漠北噶尔丹叛乱被清政府平定之后，准噶尔部的割据势力仍负隅顽抗，企图“尽效噶尔丹所为，思吞并四部为一”，于是与清廷的斗争再起。到了康熙末年和雍正年间，准噶尔部在策妄阿拉布坦的苦心经管下又逐渐强大起来，“潜师入藏，袭杀拉藏汗”，作乱边疆。清廷采取果断的措施，及时出兵西藏并加强西北防务，粉碎了叛军的分裂阴谋，保证了清朝统一多民族国家的和平和发展。
争夺哈密策旺阿拉布坦是僧格的长子，噶尔丹之侄。远在1653年（顺治十年），巴图尔浑台吉死，其子僧格继位，但不久巴图尔浑台吉诸子之间就发生了争夺统治权的内讧，噶尔丹趁机夺得了准噶尔部统治权，策旺阿拉布坦被迫依附于噶尔丹。据《东华录》雍正朝《卷十四》上记载：策旺阿拉布坦“与伊叔噶尔丹不相和睦，带领7人潜逃至吐鲁番地方居住……且圣心（指圣祖仁皇帝）仁慈，不忍遣兵将噶尔丹余剩部落，悉行剿灭，恩加格外，遣使赏给策旺阿拉布坦。彼时，策妄阿拉布坦力弱势微，甚为恭顺”。当时，噶尔丹正勾结沙俄，图谋对喀尔喀的入侵。策旺阿拉布坦一面向清侵政府“请安纳贡”，表示“大凡君有谕旨，俱愿遵行”，一面“用其七友，收集散亡”，积极发展个人势力。1690年（康熙二十九年）策旺阿拉布坦利用噶尔丹再次东侵的机会，袭取噶尔丹的大本营科布多，“尽收噶尔丹之妻子人民而去”，占据了额尔齐斯河到乌布萨泊的广大地区，实际控制了准噶尔部，策旺阿拉布坦占据伊犁之后，向清政府“请安纳贡，”表示为清廷“效力尽瘁”，清政府在1694年（康熙三十六年）消灭了噶尔丹之后，承认了策旺阿拉布坦对准噶尔的统治。
随着准噶尔经济和军事实力的增长，“历十余年，部众繁滋，渐骄横”，策旺阿拉布坦开始“尽效噶尔丹所为，思吞并四部为一”，逐步与清廷作对，走上了背叛中央政权，搞分裂割据的道路。当时哈密已正式归附清朝，并擒献了噶尔丹之子色布腾巴珠，故策旺阿拉布坦对此极为忌恨。
康熙五十四年三月二十五日，策旺阿拉布坦“以兵2000，掠哈密”，不满足于自己控制的由清廷划定的阿尔泰山以西至伊犁的牧区，企图占有阿尔泰山以东和哈密地区的广大牧场。策旺阿拉布坦率军开进哈密以北地区，拔五寨，复进至哈密城下。哈密扎萨克达尔汉白克额敏向清廷告急。甘肃提督师懿德派兵反击援助哈密，策旺部败走。清廷同时要求与策旺会盟，和平解决分配牧场的纠纷，然而策旺阿拉布坦拒绝。为防策旺南扰，清王朝派总兵路振声驻防哈密，派吏部尚书富宁安率师援剿，分兵赴噶斯口，征外藩兵集中归化，派满军及索伦兵赴推河，右卫将军费扬古总理军务。因清军防守严密，策旺才未敢南下骚扰。
根据1722年沙俄派往准噶尔部的使臣温可夫斯基记载：珲台吉（即策旺阿拉布坦）控制下的诸民族除厄鲁特蒙古人以外，还有哈萨克人、乌梁海八、特楞古特人、叶尔羌的布哈拉人……布鲁特人、马拉宾人等。其军事力量达到了整个新疆地区和哈萨克草原东南部以及锡尔河中游一带。康熙五十四年，沙俄派出一支3000军人的侵略军侵入准噶尔达布逊淖尔（亚梅什湖）地区，企图建立要塞以作为进一步南下叶尔羌的基地。策旺阿拉布坦派出万余人迎战，粉碎了沙俄的侵略扩张计划。策旺抗击沙俄的亚梅什湖之战是正义的自卫反击战，其意义应予肯定。但策旺的野心越来越大，随着准噶尔部的发展和逐渐强盛，西藏成了他进一步扩张割据的新目标。
