从山西回到京城，冯志沂先去刑部参见上司，汇报佐晋戎幕的有关情况，而后回家。回了家，冯母非常高兴，紧紧握住儿子的手，目不转睛地端详着儿子略显消瘦的面庞，生怕再离开。母子相见，自然有说不完的话，几天里就谈公家事，谈打仗事，冯母很开明，和儿子说：你在太原的表现，娘很满意，咱们冯家祖辈没有谄媚取宠，巴结逢迎的先例，不看重升官发财，只求为国宣力，能堂堂正正为官，清清白白做人就好。
冯母患哮喘病多年，时好时坏。冯志沂归京后仍在刑署跟值，还和过去那么忙碌，与出都前不同的是，谢绝所有人事应酬，回了家就守候在母亲身边，“忻忻有孺子色”。
冬初，冯母患了重感冒，从此卧床不起，病情日益恶化，求医服药都不见效。焦灼万分的冯志沂跑遍了宣南大小寺庙，祈求神保佑，终无灵应。有一天，冯母气息奄奄地和儿子说：娘怎么总感觉心慌……冯志沂立刻意识到母亲来日无多了，泪水忍不住流了下来。
十二月十三日早晨，老太太梳洗过后，便有想睡的意思，喃喃自语：胸脯憋得利害。当儿子从厨房把煎好的汤药端到面前时，看到老太太已经闭上了双眼，任凭呼唤，也不应声，遂卒，享年六十有三。
正值临年逼节的时候，冯志沂千里迢迢把母亲的灵柩运回代州，与父亲合葬。母亲溘然长逝，使他悲伤痛悼“几至灭性”，长时间陷入无尽的哀思，直到出守庐州前，还与友人哭诉说：“吾幼不逮事吾父，独与吾母相依者四十年，天下之最爱我者，莫吾母若也。”（《劫余小录序》）
就在冯母即将去世之前，吏部对京城的文武官员进行了所谓的“京察”，根据“才、守、政、年”四个字的考核标准，他都很优秀，名列京察一等，议叙以知府备用。宣布京察结果时，他已回了家乡，为亡母守制。
清代的守制，就是遵守居丧制度的简称，也叫“丁忧”、“居忧”。须谢绝人事，做官的开缺职务，待在家里守孝三年，实际为二十七个月。为亡母守制的这些日子里，冯志沂“闭门切扫”，欲以诗书为事来寄托哀思。可是，亲戚朋友们免不了有探望的，求教儒业的，索书题字的，还有上门聊天的。几年之后，他还追忆这段远离市嚣，清静居忧的日子：
忆昨解官卧乡里，二、三邻叟频招邀。
山城六月不知暑，文窗四启风刁骚。
北山之游更奇绝，松声怒涌钱塘潮。
软红一坠又三载，回首故山心郁陶。
——《戏答雁峰》
北山，指的什么地方？原来家乡北面的牛头山上有座古刹——白人岩，据方志记载：此地为东晋时期的高僧慧远的演教道场，周围峰峦竞秀，古松密布，杂卉倚崖，鸟兽活跃。寺宇错落有致，隐于沟谷。山上有试心石、棋枰石、说法台、七星泉、古南庵、玉龙宫、桃花洞多处景点。最为引人入胜的，要数月出东山时分，寺内传出悠扬的钟声，听了使人有超脱尘世的幻觉。州人谓之“岩寺晚钟”，是代州的八景之一。
咸丰六年（1856）四月初，白人岩庙会之日，街邻陪他上了山，故地重游，望中的山石奇景，云雾缥缈，引发了他对这处净土祖庭的一往深情，寺内住了两天，写下八首诗纪其胜：
一
胜地闻名旧，今来廿载余。
言寻青嶂路，同叩白云居。
不负平生约，如逢未见书。
相看成一笑，吾道在樵渔。
二
僧蜡八旬上，安禅甲子周。
须眉疑太古，糜鹿与同游。
老树昔亲种，清阴今已稠。
不知白云外，人事几春秋。
三
洞口云生处，萦纡似篆烟。
须臾成白地，咫尺失青天。
草露滴为雨，松风吹作泉。
试登高阁望，晴日满前川。
四
一榻风雨上，四山云气中。
峰峦俄隐见，台榭入空。
涧树笼逾碧，崖花洗更红。
归途不可见，吾欲驭长风。
五
残滴檐间歇，微风木末来。
湿云团作絮，峭壁净无埃。
