中共“三大”后，1923年7月1日，陈独秀给东方部主任萨法罗夫写信，汇报他此时对于国民党的看法。他说：
中国国民党当然还不是一个很好的党，因为在这个党里还存在着许多旧思想，但这个党已有多年历史，其中有许多革命人士。在当今的中国，只有国民党是革命的政党。我们应该把开展国民革命运动看作是我们的中心任务，因此我们应该扩大和改组国民党。如果该党领导执行错误的政策，我们就来纠正错误。如果我们不加干预，不与他们合作，国民党人就会犯更多的错误。在许多城市，恰恰是我们能够组织国民党的地方团体并把它们掌握在我们手里。目前，国民党虽还不是一个群众性的政党，但我们应该将群众吸收到国民党里来，因为只有国民党才能领导国民革命运动。我们应该利用这个党并且还要改善这个党。如果我们不这样做，我们就不能开展国民革命运动，而国民革命也就不能迅速实现。
只有在国民革命取得胜利后，在阶级分化明朗后，我们共产党才能取得基本的发展。既然共产党第三次会议表示赞同这一主张，我希望您也同意这一点。
这时的陈独秀，已经完全接受了马林和共产国际的思想，同意在国民党内发展共产党。另一方面，陈独秀希望“还要改善这个党”。即纠正国民党的封建主义、军阀道路等错误。换句话说，陈独秀希望在能够改善国民党的情况下，与孙中山合作。
关于后者，马林敏感地注意到了。6月20日，他给季诺维也夫、布哈林、拉狄克写信说：“陈独秀说：我们应当迫使国民党走上革命宣传的道路。”
为了迫使国民党走上革命宣传的道路，说服孙中山放弃军阀式的武力统一中国和进行革命宣传，中共三大结束后，陈独秀、毛泽东等新的中央执委会成员联名给孙中山写信，提出：“我们不能沿袭封建军阀用武力夺取政权攻占地盘的同样的方法，这会给人们造成我们与军阀一脉相承的印象……”
为了同样的目的，陈独秀本人在三大闭幕后，直接与孙中山进行了一次面谈。孙中山说：“国民党必须建立自己的革命力量。”陈独秀问：“如何建立？”孙中山回答：“党只有到紧急关头才能一马当先。现在我们必须发展我们的军事力量，在南方广东可以建立根据地，然后我们必须设法在东北或西北得到一支军事力量。靠这些力量的协作我们将使革命取得胜利。”不要说陈独秀，就连马林也很失望孙中山的话。他说：“凭这种观点，就不可能期望国民党的领袖们会很快采取主动，把国民党变成一个现代的政党。”
摸清了孙中山的底细后，陈独秀大失所望，开始批评孙中山的军事观点。7月11日，他在《向导》周报发表《北京政变与国民党》，说，国民党“应该起来统率国民做革命运动，便应该断然抛弃以前徘徊军阀之间，鼓吹什么四派势力的裁兵会议与和平统一政策。”在同期《向导》上，陈独秀发表《北京政变与孙曹携手说》：“若孙中山可以和曹锟携手，那末，北伐伐谁？那末，岂不是孙中山和陈炯明、沈鸿英走到一条道路？那末孙中山可以联曹，何以陈炯明、沈鸿英联曹便罪该万死？”
陈独秀已经是国民党党员，还如此的批评自己，孙中山十分生气，在马林面前发了一顿大火。7月18日，马林给越飞和达夫谦写信，谈到了孙中山发火的经过：
孙用汉语与廖仲恺谈论一份关于钱的电报，但是他突然用英语说：像陈独秀那样在他的周报上批评国民党的事再也不许发生。如果他的批评里有支持一个比国民党更好的第三个党的语气，我一定开除他。如果我能自由地把共产党人开除出国民党，我就可以不接受财政援助。他说得很激动。在这种时候，像廖仲恺和胡汉民这样的人都悄悄地溜走了，一个个噤若寒蝉。给我的印象是，廖仲恺成了他自己影子。我为陈独秀辩护，并声明，有几篇批评国民党消极被动的文章出自我的手笔。但是我也说，援助问题与共产党人能否留在国民党内毫无关系。
后来的情况表明，此时，孙中山的肝癌已是晚期。
8月25日，俄罗斯通讯社驻华记者斯列帕克在给共产国际代表维经斯基的信中也谈到，“事情到了这种地步，孙逸仙想把陈开除出党，原因是后者在《向导》上批评了国民党的行为。”
孙中山发火后，陈独秀秋天给张国焘写信承认：“现在感到三次党代表大会通过的关于我们同国民党关系的政治论断，不太切合实际。”
张国焘11月16日给维经斯基、穆辛写信，提到了陈独秀等说服孙中山的失败：“三次代表大会之后，新的中央委员会曾试图改组国民党，但遗憾是没有成功。”