侵略西藏清政府和西藏地方的最初联系发生于清兵入关前。1639年（崇德四年），皇太极致书达赖，宣布清政府尊崇西藏佛教势力最大的教派——黄教的政策。此后，西藏地方各个方面的统治者主动与清朝建立联系，他们的行动在客观上明确地反映了祖国强大的向心力的作用。
十六、十七世纪，西藏的黄教在蒙古地区广泛传播，准噶与厄鲁特其它各部都普遍接受了黄教，这种宗教信仰上的一致，把蒙古和西藏两地的政治和社会生活日益紧密地联系在一起。因此，西藏黄教的最高首领达赖喇嘛在信仰喇嘛教的蒙藏人民中间享有很高的威望，两地许多重大活动，诸如会盟、战争、部落间的交往等都是在达赖喇嘛的名义下进行的，正如康熙大帝所言：“蒙古素崇佛教，有达赖喇嘛名，皆归响之”。于是，神王达赖喇嘛就成为蒙藏各派政治势力争权夺势的工具，因为凭借达赖喇嘛的教导权威就可以在蒙藏宗教社会产生广泛的号召力。策旺阿拉布坦必然对西藏的局势倍加关注，这是与他日益膨胀的野心相一致的。于是当西藏的政局陷于混乱时，策旺便急不可耐地出兵西藏了。
这时青海厄鲁特蒙古中的和硕特控制丁西藏，建立了由和硕特蒙古与黄教的联合统治。
和硕特部首领顾实汗及其子孙一直与清朝中央政府保持着臣属关系。十八世纪初，达赖汗的儿子拉藏汗继承父位后，更“明确地站到了中国（按：指清朝）一边”。然而由于拉藏汗在宗教策略上的某些鲁莽轻率行为，明显地把自己置于与黄教寺院集团相对立的地位，在围绕达赖喇嘛继承权的问题上，西藏地方两派政治势力发生了激烈的冲突，乃至兵戎相见，使西藏陷入内乱之中。
1697年（康熙三十六年）第巴（按：由达赖与顾实汗共同委任的负责西藏政务的官员）桑结公布达赖五世园寂，同时指定自己择定的转世灵童为达赖六世，拉藏汗则视之为假达赖，并向清廷上报他“行为不端”。1704年双方发生冲突，并率兵从其在藏北为驻地进军拉萨，逼迫第巴桑结退位，由他的儿子继位为第巴。1705年战争又起，藏兵战败，第巴桑结被杀。
拉藏汗又扶植了新的达赖，然而“青海诸蒙古，复不信之”，于是西藏存在着一股反拉藏汗的强大潜流，局势更加动荡。
西藏局势的动荡和变化关系策旺阿拉布坦的切身利益，因为他对西藏的侵略野心是蓄谋已久的。策旺表面上通过与拉藏汗联姻的关系，先娶拉藏汗姐姐为妻，而后又招拉藏汗长子丹衷为婿，借以麻痹拉藏汗以便插手西藏事务，暗中却与第巴桑结相勾结，所以策旺的分裂活动是与西藏地方割据势力遥相呼应的，他们俩一拍即合，双方在反对拉藏汗，抵制清廷的统一方针方面是互相默契的。1717年策旺出兵西藏的事件就是在这种情况下发生的，它是继噶尔丹叛乱之后，中国西部边疆地区统一集权与分裂割据两派政治斗争在军事方面的具体体现。正在这之前策旺阿拉布坦刚刚取得反沙俄侵略的胜利，并缴获了大量军需充实了自己的力量，然后乘着战胜的余威，策旺发兵南下，发动了对西藏蓄谋已久的侵略战争。
1716年（康熙五十五年）冬，策旺阿拉布坦派出了两支军队，一支由其表弟大策零敦多卜率领，另派一支300人的部队穿越新疆东部地方前往青海塔尔寺，企图劫持达赖喇嘛噶桑嘉错。他认为“一旦他掌握了那个灵童，整个西藏就会欢喜若狂地迎接他们，征服西藏就会成为一场不流血的战争”。然而这支东进的小部队还未到目的地，就被清军击败了。
