建州女真在努尔哈赤的领导下迅速崛起，努尔哈赤筑造宫殿，建立年号，招兵买马，想成就一番大事。明朝政权则加强对后星政权的防犯，对建州实行经济封锁。努尔哈赤在准备了2年之后，命第八子皇左极监国，亲率2万劲旅，于1618年（万历四十六年，后星天命三年）春，到天坛祭天，领布了讨明檄文：“满洲国主臣努尔哈赤谨昭于皇天后土曰：‘我之祖父……未尝损明边一草寸土，明无端起衅边陲，害我祖父，恨一也；明虽起衅，我尚修好，设碑立誓，凡满汉人等，无越疆围，敢有越者，见即诛之，见而故纵，殃及纵者。讵明复渝誓言……逞兵越界，卫助叶赫，恨二也；明人于清河以南，江岸以北，每岁窃逾疆场，肆其攘夺，我遵誓行诛，明负前盟，责我擅杀，拘我广宁使臣纲里方吉纳，胁取10人，杀之边境，恨三也；明越境以兵助叶赫，俾我已聘之女，改适蒙古，恨四也；柴河三岔抚安三路，我累世分守，疆土之众，耕田艺谷，明不容收获，遣兵驱逐，恨五也；边外叶赫，获罪于天，明乃偏信其言，特遣使臣遗书诟詈，肆行凌侮，恨六也；昔哈达助叶赫二次来侵，我自报之，天既授我哈达之人矣，明又党之，胁我还其国，已而哈达之人，数被叶赫侵掠，夫列国之相征伐也，顺天心者胜而成，逆天意者败而亡，岂能使死于兵者更生，得其人者更还乎？天建大国之君，即为天下共主，何独构怨于我国也？初扈伦诸国，合兵侵我，天厌扈伦启衅，惟我是眷，今助天遣之叶赫，抗天意，倒置是非，妄为剖断，恨七也。欺凌实甚，情所难堪，因此七大恨之故，是以征之。’谨告。”
努尔哈赤以杀父祖，遣兵助叶赫防御等“七大恨”作为伐明的檄文，兵分两路，命左翼四固山兵攻东州、玛根丹（均在今抚顺南面）二城，自己率领右翼四固山兵攻抚顺。汉人范文程献计劝降。抚顺守将李永芳本是一个没用的人物，闻满洲军入境攻城，已吓得没有主意，见到努尔哈赤劝降书，就举城投降了。明朝辽东巡抚李维翰急遣广宁总兵张承荫，辽阳副将顾廷相率兵1万来战，双方在抚顺城10里处交战，自日中到傍晚，两边都余勇可贾，不肯退兵。两军阵战坐土飞扬，天昏地暗。明军火炮虽猛，都没有防备多铎见勤率领，后金兵杀来……张承荫腹背受敌战死，士卒十损七八。后金兵获马9000匹，甲7000副，器械无数。7月，努尔哈赤又率八旗兵进入鸦鹘关，围攻清河城，明将邹诸贤固守抵抗，结果城破被杀，接着后金又占领一堵墙，碱场二战。努尔哈赤在军事上的节节胜利，不但使“全辽震动”，而且北京也“举朝震骇”，就连饱食终日、万事不理的神宗皇帝也深感“辽左覆军陨将，虏势益张，边事十分危急”。
明朝为了安定辽东，巩固其统治，早日把后金势力镇压下去，决定发动一次大规模进攻后金的战争。然而，由于明末政治腐败，驻守辽东的明军业已腐朽不堪，名义上虽有8万多人，实则能作战的不过1万多人，而且兵备松弛，士气颓靡，“累年以来，不修兵具，朽戟钝戈，缓急不足为用，金鼓几于绝响，偶令之截杀，股栗腕战，面孔殊无生色”，这样的军队实在不堪一击。所以明朝政府只好“以倾国之兵，云集辽沈，又招合朝鲜、叶赫”，可是从全国各地征调的军队也和辽东明兵一样腐朽，许多人“伏地哀号，不愿出关”，不少将领“哭而求调”。由此可见，明朝出师并无取胜的把握，只是打一场孤注一掷的冒险战争。
