就在袁世凯组阁的这一天，汉口那边又打起来了。这一次，是黄兴主动出击，反攻汉口。
这时湖北方面的革命军已今非昔比。湖南独立后，立即按照约定着手增援湖北，湘军便源源不断地开了过来，加上湖北原有的革命军，已经有将近5万人，仅从人数上说，跟清军已大体相当。
于是之前几天，双方在进行了一些试探性的攻击之后，黄兴豪气大发，决定反攻汉口，收复失地。
奈何黄兴虽有“军神”之称，其实从未指挥过大规模的战争，只是领导过几次武装起义，且都以壮烈的失败告终，所以就军事素养方面来说，黄兴难免经验不足，以至于这场轰轰烈烈的反攻之战最后不得不黯然收场。
而这时因杨度、汪精卫的国事共济会所展开的和平试探工作受到革命党各方的抵制，袁世凯很不高兴，决定在军事上向武昌军政府施压，以挫伤各地革命党人的锐气。于是一面请英国公使朱尔典出面倡导双方和谈，一面命令冯国璋攻打汉阳。
11月21日，冯国璋率大军展开进攻，经6天激战，于27日攻克汉阳，接下来就要准备渡江攻打武昌，老冯认为，这是件手到擒来的事儿。另一边，黄兴认为武昌反正守不住，不如放弃，遂不顾大家的反对，带着李书城等人，悄悄跑回上海去了。这时蒋翊武突然出现，继任了战时总司令一职。
袁世凯得报大喜，一面嘉奖，一面却严令冯国璋停止进攻，只隔江炮击武昌。老冯百思不得其解，但也只好服从。
朝廷的反应要热情洋溢得多。28日，隆裕太后让载沣以摄政王的名义，授冯国璋二等男爵。老冯不禁感慨万千。原来为了分化袁世凯的势力，朝廷一直都在拉拢冯，早在1906年署理正黄旗蒙古副都统时，冯国璋便被委派兼任陆军贵胄学堂总办。这是为培养满蒙高级军事人才而设立的学堂，学员全是王公世爵、四品以上的宗室以及现任二品以上文武大员子弟。学堂附设王公讲习所，王公亲贵会定期前往听课。
凭借这么好的平台，冯校长很容易就结交了不少当朝亲贵，更和良弼结为好友，并因为忠心耿耿，渐渐赢得了朝廷的信任。随之而来的就是一路高升，当慈禧去世袁世凯遭遇罢官后，为怕被株连，冯国璋以坠马受伤、夫人去世等种种借口请求辞职，但都未被批准，而让他高官照做。此时朝廷居然授予自己男爵，这令他不禁重温起过往的恩德，想大清朝已经到了最危险的时刻，若自己不知报恩，将何以为人？于是就三番两次给袁世凯发电报，要求攻打武昌，并保证一鼓而下。袁世凯当然知道武昌不难一鼓而下，但此时此刻，连四川都已独立，端方不明不白地被变兵杀死在重庆，关内18省，除了直隶、河南、甘肃以及取消独立的山东四省之外，都已不再效忠大清朝。那么，就算一鼓作气打下了武昌，北洋军难道还真要一个省一个省地东征西讨？自己这点家底，怎么可能全耗在爱新觉罗家族身上？真要那样，自己岂不成了诸葛亮，而不是打小就崇拜的曹孟德？
还有一点则是，袁世凯深明养敌自重的道理——他需要一个武昌军政府存在，和大清朝对抗。如此，自己才好左右逢源，火中取栗。
可怜冯国璋一介武夫，一心只想精忠报国，哪里体会得到如此深的一片苦心？所以袁世凯屡次派人暗示他酌情行事，要为袁宫保而不为大清朝考虑，他屡次装糊涂不为所动，就连王士珍赶来劝说，他也置之不理。最后冯国璋急了，干脆密奏隆裕太后，请求朝廷拨给400万两银子作为军费，自己将独立剿灭武昌的“叛军”。隆裕表示400万两太多，一时筹措不出，但可先发前线官兵3个月的饷银，并亲切鼓励冯将军好好干。
谁知袁世凯的耳目远达深宫，闻听此事立即进宫制止，说武昌现在不能打。隆裕问为什么不能打，袁世凯语重心长地说，叛军实力强大，前方的军队并无胜算，“应使皇族大臣出征南方，以表率各军”。意思是应该让载涛、良弼率领禁卫军去前线打仗，以借刀杀人。
