戚继光胸怀大志，不会像别的军官似的，碌碌无为，只为自己打算。他上任之后，经常外出巡视海防，调查地形；还去一些被倭寇洗劫过的村庄，和幸存的人交谈，了解倭寇的情况。他找来一些有经验的老兵，共同商量御敌策略。不长时间后，他已掌握相当多有关倭寇的知识。
倭寇多来自海上，那时船在海上行驶，必须依靠风力。一定的季节刮一定的风，倭寇什么时候会在沿海登陆，大致会在哪里登陆，是有规律的。倭寇最活跃的时期，大致在清明节之后即阴历三、四、五月间和重阳节之后即阴历九、十月间。因为清明节前，风向难测，在此以后才多刮东北风；过了五月，常刮南风，对行船不利。重阳节之后，有时也多东北风，过了十月刮西风，更对行船不利。在东北风猛的季节，倭寇便聚到大小琉球岛，观察风向变化决定何时出行及去哪儿。北风多时则南侵广东；东风多时，西扰福建；东北风或正东风多时，分犯浙江和江苏；东南风多时，便直扑山东的登州和莱州。
倭寇登岸后，往往利用当地的奸民作向导，四处抢劫。大约每天黎明时就开始行动。出发前，坐在地上，围成圈子，一同吃饭。吃完，倭寇头目便在高处坐下，发布命令。今天抢劫哪里，走哪条路，谁和谁一队，由谁带队，都一一布置。每次出动有好几队，或十几队。每队约二三十人。队伍排成一列，缓步前进。最强壮的人走在最前面和最后面。队与队之间相隔一二里，以吹海螺、扬白旗作为联络信号，遇到警报，就相互救援。每次洗劫一处，临走都放火烧屋，制造恐怖气氛，使人不敢追击。如遇官兵，估计不能战胜，便故意将抢得的一部分财物抛弃在路上，以此为饵，在追兵争夺财物时，趁机逃跑。
了解到以上这些，戚继光心里有了底。不过，他最担忧的是沿海卫所薄弱的防御力量，以现有的兵力，是很难打败倭寇的。
和其他沿海地区一样，山东的海防力量也是十分薄弱的。按规定：三营二十五卫所的军兵总额应为三万余人，而实际上远远达不到这个数目。许多年轻力壮的兵士逃走了，只剩下一些老弱病残的。再加上沿海的许多岛屿没有设防，岸上的守军又麻痹大意，以致防务上出现了许多漏洞，倭寇随时可以乘虚而入。山东海防现状的病根是很深的：卫所破败，年久失修；军队缺乏训练，无纪律性可言。
戚继光已经27岁，正值英年。他雄姿英发，器宇轩昂，很有大将风度。在众多将领中，他显得很突出。他常常手按海防地图，陷入深深的思考，国家、军队、倭寇……他想了很多很多。在这种思考中，许多治军的策略便出来了。
戚继光要扭转这种颓废的局面，开始进行改革。他一面修营房、卫所，一面训练士卒、严肃纪律。
起先，人们都瞧不起这位年轻的军官，暗地里议论他，在某些事上，故意跟他过不去，使他难堪。戚继光下决心，给他们些厉害瞧瞧。
他下属有个军官，论辈份是他舅父。戚继光很懂长幼礼节，很尊重他。而这位舅父却有些不通事理，以为外甥在这里，便有了靠山，说话、做事都很傲气。
有一次，戚继光布置任务，给他舅父的是苦差使。戚继光是这样想的：将苦差使交给自己的亲属，别人才不会有意见。那知舅父不解他的苦心，当场摆出长辈的架子，和戚继光顶撞起来。戚继光很生气，心中比较复杂。他从小受封建礼教的影响，对“礼”字看得很重，长辈犯了错，晚辈可以责罚吗？这不光关系到军纪问题，还牵扯到习俗和封建道德方面，戚继光十分为难。
帐下也很静，一些和戚继光关系好的人都替他捏把汗；那些素来对戚继光不以为然的人都在瞧他的笑话，看他这下怎么办。他舅父也不说话，看起来很从容，甚至有些得意。
“啪”的一声，打破了寂静。戚继光大怒，大喝一声：“你好大胆，军中不是家中，违抗军令，重打二十。”
几个士兵上来，把他舅父架住，朝外拉。这下他才慌了，急忙告饶。众将以为只是吓一吓，求一下情，就不会打了，便出来几个为他求情。戚继光面沉似水，“军法如山，谁也不准求情。”到底把他舅父拉出去，打了二十军棍。
当晚，他去找舅父。舅父正生他的气，见他进来，理都不理。戚继光上去，双膝跪倒，说：“舅父大人，尊长之礼，我不能不考虑。但这是军中，我们都是军中将校，要领兵作战。你也清楚，如果军队没有纪律，一切都是白说，军队也就不是军队了。现在倭寇到处抢劫，我心急如焚。你应该能体谅晚辈的难处。如果不处罚你，难服众人之心。我万望舅父能宽恕我。”
舅父听了这番话，心中有些愧疚，“继光啊，这事也不能全怪你。算了，算了，咱们别提这事了。”
这件事传开之后，人们对戚继光的印象有了很大变化。有识之士都称赞他，说他大公无私，有大将风度。百姓们都十分高兴，觉得有这样的将官抗倭，倭寇怎能不败？那些以前瞧不起他的人也对他另眼相看，违法乱纪的事渐渐少了。很快，卫所的风气有了改变，过去的那种闲散怠惰的习气逐渐没有了，一种令人振奋的风气日益形成。
戚继光担负起防御山东方面倭寇的责任后，山东沿海一带的防务比以前巩固了。戚继光并不满足于已取得的成绩，从不放松对倭寇的警惕。他深知，这不过是他事业的起点，倭寇尚未消灭，以后的路还很长。