准噶尔是我国西北厄鲁特蒙古四部之一，长期游牧于巴尔喀什湖以东，天山以北广大地区。康熙初年，准噶尔部以武力吞并了其它三部，又出兵征服了天山以南的回族（吾尔族），其势力一度扩展到青海和西藏。同时，准噶尔部又与沙俄势力相勾结，策动叛乱，企图统治蒙古各部，割据西北。准噶尔部的叛乱活动，给西北边疆各族人民带来了深重的灾难。清朝鼎定中原之后，为了维护边疆的统一和和平，及时出兵，平定了准噶尔叛乱。
清代康熙、雍正、乾隆三朝为统一西北地区与准噶尔贵族进行了多次战争，在清代文献中统称为“平定准噶尔”。
漠北噶尔丹败亡清朝初年，蒙古族分为漠南蒙（内蒙古），漠北喀尔喀蒙古（外蒙古）和漠西厄鲁特蒙古三大部分。漠北喀尔喀蒙古内部又分为工谢图、扎萨克和车臣三部，大致位于呼伦贝尔以西，阿尔泰以东，南临大漠。北与俄罗斯接壤。清军入关前，喀尔喀蒙古的三大封建主——土谢图汗、扎萨克图汗和车臣汗就与清朝政府建立了密切的联系。
厄鲁特蒙古是清代对西蒙古诸部的总称，明代称瓦刺。明末清初，瓦刺各部发展归并为准噶尔，杜尔伯特、和硕特和土尔扈特四大部。其中准噶尔部由于地处伊犁河流域和准噶尔盆地的大草原，水草肥美，牧畜业发达，并与俄罗斯人进行交易，结果强大起来。十七世纪七十年代（即康熙初年），噶尔丹代为准噶尔部首领，伊犁成为准噶尔的政治中心和各部会宗地。除统治天山南北外，其势力曾远及塔什干，费尔干纳和撤马尔罕等中亚各地。
我国三北地区形势的变化起于明朝末年。当时由于朝政腐败，阶级矛盾激化而爆发了大规模的农民起义，明朝统治者被中原地区的农民军弄得焦头烂额，自顾不暇，因而无力顾及边陲地区，于是西北厄鲁特蒙古的准噶尔部力量不断扩大，并恃强压迫其他各部，“恃其强盛，四出剽掠”土尔扈特部被迫迁往额济勒河流域，和硕特部则移居青海，而杜尔伯特部却沦为准噶尔部的附庸。噶尔丹进攻喀尔喀之战，噶尔丹自立为准噶尔汗时，正值喀尔喀蒙古三部之间发生纷争。在俄国政府的怂恿支持下，噶尔丹于1688年，率兵东攻喀尔喀诸部。噶尔丹的3万兵劲骑越过杭爱山，直入工谢图部境内，“有大批俄国军队并有大量火器大炮协同他作战”。土谢图汗等猝不及防，拒战失利，噶尔丹又剩胜击败车臣部和扎萨克图部。各部“南徙蔽地而来，前后相望60余里”，“遗弃牛马，死者相枕”。
沙俄趁喀尔喀战败，威逼利诱各部，要求他们投靠俄国以求保护。但喀尔喀三部人民清醒地认识到沙俄是噶尔丹的同盟者，是不共戴天的仇敌。在这一重要关头，哲布尊肥。呼图克图挺身而出，向蒙古的上层人物晓示民族团结的大义，他说“俄罗斯素不奉佛，俗尚不同我辈，异言异服，殊非久安之计。莫若全部内徙，投诚大皇帝（指康熙）可激万年之福”。于是数10万人逃入漠南蒙古，请求清朝保护。清朝政府立刻妥善安置了喀尔喀各部，但噶尔丹以追击土谢图汗部余众为由率兵南下攻入内蒙乌朱穆沁地区，与清政府发生了直接的军事冲突，康熙帝命清廷理藩院尚书阿尔尼率蒙古兵截击，结果被噶尔丹的军队杀得溃不成军。此后，噶尔丹占踞着喀尔喀王庭，募兵数10万，气焰十分嚣张。噶尔丹的叛乱活动，不仅严重地威胁着祖国的统一，同时也给西北各族人民带来了深重的灾难。