明朝命杨镐为辽东经略，以杜松、李如柏刘蜒等为副，调兵筹饷，经过9个多月的准备……到了1619年（明万历四十七年，后金天命四年）的4月，赴辽的明军都先后到达，再加上胁迫征调的1.3万名朝鲜兵，总共有10万余人，号称47万大军。杨镐与诸将议定，分四路进攻后金，总兵刘蜒率军出宽甸由东；总兵马林率军出三岔口由北；杜松率军出抚顺关由西；李如柏率军出鸦鹘关由南。其中以西路杜松为主力，皆直指赫图阿拉。此外，王绍勋总管各路粮草，杨镐坐镇沈阳，明廷被自己的虚张的声势所欺骗，洋洋得意地认为“数路齐捣，旬日毕事耳”。
努哈赤掌握了明军的战略部署和行动计划，正确地分析了形势，认为明军是采用分兵合击，声东击西的战术。努尔哈赤说：“明使我先见南路有兵者，诱我兵而南也，其由抚顺所西来者，必大兵也，急宜拒战，破此则他路兵不足患矣”。因此，只派500人抵御和阻滞南路的刘蜒军，而把全部兵力集中起来，打击从西而来的杜松的明军主力，所谓“凭尔几路采……我只一路去”。这一部署是正确的，因为从兵力上看明军有10万多人，而后金只有6万人……处于劣势。但明军分成四路，兵力分散，再加上刘蜒，马林和李如柏三路山高水险，行军困难，一时不易到达，只有杜松一路出抚顺，渡浑河，沿苏河而上，道路平坦易行，两日就可到达赫图阿拉。努尔哈赤以6万人对付杜松的3万人，才能够在战役上稳占优势，取得主动权。于是他亲自统率八旗大军迅速开赴西线，阻击明军。两军在萨尔浒一带相遇，揭开了著名的萨尔浒战斗的序幕。
这次战役，可分三个阶段
第一阶段是萨尔浒、吉林崖战斗。杜松一路于二月出抚顺关。
时值隆冬，塞外天寒地冻，明军出师不利，人马被冻伤大半。杜松立功心切，令军士冒雪西进，于四月抵达萨尔浒山。努尔哈赤急令长大代善率两旗兵力防守构筑界凡城，阻挡明军东进。于是杜松留下2万人驻守萨尔浒，自领1万人攻打界凡城，把已经分散的兵力再行分散。此时，努尔哈赤率领八旗兵已到界凡以东，迅速地抓住了各个击破的战机。他说：“先破萨尔浒山所驻兵，此兵破，则界凡之众，自丧胆矣。”便派代善，皇太极带领两旗截击杜松，自己亲率六旗猛打萨尔浒的明军，明军遭到突然攻击，纷纷逃往萨尔浒河西岸，结果在得力阿哈一带全部被歼。而杜松在吉林崖下，陷入重围，被流矢击中，坠马而死，全军覆没，“伤者漫者遍野，血流成渠，军器与尸冲于浑河者，如解冰旋转而下”。
第二阶段是尚间崖、斐芬山战斗。4月14日，马林率明军与叶赫兵出三盆口，扎营于富勒哈山的尚间崖，派潘宗颜领一军驻守斐芬山，又遣龚念遂率一军守卫斡辉鄂模，互为犄角，彼此声援。
努尔哈赤在西线消灭明兵主力以后，乘胜挥戈北上，十五日，后金兵首先击溃了驻守斡辉鄂模的明兵，随后又攻打尚间崖，明兵大败，马林仅以身免，逃往开原。斐芬山的明军也被攻灭。
第三阶段是阿布达里冈、富察战斗。四月十日，刘一路出宽甸，此路明军虽然出师最早，由于山道陡峭，大雪封山，进军迟缓，迟至15日才到达深河。后金的少数守军沿途拦截，且战且退，竭力阻滞明军的前进速度。十六日，刘挺进抵阿布达里冈，姜弘立率领朝鲜兵到达富察（富车）距离赫图河拉还有五六十里。
