出监狱后，陈独秀写了一篇长文《告新文化运动的诸同志》，无意中得罪了自己不认识的小老乡宗白华。这篇文章没有点宗白华的名字，宗白华自己看到后，写了一篇文章反驳陈独秀。
陈独秀被逮捕后，《新青年》停刊，《每周评论》被查封，取而代之的，是雨后春笋般的新出版物。陈独秀出狱后，在恢复《新青年》时，深觉刊物太多，差不多每星期都有新报刊出现，内容大同小异（内中有几种牛鬼蛇神的报，又当别论）。陈独秀不主张大家都来办新刊物，向新文化运动的同志提出三件事：（一）出版物是新文化运动底一端，不是全体；（二）新文化运动只当向前的发展，不当向后的反动；（三）不应该拿神圣的新文化运动做射利底器具。
搞新文化运动，“不必大家都走一条路”，即不必都来办刊物。中国人富于模仿力，但缺乏创造力。王麻子剪刀店一出现，就有汪麻子、旺麻子剪刀店。有了稻香村，就有了稻香春、桂香村。陈独秀想，现在读报人不多，一个地方办两三种报就够了，多了写稿的人分散，一个报也办不好。即便办报，也不必办许多性质相同的报。譬如上海工商业发达，可以办《店员周刊》、《劳动周刊》。作者有什么高明的见解，送到各报发表，各报没有不欢迎的。一定要自己独立办一个人云亦云的报，何必呢？
令陈独秀生气的是，有一位青年作者，貌似站在自然科学的立场，否定包括《新青年》在内的新文化运动杂志不谈科学、不懂科学。这位青年“趾高气扬”，以骂倒一切新杂志的口气写道：“现在一班著名的新杂志（除去北京大学月刊同科学杂志），都是满载文学的文字同批评的文字……试看他们的文字，有几篇真有科学的精神（发阐科学的更少），有几篇用科学方法彻底研究社会问题，又曾有几篇写实文学的大著作。”
一位青年作者写道：
今日之士，大弊有二：人人竞言科学，而实不知科学……科学艰深，非一蹴可几。玄谈易操……顷年以来，思想革新，诚甚盛矣。然试登高远瞩，国内书报，刊行者何限，亦尝有专言精确科学者乎……夫理学与科学，两事也。科学之效，在利用厚生，使吾辈有精严之宇宙观，理学之用，在存养省察，使吾辈有正确之人生观。故理学不患其旧……而科学则力求其新……
这一段议论，类似张之洞的《劝学篇》。前半段极为独尊西洋的科学（专指自然科学），别的关于思想艺术的学问，都一笔抹杀。陈独秀反问道：
当真西洋文明只有科学吗？我们只应该输入他们的科学，不输入他们的别种学问艺术思想制度吗？哲学、社会学、心理学、人类学、言语学等，不比科学更难几倍吗？都可一蹴而几吗？后半段忽然又把中国底性理学抬起来和西洋底科学并重，而且分作两事，实在令人莫明其妙。
陈独秀认为，中国的性理学，并非只谈人生观，不涉及宇宙观。科学也不是只谈宇宙观，不谈人生观。自然科学只是各种学术的一种，不能够取消、代替别的学术。别的学术（道德学、性理学等），多少都要受科学精神的洗礼，才有进步，才有价值。
介绍新思潮的人，应该指出那种思潮是新的，是合乎科学的，那种思潮是旧的，是不合乎科学的。不可以笼统说凡属自然科学以外的新思潮，都是“谬论”、“空谈”、“燎原之祸”、“拾人牙慧”、“似是而非之妄解”、“虚诞无实之谬谈”、“可害中—人”、“可害遍族类”。陈独秀说：“像这种笼统不举实例的谩骂武断，在官场文告中时常看见，学理的讨论果然是这样吗？科学家底态度果然是这样吗？”
从前，陈独秀是不给反对者余地的，现在，他接受了胡适等人的意见，反对在学术争论中的谩骂了。那么，如何才是科学的批评呢？陈独秀说：
若拿出科学家的态度，实际批评那种新思潮是何以好，那种新书报，那篇文章，有那种谬论，他谬处在那里。像这种学理的讨论，正可以使新文化运动向前发展。若是不问青红皂白，对于一切新思潮笼统加以“鼓吹谬论”的徽号，这简直是从根本上反对新文化运动……
陈独秀文章中引用的内容，是《时事新报》第三期刊登的宗白华和魏嗣銮写给《少年中国》编辑员的两封信。某杂志即《少年中国》，因为是新派阵营的，陈独秀没有点作者的名。此文以《告上海新文化运动诸同志》为题，在1920年1月1日《时事新报》（增刊上）发表后，1月11、12日被长沙的《大公报》转载，题目改成《告新文化运动诸同志》。
在《告新文化运动的诸同志》这篇文章里，有几处是针对“问题”与“主义”的争论，明确了自己已经站到了“主义”一边。陈独秀写道：
我们所希望的，持论既不谬，又加上精密的学理研究才好。像克罗马底资本论，克波客拉底互助论，真是我们持论底榜样……胡适之先生不主张离开问题空谈学理，我以为拿学理来讨论问题固然极好。就是空谈学理，也比二十年前的申报和现在新出的民心报上毫无学理八股式的空论总好得多。
“克罗马”即卡尔·马克思。这次，陈独秀明确地说，即使空谈学理，比空谈八股好。而且，还点了胡适的大名。
宗白华看了陈独秀的文章，很生气地写了《答陈独秀先生》，刊登在1920年1月3日《时事新报·学灯》上。因为陈独秀没有点名所批评的是两个人的言论，将宗白华和魏嗣銮的话，未加区分，笼统地批评，宗白华也很不满。
宗白华认为，他写给《少年中国》编辑员的信，主要是说：“（一）我们以后发表一篇文字，都要有学理的价值，不可以凭着个人直觉的见解，随便发挥。（二）我们以后的文字，都要有“科学的精神”。我们要用科学的方法研究各种社会问题。（三）我们要打破中国人的文学脑经，改造个科学的脑经。”
宗白华上述信，是劝文字要有科学的精神，要有学理的价值。陈先生没有看明白他的话，把他的话误解了。