1929年6月，党中央发现了陈独秀反对派行为，总书记向忠发和组织部长周恩来去老耙子路陈独秀家中，劝他回到党的路线上来，陈独秀未予接受。同月，中共中央召开六届二中全会，以陈独秀托派活动进行了不点名的警告，提出对托派小组织，“党必须坚决予以制裁”。此外，周恩来起草了中央通告第四十四号《关于中国党内反对派问题》，指出：“中国党除掉思想上与反对派作坚决的斗争外，并要从组织上遵照共产国际的决议与无产阶级的最高原则，坚决地消灭反对派在党内的任何活动，以巩固党的一致。”该通告说：“只要承认错误，可以留在党内。”
这期间，发生了中东路事件。
十月革命后，列宁领导下的苏联政府在第一次对华宣言中说，“愿将中国中东路及租让之一切矿产、森林全部及其他一切产业”，“一概无条件归还中国，毫不索价”，但一直没有归还中东路。大革命时期，斯大林不同意将中东路归给还中国。5月27日，哈尔滨市警方借口苏联在哈尔滨总领事馆召开远东大会，奉命搜查苏联领事馆，挑起了中东路事件。7月10日，中东路督办吕荣寰（中东路中方理事长）下令武力接管中东路，将苏联高级职员五十九人遣送回国。7月13日，苏联政府向南京政府发出最后通牒；7月18日，苏联政府宣布与中国断交；7月21日，中国收回中东路，中苏边境爆发了大规模武装冲突。
中东路事件发生后，共产国际连续对中国共产党发出指示，提出“武装保卫苏联”，“变帝国主义战争为国内战争，变帝国主义进攻苏联的战争为拥护苏联的战争”。中共中央于6月26日发表《“八一”日的口号》，提出“反对进攻苏联，拥护苏联革命胜利”、“变国际战争为国内战争”等口号。
7月28日，陈独秀给中央写信，对中共中央的宣传口号和策略提出了疑问，认为不能光喊“拥护苏联”的口号，这种口号“只有最觉悟的无产阶级分子能够接受，而不能动员广大的群众，反而使群众误会我们只是卢布作用，而不顾及民族利益”。他对中央四十二号通告中的一些话也提出了不同意见。如帝国主义进攻苏联，会引起本国工人阶级革命，造成世界革命高潮等说法。陈独秀认为，这样说，反以为帝国主义进攻苏联是件好事了。
陈独秀8月5日给中央写了第二封，写成了十二条意见和建议。这封信对中共六大纠正盲动主义感到甚幸，同时批评目前的中央政策仍然是盲动主义、命令主义和抹煞党内民主。陈独秀认为，革命高潮“不会快要到来”，不要“随便把他们（群众）领到街上玩弄”。他提到自己前面的信，说：“当广州暴动前后，我感觉得中央在政治上有错误的估量，遂至有错误的政策，曾写了几封不避忌讳的信给中央……当时的中央对于我的意见，不但不提起注意，而且当做笑话到处宣传。”
陈独秀认为，有不同意见，公然出来争辩，都是党内民主所允许的，革命战争紧急时刻除外。他举例说，有不少同志与中央有意见，但是不敢讲，怕离开工作被开除出党。他写道：“同志间关于理论上政策上意见不同的争论，是党的进步的现象，决不是坏现象；反之，大家都没有什么不同的意见，这正是党之幼稚的表现，争辩之结果，理由最充足的，自然会为大众所公认；错误的意见，一经公开的被大众批驳下去，以后才不至隐藏在党内，遇着机会便要发作出来，俄国布尔塞维克党的理论，就是长期在这样的争辩中生长出来的。”
最后，陈独秀希望中央将这封信在党报上全部发表出来，以便在全党进行讨论。
《红旗》报三十七期刊登了陈独秀7月28日来信，同时刊出了《中央答覆撒翁同志的信》，说，陈独秀是跟着群众落后的意识跑，从根本上离开了无产阶级的观点，包含了很严重的原则问题。
8月11日，陈独秀给中央写了第三封信，强调他上封信是讲党的宣传策略重要性，而中央常委对他的意见“根本不曾了解”。他不承认自己是跟着群众落后意识跑，而是讲要通过宣传方法，策略上改变，拉来群众，不是脱离群众。陈独秀继续认为，群众的觉悟并没有达到都认识苏联是中国解放的朋友，“这正是你们素来以‘主观为客观’的盲动主义精神之表现”。
《红旗》三十期刊出陈独秀8月11日给中央的信，同时刊登《批评撒翁同志对中东路问题意见的机会主义》的长篇文章。这篇文章认为，陈独秀这封信“攻击党中央”、“攻击党的路线”，“有害于党对中东路问题的整个路线，必须给以严肃的批评”。
9月，“韶玉”（王明）写了《论撒翁同志对中东路问题的意见》（《布尔塞维克》二卷十号），批评陈独秀在中东路问题上犯了七个错误，表现了五种机会主义的特点。王明，即陈韶禹，六安人，刚从莫斯科中山大学回来，在沪东区委工作。
维经斯基1930年1月29日在苏联中国问题研究院学术讨论会上发言，批评陈独秀在中东路问题上，坚持了自由资产者的立场。他说：“中东路问题揭示了陈独秀主义整个根源，指出了中国共产党进一步斗争的道路。同志们，在这个问题上，大家自然而然地会把陈独秀分子和托洛茨基分子的对待该问题的态度加以比较并联系起来。”
1932年12月22日，苏中签订了互不侵犯的《伯力协定》，恢复了中东铁路双方共管的状态，中东铁路恢复通车。