已见峰头日，犹闻涧底雷。
客怀与阴。向晚一时开。
六
雨霁天如拭，云奔月倒行。
镫前千嶂暗，林际一川明。
古佛寂无语，幽禽时复鸣。
山居狎云物，渐欲识阴晴。
七
翠壁划天色，白云栖寺门。
干霄花作态，穿石树盘根。
苔滑难容步，萝高不可扪。
延缘懒归去，万壑已黄昏。
八
岩栖才信宿，忽忽易归期。
此后应相忆，重游未可知。
欲寻锄药伴，更蓄买山资。
独恨无飞瀑，何由洗恶诗。
冯志沂丁忧里居期间，正是太平军发展壮大的阶段。太平军转战于浙、赣、湘、鄂、苏、皖广大区域，攻州掠县，与清军展开殊死的决斗，扫江西，陷武昌，困长沙，所过州县，望风披靡。
他密切关注着形势的变化，经常给京城友人发信，打听有关讯息，结果来信的内容多是令人败兴的。写诗《秋夜》，道出了内心的愁苦：
寂寞初秋夜，冥顽后死身。
还家余涕泪，去国尚风尘。
梦里斑衣在，愁边白发新。
中宵频坐起，顾影欲沾巾。
十月八日，举国震惊的第二次鸦片战争爆发。这次战争又称英法联军之役。英军借口广东水师在广州黄埔捕捉“亚罗”号船上的海盗，派兵进攻广州，接着法军借口法籍天主教神甫在广西西林被杀，亦出兵入侵。其他西方诸国都看中了中国这块肥肉，狼狈为奸，不断制造麻烦，以图扩大他们在华的特权和利益。
英法两国发动的第二次鸦片战争，比第一次的时间更长，使中国的经济损失更大，领土主权遭到严重破坏，半殖民地半封建化的程度愈益加深。
清政府全力以赴镇压农民起义的关头，西方列强的俟机打劫，犹如雪上加霜，为了应对内忧外患，必然要加大赋税征调，用于巨大的军费开支和给侵略者的赔款。
战争最耗费钱财，朝廷为了填补巨额的财政亏空，大开捐例、铸造大钱、印制宝钞、发行纸票，造成货币的混乱，引起恶性通货膨胀，无疑受害的是庶民百姓早在咸丰元年，冯志沂的文友户部侍郎王茂荫，上疏《条议钞发折》，提出发行纸币，可兑换银钞，以解决财政危机，结果被驳议。咸丰四年，又针对铸“当百”“当五百”“当千”的大制钱，此种饮鸩止渴的后患，连上三折反对，指出：“官能定钱之值，而不能限物之值”认为铸大钱必然会使物价上涨；五年，再次上疏提出准许兑换纸币，并留出准备金，从而进一步惹怒了皇帝，遭到“严行申饬”。
王茂荫，字子怀，安徽茶商世家子，壬辰科进士，历任翰林、监察御史、户部侍郎兼管钱法堂事务，以及兵、吏、工侍郎等职。在国家财政吃紧的关头，王茂荫多次上疏请求改官票宝钞为可以兑现的钞票的远见卓识，被后世评为货币理论家和财政学家。马克思在《资本论》中对其货币思想给予了赞赏。王茂荫是在《资本论》中唯一提到的中国人。
冯志沂的诗句“盐铁尊桑孔”，把王茂荫比做汉代的理财高手桑弘羊和孔仅。对朝内那些不懂经济之策的昏庸之臣特别鄙薄。
这年中秋节后，他去了一趟崞县的亲戚家，途经大营（村名），看到因天年不和，庄稼歉收的情状时忧心忡忡；回了代州，听说省府在“输将动百万”之巨的赋税基数上，朝廷又紧急下达了每月加征十万的命令，从而激起他对朝内那些始作俑者的痛恨，愤然指出难道不怕造成“流亡相续，十室九空”的后果吗？
被钱、粮日夜困扰的恒春，奔忙于平定、榆次、徐沟、介休、平遥等州县催调捐输，还是满足不了朝廷的胃口。在良知的这杆秤上，终于向“哀哀万家命”倾斜，甘冒被褫夺的风险，“为民腾奏牍”，抵制了朝廷的命令。消息从太原传回代州，冯志沂激动地用“觥觥中丞公，洵哉麟凤人”的美词，盛赞巡抚恒春是个“不愧牛羊牧”的好官，并呼吁晋省有慈善心肠的官员们，也应节省爵禄，救助各地衣食无着的难民。