乌兰布通之战清朝前期的历代帝王对边疆少数民族地区相当重视。清朝统治者认为，边疆是他们统治内地的“屏藩”，如果“摇撼我外藩”，就是“坏我屏垣”，就会使、“疆圉不靖”，而“边境一日不宁”，“内地人民一日不得休息”，这就必定要危及到对内地的统治。还在清军入关前，努尔哈赤和皇太极就曾以极大的努力，不仅争取了漠南蒙古的归顺，而且与厄鲁特蒙古和西藏达赖喇嘛建立了十分密切的关系。对边疆各族，努尔哈赤的方针是“顺者以德服，逆者以兵临”，当漠南蒙古试图反抗时，科尔沁贝勒明安被打得马被陷，弃鞍赤身，体无片衣，骑骣马脱出“皇太极继位后，对漠南蒙古各部仍执行”慑之以兵，怀之以德“的政策。因此到1643年已基本上臣服了漠南蒙古各部，有鉴于此，康熙帝为了维护国家的统一和巩固的统治，决定按既定方针行事，即”逆者以兵临。
1690年（康熙二十九年）夏，康熙帝议定亲征。康熙帝先命裕亲王福全（康熙之兄）为抚远大将军，率同皇子允提，出长城左北口；又派恭亲王常宁（康熙之弟），率同简亲王雅布，出长城喜峰口。同时，又命阿尔尼率旧部听从裕亲王调遣。此外，康熙帝还调集了分别来自盛京（今沈阳）、吉林和科尔沁的军队前往助战。康熙帝御驾亲征，调度各路大军。
这年7月，康熙帝启銮出巡，方出长城，忽得前方来报，恭亲王所率军队在喜峰口900里外，被噶尔丹杀得一败涂地，康熙帝闻听不免焦急万分，急令各路人马全速前进。行军途中，又得消息说，噶尔丹的前锋部队已经占据乌兰布通（今昭乌达盟克什克腾旗境内）。乌兰布通距北京仅700里，北京震动，人心惊慌，中原也受到了战火威胁，“京师戒严，每牛录下枪手派至8名，几乎倾国矣。曲廨尽闭，米价至三两余”。
噶尔丹以追击喀尔喀余部为名，率精锐骑兵20余万抵达乌尔会河。清军前锋受挫，于是噶尔丹军深入至乌兰布通。康熙帝玄烨镇定自若，急令康亲王杰书屯军归化城（呼和浩特），截断噶尔丹退路。同时遣内大臣阿密达、尚书阿尔尼、都统阿南达等和康亲王杰书的部队与福全会师；令内大臣索额图、都统苏努进驻巴林，并调大同镇骑兵600人，步兵1400人从福全出征。康熙帝来至博洛和屯（河北省隆化县境内）视师，双方展开激烈战斗。
战斗从8月1日开始，两军隔河相对。叛军噶尔丹诡计多端，将骆驼缚足偃卧，背加箱垛，蒙以湿毡，环列在阵前作为蒙蔽，美其名日“驼城”。“驼城”刀枪不入，清军一时难以攻破，而判军则从驼城的缝阵向外发射矢铳。清军隔河布阵，调集火炮，进行猛轰。一时间，河两岸炮声呼啸，喊杀声不绝于耳。自午至暮，清军一直遥轰驼城中坚，只见骆驼死伤过半，“驼城”终于被推毁。
于是，清军发起猛烈攻击，兵分两路越河陷阵，杀入敌群。
噶尔丹叛军的军心大乱，溃不成军，而清军则在强大火炮的掩护下奋力追杀，叛军死伤无数“大战以大炮火枪互轰开始，继而两军士卒肉博”，噶尔丹抱头鼠窜，乘着夜幕越过大碛山而逃，同时遣使向清王朝求和。
噶尔丹叛军落荒而逃，沿途丢盔弃甲，溃不成军，为求生路，噶尔丹派喇嘛向清军求和谢罪，发誓不再进犯。逃回科布多时，噶尔丹的残兵败将仅剩数千人。
清政府为了进一步平定沙俄支持下的噶尔丹叛乱，巩固北部的边防，一面在木兰竹围习武，秣马砺兵，教营伍，练攻战，激励将士，申明赏罚，一面对“纷纷溃散，来求归附的”喀尔喀蒙古人民及时采取安抚措施。
