憨山大师视金钱如无物，几千两黄金随随便便就施舍给了灾民。他的义举却得罪了当地那些囤积居奇、力图发难民财的土豪劣绅，还招来了一位道士——耿义兰贪婪的窥视。万历十八年，耿义兰向憨山提出，海印寺的寺址属于道观。耿义兰本是个无赖，他的目的只不过是勒索一些钱财而已。但是，出乎他的预料，憨山大师虽然对灾民出手大方，面对他的勒索却分文不给。于是，恼羞成怒的耿义兰在那些觊觎寺产的乡宦鼓动下，向山东巡抚状告憨山。经审理，耿义兰败诉。但他纠集了数百道士、泼皮，围攻憨山。莱州衙门要派兵镇压，憨山大师拒绝了，为了平息事态，避免流血，他挺身而出，只身一人面对数百情绪激动、怒发冲冠、摩拳擦掌的人群。这时，一位头脑简单的无赖，一手拿着青铜盾牌，一手举着明晃晃的尖刀冲了过来，直接刺向憨山的胸膛……
憨山神色闲定，不躲不避，居然还呵呵笑出了声音！他笑着对无赖说：“你杀我很简单，不过，你想过没有，杀了我之后，你怎样自处？”无赖一愣，随即慢慢放下了尖刀……憨山的镇定自若与宽宏大量，使得人们沸腾的情绪渐渐冷静下来，当他们明白真相之后，纷纷向憨山叩头请罪。
然而，事情并没有就此结束，而是掀起了更大的风波。
万历皇帝，大概是中国历史上众多昏君暴君中最突出的一个——愚蠢、懒惰、贪婪。他数十年不上早朝，不理朝政，但为了贪钱，却想出了许多花样，当时害民最深的矿税，就是他臭名昭著的“杰作”。憨山将朝廷的几千两黄金散发给了灾民，岂不令他心痛、肉疼！更主要是，这憨山是反对矿税的影响最大的人士之一，所以万历皇帝早就对他恨之入骨了。再加上憨山举办祈皇储的大法会之后，首先生皇子的是一个宫女，而不是万历皇帝最为宠爱的郑贵妃。这就是说，郑贵妃四年之后所生的儿子，很难按照他的意愿继承皇位了！果然，他想立郑贵妃之子——三皇子朱常洵（次子夭折）为太子，受到了李太后与大臣们的强烈反对。而他们反对的理由，正是千百年来皇家的原则：立长不立幼！万历皇帝对母亲一千个不满，却无法发泄，于是就迁怒于憨山德清。不是吗，假如没有以憨山为首的和尚们念经祈祷，或许就没有那个皇长子的出生！万历皇帝决心寻找机会报复憨山！
火龙水虎恰在此时，因丢人现眼无法在当地混下去的无赖道士耿义兰，到了京城。那些善于揣摩皇帝心思的宦官，根据耿义兰的流言，令东厂番役假扮成道士，击登闻鼓状告憨山德清。这真是千载难逢的大好机会！万历皇帝立刻下诏，将憨山押解到北京来。他想借此机会狠狠打击太后的势力，特意授命主审官员严刑逼供，让憨山承认花费了太后给予的内廷金银数十万！
憨山大师本来就是一位情操高洁的禅者，何况是无中生有的诬陷，他如何肯违背佛教戒律而承认呢？当狱卒滥施酷刑之时，他便专心参禅，所以，往往打着打着，他竟然进入了神奇的禅定状态，对棍棒、烙铁全无感觉（三百多年之后的1953年，在广东云门，法名也叫“德清”的虚云大师，在同样被诬陷、遭到酷刑拷打时，亦像憨山德清一样进入甚深的禅定状态）。无可奈何的主审官，为了保住皇帝的颜面，只好编造了一个“私建寺庙”的罪名，将憨山发配到雷州。
万历二十四年（1596年）春，憨山德清被充军到岭南。
禅者随缘不攀缘，因此处处是善缘。憨山大师被流放岭南，却能将他原来与好友紫柏尊者重新振兴曹溪的计划变成了现实。
韶州曹溪（今韶关南华寺），是六祖慧能开创禅宗的地方，是天下禅僧的法源。自从南宋末年被蒙古兵放火焚烧之后，日益衰败，寺产土地渐渐被豪强吞食侵占，昔日的清静圣洁的禅宗祖庭，竟成卖肉沽酒的污垢之所！憨山大师经过两年辛劳，终于使得梵宫再现，曹溪中兴，祖庭重光。
明天启三年（1622年），七十八岁的憨山大师在曹溪端坐而逝。与六祖慧能一样，他的肉身也不腐不朽。直到如今，两大菩萨的肉身一直并列供奉在南华寺内，默默昭示着后人。
憨山大师笑对屠刀，酷刑加身而入禅定，以及死后肉体不朽，不是神话，也不神奇，这仅仅是禅者修行达到一定境界的标志。由此可见，人的心灵的潜力，尚是一个未知领域，蕴藏着无限奥秘！