金陵（今江苏南京）号称铁瓮之城，长江水势浩渺，资其保障，钟山巍巍，壮其雄固；城垣滨水而建，易守难攻。远望城头旗旌猎猎，城下工事星罗棋布。不过此时的太平军已成强弩之末，与长江对岸咄咄逼人的清军相比，不可同日而语，天朝政权的垮台只是时间的问题了。
朝廷被旷日持久的战争拖得焦灼如焚，多次传谕曾国藩上报攻城的准备情况，其也正绞尽脑汁，日夜筹划，频频招集谋士们会商大计。经过充分酝酿，最后确定四条破城之策，以六百里加急驰奏朝廷，这四条是：
一、攻捣金陵，必先清后路，站稳脚跟，而后推进。
二、李续宜筹派兵勇，增援颍州，防范捻匪袭扰。
三、左宗棠援剿浙江，必须从衢、严（地名）之间下手。
四、从上海筹借洋兵，以助防守之法。
同治三年（1864）正月，太平军忠王李秀成率部进攻湘军大营不利，反被曾国荃（曾国藩的弟弟）击退，并乘势夺取了天保城，进扑金陵东北部的太平门和神策门，同时太平军在九洲的水上防御体系，也被湘军水师突破，形成合围之势，天京的粮源阻断，形势岌岌可危。
二月，庐凤道行署移驻庐州城，冯志沂接连收到几件信札，其中有莫友芝先生的来札，内附诗作《送冯鲁川》，小序数句：
冯鲁川比部以辛酉春奉命守庐州，余以其冬遥署其山长。鲁川寻从军趋河、陕间，至甲子春，乃得来皖之郡，不能偕往，诗以送之：
自君出守吾山长，遥领庐阳各几年。
鞍马贤劳忆河洛，琴书寥落对江天。
相逢快续春明饮，此去真成夏雨悬。
了却公家常一笑，为除茅屋八公前。
莫友芝，字子，自号亭，又号紫泉，贵州独山人，晚清著名的学者、诗人、书法家，时人誉之为“西南大师”，在京是冯志沂的诗友。咸丰十一年，莫友芝受人推荐做县令，无意仕进，改任庐州书院山长（略同学校校长）专事授徒讲学。当时皖省尚在战乱之中，生员流散，莫友芝得到曾国藩的关照，招邀至湘军大营，暂为幕宾。
乱离年月，得到友人的书信音问，甚觉欣慰，又折开一札看了，连声哀叹，原是老友孔绣山和鹏南相继病逝的讣闻。他两夜不得入睡，追思昔日与友人樽酒咏唱的情形，顾影孑然一身，倍觉孤寂。友人们的相继辞世，使他长时间闷闷不乐。
三月十五日，突然传来指令，通知冯志沂速去祁门湘军大营。祁门在皖南，地接江西，大约有十天左右的路程，他急匆匆于二十四日提前赶到，留宿军营。二十五日，曾国藩用过早餐，接见过三次来宾，第四次才与冯志沂见了面。
眼前的曾揆帅，气宇凝重，面如满月，鬓髯甚伟，已非在京时的文质表象了。曾国藩看到离别多年的冯鲁川，满头华发，面容憔悴，苍老了许多，不胜感慨之至，立刻扶起叩拜的老部下，示意落座后，品茗叙谈开来。曾国藩对他在淮肥军幕突出的办事能力大加褒扬，聊起跟从胜保入陕平叛，无功而返的那段往事时，曾国藩看他面带愧色，安慰了几句说：你也别把那事窝在心里，与你没关系；我看胜保其人，有克复保卫之功，无失地丧师之过，虽有私罪而无死罪。冯志沂颔首服其公允。
中午，设盛宴美酒招待。午后，两人下起了围棋，曾国藩因有公文待批复，只下了一局，冯志沂也乘便休息去了。
湘军大营的幕宾，有许多人是冯志沂的京城旧友，数年不见，都想留他多住几天。
回到庐州，很快传开他被曾揆帅单独接见的消息。连日来，有求保案的（保举提拔），求调剂的（调职），也有拍马屁的。他很反感“请托”之事，与登门者说：“（你们）不知我是甚么东西，有此力量？若有，还做知府作甚？”
但是，有些人则例外，比如初来庐州时访求到的合肥名士徐子苓和王尚辰，一直想关照这两个人进入衙门吃官饭。
徐子苓，字叔伟，号毅甫，道光年间的举人，工诗、古文兼通医卜。客湘军大营三年，因“两淮以无事，山中屋可葺，田可耕”又回到家中，优游于林谷间，专事乡邦文献的收集和整理，有空儿就造请冯志沂，乃至成了文章契友。