良弼是禁卫军训练大臣兼第一协协统，他倒是愿意上前线，可惜顶头上司、军谘府大臣兼禁卫军军统载涛不愿意。
载涛是个京剧迷，对戏曲中的排兵布阵颇有心得，掌管禁卫军后，便将操场变成戏台，成天指挥大军演练诸如一字长蛇阵、二龙出水阵、五虎擒羊阵、六丁六甲阵之类评书、戏曲上的战阵，并对此相当得意。但载涛胆小，听说袁世凯要让他真的去前线打仗，吓得赶紧请辞，任由老袁把军谘府大臣一职给了徐世昌，并任命良弼为军谘使，以明升暗降的手法，剥夺了其手中的兵权。
此前袁世凯已将不听话的冯国璋调回，本来是让他去当察哈尔都统，但现在老袁改主意了，计划通过冯国璋，把禁卫军从满人手里夺过来，于是冯便当上了禁卫军军统——这个任命没受到多少阻力，一是因为禁卫军的各级军官，大都是他贵胄学堂的学生或属下，更重要的是，满族亲贵们大都认为冯国璋是忠于清室的，大体上可以放心。殊不知老冯固然忠于清室，却也忠于对他有知遇之恩的袁宫保，现在被夹在中间，难啊！
与此同时，袁世凯将自己的卫队扩编为拱卫军，派段芝贵为统领，负责北京城内的护卫工作，而把原来担此重任的禁卫军调到北京城外驻扎。至于冯国璋留在前线的第一军，则以此前任命的署理湖广总督、第二军军统段祺瑞兼领，原地待命。
段祺瑞对袁世凯的意图心领神会，赶到汉口之后，首先停止炮轰武昌，随即便派代表与湖北军政府展开秘密接触，表示只要大家推举袁世凯当总统，“则共和可望”。另外，他还派出第二军总参议靳云鹏返回北方，与各地北洋军将领沟通，使大家都能明白袁世凯的意思；再派直隶陆军学堂总办廖宇春秘密前往上海，以北方军队代表的身份，与黄兴所派的代表、江浙联军参谋长顾忠琛秘密谈判，至20日双方达成五项协议：确定共和政体；优待清皇室；谁先推翻满清王朝大家就推举谁当大总统；南北满汉出力将士各享其应得之优待；同时组织临时议会恢复各地之秩序。
因为朝廷在北京，而北京完全在袁世凯的势力笼罩之下，所以这其中的第三条，谁先推翻清朝谁当大总统，其实就等于是把大总统这个位置许给了袁世凯。
其实还在12月9日的时候，黄兴就曾发过一封电报，该电报由汪精卫转给杨度，郑重表明：“中华民国大总统一位，断举项城无疑。”杨度收到后转呈袁世凯，袁说：“此事我不能为，应让黄兴为之。”袁世凯的态度有两个意思，一是显示他谦虚；二是表示他并不反对共和。
这个时候，杨度与汪精卫的国事共济会因无所作为，自己都觉得没劲，遂将之解散。但南北双方的正式和谈，却早已开始。
事实上早在11月9日，湖北军政府即已电邀独立各省派代表来武昌，商讨建立临时中央政府的事宜，虽然上海及江苏、浙江两省不太买账，认为应该由他们来主导这个事，但考虑到湖北毕竟有首义之功，还是妥协了。
于是11月30日，各省代表在汉口英租界顺昌洋行召开独立各省第一次联合代表大会，袁世凯当天即通过英国驻汉口总领事向大会提出和谈要求。
一直以来，袁世凯都属于大清朝最坚定的改革派，且是宪政支持者和积极推动者，这一重身份，令相当多革命党人对他抱有好感；而独立各省领袖，更有不少本是清朝官吏，或立宪派人士，他们对老袁更是大有期待；再加上此时袁世凯掌握着大清朝全部军队，尤其是其北洋班底实力强劲，真打起来南方也没有胜算，于是大家就接受了这个提议，并于12月2日，通过了一个秘密决议：“如袁世凯反正，当公举为临时大总统。”
就在这一天，南京也光复了。
