马林到上海后，建议召开一次中央工作会议，传达共产国际的指示，讨论加入国民党的问题。考虑到陈独秀可能被法租界监视，加上马林出入不方便，会议决定在杭州西湖开。
1922年8月20日，陈独秀、李大钊、蔡和森、张国焘、高君宇五位二大产生的新的中央执委及国际代表马林、翻译张太雷聚集到杭州西湖。马林传达了共产国际的指示后，陈独秀、张国焘、李大钊、蔡和森等新的中央局五人全都反对。马林以共产国际已经作出的决定来施压，陈独秀才勉强同意，但提出不接受国民党的一套封建似的加入方法，如打手模，宣誓服从孙先生个人等。这个改造国民党的意见，实际是陈独秀给自己搬的下台梯子，自然得到了马林的赞成。
会议决定新出版一种中央刊物《向导》周报，确定蔡和森主持。8月22日，会议结束当天，马林给越飞写信，希望提供经费支持《向导》周报。这也是对于陈独秀等人接受自己的意见后，马林的一个善意的举动。收信后，越飞拨三千墨西哥元给马林，并叮嘱“让我能收回这笔钱”。会后，陈独秀给印刷商汪原放写信说，“用最好的报纸印4000份，需款若干，请向各印局询明示知”。汪原放建议《向导》周报和《新青年》一样，印成十六开。
马林写信向共产国际汇报西湖会议的情况时，没有强调大家一开始的反对情绪，说：“问题没有遇到激烈反对。参加讨论的执委会委员们一致认为，通过积极参加这个民族主义运动可以为我们的工作创造最有利的条件。”但实际上，马林不满蔡和森、高君宇在西湖会议上的发言。他后来回忆说：“从蔡、高两同志的发言看来，证明党内一些年轻初参加中央工作的同志，确有一种左倾反对派的倾向。”此外，马林认为，张国焘周围有一个和陈独秀闹矛盾的小宗派，10月14日，马林给共产国际写报告说：“党内关系复杂。张国焘的党仍然太小。”
8月23日，李大钊在上海拜见孙中山。听了李大钊关于“振兴国民党以振兴中国”的主张，孙中山像打了强心剂，说：“你尽管一面做第三国际党员，一面加入本党帮助我。”两人尽兴畅谈，几乎忘记了吃饭。
几天后，陈独秀、李大钊在张继、林伯渠等陪同下拜见孙中山。孙中山说：“陈炯明要叛离我，共产党要加入我，足见共产党的诚意。”这次见面，确定成立改组国民党的专门组织，并邀请共产党同志参加。因李大钊要回北京，由张继、林伯渠等介绍，孙中山亲自主盟，李大钊先加入国民党，其后陈独秀、张国焘、张太雷、蔡和森、夏曦、刘少奇、彭湃等人加入了国民党，成为第一批加入国民党的共产党员。
9月4日，孙中山主持改进党务的会议。国民党要人及马林、陈独秀、张太雷等五十多人参加。马林觉得，国民党领导层中有一些具有马克思主义素养的人，他们决不比在我们共产主义团体中工作的马克思主义者逊色。会后，孙中山指定陈独秀参加起草委员会，负责起草国民党党纲和党章草案。陈独秀提出一份新纲领和组合机构草案后，有人问张继：“国民党要变更主义了么？”张继说：“中山先生只讲变通入党手续，并未讲变动三民主义五权宪法。”
陈独秀的草案在起草委员会上没有被通过。
参加国民党后，陈独秀站在共产国际和马林的立场，写了《国民党是什么》一文，改变了以前对国民党的看法，说：
我可以说中国国民竟是一个代表国民运动灼革命党，不是代表那一个阶级的政党，因为他的党纲所要求乃是国民的一般利益，不是那一个阶级的特殊利益，党员的分子中，代表资产阶级的知识者和无产阶级的工人几乎势均力敌。
12月29日，回到苏联的马林，出席了在莫斯科召开的共产国际执委会主席团会议，他在汇报西湖会议时，没有提到陈独秀等人的激烈的反对：
主要问题是以个人身份加入国民党，这个问题没有遇到激烈反对。参加讨论的执委会委员们一致认为，通过积极参加这个民族主义运动，可以为我们的工作创造最有利的条件，这个运动的特点是它的领袖们不得不诉诸工人；中国的资产阶级至今还在物质上支持这个运动，它还没有形成为一个阶级，其大部分是生活在印度洋群岛的各个殖民地。
但对于参加西湖会议的陈独秀、李大钊、张国焘、蔡和森、高君宇等十位共产党领导人的马克思主义素养，马林评价不高：
在争论过程中我发现，过去我只是从第三手材料中得知：在民族主义运动中和国民党领导层中有一些具有马克思主义素养的人，他们决不比在我们共产主义团体中工作的马克思主义者逊色。我认为，这个团体完全有理由说，共产主义团体的活动只有在民族主义内部进行才可能得到发展……那些希望把我们的力量集中在建立自己的群众性共产党人，在我看来是完全不顾现实情况的。
在马林眼里，中国共产党和国民党比较，还只是“小团体”。
大革命失败后，陈独秀写《告全党同志书》，说自己和其他执委在西湖会议上曾强烈地抵制马林的提案：
当时中共中央五个委员：李守常、张特立、蔡和森、高君宇及我，都一致反对此提案，其主要的理由是：党内联合乃混合了阶级组织和牵制了我们的独立政策。最后，国际代表提出中国党是否服从国际决议为言，于是中共中央为尊重国际纪律遂不得不接受国际提议，承认加入国民党，从此国际代表（及中共代表）进行国民党改组运动。
但马林1935年8月19日接受伊罗生采访时，否认了陈独秀上述话：
杭州会议上大多数人接受了这些看法。有一两个反对者，如果我没有记错的话，反对最力的是张国焘。这些反对者的论据，围绕着国民党的价值问题，它变成群众运动的可能性，来自国民党领袖的可以预料的反对的问题等等。陈独秀同意了我所提出的观点。没有一条要求作补充说明的明确的反对意见。
在伊罗生问到他关于这次会议的叙述与陈独秀的有出入时，马林回答说：
如果陈独秀的叙述是真实的，那么，第一，在杭州会议后一个时期，这问题曾经有许多机会可以在莫斯科讨论。中国同志也可能与越飞一起提出这个问题，他是在同年稍后来华的。事实上并没有发生这种周章。第二，这儿不会有什么“服从纪律”的问题。我一向深恶痛绝这类措施。何况，我并没有从共产国际得专门指示。我手上没有任何文件。
伊罗生在《中国革命悲剧》一书里记载了采访马林的谈话，托洛茨基看后，于1937年11月1日给伊罗生写信，赞成陈独秀的观点：
首先是关于马林与陈独秀之间的争论。你确实是太袒护马林而没有公平对待陈独秀了。马林在事后对你提出的几点论据毫无历史价值。说马林在这个问题上的意见是出于他个人的主动，那是绝对不可能的。他那时负有官方使命，他的活动不是以他早年在爪哇的经验作根据；而是以季诺维也夫、拉狄克与布哈林的训令为依据的——这些训令还可能得到斯大林的同意。你在信中没有写明确切时日，如果我没有记错的话，这整个事件发生在1922年。列宁病了。我则完全不让知道共产国际的工作情况。我第一次见到马林是在他出使中国回来以后。