天朝政权倒台，国内其他地方的起义烈火仍在燃烧，山东、河南、湖北的捻军还保持着一定的实力。相较而言，山东捻军的势力为强。参赞大臣僧格林沁统领的清军，屡为捻军所败，戡乱的重点又移到山东战场上来了。
同治四年（1865）正月，长淮大地不停的刮风下雨，满目萧然。冯志沂想闭门谢客，静静地休息几天，但是躲不开堆案的官书，索性昼夜不停的披览。看到案上朋友送的绍兴老酒，这才想起多时没饮酒了，实在忙得顾不上享此口福。他写下一首七律《书感》，道尽了忍辱负重，不得消闲的书剑生涯：
四海遗黎久厌兵，
群才犹自慕长缨。
杜陵自欲依严武，
黄祖何尝藉祢衡。
衮衮旌麾皆燕颔，
劳劳书剑漫鸡鸣。
毛锥弃却原闲事，
与王前孰重轻？
三月，都中旧友刘子重从长沙办运图书归京，取道庐州看望冯志沂。他迎入官署，热情地置酒馔招待。只因身体健康欠佳，角饮已不胜酒力，赠诗表达了自己的歉意：
偶逢北客似乡人，况是苔岑臭味亲。
角饮先逃惭病劣，赠行无物奈官贫。
世情剩觉青山好，岐路相看白发新。
此去交游如问讯，缁衣非复帝京尘。
——《送子重入都》
送别友人时，身无长物，只把重刻的《微尚斋诗集》、《两吴甥别传》、《张太恭人墓表行略》共十册，托请带回京师，分赠诸友。
这个时期，山东境内的捻军有“蔓延”的趋势，曾国藩自攻下金陵后，在皖南祁门大营休息疗养一段时间，即去了金陵的总督府。其间，给朝廷上奏了几例保荐官员的提案和皖南的肃清之案，都被吏部驳回，而且措辞严厉，他敏锐地感到朝廷对自己开始冷淡和疏远了，心境相当不快。
五月五日，上谕飞快传至，促令曾国藩督师赴山东与僧格林沁所部南北合击捻军。正准备提军北上时，檄报僧帅战殁于阵，当下使他倒吸了一口冷气。
五月上旬，豫皖边界重新集结起来的捻军，瞅准皖北防守兵力单薄的弱点，迅速窜入，安徽布政使英翰驻扎于雉河集的兵营被包围，清将易开俊在蒙城两面受敌，粮道阻断。雉河集即今涡阳县所在地，地当雉河入涡河之口。
又据前哨探报，捻军另有一股渡过涡河，兵逼寿州。黑云压城，军情紧急，巡抚乔松年督师移驻寿州南关外，命令冯志沂和知州施照负责守城。
施照有应急能力，传令乡勇抓紧时间往城内调运粮食，堆积矢石，打造器械。备战就绪后，施照请求冯道台上城指挥，冯志沂坦然说：军事我不甚懂，以前看过兵书，终觉纸上得来，实用价值不大，咱们守城，不必以我为上官就唯命是从，布防处置之事依你为主，我登城只看看八公山色就可以了。说罢，上了城，叫卫兵搬来烧酒一坛，磨墨一盂，置纸笔、书籍于临时搭设的案板上，正襟危坐在城楼内。左右担心地问：大人，登城守御，刀枪格斗，准备文具管啥用？他说：我不熟悉军旅事，整天待在城楼上干什么？不如读书写字为好。属下又问：贼兵来了怎么办？他斩钉截铁的回答：贼兵扑至，即便不读书，不写字，不饮酒又能怎样，既为守土吏，誓与城共存亡！我绝不做晏端书式的官，其人守扬州，贼至城下，吓得像离弦箭似的逃跑了。接着他给左右讲述了晏端书临阵脱逃的故事。
晏端书回籍办团练，据守扬州，看到贼兵淹至，杀声震天，惊慌的和卫兵说：我尿憋得不行了，哪有厕所？卫兵指了指城旮旯。晏说：我不习惯在那里解溲，且说且急步下了城楼，竟不知躲到什么地方。
寿州城位于淮河与肥水交汇处，既而，电闪雷鸣，滂沱大雨数昼夜不停，致使河水暴涨。寿州城很快成了水中孤岛，城墙依地形高低土筑而成，略高处不足三板，洪水滔滔涌来，渡舟可达堞墙。
冯志沂与施照日夜为坚守计，往往巡察完毕，两人都成了落汤鸡，回到城楼内，他脱掉湿淋淋的外衣，便取酒酣饮，或挥笔疾书数纸，和施照调侃曰：这叫书剑两无闲。
洪水泛滥，也给捻军造成极大的困难，既无舟船可用，更缺粮糗供食，不能持久，只得撤退。
