一、国有独资商业银行实行股份制改造的内在要求
国有商业银行改革的目标就是要成为真正的市场运行主体，办成“真正的商业银行”，因此，按照现代企业制度的要求，对国有商业银行进行产权制度改革和创新，建立健全现代商业银行制度，是转换国有商业银行机制的前提。
现行的国有独资商业银行的产权性质为全民所有，但是无论全体公民还是个人都不可能具备所有者的行为能力，也无法承担任何损失责任。国家代表全体人民来行使所有者权力，名义上的产权主体是代表国家所有的政府，而实际占有、使用银行财产的是银行主管和员工，但他们只是作为银行的经营者，并不是真正拥有银行法人的财产权力。国有商业银行的这种不健全的产权状态，使得银行财产权利和责任区域无法界定，导致银行产权关系模糊，产权主体虚设，所有者不能有效行使和转让权利，经营者缺乏利益机制的驱动，难以实现利益的激励兼容，导致银行经营效率低下，不良资产居高不下。因此，从现实角度来说，要把国有商业银行办成真正的现代化商业银行，必须打破目前国有商业银行产权单一的结构，理顺产权关系，对国有独资商业银行实行股份制改造。
（一）国有商业银行实行股份制改造不存在任何法律障碍
根据《中华人民共和国公司法》，我国商业银行属于竞争性行业，不一定采取国有独资股权，因此对其进行股份制改造不存在法律障碍。在国际上，有关国家对银行股份制改造以法律形式明文加以规定：只有以股份制组建的金融机构，才能称做商业银行，或者说能够称做商业银行的必须是股份有限公司和有限责任公司。我国在党的“十五大”上也对股份制的性质做了充分说明：“关键看控股权掌握在谁的手里。国家和集体控股，具有明显的公有权，有利于扩大公有资本的支配范围，增强公有制的主体地位”。党的十五届四中全会通过的《中共中央关于国有企业改革和发展重大问题的决定》也指出：“国有资本通过股份制可以吸收和组织更多的社会资金”。这些精辟的论述，为国有商业银行选择股份制进行产权改革提供了理论依据。国有商业银行只要能够保证国家的控股地位，实施股份制改造是完全可行的。
（二）国有独资商业银行股份制改造的效果分析
对国有独资商业银行进行股份制改造，则可能在以下方面产生较好的效果。
一是有利于银行成为真正的市场主体。首先，银行股份制改造有利于政企分离。资产所有权与银行法人财产权分离以后，便切断了过去存在于政府与银行之间的“脐带”关系，银行可以独立运用其法人财产，避免承担过多的政策性负担。由于股东之间相互制约，国家也只能像其他所有者一样间接行使所有者权力，不能直接干预银行经营。其次，银行法人财产权的独立有利于避免旧体制的内部责任外部化问题，产权多元化能有效地强化银行的预算软约束，保护银行产权，切断风险转嫁链条，使银行经营责任内在化。再次，国有银行产权多元化后，能靠资本集中迅速壮大资本，改变过去依靠财政注资的封闭式发展模式。
二是有利于银行治理结构的改善，提高竞争力。股份制改革能有效地加强所有者对银行经营者的监督和激励，促使银行提高经济效率。就监督而言，（1）多个股东共同监督，监督力度加强。因为即使存在银行经营层与所有者代理人合谋现象，其成本也会增加，难度加大。（2）监事会的作用得到普遍加强，不仅可监督经理层，也可监督董事会成员。（3）银行债务人的监督力量会加强。因为国有独资商业银行转变为股份制商业银行后，国家信用逐渐让位于银行自己的企业信用，银行债务人对其监督的动机会更强。（4）股权多样化减少了单一国有股权股份不能流通的弊端。产权交易市场的存在使银行经理有失去控制权的危险，这也能从外部加强监督。就激励而言，（1）银行免除政策性金融负担后，以利润为单一经营目标，这使得所有者对经营者的业绩比较容易判断，可排除政策性因素影响。（2）所有者可以采取多种激励手段，如股票期权激励等，使激励动态化、长期化，加大激励力度。
三是有利于国家减轻风险负担。在单一国家产权制度下，不管经营性亏损或者是政策性亏损，都可能通过倒逼中央银行超经济发行货币或增加国家信用担保，最后由国家承担无限风险。且这种风险转嫁机制会强化国有企业、国有银行的路径依赖，不利于降低金融风险。股份化后，国家作为股东之一，只以出资额为限承担有限责任，可彻底切断风险转嫁链条，并可弱化风险转嫁动机。另外，国家还可以通过股权转让来转移和分散风险。