这时，努尔哈赤已在西北两路获胜，立即派扈尔汉、阿敏、代善、皇太极先后出发，日夜兼程赴赴东线，很快在东线集中了3万多人，“隐伏山谷”，待机而动。明军却焚毁村寨，“分掠部落”，并无戒备地前进。后金军“不意突出，冲断前后”，刘战死……
全军覆没。辽阳总兵刘，身经百战，临危不惧，挥舞战刀，奋力拚杀，结果战死疆场。代善随之集合八旗兵，攻打富察一带的朝鲜军，姜弘立的军营被紧紧围住，“孤阜狭隘……人马倡侧，屡日饥卒，兼之焦渴，欲走则归路已断，欲战则士皆股栗，至有抛弃器械，坐而不动者，事无可为”，于是姜弘立以下，全军投降。
杨镐惊悉三路丧师，急令李如柏撤兵，明朝四路大军只有这一条路逃脱了败灭的厄运。
萨尔浒战役是集中使用兵力，选择有利的战场和战机，连续作战，速战速决，各个击破，在战略上以少胜多的典型战例。在战斗中，充分显示了努尔哈赤机动灵活的指挥才能和后金将士的勇猛战斗作风，在5天之内，在3个地点进行了3次大战，战斗前部署周密，战斗中勇敢顽强，战斗结束后迅速脱离战场，立即投入新的战斗。结果，后金大胜，明军惨败。这次战斗对双方都是十分关键的一仗，从此，明朝的力量大衰，它阻碍女真各部统一发展的政策彻底失败，不得不由进攻转入防御；后金的力量大增，它的政治野心和掠夺财富的欲望随之增长，由防御转入了进攻。
萨尔浒之战后，明朝辽东兵力元气大损，努尔哈赤乘胜挥师西进，先后攻占了开原、铁岭。大掠人口、财物、田禾，八月又攻灭叶赫。明朝政府派熊廷弼为辽东经略，赴辽东督师，责令他进攻后金，收复失地。熊廷弼来后，看到辽东地区，一片混乱，明军“坚甲利刃，长枪大器，丧失俱尽”，将士们“一闻警报，无不心惊胆丧”，身无片甲，手无寸械，随营糜饷，装死盼活，不肯出战，“各营逃者，日以千百计”，“人人要逃，营营要逃”明廷在辽东长期经营所建立的精兵重镇，完全解体。他认识到：现在明军与后金军的军事力量已不是从前，很不利于自己，唯有“坚守渐逼”之本，采取持久的防御方针，积畜自已的力量，才能削弱后金的锐气，徐图反攻。熊廷弼督率军士，造战车，备火器，修筑城池，屯用积粮，整个辽沈地区固若金汤。但以守为战的策略，都没有得到朝廷的支持，熊廷弼被迫辞职，换了袁应泰来代替他。
袁应泰本是进士出身，曾升任巡抚，为人颇有精敏，但不是用兵能手。既到辽东，改变熊廷弼的许多设施，嫌熊廷弼用法太严，“以宽矫之，多所更易”，并且盲目地要三路出师，收复清河、抚顺，攻打后金。明军还没有来得及出动，1620年3月，努尔哈赤亲率大军围攻沈阳，经过几次激战，沈阳总兵贺世贤殉职，沈阳失守，后金兵又进攻辽阳，袁应泰令军士沿城掘濠，沿濠环列火器，以便守御，自率总兵候世禄、姜弼、梁仲善等，出城5里迎战。后金“以铁骑四面扑攻”，明军“奋勇迎击，败白标兵，又败黄标兵，击斩落马者二三千人”，经过3天激战，明军寡不敌众，3月21日，辽阳失手，袁应泰自杀。辽阳既下，辽东附近50寨，及河东大小70余城，皆望风投降。努尔哈赤为了加强对新占领区的统治，由萨尔浒迁都到辽阳。