冯志沂在城楼上，望见捻军撤走，掩饰不住内心的激动，大笑道：真乃一水贤于十万师，天助我也！连日饱看八公山色，殊不恶也。
八公山在寿州城北，俯瞰平原，地势险要，东晋太元年间，著名的“淝水之战”就发生在这里。太元八年（383），前秦苻坚曾于寿州城头，远望八公山草木，疑为晋兵。后来“草木皆兵”成语，就是出自这则古代的故事。
大敌当前，他始终表现的神闲气定，临危不惧。赋诗、写字，示众以静，旨在达到稳定军心，避免不战而溃的历史教训。
事定后，将士们才彻底领悟了他矫情镇物的意图。
经受了兵灾水灾双重考验，朋友曹莼江赠诗慰问，他奉和戏答：
尘寰扰扰谁非客，身世茫茫欲问天。
寂寞曹司虚早岁，崎岖戎马过中年。
豪情便欲乘风云，醉态聊思喝月还。
高宴军中宜壮语，怪君闺思满吟笺。
五月下旬，朝廷降旨“申谕各省，甄拔牧令”，安徽的道、府、州、县各级地方官员由省奏报，进行了人事调整。同时，行政区划也作了变动，增设了安庐滁和道，改庐颖道为凤颖六泗道，友人杨岘被任为该道的道台，冯志沂有军功，以兵备道衔记名续用。
各路清军将捻军逐出皖北，水陆并进，浩浩荡荡开赴山东战场。曾国藩随后乘水师大船渡过洪泽湖，月底至安徽临淮。
六月初二日清早，驻扎在临淮的清军大营外，谒见曾揆帅的文武官员接踵纷至。早饭后，曾国藩批阅了几份文书，依次与急欲求见的人谈完话，接着传唤在帅帐外等候的冯志沂。大帐内，两人愉快的边聊天边下围棋，下了两局，参将罗茂堂有急事禀报，暂时停弈。
曾国藩居京时性格开朗，也爱逗乐，自从当了封疆大吏，气宇凝重，威严的吓人，而见了冯鲁川后，谈笑风生，像似另换了副面孔。
初三日，两人共进早餐毕，又下围棋二局。
初六日，还是早饭后，曾国藩快速批点了公函，旋即与冯志沂下棋。撤棋后，分析棋路，研讨军事，甚相欢洽。
整个六月上旬，连续下雨，“临淮一无事事，”冯志沂频频被招入大营，陪曾国藩下棋，因嫌嘈杂，改在小船上。船舱窄逼，且“郁热难堪”，每下完两局就不想再下了，而曾国藩却兴致正浓，非要冯和他下够六十局才放行。
十天头上，冯志沂支持不住了，“殆将告毙”，“只可托人婉陈下情，始得辞归。”途中“淮水大涨，一望无涯，两遇风暴，所坐排筏几成瓦裂，舟人恐怖呼号。”（《与朗西札》）。幸而有惊无险，安全地回了寿州。
清军帅帐一直等到天气放晴了，才移驻于江苏徐州。
出发前一天，巡抚乔松年、冯志沂等要员提前到达临淮，次日，送曾国藩至宿州。路上曾国藩和送行的官员话语不多，看样子精神不振，只叹声道：人老了，这个官越大越不好当！
曾国藩离皖，冯志沂的心情久久不得平静，他给随大军赴徐州的朋友寄诗表达了自己的苦衷：
长淮众流合，浩渺欲无涯。
鸿泽饥堪闵，羊牢补或迟。
菊荒元亮径，枳老敬通篱。
常恐鸣，平生负夙期。
——《北坪见和前韵叠韵答之》
诗中反映，与曾揆帅相处的那段时间，适值霪雨连绵，淮水泛滥，最担心洪流吞噬大片农田，造成百姓流离失所的可怕问题。当时舟中“郁热难堪，”实际上心焦不安，根本没心思下棋了。曾揆帅器重自己，反而托故辞归，有负旧谊之憾。
过了些时日，他独自于月夜泛舟淮水之上，静静地追忆两人相处的情形，似乎感到彼此不会再有遇合的机会了，《舟夜》诗曰：
对酒身千里，凭窗水一涯。
夜凉人坐久，云净月行迟。
野潦侵荒戌，疏灯出短篱。
去留浑是客，莫漫数归期。
清军开赴山东前线，皖北暂无紧急军情，文案旧友裕庚请了假回泰州探亲，走之前，将裁撤兵员的善后工作交于冯志沂代劳。原本自己也想静养几天，看来不仅静养不成，反而工作量加重，精力渐不能支，给裕庚写信说：“朗西老弟不容我有消闲的机会，你之职事，而移于我，苦极、苦极！”又说：“每日起居，惟强食自卫……”