四是有利于提高银行业整体效率。首先，股权可以转让流通有利于国有银行、非银行金融机构并购重组，组成若干既有规模优势，又有效率优势的金融集团。其次，可为其他中小银行创造一个公平的竞争环境，有利于银行业总体效率的提高。
二、股份制商业银行的“官办色彩”越来越浓
设立股份制商业银行就是通过引入股份制这种现代企业制度形式，引入竞争机制，在银行内部形成“股东大会-董事会/监事会-经营层”的法人治理结构，从而对上可以有这样的一个组织或者机制抵挡来自政府的干预，真正实现商业化运营，对下可以形成对经营者的产权约束，解决由于银行内部所有者缺位而引起的“内部人控制”问题，把股份制商业银行办成真正自主经营、自负盈亏、自求发展的和自我约束的现代金融企业。
然而，经过十多年的改革，10家股份制商业银行的“官办色彩”却越来越浓，管理向机关管理靠拢，如人事管理的官本位制，内部非业务处室增多，并归口不同的地方党委管理。据典型调查，某一家股份制商业银行从事党务工作者竟高达 10%左右。总之，目前股份制商业银行的“股份制”实际上也变了模样，产生诸多弊端，迫切需要以股份制重新进行规范。
（一）产权约束的缺乏
尽管股份制商业银行依照多元化的股权结构建立起“股东大会-董事会/监事会-经营者”的法人治理结构，但这法人治理结构背后最核心的产权约束机制，却未能在我国的股份制商业银行的治理结构中有效的落实。一家银行的股东是具体的国有企业，可是这些国有企业的产权又是由谁负责呢？最后产权的虚置导致了这些国有企业股东除了关心每年的分红情况之外，并不了解银行的经营，更无对银行的经营亏损承担责任。再加上多元化的股东之间的“搭便车”问题，加重了“内部人控制”问题。董事会，经营者没有依照《公司法》、《商业银行法》及银行章程所规定的程序产生，而是直接由政府任免，原设计之中的股东大会、董事会的这一职责被严重束缚。同时，银行的法人治理结构不符合法律的要求。一些银行的股东大会，董事会，行长权责不明，职责不清，有的银行董事会与经营班子合二为一，因而加重了银行商业化运作之中的行政干预的可能性。
（二）商业化的经营机制尚未建立
正如上述分析，尽管多元化的股东制衡，尽管已实现股份运作，但是它非但没有反而加重了商业银行的“内部人控制”问题与商业化运作之中的行政干预，最终导致了其经营机制尚未真正建立。（1）内控制度严重不健全。一些银行经营管理者的权力在银行内部缺乏有效的制衡，特别是信贷、资金、财务等业务运作的关键环节，以及对高级管理人员的选拔任用与管理考核方面还没有建立规范化的管理制度，没有形成有效的相互制约机制。内部稽核部门的力量薄弱，权限小，缺乏独立性的问题十分突出。有的银行甚至还没有超部门的工作机构对各职能部门和分支机构的内部控制制度的建立工作进行规划、指导；导致一些部门和分支机构令不行、禁不止，账外违规经营不断，经营风险不绝。（2）缺乏有效的激励与约束机制。这些股份制商业银行尚未脱离计划经济体制的窠臼，在对银行员工的激励与约束机制的建立方面仍延用机关式的管理模式，效仿建立行政级别制度，妨碍了一大批优秀人才的脱颖而出。缺乏把员工的切身利益与全行的利益，把全行的长远利益与短期利益有机结合的机制。
三、城市商业银行的治理结构不健全和管理薄弱
城市商业银行是在整合原城市信用社基础上进行组建的，当时清产核资不够审慎，对潜在的风险没有提足相应准备，导致开业后仍然背负着沉重的历史负担。城市商业银行单一城市的经营地域限制束缚了其业务拓展，使其对本城市的经济发展状况形成过度依赖，缺乏伸缩余地，导致部分城市商业银行规模弱小，抗风险能力差。在经营管理上，部分城市商业银行沿袭了城市信用社时期的管理文化，内部控制薄弱，创新能力不足，公司治理结构不健全，财务核算不审慎，经营管理能力有待进一步提高，没有形成董事会、监事会、股东大会，以及经营班子职责明确、相互支持、相互监督的局面。