1691年5月（康熙三十年四月），康熙帝亲率三旗官兵，自北京出发，出左北口，溯滦河而上；下五旗官兵出独石口，会师于多伦。康熙帝宣布保留喀尔喀三部首领的汗号，其行政编制，如内蒙49旗，分为34旗，从而结束了喀尔喀各部长期以来，“并无法度，不能约束，以强凌弱，自相劫夺”的混乱局而，以喇嘛教作为统治蒙古的手段。
在沙俄入侵和噶尔丹判乱的形势下，清廷采取的措施是有积极作用的。
昭莫多之战乌兰布通战败后，噶尔丹用缓兵之计逃脱了全军覆灭的命运，在科布多（今蒙古吉尔格朗图）重整旗鼓，积蓄力量，以图东山再起。
康熙三十四年（1695年），噶尔丹率领东拼西凑组成的3万骑沿土拉河、克鲁伦河东进至巴颜乌兰（位于蒙古达尔汗以北，温都尔汗以西）一带活动，频繁骚扰和掠夺，使清军防不胜防，并且借故挑起事端。噶尔丹多次致函给科尔沁亲王沙津，“保证将派给他6万名俄国生力军。简言之，若他们能打败满洲人，他们得直接进军北京，若他们征服了皇朝，他们将伙分地盘”。噶尔丹又派人诱惑喀尔喀车汗乌默客、赛音诺颜部扎萨克一等台吉阿哩雅，赛音诺颜郡王善巴起兵反清，康熙三十一年，清朝派员外郎马迪赴伊犁回报策妄阿拉布坦，护送官兵及向导一行共35人，行至哈密城郊，8月11日，噶尔丹派军500余人，劫杀了马迪等7人……其余则被囚禁于哈密。这些有碍于清朝统一的倒行逆施，进一步恶化了清朝政府与噶尔丹的关系。
更有甚者，噶尔丹里通外国，勾结沙俄，与沙俄狼狈为奸。康熙三十年（1691年）以后，噶尔丹多次派遣使节去沙俄活动。1692年11月，噶尔丹的使者阿钦哈什哈在戈洛文（中俄边界谈判的俄方首席代表）的疏通下到达莫斯科，向沙皇呈递了噶尔丹的信件。在这前后，俄国托博尔斯克行政长官曾派马特维·尤金于1692年赴噶尔丹处活动，1692年、1695年、1696年，俄国又三次遣使会见噶尔丹。因此，噶尔丹凭借沙俄的支持，决心与清朝对抗到底。噶尔丹扬言将领“俄罗斯炮手、鸟枪兵6万，再俟俄罗斯兵6万至，即顺克鲁伦河下”，入侵漠南蒙古和中原。
针对噶尔丹的阴谋活动，为防噶尔丹南下，清政府采取了一系列的相应措施，在归化……张家口，大同等战略要地派兵驻守，设立火器营，多置驿站传送军令，建立了包围漠北的积极防御的军事体系：任命甘肃提督孙思克为振武将军，在右卫（今山西右玉县）驻扎重兵；
令建威将军希福驻守大同，将大同、杀虎口的步兵2244名均改为骑兵；在归化城专设将军1员，总管都统、副都统、训练官兵等事务，任命名将费扬古为安北将军。康熙帝又令内大臣明珠、索额图，都统噶尔玛、副都统硕岱赴内蒙古中部，调动内蒙古和喀尔喀骑兵，各驻要地侦察防卫。在东北，康熙帝则令盛京（沈阳）、吉林、黑龙江等地的驻军遇事“可会于形胜之地，科尔沁兵亦令随行”，由黑龙江将军萨布素以索岳尔济山为三省会兵之地，相机进剿……
经过多伦会盟，蒙古各部相互协条，决心在清政府的领导下，共同抗击沙俄的侵略野心和噶尔丹的进犯。康熙帝对此深为满意，曾说过“昔秦兴土石之工，修筑长城，我朝施恩于喀尔喀，使之防备朔方，较长城更为坚历”。