徐子苓请求地方政府按成例，安排个校勘文献的公职。冯志沂佩服这个人不应试，不求官，虽有“遂田园图史之志”，不如从事文教工作，充分发挥才能，于是推荐徐子苓担任了寿州书院的山长。
王尚辰，字谦斋，合肥人，秀才出身，“好学能诗，尤留意当世事，故屡试不得志于有司”。应聘于军幕，颇有谋略，喜欢在众人面前大谈军事，众皆讨嫌他说疯话，“掩耳走避”。冯志沂则偏爱其有文才，主动与之接近，相呵护。
后来王谦斋厌恶世风颓靡，遁迹于庐州西山，结茅屋著书自娱，冯志沂想给他个师爷的事干，几次召之不起。而对不干实事，凭卖弄诗文，刻意猎取功名者，他却不留情面地予以嘲弄。幕府有个姓孙的人，自称擅诗，听说冯鲁川先生文名久，挟着作的诗来就正。当时，他正接待宾客，客走，和属吏们说：请诸位欣赏奇文吧。展开诗卷，示意孙某诵读，读到“札饬军功加六品，供印申详记宿州”之句，引得满座哄然大笑。往下再读，卑俗之句益多。原来此人以乡团功，得选县丞，发派到安徽，托人介绍，留在乔松年幕中供“奔走（跑差）”自谓擅诗，实则想和冯道台拉关系，套近乎，谋个官衔。冯志沂觉察出了这人的用意，说：你叫我题几句评语，该怎落笔？稍思片刻，说：有了。立即在诗卷的末尾题道：“读大著五体投地（‘五’别作‘武’），佩服之至（‘佩’别作‘配’），反复吟诵（‘诵’别作‘送’），不觉毛骨之中，悚出一然。”他故意写白字逗乐，众人无不捧腹。（《清代野记》）
夏季来临，可谓曾国藩期盼已久的天赐良机，数日间，与左右文武共商攻城的具体战术战法，并檄传围城的各路将领，抓紧时间招募兵员，筹集粮饷，购置枪炮，做好充分准备。
一场声势浩大的生死较量，敌对双方在吴头楚尾展开了。陆地水上，到处闪现着刀光剑影，不分昼夜，阵阵鼓角相闻。
四——五月，天京之外的太平军受到诸路清军的围追堵截，伤亡、哗变人数与日俱增，军饷转运不济，控制的地盘越来越小。金陵城周围的工事，逐个被炮火摧毁。
四月十七日，绝望中的天王洪秀全忧病交加，死于王府。天王之死，对太平军影响巨大。忠王李秀成拥戴幼主登基，以安定人心。
七月上旬，在前敌指挥曾国荃的督战下，湘军百营之众掀起一波接一波的攻城激战。双方都杀红了眼，短兵相接，湘军使用洋枪发挥出巨大的杀伤力，顽抗的太平军将士被成批击毙在阵地上。湘军也死伤惨重，到处横陈着少腿没胳膊的尸体，污血横流，腐臭熏天。协助攻城的洋人架起开花炮对准金陵古城猛烈轰击，城下的湘军不停地挖掘通向城墙的地道。
七月十九日，湘军将挖掘至城脚下的地道内安放上炸药一齐引爆，随着惊天动地的数声巨响，城墙被炸开几道壑口，最大处崩塌二十余丈，湘军疯狂的从壑口杀进城内……
占据金陵十二年之久的天朝政权至此垮台。
捷报飞快传到紫禁城，朝廷马上作出回应，宣谕：“此皆仰赖昊苍眷佑，列圣垂庥，两宫太后孜孜求治，识拔人才，举贤用能，内外一心，将士用命，成此大功。”
又谕：“此次洪逆倡乱粤西，于今十有五载，窃据金陵十有二载，蹂躏数十省，沦陷百城，卒能次第荡平，殄除元恶，该领兵大臣等栉风沐雨，艰苦备常，允宜特沛殊恩，用酬劳”云云。
攻城获捷，曾国藩劳苦功高，朝廷赏加太子保衔，锡封一等侯爵，世袭罔替，赏戴双眼花翎，可谓殊荣盖世。曾国荃、李臣典、李鸿章、左宗棠、萧孚泗等文臣武将，个个论功，进秩有差。江南各省督抚大员同样也有一份丰厚的奖赏。
就在红旗报捷，文武加封，弹冠相庆的表象外，各军营将士，连日海吃海喝，分享着胜利的大餐，倒腾着抢掠到手的金银财宝。秦淮河两岸的夜市酒楼，鼓乐声声，彩帜飘摇，又恢复了昔日的喧闹。以前天国政府禁止卖淫嫖娼的妓院，也纷纷开张，烟馆、赌场里人头攒动。