辽沈失陷的消息传到北京，举朝震惊，熹宗仍召熊廷弼还朝，出任辽东经略，以王化贞为辽东巡抚。熊廷弼上三方布置策，以广宁一方为陆路界口，拟用马步军驻守，以天津登莱二方为沿海要口，拟各用舟师驻守。但熊廷弼此次仍决定采取守势，而王化贞力主倾关外三兵，同后金决一胜负。王化贞掌握实权，拥兵10余万，唯所欲为，熊廷弼仅有兵4000，无可奈何。1622年正月，努尔哈赤利用熊王矛盾，发兵渡辽河而西，熊廷弼主张集中力量守卫广宁，而王化贞却把兵力分散于各城堡，摆出一副被动挨打的态势。后金兵围攻西平，王化贞派其心腹孙得功前去援救，结果战败，孙得功奔回广宁，蓄意投降后金，“疾呼军民宜早剃头归顺”，于是“一城江然，争夺门走”，王化贞仓皇西逃，广宁失陷。
接着后金又连陷40余城，占领了辽河以西的大片土地。以后，努尔哈赤为了便于进一步和明朝作战，又从辽阳迁都沈阳，当时称作盛京。虽是塞外都城，却不亚于大明京阙，城内楼台殿阁，金璧辉煌。清太祖努尔哈赤率六官后妃、满朝文武移都于此。他还声称：“大而变小，小而成大。古来兴亡变迁之道甚多……我金汗身行正道，上天春爱，况南京、北京、汴京本非一人所居之地，乃女真、汉人轮流居住之地。”很显然，这时，努尔哈赤兵强马壮，屡败明军，几乎占有全辽之地，已具有和明朝政府争夺全国统治权的力量和雄心了。皇太极继位后，更是“欲得中原”。因此，从努尔哈到皇太极都把进攻明朝、夺取中央政权定为基本国策，因而后金政要必然成为除农民起义军外的与明朝争夺天下的有力敌手。
广宁失守以后，熊廷弼、王化贞下狱处死，明廷派王在晋经略辽东。但他却主张放弃关外，退守山海关，在关门外八里铺修筑重点，设兵防守。这一消极防御的主张，遭到中下级将领袁崇焕等人的反对。袁崇焕原是个下级文官，很有谋略和胆识，广宁失陷时，曾单骑出山海关巡阅，他奉命“往前屯安插辽民，四鼓入城，夜行入荆棘蒙茸虎豹潜伏之地”，不避艰险，敢于任事。他调查了关外的形势，说：“予我军马钱谷，我一人足守此。”他认为：
若保关内，必守关外，若保关外，必守宁远，（今辽宁省兴城县）。因为，宁远在山海之东，广宁之西，当要冲之地，附近大海中的觉华岛可以设水师，屯粮秣，作为犄角，在广宁失守之后，这里是山海关的屏障，不可轻弃于敌。袁崇焕的主张得到兵部尚书孙承宗的赞同与支持，不久，明廷起用孙承宗代替王在晋经略辽东。孙承宗继承熊廷弼“以守为战”的战略方针，采纳袁崇焕的建议，大力整顿山海关的防务，重点加强宁远的防御力量，派袁崇焕、祖大寿等驻守宁远，兴工修筑宁远城，又修建了锦州、大小凌河、松山、杏山及右屯诸要塞。
这样就构成以锦州、宁远为重点的关外防线，使得努尔哈赤无机可乘。1625年（明天启五年……后金天命十年）9月，孙承宗因耀州之役战败，遭到阉党的攻击，便辞职不干了。
明廷以高第接替孙承宗，高第认为关外不可守，一反孙承宗的措施，撤锦州、右屯、大……小凌河及松山、杏山、塔山守具，尽驱屯兵入关……而死亡载途，哭声震野，民怨而军益不振，袁崇焕劝说不听，不肯从命，坚守宁远孤城。
天启六年（后金天命十一年，1626年），努尔哈赤又决定大举攻明，正月十四日，亲率大军渡过辽河向西推进，后金主力来犯的消息传开后，锦州、松山（今锦州南）、大凌河（今辽宁锦县），小凌河、杏山（锦州南）、连山（今锦西），塔山（锦西北），七城的明军大惧，“焚房，谷而走”，后金兵直抵宁远城下，并且派出一支军队于宁远城西南5里处切断通往山海关的大路，努尔哈赤妄图倚仗优势兵力不战而下，派被俘汉人进入宁远城对袁崇焕说：“吾以20万兵攻此城，破之必矣。尔众官若降，即封以高爵。”袁崇焕大义懔然地回答道：“义当死守，岂有降理？且汗称来兵20万，虚也；约有13万，我亦不以来兵为少也。”
