马林提出了中国共产党加入国民党，并说服了共产国际接受了他的意见。现在，国民党坚持其封建主义色彩和与军阀联盟，促使马林思考其提议的准确性和向共产国际的责任问题，促使他回过头来批评国民党。
1923年7月18日，马林给越飞和达夫谦写信说“有几篇批评国民党消极被动的文章出自我的手笔”。事实也是这样。5月9日，马林在《向导》上发表化名孙铎的文章，公开说：“国民党的注意力太完全放在军事上和放在政客议员的秘密计划上。”在7月1日《前锋》创刊号上，马林以笔名孙铎发表《关于中国国民运动》的文章，继续批评国民党。在关于中共三大的笔记中，马林也说：“另一方面，崇拜国民党——是绝对错误的。”
7月21日，马林在离开中国前夕，给廖仲恺写信，系统地谈了国民党的许多缺点：国民党从不召开代表大会或代表会议；三民主义的实行日益封建主义化；党只依靠军阀，不断向封建军阀和外国帝国主义妥协；对许多重大问题，如世界大战，五四运动，京汉铁路大屠杀等不领导、不参与，党没有成为国民运动的领导者，却与封建军阀为伍；家长制的观念代替了党的纪律；违反党义的现象司空见惯等。
这封信表明，马林承认在改组国民党问题上遇到了困难。其中，关于批评国民党对京汉铁路大屠杀漠不关心问题，是接受了维经斯基的意见。
马林和陈独秀批评国民党的动机不一样，马林批评国民党，目的是贯彻依靠国民党开展国民运动的共产国际政策；陈独秀批评国民党，最终是希望以共产党为主开展独立的工作。一个看重的是合作，一个看重的是分手。马林7月20日给在东京的越飞和在北京的达夫谦写信，说：“中国共产党中央委员会昨晚（在广州的最后一次）会议上，讨论了我们的同志在国民党中的处境问题……陈独秀只想利用国民党。他的宣传工作只考虑共产党的组织，干的是同国民党决裂的事。3.孙中山告诉我（我已向你们报告过），这个周报上的批评是无法接受的，如果陈独秀不放弃批评，孙一定要把他开除出党。”
孙中山发火后，马林马上和陈独秀一起分析孙中山发火的原因，认为孙中山所以发脾气，是由于香港报纸批评中国共产党7月发表“中共中央第二次对时局的主张”的宣言引起的。陈独秀在《向导》周报上发表批评国民党的文章，早就开始了。孙中山以前为什么不批评呢？孙中山发火的根本原因，是不愿意得罪香港和破坏其与英国的关系。但孙中山不能在马林这位代表着俄国利益的共产国际代表面前过分表示对英国的这层关系，便将矛头指向陈独秀。孙中山不希望得罪英国，也不希望影响从俄国人那里获得大额的经济援助。
孙中山清楚，若将陈独秀开除出国民党，就意味着国共合作的破裂，也意味着与苏俄关系的破裂，从而失去苏俄的经济援助。马林看到了孙中山与共产党合作的目的，7月18日，给越飞和达夫谦写信，明确反对继续援助孙中山：“现在的问题是，不能为了孙氏王朝控制广东再把200万元塞进南方将领们的腰包，最好是用21000元帮助为数不多的共产党人的从事国民党的宣传，看看他们在这方面会有什么作为。”
马林知道，苏俄支持共产党的经费上非常有限的，也知道莫斯科正准备拿两百万支持孙中山。何况，支持共产党的钱越多，他本人的经济条件也会得到改善。仅隔了一天，马林在致越飞和达夫谦的信中，再次谈到不希望继续援助孙中山的观点：
如果你愿意拿少量的钱支持我提出的宣传工作，我认为派一个共产国际执委会的工作人员驻在中国的这个地方是有益的。这样人数不多的共产党组织可以富有成效地进行工作，我们不用再为孙在南方毫无胜利希望的军事纠葛耗费金钱，如果你们让孙保持控制权，那对于整个运动将是有害的，如果不能给我们[共产党]小组以资助，那就不值得在中国长期安排一个共产国际执委会的工作人员。
马林将共产国际对中国共产党援助金额的的多寡与自己的去留联系起来，说明他当时反对援助孙中山的态度是坚决的。
马林对援助孙中山的抱怨，在苏联产生了一定的影响。加拉罕于1924年2月9日在北京给外交人民委员部契切林写信，认为莫斯科可能存在着中国共产党内反对与国民党合作的左派的代表，“他们是根据从前那些可能属于马林在广州时期的过时消息，竭力把我们对孙逸仙的援助和支持化为乌有。”加拉罕认为这些怀疑是建立在（马林）不充分和“不怀好意”的通报上的。
孙中山的态度，最终促使陈独秀、毛泽东、蔡和森、罗章龙等离开广州，将三大后的新的中央局迁移到上海。
对于孙中山的发火开除自己的事，陈独秀一直不忘。1929年12月10日，陈独秀写《告全党同志书》说：孙中山屡次向国际代表说，“共产党既加入国民党，便应服从党纪，不应该公开的批评国民党，共产党若不服从国民党，我便要开除他们；苏俄若袒护中国共产党，我便要反对苏俄”。陈独秀的话，不是无源之水。