康熙三十四年八月，噶尔丹为抢掠喀尔喀的牲畜过冬，向克普伦河以东推进，沿途被抢掠殆尽，康熙帝于是设计诱敌深入，令科尔沁土谢图亲王沙律将噶尔丹引诱至漠南，然后清军全面出击，康熙帝准备“亲统大军，风驰电击”，一举将其歼灭。当时，汉族大臣担心他的安全，反对康熙亲临漠北，深入绝域。但康熙帝胸有成竹。“夫烈焰弗戢，必将燎原，积寇一日不除，则疆圉一目不靖”，“夫今不图，噶尔丹来侵我49旗，则必调天下绿旗沿边戍守，所扰不益多乎！”
噶尔丹果然中计沿克鲁伦河南下，康熙帝认为：“机不可失，不俟草茁，即应往剿”，遂于三十五年二月三十日率大军亲征。康熙帝令抗俄名将、黑龙江将军萨布素率东三省军出车路，遏敌前锋；派安北将军费扬古、振武将军孙思克等统领陕、甘兵出宁夏西路。断敌归道；康熙帝则自率中路大军担任主攻，由独石口趋外蒙古。三路大军约定在克鲁伦河会齐，三路夹攻合围，中路主攻，西路堵截，东路拦击，三路大军互相策应，使噶尔丹成为瓮中之鳖，插翅难逃。
中路军：由康熙帝统帅，合官兵厮役，原定3.2970万名，大致有汉军火器营兵2000名及随营炮兵，炮手绵甲军818名及厮役409名，东北之盛京兵2000名，黑龙江兵2000名，宁古塔兵1000名，宣化府绿旗兵3000名（不久减去1000名），以及后增的内务府佐领兵266名，察哈尔左翼四旗军822名，喀喇沁兵500名，扎萨克王以下，附丁以上1992名，古北口绿营兵1500名等，共计约3.6万名。
此外，中路军还有预备兵8392名，尾随主力前进。
中路军每人自带80日口粮，另发帑金6万两，造车4000辆，续又增造1500辆，每车载米6.6石及炊具营帐粮草等物，调直鲁豫三省夫役充任驭手，运粮队的蒙汉佚役及官兵共约8600名。
西路军：分为归化城军和宁夏军两支。归化城军由费扬占亲自带领，包括右卫兵，大同绿旗兵各5000名，京城增发兵3470名，合官兵厮役兵2.4260万名。另有察合尔右翼四旗军822名，大同养马护军及鸟枪护军280名，归化城土默特官兵854名，内蒙古乌兰察布盟六旗共派兵600兵，伊克昭盟鄂尔多斯六旗派兵1000名从征。喀尔喀赛音诺部郡王善巴、滚布、镇国公素泰伊勒登三旗也踊跃参战。估计归化城军总计3万人以上，配备了各类火炮100门，绵甲7000领，火箭3000只。
归化城军每人自带80日口粮，康熙帝又令山西巡抚动用正项钱粮督造了运输车1500辆，运粮队总计约3000人。
宁夏军：原定2.24万人，出肃州（今甘肃酒泉）经坤都伦河、额济河赴漠北，后定宁夏军由宁夏（今银川市）经平罗营出口。此路有孙思克的甘州（今张掖）军1800名，潘育龙的肃州军1000名，苳大成的凉州军（今武威）1200名，殷化行的宁夏军3000名，共有绿旗7000名。另有由西安将军博济率领的西安满洲军3000名，满洲军每人各带仆从1名，绿营马兵2人合带余丁或子弟1人，以供樵汲牵驱之役，这支队伍共约1.7万人。孙思克及将弁捐造了子母炮共80门。
陕甘军人给五月行粮，共合米2.24万石，其中以牛羊带一日之粮，其余1.72万石皆以驼马驮运，以步兵和马兵2500名牵挽护送。