努尔哈赤见招降无效，于正月二十四日指挥后金兵奋力攻打，袁崇焕和总兵满桂，会集军士，泣血立誓参将祖大寿凭城固守，“桦炮，药罐，雷石齐下，死战不退”。后金兵失利……被迫后撤。次日，又挥兵力攻，被明军击退。后金兵在攻城时被击毙游击2员，备御2员，士兵500名宁远城上，明军旗帜飘扬，戈矛林立，更有1台火炮助威。袁崇焕全身披挂，金盔耀目，铁甲生辉，威风凛凛。火包响处，炸得满洲士兵血肉横飞。努尔哈赤自从25岁起兵以来，四出征讨，战无不利，攻无不克，特别是在万历四十七年一举击败明朝四路之师，自渭所向无敌，没想到宁远城下损兵折将，败于明朝一个中级官员手下，这在精神上给他的打击是十分沉重的。2月上旬，努尔哈赤郁郁寡欢，回到沈阳，不久发病，于8月11死去，这是满清创业时的一大损失。
宁远大捷是明朝对后金作战的第一次重大胜利，它挫伤了后金的锐气，挫败了努尔哈赤进一步夺取整个辽东地区的企图，暂时延缓了山海关和关内的安全。
努尔哈赤死后，他的第八个儿子，四王皇太极即位为帝，改年号为天聪（一六二七年）。
皇太极顺应社会发展的趋势，加强了中央集权。首先。是削夺了三大贝勒之权。1630年，皇太极改变与三大贝勒同受朝拜，共听国政的局面，独掌政权。他幽禁二贝勒阿敏，惩罚了三贝勒莽古尔泰，二人先后死去。他亲自掌握了正黄、镶黄、正蓝旗，又压服了大贝勒代善。
皇太极在各旗设立代表后金汗的总管旗务大臣，以分诸王贝勒的实权，其次，中央政治机构的建制。1631年仿明制设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，管理行政，以致变过去的军事与政治不分，行政令白八旗旗主掌握的旧制。1636年，设立了具有内阁形式的内三院，（国史……秘书、弘文院）和都察院。第三，为了吸收汉族的知识分子，从事政权权建议，1629年实行科举考试制度，规定不论蒙，汉和女真等族，均可报考，女真贵族家庭的奴隶，如有儒生愿投考者，不许阻挡。第四，皇太极为扩大兵源以和兵力众多的明王朝作战，又为了平衡满族八旗旗主和贝勒们的军事努力，创立了汉军八旗和蒙古八旗。
本来，八旗属下的人丁并非全是满族，也有汉人和蒙古人。
1623年（明祟祯六年，后金天聪十年），皇太极令满族各户下汉人10丁抽1，组成汉兵一旗，以黑旗为标志，由额驸佟养性统率。第二年，改汉兵为汉军，满语叫“乌真超哈”（“乌真”汉语“重”的意思，“超哈”汉语“兵”或“军”的意思）。1637年（明崇祯十年，清崇德二年），皇太极把汉军旗分为两旗，以后廷柱为左翼固山额真，马光远为右翼固山额真，也按照满洲八旗编壮丁为牛录。1639年，皇太极又分汉军两旗为四旗，以马光远、石廷柱、王世选、巴延4人为固山额真，各领一旗。到了1642年，再增设四旗，共为八旗，称为汉军八旗，旗色与满洲八旗相同，每旗设固山额真1人，梅勒章京2人，甲喇章京5人。此外，1634年（明崇祯七年，后金天聪八年），又把八旗中勇敢善战的蒙古人拨出，编成蒙古二旗，1635年，扩编成蒙古八旗，旗色和建制也同满八旗一样。汉军八旗和蒙古八旗组成虽然与满洲八旗相同，但是汉军、蒙古的固山额真都是由皇太极任命，不称职的可以随时撤换。