七月底，曾国藩接到安徽巡抚乔松年的禀报，内称，秋季全省贼匪可望肃清。其他地方如：苏、浙、鄂、赣、闽、粤各省的清军继续追剿散兵游勇。两江总督府移驻金陵，开始整饬各级政府，审判太平军头目等事。
友人杨岘，得知冯志沂尚在淮肥军营效力，寄信通报了金陵克复的喜讯，并向他打听府道官员的人事动向。
杨岘，字见山，浙江湖州人，举人出身，精研篆隶，于汉碑无所不窥，名重江东。
冯志沂看了信，微微一笑，以诗答曰：
惨绿少年今老翁，汉庭车骑略相同。
头衔自署羊公鹤，手版还迎御史骢。
出岫旱云难作雨，沾泥飞絮懒随风。
故人期许端成愧，愧此嗷嗷集泽鸿。
——《次杨见山孝廉见赠韵》
冯志沂是在寿州接到杨岘信函的，从寿州返回庐州的路上，兴奋的咏唱道：
十年堠火方息，千里征人未停。
鸡犬桑麻何处，淮南淮北山青。
——《寿州道中》
回署，见案头放着裕朗西写来的手札，其内也是报告金陵克复的胜利消息，他立即复函：
“朗西老弟阁下：二十一日两奉手书，与金陵克复之书齐至，喜而不寐，就枕大鼾，今日黎明即起，起即作书，可谓人逢喜事精神爽矣。”
随着天朝政权的垮台，皖省的烽烟迅速消弭。湘军、淮肥军开始裁汰兵员，冯志沂筹饷、筹粮的压力，一下子减轻。然而，他在信里又对朗西诉苦说：“此时痱生遍体，与癞虾蟆相似，肢体所触，如万针攒刺，苦极，苦极。”
庐州城外的包公祠，曾遭到兵火摧残，在他的倡议下，很快被群众修复。八月初，冯志沂约邀当地的文化名流来谒新塑的包公神像，观瞻后，大家作诗撰文称颂郡太守的德政，唯独王谦斋反映说：民间对苛捐杂税，腐败贪赎的现实积怨甚深，亟盼冯公大力整治，挽回风气。
作为后任之官，他严肃认真地听取了王谦斋反映的民情，深表关注，恭恭敬敬朝包公神像拜了三拜，提笔撰联一付：
上联：我后千年，睹祠宇高寒，敢忘山仰；
下联：公应一笑，看淮流底定，便是河清。
题毕，献与包公祠，表示本人决心效法包公，做个无愧于子民的清官。
八月十五日前后，衙署暂无要事，他把出都后所作的诗进行了整理，定为续集，请人刻印装订。因出都前，董文焕为他刻印的《微尚斋诗初集》，仅仅带了十册，沿途被新旧朋好分乞殆尽，到了安徽，“朋好索观者尤众，”只得再把董刻者“亦重刻之。”以减轻为人抄录之劳。
年终，友人张承涛携十四岁的儿子张祖翼，从江苏泰州来看望冯志沂，张承涛在胜保军营那段时间，和冯志沂相处的很好，熟知他学识渊博，诗赋、书法、文章非常了得。走时，把儿子张祖翼留下，拜冯为师，学制举业。
张祖翼，字逖先，号磊、濠庐，祖籍桐城，康熙朝文华殿大学士张英的第八代裔孙。
张生每天除了完成冯师布置的功课外，最爱写毛笔字。冯师膝下无子，对张生特别关爱，不厌其烦地手把手教授运笔与临摹的方法要领，启发他的书写灵感。学习期间，冯师亲自以小楷字临写了《黄庭经》赠予，字迹笔笔不苟，非常精妙，张生奉若至宝，学了两年多，张祖翼大有长进。光绪初年，张祖翼应礼部试不中，经荐引进入外务部。十二年，随清政府外交使团出使欧洲诸国，任满回国，叙功加五品衔，赏戴花翎。二十七年，实授镇江荷花池厘局职务，没干几年便辞了职。从此，以金石、书画为业，往来于上海、北京、无锡、苏州等地，与杨岘、吴昌硕相交甚密，乃至成为清末民初时期海派四大书画巨臂之一。
目前，古董市场上多见有张祖翼的隶书条幅，其隶书得益于冯志沂的指教，晚年的艺术造诣仅次于清中期的安徽大书家邓石如。当代书家林散之先生十分推崇张祖翼，认为张的隶书字深得汉隶韵致。