东路军：由盛京、吉林和黑龙江兵组成，共6000名，合厮役约1.2万人。盛京、吉林兵于三月启程，黑龙江兵于四月出发，三省军会师于索岳尔济山，然后直趋克鲁伦河。在这之前，清政府已调内蒙古锡林格勒、昭乌达、哲里木三盟的骑兵驻乌尔会河，以便策应东路军……
粗略估计，康熙帝远征军的规模在14万人左右，为了便于联系和传递军情，清政府还建立了多处驿站，杀虎口、独石口外各置60个驿站；中西两路之间在汛界外设15站，宁夏在部多里一路设了13个驿让，归化城军在噶尔拜察罕库腾一路设立了17个驿站，每站有水井10余处。
由于西行路途纡远，沿线尽是荒漠沙碛和沼泽，噶尔丹又放火烧荒，坚避清野，所以行军极为艰苦。尽管八旗做了充分的准备，由于地理条件的限制，除中路进展较为顺利之外，东西两路则行程缓慢，难以如期到达，所以当中路军于四月九日突进至科图时，东西两路大军却未能如期到达，以致于无法相互策应。为了不迟误军机，西路统帅孙思克只得令将众军裹带之粮尽行并聚，所乘之马亦摘取膘壮者随之，于所领绿营官兵7000之内，挑选精健者2000以往，其余尽数择将佐之素有威望者带领以归。与孙思克同路的西安将军博霁也挑选2000八旗后与孙同行。四月十一日，孙思克才在察罕和朔（今蒙古巴彦温都尔西边）与费扬古军队会师。
清军虽然处于中路突出、两翼落后的不利态势，康熙仍坚持继续前进、放慢速度、相机而行的正确主张。这时，沙津密遣诱敌的使者从噶尔丹处回报：“噶尔丹有兵2万，又借俄罗斯兵6万”。喀尔喀降者也声称：“前者噶尔丹曾求援兵于俄罗斯国，前月俄罗斯使者20余人来约，至青草出后，助鸟枪手1000，及车炮发至东方克鲁伦河界上。”清军的少数将领闻听后，心怀疑惧，主张退兵自保，让西路军深入前行。这个建议将导致中路军前功尽弃，使西路军偏师受敌。关键之时，康熙帝面谕群臣晓以大义，决定继续进军：“务期剿灭噶尔丹而还。”“我师既至此地，噶尔丹可擒可灭，而肯怯懦退缩乎？”于是全军统一了意志，继续北进，五月五日迫近克鲁伦河。
七日，康熙帝亲率前锋兵突进，“诸军鳞翼张而进，兵威之盛，弥山遍野，不见涯际，整齐严密，肃在无声”。噶尔丹闻讯后登高遥望，见河南驻扎御营，黄幄龙辇，内环军幔，外布网城，精兵强将严阵以待，不觉惊恐万分，自知不敌，于是将器械辎重及体弱伤残者尽皆抛弃，连夜拔营宵遁。康熙率军急迫，但因军粮匮乏，只得令平北大将军孙思克挑选部分精骑，携20日粮饷穷追不舍，与西路军共同夹击噶尔丹。
西路归化城军因中途牲口倒毙，粮饷不继被迫精简，汰弱留强，集中粮、马，选精锐北上。孙思克先率500名精兵赶至翁金附近的察罕和朔与费扬古会师，后继部队则加速行进。五月四日，西路军两支已达土喇河，五月十三日，西路军与噶尔丹军遭遇，双方展开了一场决定噶尔丹命运的昭莫多之战。
昭莫多是蒙古语大树林之意，这一带地势平旷，林箐丛杂，位于今乌兰巴托以南之宗莫德，在富饶美丽的土喇河上游，“其北大山，干仞壁立，山下平川广数里，树木断续，有河流其间，曲折环绕，其南山差低于北，逶迤而下，有小山横焉，战地也”。西路军在戈壁荒漠，牧草烧绝之地跋涉了77天（宁夏军为73天），粮食已绝，饥寒交迫，抵达照莫多时将士们已是面带莱色，精疲力竭。费扬古闻讯后令急行军，抢占了昭莫多的有利地形，决定采取以逸待劳，饵敌来攻，后发制人的方针，让先头部队休息待命。随后，又令喀尔喀郡王滚布……副都统阿南达、阿迪，署前锋统领硕代且战且退，诱敌进入特勒尔济口。