这点和满洲八旗旗主世袭制不同。皇太极是满、蒙、汉八旗最高统帅，他可以直接指挥和调遣这些八旗军。关于满、蒙、汉二十四旗的士兵数目，在入关之前，据统计满洲八旗约有319个佐领，6.3万多人。蒙古八旗约有129个佐领，2.5万多人。汉军八旗约有167个佐领，3.3万多人，共计有615个佐领，约12万多人。
与此同时，皇太极为了加强八旗兵的战斗力，不断颁布军律和加紧制造火器。1634年（明崇祯七年，后金天聪八年）7月，皇太极认为“师行动众，约束宜严，不可不明示法律，以肃众志”，于是颁布军律，规定大军按队安驱，毋许喧哗，勿离旗纛……
勿毁庙宇，勿杀行人，敌兵抗拒者杀之，归顺者养之，所俘之人，勿夺其衣服，勿离其夫妇……勿淫妇女……勿饮酒……若有违令者正法“以后曾多次重申以上军律。此外，虽然八旗骑兵行动机动灵活，但不适于攻坚战，特别是努尔哈赤之死和皇太极两次攻打广宁不克，都是吃了明军火器的亏。所以，1631年（明崇桢四年，后金天聪五年），皇太极命王天相等人力口紧研制火炮，该年六月造成，命名”天祜助威大将军“另外还有得自明军的”红衣大炮“多门，配备给各旗服役。这样，皇太极不仅有了善于野战的八旗骑兵，而且又有了能够攻坚的炮兵，所以八旗兵的战斗力大大增强。这些政策和制度的建立需要时间，加上当时后金内部满族贵族与广大汉族人民之间的矛盾，后金奴隶主与农奴之间的矛盾，汉权与诸王权力之间的矛盾，在经济上由于明朝停止后金朝贡和互市，”银两虽多，无处贸易，是以银贱而诸物胜贵，而且又遭受严重天灾，人民厌战，在军事处于三面受敌的境地，东边有朝鲜，西边有蒙古，南边有明朝。为解除后方的威胁，争取时间，储备力量，待机成熟，进取中原，皇太极多次向明朝表示愿意和谈，甚至允诺放弃帝号，承认明朝皇帝为天下共主，条件是勒索巨额金银财帛，恢复互市，借以达到从经济上加强自己，削弱明朝的目的，同时，大举出兵，东征朝鲜（1607年至1638年），西征同明朝友好的蒙古察哈尔部（1628年至1635年），迫使朝鲜和漠南蒙古先后屈服于后金。
皇太极为了入关夺取明朝的中央政权，一开始就打着议和的旗号，借以麻痹和涣散明朝的斗志，但是，他在议和旗帜的掩盖下，从未停止或放弃对明朝的战争。
1627年（明天启七年，后金天聪元年）五月，皇太极取得侵朝战争胜利后，立即调兵西进，突然进攻明军，攻打锦州、宁远，未能攻克，便把大小凌河城毁坏掠夺一空，回师沈阳。
1629年（明崇祯二年，后金天聪三年）12月，皇太极亲率大军，避开袁崇焕在宁远和山海关的防区，取道蒙古，以蒙古兵力为先导，兵分三路从喜峰口入关，攻陷遵化，直抵北京城下，明朝上下惊恐万状，袁崇焕、祖大寿从山海关外领兵急行三昼夜入援。皇太极施反间计，假崇祯之手，杀了袁崇焕，祖大寿率军退回关外。当时，明朝各路援军纷纷抵京，皇太极与明军在京郊会战，杀明朝战将满桂。1630年（明崇祯三年，后金天聪四年），皇太极从北京撤兵，挥戈东进，攻掠京师外围各州县，占领水平、滦州、迁安等府县，留兵驻守水平、迁安、滦州、遵化四城，自己率军由冷口出关，返回沈阳。不久，驻守水平四城的阿敏，因孤军深入，又无后援，被明军打败，退回关外。
