2000年初，百度公司选址在北大资源楼，李彦宏开始了创业。半年内，“百度”中文搜索技术正式诞生。这一年的4月，IT业大变脸，纳斯达克高科技股崩盘，“网络经济泡沫”仿佛一夜间破裂。就在这个融资非常困难的时候，李彦宏推动“百度”攀向公司的第二个发展高峰。2000年9月，李彦宏成功融资1000万美元。他很骄傲，“不许诺、多兑现”的原则让投资商如此相信他，也如此相信他的“百度”。
2001年伊始，市场形势更加严峻。当时百度已经基本垄断了绝大多数门户网站的搜索引擎，但是，仅靠收取一点技术提供费，百度是没有大发展的。在8月的董事会上，李彦宏提出：把百度做成直接面对终端网民的搜索引擎网站。反对意见很大：“那不是要跟门户网站竞争吗？可那正是我们最大的客户啊。”李彦宏说：就因为对别人的依赖太大了，所以必须尽快向健康、有稳固盈利点的方向发展，不然，作为一个还在亏钱的创业型公司，没有高速成长的潜力和机会，公司是不会有希望的。经过激烈的辩论，李彦宏说服了董事会。
9月20号，百度作为网站推出。这正是很多网络公司都不愿意承认自己是。com公司的时候，没有人再看好网站，百度变成了一个地道的。com公司。李彦宏说：“挺多人不理解也是正常的，但就像我在董事会上强调的，要创业，不能只看当时，必须要起码往前看两年，才会占尽先机，才有前途。”
10月，李彦宏又大手笔地推出搜索竞价排名。这是一种新型网络营销模式，帮助百度走过了最难的一段时日，也成为百度成长性最好的一个产品。李彦宏说：“搜索引擎这个平台，针对性非常强。因为大多数看到广告的都是对这个广告感兴趣的人，作为一个产品的推广方式，非常有效。这正是它的生命力所在。”曾经有个客户只交给百度500块钱，卖出了一辆2500万的宾利车，养活了在东南亚的3个分公司。
2002年初，百度公司搬到了更加宽敞的海泰大厦。3月，面对国际上最主流的搜索引擎Google的中国本土进攻，李彦宏成立了以“小天才”雷鸣为首的技术突击队，要在9个月内“让百度引擎在技术上全面与Google抗衡”，这就是日后使百度真正成名的“闪电计划”。不久李彦宏就亲自上阵，使进度大幅提高。到12月，终于大功告成。
同年底，李彦宏夺得“2002中国十大IT风云人物”的桂冠。