大策零敦多卜所率的6000精兵“徙步绕戈壁，逾和阗南大发山；涉险冒，昼伏夜行”，于次年7月，由藏北腾格里海直入西藏。经过两、三个月的激战，拉藏汗军战败退守布达拉城，同时派使者向清朝求援。11月下旬，准噶尔军队四面包围了拉萨城，并与城内的间谍取得了联系。11月30日午夜，准噶尔军从四面向拉萨发起进攻，围攻布达拉宫，杀死了拉藏汗并凶残地屠杀城内军民，整个拉萨城血流成河。准噶尔军队在占领拉萨城后，抢劫三日，古城拉萨经历了一场空前的劫难，辉煌壮丽的布达拉宫也遭到了严重的破坏。
出兵平叛为了维护西藏地方的和平统一，平定准噶尔叛乱，清政府先后两次出兵西藏。
第一次用兵是在康熙五十七年三月（1718年4月），清廷派西安将军额伦特和侍卫色愣各率兵自青海入藏，由于仓卒进军而且是孤军深入，轻敌冒进，再加上兵力薄弱，在喀喇河（即黑河）一带相持一月，终因“军中食尽”，不幸败没，额伦特战死疆场。
康熙认为：“西藏屏藩青海、滇、蜀”，是中国重要的边防地区，倘为准噶尔部割据，则“将边无宁日”。为了维护边疆的统一，康熙决定第二次出兵平叛。鉴于第一次失败的教训，清廷对这一次军事行动做了充分的准备，厚集兵力，备足粮饷。1718年（康熙五十七年）……命皇十四子胤为抚远大将军，“驻节西宁，调饷征兵”，指挥进藏平叛的各路清军，以年羹尧为四川总督，协助办理军务。以平逆将军延信等出青海，向黑河进兵，是为中路；由定西将军噶尔弼，付将兵钟琪等率军出打箭炉，从四川入藏，是为南路；又派将军傅尔丹、富宁安分别自巴里坤、阿尔泰出师，“以猎其北”，防止准噶尔部向西藏增兵。
为确保战争的顺利进行，清廷又及时地安抚藏蒙人民并顺应当时大多数憎俗民众的意愿……正式册封塔尔寺的噶桑嘉措为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，宣布派兵送往西藏坐床。同时清廷又责令抚远大将军胤遣使与准噶尔叛军商谈，试图和平解决事端，但却被策旺阿拉布坦野蛮拒绝。
康熙五十九年春，噶尔弼率领南路军从四川出发，六月攻克察木多，从容进军，秩序井然，一路各土邦纷纷率部归顺，势如破竹，准噶尔部的几支军队闻风溃散，八月占领了拉萨……逮捕了101名准噶尔充当间谍的准噶尔喇嘛，将为首5名斩首示众，打击了准噶尔部在西藏的割据势力。
在南路军入藏的同时，中路军在延信的率领下，自西宁出发，青海蒙古各部“汗、王、贝勒、台吉，各自率所部兵或数千或数百，随大军扈从达赖喇嘛入藏，军容甚盛”，受到西藏僧俗民众的热情迎接。大军驻扎在青海南境，先后在薄克河、齐嫩果尔和楚玛拉等地三次打败了截堵的准噶尔军，八月底进驻黑河。大策零敦多卜不敢退回拉萨，“计穷力竭，狼狈而遁”，率残部逃回伊犁。据记载，准噶尔入藏军队6000人，只有500人得以生还。
1720年，（康熙五十九年）九月十五日，在将军延信的坚持下，“在晴朗的天气中，举行达赖喇嘛坐床”大典，当地僧民欢呼雀跃，各复生业，西藏的社会秩序被逐步安定下来。
这次战争，清朝驱逐了侵扰西藏的准噶尔军，恢复了西藏地方的社会秩序，维护了祖国的统一，解脱了西藏人民的灾难，是一次值得肯定的进军。随后清朝政府进一步加强了对西藏的管理，并开始在西藏留有驻兵，从此西藏成为我国领土不可分割的一部分。
清王朝为了巩固边防，防止策旺阿拉布坦再惹事端，决心增兵吐鲁番，屯田备边。这一举措乃与清廷派兵驻藏是相一致的。康熙六十年八、九月间，清廷先后派副都统庄图、穆克登各率兵2000人进驻叶鲁番，由阿喇纳统一指挥。阿喇纳军在途中与旺军相遇，清军分三路突入准噶尔阵内，策旺阿拉布坦败入林中，弃马步战，边战边退。清军以火器射击，杀死杀伤准噶尔军百余人，准噶尔军溃不成军，清军乘胜追击数10里，俘获了众多的叛军。