噶尔丹也是一名经验丰富的战略家，他并不甘心自己的溃灭，一路边退却边寻找机会反朴，企图歼灭清廷的西路主力军。为防有埋伏，噶尔丹大军在涌到昭莫多时四处侦察，格外留心。忽然密林中火炮齐鸣，杀路一路人马，噶尔丹镇定观察，见不过是只有400来人的部队，而且全是步兵，而他自己手下尚有万余名精兵，于是放松了警惕，下令大军攻击。噶尔丹大军的人数，诸书记载不一，多说是五六千人。费扬古在战后奏报：“噶尔丹率‘贼’万许，向前逆战。”蒋良骐《东华录》也记载，“噶尔丹率‘贼’万计逆战”，但在昭莫多之战以后，除被消灭、俘虏、投降者外，仍有兵五六千人，所以以兵力以万人较为符合实际。
数百名清兵且战且退，佯装败逃，退至特勒尔济口。费扬古将军见敌军来势凶猛，立即登山布阵。以甘、凉、宁、肃四镇绿旗兵2300人抢占小山制高点，作为中间，扼险俯击；以京城、西安满洲汉军官兵、察哈尔右翼4旗、鄂尔多斯6旗、关拉特3旗、毛明安旗、四子部落旗、喀尔喀右翼旗蒙古兵紧靠东方高地列阵，右卫满洲汉军官兵，大同官兵，喀尔喀善巴……滚布、索泰伊勒登了旗就西方沿河布镇，迅速张开口袋，准备一举歼灭叛敌。
激战首先是从争夺小山制高点开始的。
噶尔丹率军抵达昭莫多后，立刻集中兵力抢攻马鞍形的小山头。清兵据险俯击，矢铳迭发，敌兵毫不惧怯，前队倒毙则后队继进，并舍骑仰攻，鸟枪、弓箭齐发。双方从太阳偏西杀至薄暮（未时至酉时，即下午三、四时到晚上七、八时），杀声震天，但双方仍处于对峙胶着状态。殷化行望见敌人阵后森林中人马丛集，久不出动，断定是敌人的妇稚辎重，于是请求费扬古将军攻噶尔丹军的侧翼，再派一支精兵迂遇到噶尔丹阵地后方，前后夹击。费扬古观敌嘹阵，只见小山头上孙思克据险死守，用火铳、弓弩迎击，而“噶尔丹以及妻子阿努娘子等，亦皆冒炮矢而斗，锋甚锐，不可败”，于是便采纳了宁夏总兵殷化行的建议。清军三路出击，上下夹击，锐不可挡。小山上孙思克激励官兵说：“贼远来，当乘机扑杀，一战成功，有退缩者，法无赦！”殷化行也带着众将士拥着拒马木，执圆盾控矢冲下，矢射如雨呼声惊天动地。一时间，山下烟雾迷漫，但见尘沙陡起，血肉纷飞，敌骑抱头乱窜，哭爹喊娘乱作一团。“贼众遂披摩，坠下山谷者满坑谷，弃杖如麻。”清军剩胜追击30余里至特勒尔济口，费扬古怕人困马乏深夜中伏，下令收兵。回至昭莫多时，已是次日凌晨。此战“斩首2000余级，生擒百余人，俘获子女、驼、马、牛、羊兵器、计物无算”。噶尔丹仅率数骑逃走，其妻阿奴被杀，逃散之敌有千余人投降大将军马思喀但据费扬古奏报，该战歼敌2000余人，阿南达认为应是3000余人；另获驼马若干，牛2万余头，羊4万只。
