科舍图之战青海和硕特首领阿卜藏丹津叛乱失败后逃亡准噶尔，受到策旺阿拉布坦的庇护。清廷多次令其献出叛贼但策旺拒不从命。
雍正五年（1727年），策旺阿拉布坦死，长子噶尔丹策零继位，“狡黠好兵如其父，屡犯边”，继续庇护罗卜藏丹津，并且多次骚扰清兵。雍正帝认为，噶尔丹策零的分裂力量迅速扩大，而且气焰嚣张，“若不迅行扑灭，将来必为蒙古之巨害，贻中国之隐忧”，因此，雍正帝决心继承康熙的未竟事业，力排众议，以武力平定准噶尔以维护统一。
雍正七年（1729）年三月，命傅尔丹内大臣为靖边大将军，率2.6万余人屯驻阿尔泰山地区的科布多（今蒙古吉尔格朗图）出北路；命川陕总督岳钟琪为宁远大将军，率2.9万人进驻巴坦克坤（今属新疆），出西路，准备次年进攻伊犁的准噶尔部。
噶尔丹策零十分狡猾，闻听清廷出兵，立刻向清廷遣使求和，并愿献出罗卜藏丹津，结果雍正帝中了噶尔丹策零的缓兵之计，下令两路军队暂缓进兵，并传傅尔丹和岳钟琪回京议事，两路大军屯驻于哈密至巴里坤之间的科舍图岭，这里有优良的牧场可供清军兵马休整。
这样一来，清军丧失了警惕性，四川提督纪成斌和副将巴赛代管西北两路军务也掉以轻心，在科舍图牧场四周并未派重兵防守，而部将们“避寒山谷间，日置酒高会，挟娼妓以为乐”……雍正八年冬（1730年），噶尔丹策零率2万兵马突袭科舍图岭，清兵措手不及，总兵樊廷、副将冶大雄匆忙以2000兵力拒敌，总兵张之佐则在后夹击救援，力战7昼夜，夺回被准噶尔掠走的驼马大半，其中总兵曹勃在仓卒出兵后全军覆没，仅他1人死里逃生。情况紧急，清廷乃命付尔丹、岳钟琪火速返回科布多、巴里坤，迎击噶尔丹策零军，策零军闻讯溃逃。
和通泊之战清军北路军统帅傅尔丹于四月进屯科布多。雍正九年（1731年）……噶尔丹策零欲伏击北路清军，乃派间谍向清军诈降，诡称噶尔丹策零大军未到，仅有小策零敦多布率军“不过1000”，驻于距清营，“止三日程”的察罕哈达，而大策零敦多布因“途中有病，留驻和博克山”。傅尔丹轻信其言，贸然遣兵万余名前去迎击，将大军分为三路，由科布多河西路轻装前进。同时，令都统衮泰、总兵胡杰率兵7300名，留守科布多。令都统陈泰、副都统阿三率满兵2000，驻扎科布河东，扼守通往奇林的要路，与衮泰互为应援……
傅尔丹率军连夜袭击察罕哈达，结果扑空，又掳敌探，供称有驼马10万、兵2000现屯博克托岭。傅尔丹一再受骗仍执迷不悟，先后共派4500兵力前往袭击，准噶尔军以少数兵力及牲畜诱清军深入，而将主力2万兵力埋伏于山谷中，专等清军上钩。
十八日，清军前锋兵在库列图岭与准军遭遇，一经交锋，敌军即丢下400余具尸体，驱驼马越岭而逃。傅尔丹喜不自胜，下令穷追不舍。十九日清军三队会师，共同往山中剿匪，正入敌人的包围圈。准军居高临下，万箭齐发，顿时“笳声远作，毡裘四合，如黑云蔽日”……把傅尔丹前锋400人马紧紧包围在和通泊地方（位于科布多西200里，也称和通淖尔，和通呼尔哈诺尔等，意为大湖泊）。傅尔丹又派6000兵马前往援助，但因天气突变，风雨交加，未能缓解危机局面。二十二日，东、西两队清军突围失败，绝大部分官兵被杀，高级将领定寿、素图，马尔齐等皆战败自杀，二十三日，敌军集中优势兵力，环攻和通泊的清军大营，傅尔丹率军苦战，杀死敌兵500多人。科尔沁王所率的蒙古兵临阵脱逃，于是军心大乱，清军全无斗志，顷刻瓦解，伤亡惨重。傅尔丹勉强拼凑起4000名残兵坚持奋战，且战且退，逃回科布多时仅剩散兵2000余人。
和通泊战役，清军的损失十分惨重，西路清军共3万人，逃回科布多时仅剩余2000人。
这次战役所以遭到惨败，是“将帅骄慢”所致。由于轻信噶尔丹策零的诡计，丧失警惕，而且冒然出兵，三队人马缺乏密切配合。相反噶尔丹策零则成功地利用了清军自恃强大的弱点……使用缓兵之计，诱敌深入，设埋伏围歼了清军。
战后，噶尔丹策零进一步滋长了扩展势力的野心。他在西、北两路备兵，“令诸台吉环峙乌鲁木齐”，以伺清军的西路，“又屯田于鄂尔齐斯河”，以窥清军北路，并把主攻方向放在北方的喀尔喀。