准噶尔军民的抗俄斗争准噶尔人民在与沙俄的长期“交往”中，早已识破沙俄口蜜腹剑的伎俩。十七至十八世纪之交，俄国正是野心勃勃的彼得一世在位时期，在与欧洲列强争霸的同时，沙俄也在东方极力推行侵略扩张政策，屡次派军侵犯、骚扰我东北和西北的边疆，为此清政府进行了强硬的反击，准噶尔人民也坚决反抗沙俄入侵，亚梅什湖之战就说明了准噶尔人民不容外敌侵犯，保家为国的决心。
但沙俄侵略者贼心不死，在亚梅什湖战败之后，又组成了400多人的一支侵略军。试图侵入斋桑湖，在湖边修筑城池要塞，以伺进侵略我国西北。但这支侵略军又遭到噶尔军民2万人的截击，不得不灰溜溜地退回老巢托波尔斯克。
到了1721至1722年，策旺阿拉布坦的势力被清军逐出西藏之后，处境十分狼狈，为摆脱困难而表示愿意向沙俄让步。沙俄政府以为有机可剩，立即把侵略魔爪伸向准噶尔部，劝诱策旺臣属于俄国以求得到俄的庇护。然而在准噶尔人民面前，策旺拒绝了俄的威胁利诱，坚持了严正的立场，“拒绝转入俄罗斯国籍，并且没有接受翁科夫斯基所提出的关于在汗国领土上修筑要塞并派俄军驻防其中的建议”，这说明准噶尔人民是爱国的，因此沙俄翁科夫斯基使团在准噶尔活动的两年内，处处碰壁，一事无成。
铲除青海叛乱1723年（雍正元年），准噶尔汗策旺阿拉布坦支持青海和硕特蒙古贵族罗卜藏丹津乘抚远大将军胤回京奔丧之机，公开发动了武装叛乱。
罗卜藏丹津是顾实汗之孙，于1714年继承了其父的和硕亲王爵位并于1720年（康熙五十九年）作为青海和硕特代表“率所属兵”，参加了清军护送达赖喇嘛入藏的队伍，但在顾实汗死后（顺治十三年，即1656年），青海和硕特便失去了统一各部的凝聚力和约束力，出现了王公贵族相互纷争，成为清政府西北地区的“边患”。直到清政府平定噶尔丹叛乱后，才与和硕特部建立了松散的联系，和硕特部地方割据势力仍十分强大。清军进藏后，加强了对西藏政府的管辖和控制，从此结束了和硕特蒙古对西藏的统治。由此罗卜藏丹津怀恨在心，因他一直怀有“阴觊先人霸业，总长诸部”的政治野心。罗卜藏丹津本是青海和硕特蒙古贵族中唯一的亲王，爵高位崇，在他看来他理应接替拉藏汗而统治西藏，然而事实都恰恰相反，罗卜藏丹津不仅没在西藏获得任何权势，反而受到了清政府的抑制与削弱。因此，罗卜藏丹津对清廷产生了强烈的不满，代表青海割据势力，与策旺相勾结，悍然发动了反清的武装叛乱。
1723年（雍正元年）8月，罗卜藏丹津胁迫青海各台吉（即首领）于巴尔巴罗海会盟，自称为达赖珲台吉，强令诸台吉“呼旧名号，一律不许呼王、贝勒、贝子、公封号”，拒绝者则遭攻击，于是如亲王察罕丹津等，率妻子及所属百40余人，至河州老鸦关外，向清朝求援……
清廷闻变后，急令川陕总督年羹尧率军前往平叛，一面命侍郎常寿去罗卜藏丹津驻地沙拉图宣布圣偷，令其“罢兵和睦”，遭拒绝，常寿反遭拘禁，罗卜藏丹津与同党阿拉克诺木齐、阿尔布坦温布、藏巴扎布等益肆猖狂。
雍正元年十月，叛军首先在西宁府周围的南川申中堡，西川镇海堡与北川新城等发动进攻，“每处有贼二三千人，以势驱逐附近番子，攻城放火，烧毁民间积聚草谷，抢掠财物”……同时，西宁附近喇嘛寺院的僧人也受到蛊惑而叛乱反清。