和其它地方一样，南京驻军成分复杂，倾向于革命的，有徐绍祯统领的新军第九镇，但只有第17协在城内，共7000余人，剩下18协的两标则分驻镇江和江阴；效忠于清朝的，则有张勋的江防营二十营，江宁将军铁良新练的步兵一标、炮兵一营，赵金鹏的巡防五营，王有宏的缉私队十营及督署卫队等，共约2万人。其中的主力，是江防营第二十营，其统帅、江防大臣张勋被朝廷任命会办江苏军务，并授以保卫南京之全权，和两江总督张人骏、江宁将军铁良一起，是南京地区拥戴清朝的三巨头。
武昌起义之后，鉴于新军不靠谱，安全起见，张人骏和铁良下令把第九镇第17协调到了城外的秣陵镇，每个士兵只发给3发子弹，而委张勋的江防营以守城重任。
11月8日，第17协果然起义，攻打南京，被张勋打败，退往镇江。徐绍桢独自赶往已经光复的上海，与沪军都督陈其美及江浙起义军将领商议，决定组建联军会攻南京，司令部设在镇江，以徐绍桢为总司令。
联军共有苏军近3000人，浙军3000余人，淞军600人，沪军1000人，镇江军近5000人，加上盐枭出身的青帮大哥徐宝山统带的扬州军，共有14000多人，另外还有反正过来的清朝海军舰艇14艘，声势浩大。
南京之战打得异常惨烈，革命军士气旺盛，而清军主要靠张勋的江防营在打。应该说，张勋确实是员勇将，直接把徐宝山的扬州军打得退出了战场——后来赫赫有名的上海滩三大亨杜月笙、黄金荣、张啸林，在上海几乎是一手遮天，但对一个叫张仁奎的青帮大佬却尊敬得很，其中黄金荣甚至是他的挂名弟子。而这个张仁奎，此时不过是徐宝山手下的一员大将而已。
张勋的勇猛，为他赢得了“亡命之徒”的称号，这可是革命党这边给起的。但即使如此，架不住友军太不给力，渐渐地张勋也支持不住了，赶紧向北京求救。袁世凯一面命他死守待援，一面准备调山东第五镇南下相救，只是山东局势同样不稳，无法分兵，这样南京就守不住了。扛到12月1日晚上，张人骏、铁良等高官纷纷弃城而逃，乘坐日本兵船跑去了上海。
张勋是坐火车跑的，车抵临淮关时，为了怕前方会有恶战，便让人保护其宠妾小毛子下车，坐船走水路去徐州会合。
小毛子本名卞小毛，生得国色天香，能歌善舞，是扬州顶级美女。她本是秦淮河一朵名花，在当时的秦淮佳丽中排名第一，大家都称赞她是董小宛、柳如是再生。由于艳名太盛，张勋刚到南京时便义无反顾地坠入了她的情网不能自拔，不惜花重金为其赎身，娶之为妾。
但这次逃跑张勋给弄巧成拙了——他自己虽然一路遭遇伏击，但总算是跑到了徐州，反而是小毛子一行在怀远城外的涡河码头被革命军俘获，交到了徐绍桢的司令部，徐司令把她安置在了南京门帘桥前清候补道陈善家里，让好好照看。
闻听名满天下的小毛子落网，在上海的沪军都督陈其美大喜。陈其美字英士，是前面说到的陈其采的二哥，也是革命党的重要人物，蒋介石此时就是他手下的敢死队长。
但陈都督也是青帮大哥，很有一些不良嗜好，从他的一些绰号如“风流都督”“杨梅都督”中不难管中窥豹。不过也有一说，认为他爱逛妓院是因为那里隐蔽清静，有利于革命工作的安全展开——这也可见，陈大哥的思维方式有异于常人之处。
确实异于常人，也就是徐绍桢刚安置好小毛子不久，陈都督的电报就来了，说革命军经费紧张，不如将小毛子押解到上海，陈列于张园供游人参观，以门票4角计，大概能筹得军费10万元。徐绍桢觉得此议太过荒唐，但也不好太驳陈其美的面子，只好回了这样一个电报：英士兄又在开玩笑了，哈哈哈！
徐绍桢人不错，没多久就派津浦铁路局局长陶逊，专程将小毛子护送到了徐州还给张勋。张勋正饱受相思之苦，自然大喜过望，亲自到车站迎接，并感恩图报，立马将扣留的14辆机车、80辆客车，交还给了革命党控制下的铁路局。