山西自古为畿辅屏障，战略地位举足轻重。五月，太平军北伐部队解开封围，由巩县渡过黄河进攻怀庆（今河南沁阳），大有虎视山西之势。而晋省当局尚未引起警觉，还在消极观望，被言官参奏，巡抚哈芬受到皇帝的严厉斥责。
八月下旬的一天，突然传下冯志沂出佐山西军幕的荐牍。当时他甚觉蹊跷，咨询有司，方知是刑部尚书许乃普奏荐他喜谈兵事，关心时政，研究地理，有报国请缨的意愿，获得朝廷批准。
许乃普，字季鸿、经，别字滇生，浙江钱塘人。嘉、道、咸三朝三迁内阁学士，五度入值南书房、充经筵讲官。历任贵州、江西学政，兵、工、刑、吏部尚书，实录馆总裁，多次任殿试、朝考读卷、阅卷大臣。
敕令很快下达，冯志沂赶紧回家收拾行装向家人告别，冯母想吩咐几句，话到嘴边又住了口，也不忍面对儿子落泪，母亲理解儿子对王事的笃诚。由于军情紧急，他匆匆随兵部派遣的几名军使，于当天下午，从皇华驿出发，踏上了赴晋之路。
傍晚至宛平城，整条大街上，人迹寥寥，唯见三、五骑兵，手执弓刀在巡逻。
过卢沟桥，迎面凉风吹拂，遥望暮霞夕照，禁不住思绪飞扬起来，想到许尚书的“怜才”推荐，阿母的殷切期望，文友们的鼓舞嘱托……冥冥中，似乎是天意给自己设下了施展抱负的平台，胸中溢满着神圣的使命感。
大约走了四、五天，路过保定，看到偷跑的士兵被头头抓回毒打的情形，心头顿生悲悯，给外甥寄诗曰：“魂销驿路轮蹄迹，梦断城楼鼓角声。自古百闻输一见，不须感慨易论兵”。
走到正定境内那天，刮起了大风，四处沙尘飞扬。薄暮时分，投宿伏城驿；驿站内做起了热饭，几个人饥肠辘辘，谁也顾不上论价，狼吞虎咽，饱餐了一顿。驿站里的人告诉他们：伏城驿距贼兵驻扎的膏城，隔河相望，有时还能听到那边传来的炮声，路上要多加小心。驭夫心有余悸地劝他说：“大人，赶快返回去吧，您领命草率出行，侍从无随，如发生意外情况，到哪里躲藏？”他疾言道：“我的主意既定，命已悬于天，岂能当可耻的逃兵？”
黎明即起，急行六十里达获鹿。再往西，过井陉关、太行山，一路马不停蹄直奔太原。
八月底，冯志沂与相随的军使，来到山西抚宪衙门报到。这时的哈芬已被革职留用，布政使郭梦龄代署山西巡抚，对他们的到来，嘘寒问暖，倒也客气。
住下后，冯志沂礼节性的面晤了正在太原筹办团练的徐继。徐公因闽浙总督任内起解犯官迟延，被吏议免职；去年重予启用，由“当事奏派，督办防堵”义军而来的。
冯志沂想尽快了解山西的防御情况，在省府有关官员的陪同下，去城南老军营拜见“披甲督战”的官兵主将，随手出示了朝廷批准兵部的那份荐牍，当面表示，愿意随军出征，听从指挥。
主将打量着这个“疏眉秀目”，文气十足的青年京官，好像有些瞧不起的样子。午间设宴招待，酒过三巡，相与论兵，没想到来者口若悬河，侃侃直陈，尤其提出“兵贵神速”“以少击众”“临机应变”的战术，颇有见地。而主将却边听边打哈哈，不知是觉得所言故弄玄虚，还是认为不切实际。总之，没允许他上前线。
很快地，探报太平军的北伐部队正间道入晋。随之，朝廷火速命令晋省全力防堵。
冯志沂和同来的军使们，根据获知的情报，及时提醒郭梦龄，“贼氛倏忽如飞电”，也就是说，敌人贯以长途奔袭的战术，注意其“声东击西”，务须做好应急的各种防卫准备，不可“优容懈怠”。
刚刚被委以防堵义军重任的郭梦龄，自信能力有余，不管谁向他进言献策，只当耳边风。
再看驻晋的缘营兵主将，骄横傲慢，尾大不掉。
被革职留用的哈芬是个满官，虽说大权旁落，但对新任署抚很不服气，动不动向朝廷打小报告密参。
冯志沂看出了省府敌情观念不强，政要之间互相倾轧的严重性，多次建议“为政果毅，严肃纲纪”。郭梦龄一听这些话就反感，甚至狐疑他们是朝廷安插进来的耳目。
