对陈独秀等人的托派活动，不少人主张进行警告和挽救工作。1929年8月30日被枪杀的彭湃、扬殷、颜昌颐、刑士贞，在关押上海警备司令部看守所的几天里，曾传书信“望党内对于反对派的斗争需多从教育上做功夫，以教育全党”。
但陈独秀已经感觉到，中共中央可能要开除自己的党籍。8月22日，任弼时在江苏省委联席会议上说：“如果不觉悟，坚持错误，制造派别活动，对其中的领袖分子可以作进一步的解决。”任弼时去年10月在安徽南陵被捕，今年3月才放出。他没有参加中共六大，但在六大上选为中央委员，出狱后负责中共江苏省委工作。
9月2日，《红旗》四十三期刊登中央通告，说：“党除对于其思想给予严重驳斥外，并须将其活动的领袖毫无留恋地开除出去。”9月18日，中央发了四十九号通告，说发现了小组织活动，反党的宣传，无异于反革命的行动，便应毫不犹豫地予以组织上的制裁。
10月6日，中央向陈独秀提出书面警告，“你以及和你意见相同的人，在上海党的下层组织中有超越组织的活动”，“必须站在党的利益上立即停止这种活动”、“中央决定你在党的政治路线之下，在中央担任编辑工作，限定你一周内做篇反对反对派的文章”。
陈独秀没有接受担任编辑的意见，因为他已经不能够写文章批评托洛茨基了。陈独秀开除党籍后，写《告全党同志书》说：
“八七”会议以后，中央不许我参加任何会议，未曾派我任何工作，直到本年十月六日（距开除我的党籍只四十天），因为我几次发表批评中央继续机会主义、盲动主义的路线，他们为准备开除我的手续，才忽然来信说：“中央决定你在党的政治路线之下，在中央担任编辑工作，限定你一周内作篇反对反对派的文章”。我此时已根本承认托洛茨基同志的主张是合乎马克思列宁主义的，我如何能说和自己意见相反的假话！
四天后，国民党的双十节，陈独秀给中央写信，谈到9月28日共产国际代表和中央代表和陈独秀的一次谈话过程。他说：“我在八月五日写给你们那一封长信……事实上迁延了几至两个月还不曾发表，并且突于前月二十八日国际代表及中央代表约我谈话，谈话时，一切重要的政治问题都拒绝讨论，单纯的责备我不应该向中央发表不同的意见，坚决的说中央绝对不能容许把我的信公布出来，并且坚决的说中央政治路线没有原则上的错误，加之时局紧张，任何同志都不许发表和中央不同的意见。”
在这封信里，陈独秀气冲冲地写道：“国际代表用这样的专横态度来掩护错误，用这样不合理论不合事实的藉口来阻止中国党内政治问题所急需的公开讨论，我不责备这位代表，我只感觉到真如反对派（托洛茨基派）所指摘国际领导机关在政治-上组织上官僚化之一证……我现在正式告诉你们：在你们，绝对没有理由可以开除发表政治意见的任何同志；在我……结合下层的革命群众和机会主义的上层领导机关奋斗，而不计其他……因此造成党的分裂，是应该由你们负责的！”
收到陈独秀的信，中央政治局10月15日召开会议，讨论通过了周恩来起草的“关于反对党内机会主义与托洛茨基主义反对派的决议”，指出陈独秀8月5日的信是“很明显的公开的反共产国际，反六次大会，反中央，反党的路线”，指示各级党部如发现这样的小组织必须马上解散，从组织上制裁参与者；如坚持错误，开除出党；陈独秀必须“停止一切反党的宣传与活动”。同月，周恩来作了《托洛茨基反对派在中国发生的原因及其前途》演讲。
江苏省委将彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德开除出党后，彭述之和陈独秀10月26日以两人的名义给中共中央写信，说：“你们说我们是反对派；不错，我们是反对派，我们的党此时正需要反对派，而且正需要勇敢的对革命对党负责的反对派，坚决的不和机会主义冒险主义威吓手段、欺骗手段腐败官僚的领导机关同流合污，为了革命的利益，为了阶级的利益，为了党的利益，而绝不计及自己个人的利益，尽量的发表正言谠论，使马克思列宁主义布尔什维克主义在中国有一线之延，使全党党员及全无产阶级的群众不至对党完全失望！”
陈碧兰1922年入党，已经八个年头了，她担心因为丈夫彭述之而开除党籍，内心很痛苦，想到离婚。为了倾泻胸中的苦闷，一天，独自到陈独秀的家里和他专谈此事。她对陈独秀说：“我从某些同志中得到一个消息，说党中央准备开除你和述之。假如述之被开除，一定会跟着开除我，但我绝不愿意跟着他而被党开除，因为我开始干革命时，并不认识述之，我既不是跟着他而参加到革命队伍里来的，当然也绝不愿意跟着他而被党开除，因此，我现在陷于极度矛盾和痛苦的状态之中，我想请教您，怎样才能解除这种矛盾和痛苦？”
陈独秀听了，怔了一下，然后用很简单的话语诚恳而又坚决的态度回答我说：“假如我们被党开除，并不是因为我们背叛了革命；而是由于党的堕落，它离开了马克思主义的政治原则和布尔塞维克的组织传统，这是党的错误，如果党开除我，我是不在乎的。”
陈碧兰听子陈独秀几句简单的话，顿时打破了过去的机械观念。她想，以他创立中国共产党和一直任党的总书记的声望和地位，都把被党开除看作不在乎，那么，我又何必把它看得如此严重呢？
11月15日，中央政治局决议开除陈独秀党籍，同时批准江苏省委开除彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德四人党籍。
11月下旬一天，在井冈山根据地的毛泽东收到了中央政治局关于开除陈独秀党籍的决议，大吃一惊，他没有想到陈独秀会走得这么远。他给李立三写信：“陈独秀近来行动竟岂有此理。中央的决议文件已经到此，我们当普遍地宣传。”开除陈独秀党籍传到莫斯科，王若飞不主张立即开除陈独秀党籍，主张先与陈独秀进行辩论，并向党内群众进行解释，受到共产国际和瞿秋白等的批评。