清郡王额附策凌重创准噶尔傅尔丹兵败回科布多之后，向雍正上书自请处分，被降为振武将军，而噶尔丹连连取得了科舍图及和通泊两次战役的胜利，洋洋得意，又令大、小策零敦多卜和多尔济丹巴统兵3万东征喀尔喀。准噶尔军探得察罕瘦尔和科布多等地均屯驻了清兵，乃取道阿尔泰山迤南向东进军，大策零的军队直抵克鲁伦，掠夺喀尔喀牧民的牲畜，使鄂尔海、喀喇乌苏等地百姓受到惊扰。喀尔喀亲王额驸策凌与亲王丹津多尔津合兵迎击于鄂登楚勒河。策凌派出600骑夜闯准噶尔兵营诱其出击，准噶尔军不知是当，追击时遭到策凌兵的埋伏，于是准军大败而逃。
鄂登楚勒河的战败并没有改变噶尔丹策零的野心，他又于1732年（雍正十年）派兵6000人，自乌鲁木齐进攻哈密。岳钟琪遣总兵曹勤等在二堡截击，结果因坐失良机而放走了敌军……为此岳钟琪受罚连降三级，撤去统帅之职，清廷令张广泗代理大将军。
1732年6月，噶尔丹策零又令小策零敦多卜领兵3万进犯阿尔泰，敌军此行“志欲抢夺泽卜尊丹巴胡土克图，侵掠喀尔喀部落，直越察罕叟尔大营，由杭爱山肆行猎獗”。清廷颇有才干的顺承亲王锡保刚被封为靖边大将中后不久，由于弄不清敌兵作战计划，于是采用分兵把守、伺机而动的战术，在各关口派驻了绿营兵和满蒙兵，以相互照应。
当准噶尔军探知喀尔喀亲王额驸策凌“偕将军塔尔岱青，御之于本博图山”时，决定偷袭塔米尔河额附策凌的牧地，以“掠其子女牲畜”。策凌闻讯，怒不可遏，一面派军向东驰救塔米尔，一面急报锡保，请求派兵夹击。策凌亲率蒙古兵2万，“夜半绕涧道出山背，迟明，自山顶大呼压下”，准军梦中惊醒，弃其辎重，“仓皇奔溃”。策凌率军追击，沿途交战10余次，大败小策零敦多卜。
八月四日，策凌追击小策零敦多卜至杭爱山南麓的厄尔德尼昭（即光显寺），此地“左阻山，右限大水”，道路狭窄，大喇嘛寺即光显寺横卧于谷中，致使小策零军队拥挤不堪，行动迟缓。清军在此布阵，将小策零敦多卜的3万人马压缩在狭谷中，乘夜猛攻，“乘势蹴之，击杀万余，尸满山谷，河北数10里皆赤”，清军歼敌2万余人，只有小部敌兵在小策零敦多卜的带领下趁黑夜突围，清军取得重大胜利。
八月九日小策零敦多卜在败退过程中派兵2000进犯西尔哈昭，在这之前锡保已令绥远将军马尔赛、建勋将军达尔济率所部兵马在途中截杀。西尔哈昭城由内大臣马兰泰精选精兵1100名出城迎战，大败敌军。而绥远将军马尔赛却按兵不动，在驻地扎克拜达里克城旁观，而该城万余名将士却“无不踊跃奋经，有灭此朝食之心。而马尔赛立意坐视，按兵不动，同事之大臣等，再三约会陈说，马尔赛坚执不从。傅鼐以机不可失，情急于跪求，而马尔赛始终不允”。次日晨，众将登城亲见残敌狼狈而逃，再次请求开城追击，马尔赛仍固执已见，坚持闭门守城。参赞胡琳、傅鼐出于义愤难忍，不待将令即擅自率兵出城追敌。马尔赛被迫同意出兵，但又领兵缓行，不敢急退，甚至仅派700名士兵前进追击，谎称敌人已逃跑，竟自收兵。
战后，雍正帝赏罚分明，郡王额驸策凌战功卓著被晋封为超勇亲王，赐黄带，并令其“佩定边左付将军印，进屯科布多，授盟长便宜行事”。清廷又从土谢图汗部分分出21旗，隶属于额驸策凌的赛音诺颜部，“由是赛音诺颜部邕为大扎萨克，与三汗部并列”（按：另三汗部是土谢图汗部、车臣汗部、扎萨克图汗部）。至此，喀尔喀蒙古乃分为4部。同时，清廷斩杀了“闭关不出”，贻误战机的马尔赛；将疏于戒备、战斗不力的锡保撤职削爵；另以平郡王福彭为定边大将军驻守乌里雅苏台（今蒙古扎布哈朗特）。
雍正十二年（1734年），西路清军又大败噶尔丹策零军于布隆吉大坂。
自光显寺一战之后，准噶尔部损失严重，可谓元气大伤，转而遣使向清廷求和。而清政府连年于西、北两路用兵，也感到要休养生息。雍正帝按照康熙帝的密谕：贼巢逖远，我师往则我师劳；贼师来则贼师困，唯有严兵诱致邀击为万全策，决定休兵议和。
自1734年（雍正十二年）至1739年（乾隆，四年）间，双方派人几经交涉，终于划定了喀尔喀与准噶尔牧区界限，以阿尔泰山为界，厄鲁特各部游牧不得越过界东，而喀尔喀4部则不得越过界西。这样，噶尔丹策零之乱终于平息。清廷与准噶尔部割据势力之间的矛盾得到暂时缓和，双方维持了近20年的和平局面。