1634年（明崇祯七年，后金天聪八年），皇太极再次入关，分兵四路进攻明军：一路从尚方堡攻打宣府、大同，一路从龙门口直趋宣府，一路从独石口进攻应州，一路从得胜堡攻打大同。后金八旗兵对各地大肆侵拔破坏，抢掠大批人口和财物，便退回沈阳。
到了1636年，皇太极经过9年的努力，已加强和巩固了后金的统治，基本上消除了来自朝鲜和蒙古的威胁，为夺取明朝中央政权作了准备，是年5月，皇太极称帝，定国号大清，改元崇德。从此，皇太极把主要力量放在进攻明朝上，明清之间的关系进入一个新的时期。
同年秋天，皇太极命阿济格从独石口，入居庸关，直抵北京，然后南下攻打保定，连陷城池10余处，掠夺人畜18万返回盛京。1638年（明崇祯十一年，清崇德三年），皇太极又命多尔衮，岳托率清军分两路攻明，一军从密云北入墙子岭，一军从青山关入通州，两军在京郊通州会师，然后至涿州，分成八路，一路顺太行山，一路沿运河。中间六路，由北向南进侵。然后，清军从临清渡过运河，进入山东，攻占济南，明德王被俘，攻下城池50多处，虏获人口46万，金银百余万两。第二年春天，清军由天津北上，出关回师盛京。
皇太极称帝前后，数次入关侵扰，掠夺大批人畜财物，却不敢立足于内地，除了清军所到之处人民群众纷纷起来反抗外，其重要原因是明军仍然控制着山海关及关外锦州等地，所以清军不敢在内地多停留。山海关是屏蔽北京的要塞，而锦州乃是山海关的门户。清朝为了夺取北京，争夺全国的统治权，就必须先打下锦州和山海关。因此，在明朝灭亡以前的几年内，这里成为明清之间激烈争夺的战场。
1640年（明崇桢十三年，清崇德五年）3月，皇太极采取“由远渐近，围逼锦州以困之”的策略，命郑亲王济尔哈朗为右翼主帅，多罗贝勒多铎为左翼主帅，带领一半清军包围锦州。守将祖大寿顽强抵抗，清军未能得逞。5月，皇太极亲至锦州城外，督促清兵抢割郊外庄稼。6月，派睿亲王多尔衮、肃亲王豪格率另一半清军接济尔哈朗，多铎所统军队，继续围困锦州。并派兵断绝松山、杏山贩明军援路。此后，每三个月轮换一次，以资休整。祖大寿被围日久，兵力不敌，向朝廷紧急求援。这年年底，崇桢帝派蓟辽总督洪承畴率总兵李辅明、王朴、唐通、曹变蛟、白广恩、马科、吴三桂、王廷臣统步骑13万往援。洪承畴吸取了杨镐轻举妄动的教训，采取稳扎稳打，逐步推进的战术。1641年5月，他率领援军精锐进至锦州城南约18里的松山西北立营，同锦州城内的祖大寿呼吸相应。济尔哈朗令右翼清军向明朝援军进攻，不仅被击退。连他自己在山顶设立的营寨和正红旗、镶红旗、镶蓝旗驻营地也被明军占领。由于祖大寿英勇善战，洪承畴老成持重，清军在围攻锦州和袭击明朝援军的战斗中一再失利，梅勤章京硕翁等被击毙，牛录章京佛咯向明军投降。当时，锦州城内的粮食可供守军一二年之用，援军相距不远，人心稳定。洪承畴准备久守，命守军分别驻扎于松山的东、西、北三面，又令总兵曹变蚊在松山以北、乳峰山以西之间，驻扎士营兵力，环以长壕。