须到南京就职”的意见外，多数议员认为，此时此刻，迅速成立全国统一政府，以避免外力干涉、防止内战再起才是当务之急，没必要在总统就职于何处这等小问题上纠缠不休。
因此临时参议院最终决议请袁世凯在北京就职，并提出6个条件，其中主要的3条是：新总统就职前，必须向本院宣誓效忠共和；新总统必须提出内阁名单，征求本院同意；本院通过内阁名单后，内阁到南京办妥接收手续，孙大总统始行解职。
条件相当温和，袁世凯觉得没有啥不能接受的，于是于3月8日致电参议院，发表了效忠共和的誓词，全文如下：
南京参议院鉴：麻电悉。所议六条，一切认可。凯以薄德，忝承公推，勉尽公仆义务。谨按三月初六议决第二条办法电达宣誓。下开宣誓词请代公布。其文曰：民国建设造端，百凡待治，世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，谨守约法，依国民之愿望，建国家于安全强固之域，俾五大民族同臻乐利。凡兹志愿，率履弗渝。俟召开国会，选定第一期大总统，世凯即行解职。谨掬诚悃，誓告同胞。大中华民国元年三月初八日，袁世凯。
1912年3月10日，老袁身穿大元帅礼服，在北京石大人胡同迎宾馆正式就任中华民国临时大总统。第二天3月11日，南京临时参议院公布了《临时约法》。
这个《临时约法》出笼得相当神速，从2月7日到3月8日，只一个月的时间就完成了起草、讨论、通过的全过程，且特意选在了袁世凯就任临时大总统的第二天公布。
当然了，整个过程中争议很多，最大的焦点依然集中在政体问题上。因为孙中山的极力坚持，最终临时参议院决定将之前实行的总统制改为内阁制，即总统只是象征性的国家元首，由内阁总揽国家行政权力并对议会负责，总统命令必须内阁副署方可生效。
袁世凯对此感到很郁闷——凭什么你孙中山当大总统就实行总统制，我袁世凯当大总统就实行内阁制？这不是明摆着欺负人吗？
不过袁世凯是个迷信权谋的人，虽然心里觉得委屈，但仍然对自己驾驭政局的手段信心满满，更何况《临时约法》既已获得通过，就已经成为中华民国的根本大法，不由得任何人不遵守——不管怎么说，当上临时大总统是件好事，所以袁世凯也就认了。