噶尔丹昭莫多战败逃亡之后，仍拒不降清，纠集残部5000余人流落在塔米尔河（今蒙古车车尔勒格东北）一带，走投无路，狼狈不堪。噶尔丹唯一可以指望的声援力量，是西藏以第巴桑结嘉措为首的神权势力，但清兵已经驻扎于河西走廊的甘、凉、宁（西宁）、肃四镇，严密控制了漠北通向青藏的通道，而且原为噶尔丹所属的甘州萨里维吾尔族（今裕固族）7400余口，也已降清。此时，沙俄因受《尼布楚条约》的约束，不敢接纳噶尔丹投俄，而占据伊犁河的策妄阿拉布坦与其岳父已调兵屯于阿尔泰山，因此，噶尔丹已无法返回故土。加上哈密回王额贝杜拉达尔汉伯克已于九月降清，并将噶尔丹之子色布腾巴尔珠尔擒获，献给清臣，这样噶尔丹成为无立足之地的丧家犬，惶惶不可终日。
康熙采取了种种措施，将噶尔丹围困于漠北科布多河一带，同时发起强大的军事政治攻势，瓦解残敌，争取噶尔丹降清。但噶尔丹仍强项不降，于是康熙帝在1696年和1697年又接连两次亲征。在清军的强大压力下，噶尔丹众叛亲离，忧闷成疾，服毒自杀（一说于康熙三十六年三月十三日清晨发病，当晚即亡）。康熙帝“务期殄灭，穷尽根株”的目的终于实现……遂凯旋回京。
清朝经历10年（1687——1697）的斗争，特别是由于昭莫多之战的决定性胜利，终于歼灭了噶尔丹的叛军，为统一漠北扫除了障碍。这场战争，颇为艰苦，清政府采用了政治诱导和军事进攻相结合的两手政策，发扬了不避艰险、穷追不舍的精神才平定了噶尔丹的叛乱。另外，为了早日剿灭叛匪，清政府及康熙帝调兵遣将，知人善任，粮饷弹药充足，这些都为战争的胜利创造了有利的条件。在昭莫多之战中，康熙帝总统三军，亲帅中路，不避险途；西路军统帅费扬古谨慎持重，爱惜士卒且熟悉边情，成竹在胸。振武将军孙思克年已七旬，右臂早日伤残却仍身先士卒。而宁夏总兵殷化行则机智多谋，晓畅戎机。清政府由于统治机器健全，号令通行万里，所以能在短期内动员全国的人力物力为战争服务，使得粮饷充足，战马如云，十三四万大军所用之战马、驮马、辕马、驿马、备用马，粗略估计，在22万匹上下……清政府还调用了大批驼、骡、牛、驴帮助运输，减轻了马匹承受的压力。以米面为例，中路军和西路归化城军每人携80日口粮，官员携百日口粮，两军另备米车达7000辆，每车运6.6石，略去损耗之0.6石不计，共运米达4.2万石。“八旗、绿旗、内府兵及职事人员酌量增给米粮，时营外堆积如山，观者拥塞、内喀尔喀诸人……莫不挢舌惊骇，将士气与京同”。
昭莫多之战的胜利，加速了噶尔丹内部的分裂，促使了噶尔丹的灭亡，同时，有利于蒙古人民的休养生息。康熙帝曾以诗描述：
诸部名王集，扶携绕御营。
皆言清朔漠，从此乐生成。
喜溢车书会，欢腾鼓角生。
朕怀勤抚恤，所志在休兵。
噶尔丹败亡，喀尔喀人返回漠北，各旗领有被清朝分封的固定的牧场、土地，执干戈以卫社稷，清朝的北部边防遂大为加强，内蒙古的安全也有了可靠的保障，清朝有外蒙古作为“塞上雄藩”，正好以之为军事基地，向天山南北推进。所以，昭莫多之战后，清朝的有效控制权已伸展到青海、套西和哈密等广大地区。噶尔丹败亡，血的教训使一直采取骑墙观望态度的青海蒙古臣服于大清，康熙三十六年十一月，青海正式列入清帝国的版图。青海道路的畅通，清朝对西藏的局势才能了如指掌，并迅速控制了哈密通向天山南北的道路，打开了统一天山南北的大门。青海、套西、哈密的有效统一，是清朝有效统一西藏、新疆等广大西域地区的先声。