洪承畴则坐镇松山城，严阵以待。按洪承畴的部署，援军前锋固守松山，待后续部队护送粮草辎重由塔山、宁远抵达松山地区后，再一举突破清军防线，同祖大寿军会师。可是，明朝兵部尚书陈新甲等却迎合崇祯帝速胜心理，力劝下诏促战。兵部职方司郎中张若麟带着崇祯帝的密诏和兵部文书来到松山，强令洪承畴立即同清军决战，以解锦州之围。洪承畴被迫把大批粮储留在塔山一带，全军向松山集中。
8月，清军前线主将多尔衮，豪格向皇太极报告：“敌兵实众，乞遣亲王率兵一半前往……协力拒敌。”即要求改变原先半数兵力进攻，半数休整的部署，全军出战。皇太极知道成败关键在此一举，15日亲统大军赶赴前线，昼夜兼程六日到达锦州。鉴于洪承畴13万大军云集于松山、乳峰山的狭小地区，大批粮草却留在塔山、笔架山和宁远，皇太极当即决定主力进至塔山、松山之间、派阿济格等攻下笔架山，缴获明军积粟12堆。他从情报中行知洪承畴部大军随带粮食不多，饷道切断，势必后撤，就在松山、塔山之间掘壕设障，埋伏重兵，伺机歼敌。洪承畴早已预计到这种危险，陷入绝境后，他力图挽回败局，除留下曹变蛟、王廷臣同自己固守松山地区外，命令吴三桂、王朴、唐通、马科、白广恩、李辅明六总兵回师西南，打开通道。但战略上已完全处于被动地位，无法挽救朝廷决策的错误了。清兵预先在塔山、松山、杏山、小凌河等要道设伏兵，吴三桂等突围途中，不断遭到清军邀击，几乎溃不成军，被清军追杀和逼入海中淹死的多达数万人，只剩下少数兵马脱出重围。洪承畴打通饷道的方案既已破产，自身也象锦州城里的祖大寿一样陷入重围。为了加强松山的防御力量……他命曹变蚊放弃乳峰山，同自己合守松山。曹变蛟奉令带兵杀出重围，无意中冲入了皇太极的御营，清军“大惊”。从9月起，洪承畴、辽东巡抚邱民仰、总兵王廷臣、曹变蛟所统士卒不过1万多人驻守松山，仍一再派兵出城突击，都被清军击败。洪承畴5次组织突围均未成功。清军在松山外围掘起长壕，将松山紧紧围困其中。明廷派出的几路援军均半路受阻……以至松山守兵弹尽粮绝，士气低落。到1624年（明崇祯十五年，清崇德七年），2月18日松山副将夏成德叛变，接应清军入城，邱民仰，王廷臣、曹变蛟等被俘杀，洪承畴被俘后降清。3月，祖大寿投降，清军占领锦州。至此，松山、锦州战役以清方全胜结束，明朝在辽东只剩下宁远至山海关一隅之地，没有力量同清方再决雌雄了。
皇太极取得松锦大捷后，整个形势对满清十分有利，他认为“明国粮兵已尽，我兵四围纵略，彼国势日衰，我兵力日强，从此燕京可得矣”。明朝末帝崇祯幻想与清军议和，以全力对付李自成的起义军，却不料事情泄露，引起朝野不满。为了进一步向明朝施加压力，清兵于1642年11月自墙子岭、青山口等处越过长城入关，突袭蓟州，并深入到畿南。明为保首都而调集各路大军入京，但明军对清军采取了观望自保的政策，结果清军转战到山东，连破海州（江苏连云港）、丰（扛苏丰县）、沛（江苏沛县）等80多个州县。各地明朝官吏闻风而逃，清军如入无人之地。清军杀明宗皇鲁王，俘获人口36万，牲畜55万头，然后大摇大摆自北京地区出塞凯旋。明朝在农民起义和清军进攻的内外夹击之下，摇摇欲坠。