古今文人都有个共性，一旦被召用，就会满怀政治热情，积极用世，期望得到青睐，施展身手；但由于锋芒过于显露，往往使对方下不来台，冯志沂所提的建议和意见，总往人家的病处说，“哪壶不开提哪壶”，以至在对敌用计和军事部署上，彼此有时辩得面红耳赤，因此“屡失当道欢”。
九月二日，太平军在河南济源遭到清将胜保的阻截，不能实现直取北京的目的，绕道王屋山小径进入晋南，次递将垣曲、绛州、曲沃、平阳、洪洞等州、县攻下，势如破竹。
晋南迭失州县，彻底暴露了晋军法纪不严的弱点。据前线撤回的士兵供述，看到贼兵冲来，刚交战各队人马就乱了脚阵，退逃中，自相践踏，死伤累累，纯粹是“玩寇”。咸丰帝获悉晋军怯阵自溃的战况后，龙颜震怒，谕内阁：“哈芬身任大员，当贼入境，不能预防，已有应得之罪，况且军务正在吃紧之际，尚负气争能，与郭梦龄互参，……供称藩司有意诬陷，更不成语。一巡抚呼应属吏不灵，可见平日整饬无方。”（《清实录》）
山西防堵义军失利，前任巡抚哈芬被撤职，署抚郭梦龄交部议处。不久，刑部侍郎恒春，奉旨接任山西巡抚。
冯志沂对地方上军、政腐败的现象，气得发抖，给京城的友人们寄信说：三国时，孔明治军不谓不严，士兵还多有暴掠者，今见退下来的败兵“赤头裹足”，狼狈不堪，本应军法从事，反被吹嘘为“勇士健儿”。又说：贼兵撤退，乃天不亡晋，文武官员竟然厚颜无耻的争功邀赏，何其荒谬？属下遮掩罪责，上官偏袒奸猾，互相欺瞒，简直不成体统。
太平军转战到晋东南，攻克潞城，出境折返河南。山西的紧张形势有所缓和，冯志沂暂无紧要的公事可干，也不善阿附权贵，每天除了看看《南华经》而外，百无聊赖，很想拂袖而去。
巡抚恒春深知冯志沂在这段时间，才智郁结在胸，不得奋见于事业，很同情。于是，仍延聘他为幕宾，参佐军事。
不过，他有诗名，学问也深，又写得好书法，而且省府的官员都知道巡抚是他的老上级，很受大家的敬重。
省府的幕僚中，有个叫张曾的，字省吾，号小袁，崞县人，举人出身，善书能文，兼工诗赋，是冯志沂的表弟，经常与同事们请他饮酒谈诗，太原也有的文人时相造访，或陪游览晋祠、崛山、双塔寺等名胜古迹。其间，写下多首咏物言志的诗篇。
咸丰四年（1854）开春，巡抚恒春鉴于前任的教训，决定整肃军纪，并把整个晋东南的乡团指挥权交给老臣徐继，以加强各关隘的防御。同时促令各州县分摊捐输的钱粮、盐课尽快上交藩库。
新官上任三把火，尽管恒春忙得不可开交，朝廷仍不满意，频频派大员来晋查访、催捐。冯志沂看在眼里，急在心头，插不上手也帮不了忙，如坐针毡。
时间过得飞快，是年九月初，京师友人杨尚文送家眷回故乡，顺便来太原看望他。面对朋友，以诗表达了自己无所作为的遗憾：
平生湖海气难除，岂合侯门效曳裾。
好事易招流俗怪，闭关聊与古人居。
因留东阁观奇士，渐觉南华是僻书。
三径已荒归未得，草堂猿鹤意何如？
——《并门旅感》
杨尚文，字墨林，山西灵石人，在京经商多年，买下前门外的一处庭院，起名“连筠”，购书万卷，遍交都中文化名流，号称儒商。
重阳日，两人去太原的东山上漫游，霜风中，失落的心绪随之泛起，吟诗《九日登高》：
来时关树叶初黄，久客并州似故乡。
塞上旌旗成一梦，樽前风日又重阳。
班超万里空投笔，毛遂三年未处囊。
无限凭高悲壮意，满城烟霭暮苍凉。
山西消除了战争威胁，省政府对参加过防堵义军的文武官员“论功奖叙”，他主动提出自己无功不受赏。对待功名利禄，向来“不屑一顾”，何况山西防堵义军是以失败收场的。
约在九月下旬，冯志沂遵命归部曹述职，想趁便北上代州故里，看看魂牵梦绕的老屋。
离开太原之前，省府的有关官员，设便宴饯行。表弟张曾执意送至五十里外的青龙镇旅店，“共饮竟夕”方得分手。一路上，归心似箭，途经忻州，听到农家拉风箱的声音，犹似到了家门那样亲切。家乡短暂的逗留了几天，与远近亲朋都见过面，祭扫罢祖先墓，便回了京城。