年羹尧被封为“抚远大将军”，征调川陕官兵进驻西宁。清廷又命四川提督岳钟琪为“奋威将军”，参赞军务。为防叛军内乱，清军分布于永昌布隆吉河、巴塘、里塘，黄胜关等处，防止与准噶尔部沟通。清军部署就绪后，便分兵进攻西宁周边各处叛军。罗卜藏丹津率军西逃。于是镇南、申中、南川、西川、北川等地尽为清军收复。清军在解决了周围的战斗之后，平叛战争便进入专门讨伐罗卜藏丹津叛军的阶段。年羹尧采取岳钟琪“乘春草未生”“捣其不备”的作战方针，于雍正元年二月八日，分兵三路进剿：总兵吴正安由北路；总兵黄喜林出中路，岳钟琪与侍卫达鼐由南路进剿判军，大败罗卜藏丹津于柴达木，罗卜藏丹津“衣番妇衣，携其妻妾，走噶尔顺”，以后又逃到准噶尔策旺阿拉布坦处。
这次平叛战争用兵神速，大获全胜。据清朝官书记载：“计师行深入，自雍正二年二月八日至二十有二日，仅旬有五日，成功之速，为史册所未有”，雍正皇帝也把这次战役的胜利，看作“十年以来”从所未立的“奇功”。
罗卜藏丹津叛乱被平定之后，清廷对青海蒙古各族加强了管理，共编为29旗，还规定了会盟与朝贡制度；在经济上采取了发展农牧业生产、安定人民生活的措施；清廷将一度作为地方割据势力主要支柱的喇嘛教寺院置于政府控制之下。不久，清廷对青海地区的行政建制作了重大改革，1725年（雍正三年）改西宁卫为西宁府，从此，青海地区完全置于中央政府的直接统治之下。
清军平定西藏阿尔布巴叛乱清军收复青海后，阿拉布坦苏巴泰不肯臣服，经常出兵截饷戕吏，威胁清军安全。年羹尧派兵进讨，追至墨尔，阿拉布坦苏巴泰战败而逃。这时西藏又发生内乱，在准噶尔部的支持下，被封为贝子的阿尔布巴等与清廷册立的贝子康济鼐争权，兵戎相见。
清朝派吏部尚书查郎阿率川、陕、滇兵1.5万人进讨，直捣拉萨。清驻藏大臣马喇、僧格等到布达拉保护达赖，并将叛军首领阿尔布巴擒获，待查郎阿军抵布达拉时，西藏内乱已平定，清兵对首逆及其家属尽行诛戮，维护了西藏地方的和平。
击退廓尔喀入侵清廷于1727年（雍正五年）设立了驻藏大臣，加强了对西藏的管辖。颇罗鼐在平定阿尔布巴叛乱中因功而被升为郡王，“克尽忠诚”管理藏务。但当颇罗鼐死后，其子诛尔墨特那木扎勒在承袭了郡王爵位，企图独揽大权，与达赖喇嘛发生冲突，于1747年（乾隆十二年）发动了叛乱。清廷密令新任驻藏大臣傅清务必诛杀叛乱分子。然而叛军党羽众多，气焰嚣张，傅清被迫自杀。清廷于是急调四川总督策楞与提督岳钟琪率兵入藏平叛。但在西藏，由七世达赖喇嘛和西藏僧俗人员齐心协力，已经镇压了叛乱。清廷于1750——1751年间对西藏的政体进行了改革，废除了西藏郡王的授封，规定西藏地方政府——噶厦由4名噶隆联合组成，并相应提高了驻藏大臣的权力。此后西藏政局维持了近40年的稳定。
十八世纪末，廓尔喀族统治了尼泊尔之后不断四处扩张，并发动了对西藏的入侵。1788年（乾隆五十三年）廓尔喀族派兵进犯我西藏的聂拉木、宗噶、济咙等地。清廷派巴忠等率兵入藏援助，巴忠办事不力，谎报廓尔喀已退兵以蒙骗清廷，从而使廓尔喀得寸进尺，并与西藏的叛乱分子勾结，派兵侵略日喀则，四处杀掠，使西藏僧俗人民遭受到巨大灾难。而驻藏大臣保泰闻讯不作抗击，却打算将达赖与班弹“移至泰宁”。清廷连派福康安为将军，调兵入藏，得到藏民的欢迎和支持。清军很快驱逐侵略者，廓尔喀统治者向清廷保证，永不再侵犯西藏。清廷决定大力整顿和改革西藏的政治与宗教制度。1793年颁布了著名的《钦定西藏章程》，从而大大加强了清廷对西藏的管辖。