陈独秀在广州收到胡适的信，对于胡适提出的移回北京，或移回北京而宣言不谈政治两条办法，很不满。他给陶孟和写信，语言中“太生气”（胡适语）。
1921年1月22日，胡适给李大钊、周豫才、钱玄同、陶孟和、张慰慈、周启明、王抚五、高一涵写信说：“我自信此两条皆无足以引起独秀误会之处，不料独秀答书颇多误解。守常兄已将此书传观，我至今日始知之，末及加以解释，恐误会更深。故附加一函并附独秀与孟和书一份，再请你们各位一看。”
胡适修改了原来提出的三条办法：
第一：原函的第三条“停办”办法，不用了，可不必谈。
第二：第二条办法，鲁迅与周启明兄弟主张不必声明不谈政治，陶孟和也同意。因为陈独秀反对，胡适愿意取消“宣言不谈政治”一说，单提出“移回北京编辑”一条。
这一条，是因为北京同人就不得不做文章，否则，陈独秀在上海时尚不易催稿，何况现在在素不相识的人的手里了。这也符合陈独秀的希望——“非北京同人多做文章不可”！
第三：陈独秀对另办一杂志有误解，以为这个提议是反对胡适个人。
因为陈独秀生气，并且不给自己写回信，胡适也上了火，声明说：
我并不反对他个人，亦不反对《新青年》。不过我认为今日有一个文学哲学的杂志的必要，今《新青年》差不多成了Soviet Russia的汉译本，故我想另创一个专关学术艺文的杂志。今独秀既如此生气，并且认为反对他个人的表示，我很愿意取消此议，专提出“移回北京编辑”一个办法。
现在，胡适才意识到，仲甫说“《新青年》色彩过于鲜明，弟近亦不以为然”，其实是客气话。自己是天真地相信了！
到了1月26日，胡适收集到大家的意见如下：张慰慈、高一涵赞成胡适的提议。陶孟和赞成移回北京，如不能则停刊，万不可分为两种杂志，致破坏《新青年》精神之团结。王抚五赞成陶孟和的意见。他们的意见是不主张新办一个杂志。李大钊主张从前的第一条办法，即听《新青年》流为一种有特别色彩之杂志，而另创一个哲学文学的杂志。但如果不致“破坏《新青年》精神之团结”，我对于改归北京编辑之议亦不反对，而绝对的不赞成停办，因停办比分裂还不好。后来表示，也赞成胡适的意见，主张移北京编辑。周作人赞成在北京编辑。认为现在《新青年》的趋势是倾于分裂，不容易勉强调和统一。无论用第一，第二条办法，结果还是一样，所以索性任他分裂，照第一条做或者倒还好一点。鲁迅和周作人意见一样，说不必争《新青年》这一个名目。钱玄同附注比较长，语气也坚决：
还是分裂为两个杂志的好。一定要这边拉过来，那边拉过去，拉到结果，两败俱伤，不但无谓，且使外人误会，以为《新青年》同人主张“统一思想”，这是最丢脸的事。盂和兄主张停办，我却和守常兄一样，也是绝对的不赞成。我以为我们对于仲甫兄的友谊，今昔一样，本未丝毫受伤。但《新青年》这个团体，本是自由组合的，即此其中有人彼此意见相左，也只有照“临时退席”的办法，断不可提出解散的话。极而言之，即使大家对于仲甫兄感情真坏极了，友谊也断绝了，只有他一个人还是要办下去，我们也不能要他停办。至于《新青年》精神之能团结与否，这是要看各个人的实思想如何来断定，断不在乎《新青年》三个字的金字招牌。
胡适整理八位北京同人的意见，不外三种：移北京编辑；北京同人另办一个杂志；停办。
在广州的陈独秀接到胡适来信，大动肝火，另办刊物？办好了，和《新青年》有什么关系，不过是适之反对我个人的办法罢了。叫《新青年》发表宣言不谈政治，万万办不到，不过《新青年》分裂就是。
正在气头上，陈独秀给“孟和兄”写了回信：“南方颇传适之兄与孟和兄与研究系接近，且有恶评……我盼望诸君宜注意此事。”陈独秀指胡适和梁启超交往多，经常在研究系的机关报《晨报》和上海的《时事新报》上发文章。
2月6日，胡适看到陈独秀给陶孟和及北京同人的信，很生气。独秀真是一个卤莽的人！胡适实在要怪他了。陈独秀在北京也呆了三四年，怎么就相信外间那种绝对无稽的谣言呢！怎么就写出那封给陶孟和的决绝信！陈独秀信上有“言尽于此”的话！简直就是从此以后，“不来哉”的意思了，这不是绝交信吗？
胡适想，你陈独秀难道不知，我们在北京是时刻在敌人的包围之中？譬如，旧派办共学社，就是针对《世界丛书》，他们拉出他们的领袖来讲《中国哲学史》——就是专对胡适的？他们在清华的讲义，无处不是寻找胡适的瑕疵。而且，陈独秀走后，他们已收回主张白话诗文的主张，梁启超写了一篇大驳白话诗的文章，尚未发表，但已把稿子给胡适看，被胡适逐条反驳了。
当天，胡适给陈独秀写信说：“但是我究竟不深怪你，因为你是一个心直口快的好朋友。不过我要你知道，北京也有‘徐树铮陆军总长，陈独秀教育总长’的话，但我们决不会写信来劝你‘一失足成千古恨……’！”他最后说“这事，我以后不再辨了！”算是对陈独秀的“言尽于此”的回答。
北京风波未平，上海又起风浪，这时，李汉俊的一封告急信已先期到了陈独秀寓所“看云楼。”
2月初，法租界巡捕局因找不到陈独秀，查封了《新青年》社，没收了已编好的《新青年》八卷六号，罚款五千元，并勒令不准再在上海出版发行。在此之前，李汉俊来信说，上海党组织每月需要二百元活动经费，党员大多数没有职业，他想每个月从《新青年》社拨二百元。陈独秀不同意，《新青年》的经费本来就紧张，每个月拿二百元，《新青年》还办得下去吗？《新青年》没有按月出版，还欠了陈望道一百元编辑费。现在，罚款五千元，如何是好？
2月8日，旧历春节，鲁迅将刚写好手小说《故乡》寄给上海的陈望道。他不知道，新青年社两天前被法捕房封闭了。
在这之前，陈望道1月回了一张明信片给胡适，声明“《新青年》内容问题，我不愿意多说话，因为8卷4号以前我纯粹是一个读者，5号以后我也只依照多数意思进行”。胡适给陈望道回了一张明信片，说：“我不是反对你编辑《新青年》，而是反对你把《新青年》作宣传共产主义之用。”
收到鲁迅稿件，陈望道很感动，他当天就写信给周作人，对周氏兄弟病中替《新青年》做文章表示感谢，说：“办《新青年》不能靠胡适，要靠你。”关于胡适，陈望道说，“我也并不想要在《新青年》上占一段时间的历史，并且我是一个不信实验主义的人，对于招牌无意留恋。不过适之先生的态度，我却断定说，不能信任”。陈望道认为，胡适口头称不谈政治，其实不是这么回事。
陈独秀不赞成《新青年》移回北京，是因为近来北京大学空气不大好。现在《新青年》已被封禁，非移广州不能出版。对于胡适他们另外办一个报，陈独秀十分赞成，因为中国好报太少，他们做出来的东西总不会差的。2月15日，陈独秀将《新青年》编辑部移到广州后，给周氏兄弟写了短函：“北京同人料无人肯做文章了，惟有求助于你两位。”他当天给胡适也写了一信，口气婉转多了：
我是一时不能回上海了。你劝我对于朋友不要太多疑，我承认是我应该时常不可忘却的忠告，但我总是时时提心吊胆恐怕我的好朋友书呆子为政客所利用。我仍希望你非候病十分好了，不可上课，做文章，而且很想你来广东一游。
“但我总是时时提心吊胆恐怕我的好朋友书呆子为政客所利用”，陈独秀的话里，仍然怀疑胡适、陶孟和被研究系利用。
在收到陈独秀来信前，胡适已经知道《新青年》被上海法捕房封闭了。2月16日，朱我农给胡适写信，谈周作人到燕京大学任中文系主任事。胡适在转此信给周作人时，“附白”说：“启孟兄：新青年社已被法捕房封闭，并搜去许多书籍。且波及印刷局二家。”“印刷局二家”即群益和亚东。
和陈独秀闹矛盾后，胡适开始酝酿自办《读书杂志》。3月2日，他给周作人写信，请他为自己新办的《读书杂志》写文章：“我现在发起这小玩意儿，请你帮助。豫才兄处，请你致意，请他加入。”
九年后，胡适于1930年12月1日在北京家中整理北京存件，预备作出版《胡适文选》用。整理信件时，胡适看到了自己与陈独秀1921年年初争论《新青年》移北京编辑事的来往信件一束。他在日记里写道：“此事甚有关近年思想史，我几乎记不起此中曲折情形了。”
三十多年后，胡适评价了这段历史。他很清楚，自己在《新青年》风波上与陈独秀的矛盾，实质是美国精神与共产主义道路的矛盾：
他离开了我们《新青年》团体里的一些老朋友；在上海他又交上了那批有志于搞政治而倾向于马、列主义的新朋友。时日推移，陈独秀和我们北大里的老伙伴，愈离愈远。我们也就逐渐的失去我们学报。因为《新青年》杂志，这个“中国文艺复兴”的期刊，在上海也就逐渐变成一个工人运动的刊物，后来就专门变成宣传共产主义的杂志了。最后终于被上海法租界当局所查封。