吴平，福建诏安县梅岭人。早年投靠倭寇，充当内奸，在广东潮州地区烧杀抢劫。后来，他纠集一大批无业流民、海盗，自成一支，最后发展到匪众万人，战船百艘，与潮州倭寇相互照应，横行福建、广东边界达五六年，成为霸居一方的大汉奸、大海盗。
1564年夏，戚家军转战闽南。这时广东总兵余大猷和参将汤克宽转战潮州、惠州地区，歼灭倭寇两万多人。吴平处于两面夹击的地步，迫于形势，向余大猷投降，被安置在梅岭。没过多久，吴平又公开反叛，召集亡命徒、海盗、流氓万人，建造战舰百余艘，在闽粤边界，到处抢劫。戚继光决定用武力铲除后患，彻底荡平倭寇，夺取抗倭战争的最后胜利。
1565年2月，戚继光给老战友余大猷去信，相商两面夹击、水陆并进，以彻底消灭吴平。
为做好围歼吴平的思想准备，戚继光深入将士之中，鼓舞士气。一天，他到漳州巡视部队。士兵围住他，有的问：“现在倭寇都消灭了，是不是可以放几天假了？”有的问：“当兵就是为打仗，现在不打仗了，我们去干什么？”
一个叫艾虎的说：“谁说不打仗了，海盗头子吴平横行不法，我们怎能不打仗呢？”戚继光吃了一惊，没想到士兵中还有这么深谋远虑的人。他问道：“你叫什么名字？”艾虎听了，以为自己说错了，有些慌，回答了自己的名字。“艾虎，好，说得好，我们确实还要打吴平。”听了称赞，艾虎才放下心来。戚继光语气沉重起来，说：“各位弟兄，大家都是浙江人，远离家乡跟我南征北战，我感激不已。大家天天奔波，实在太辛苦了。现在倭寇基本消灭，应该给大家放假，家里有困难的，可以回去，孝敬父母，照顾妻子儿女，这才是人之常情。可是，天下并没太平。梅岭的吴平网罗败类万人，到处抢劫。如果不消灭他，他会勾结倭寇，不几年，倭寇又卷土重来，到那时，我们还要打仗，说不定比现在还辛苦。所以我们要一鼓作气，全歼敌人，这才是上策。所以我们还要打仗，还要打吴平。”士兵们听了，纷纷点头，表示愿随主帅，尽全力消灭吴平。
戚继光抓紧部署军队。他命傅应嘉率水师开至梅岭外海。陆兵由戚继光带领，兵发梅岭。梅岭是吴平的一个根据地，他打算坚守，但他的部下不争气，组织性不强，战斗力也不行。在水陆两军夹击下，吴平逃离梅岭。
戚家军一路追击，势如破竹。5月中旬，傅应嘉和汤克宽配合，在大潭澳大败吴平，击沉贼船20余艘。7月，吴平逃到闽粤交界的南澳岛。在岛上筑土堡、木城、栅栏坚守，并不时派党羽出去抢劫。
8月间，戚家军云集漳州。由于各方面的军事准备尚未就绪，许多军队还没赶到，只好原地休整待命。9月9日，戚家军不等广东军队开到，先进军南澳。戚继光用渔舟载石沉塞港口，又派水师到烈屿、宰猪、大沙等地海面，将南澳岛封锁起来。
攻打南澳贼巢的战斗在10月正式开展。戚家军的第一个目标是南澳岛的龙眼沙。龙眼沙离吴平大巢约30里，海滩地势比较平坦，登岸比较容易。如果先占领龙眼沙，迅速建立起滩头阵地，然后向前推进，胜利是有把握的。
戚继光把军队分为左、中、右三路，每路都有冲锋正兵和接应奇兵。另外设立“老营”，以督后阵。各路兵分乘船只，按照编好的次序出发。
一连刮了一二十天飓风，直到10月15日风才停。就在风停的这天微明时，戚家军开始行动。战船载着陆兵渡海，在龙眼沙登岸成功。登岸地点山深林密，处处有吴平设置的障碍物。戚家军保持高度的警惕性，一面伐林开路，因地结营；一面严待以待，防备偷袭。大队人马陆续登陆，海滩一带被戚家军控制，老营一登岸，就修了木栅栏城。第二天，冲锋兵也修好木栅栏城。滩头阵地很快就建立而且巩固下来。
16日，2000敌人设伏诱战，戚家军出兵交锋，敌人禁不住戚家军的猛烈冲击，弃甲逃走。18日，吴平亲自率众反攻，戚家军迎头还击。戚继光命人把事先印制的劝告胁从分子投降的文告到处散发，吴平军队人心不齐，许多人就是强迫进来的，所以看了文告，发生动摇，纷纷向戚家军投降。戚家军乘势奋勇攻击，大获全胜。
余大猷、汤克宽、许朝光率领广东军队，分别乘大小船只3000多艘赶到南澳，与戚家军会师。官军声势大振，吴平贼寇从此落魄丧胆，藏在深山密林中，再不敢出来。
10月月末，又是几天飓风，海中卷起山一般的巨浪，大军无法出击。27日，风平浪静，兵士们都在积极作进攻准备。第二天早晨，戚继光率领陆军，俞大猷率领水军，合力向南澳岛展开猛烈的攻势。陆军首先登陆，以雷霆之势直取吴平老巢，左路军攻打敌人身后，右路军攻敌东边。贼寇们四散而逃，贼巢、贼船都被烧毁。吴平带领800人坐小船40艘，死里逃生。
吴平残部狼狈向潮州、饶平地区流窜，沿途受到当地人民一系列沉重打击。不久，逃到雷州（今海康县）、廉州（今合浦县）一带，又被傅应嘉和汤克宽部队击败。吴平走投无路，投海自杀。
吴平死后的一年多时间内，浙江、福建、广东等省戚家军防守的地区里，除零星小股的流倭偶然骚扰外，再也不像以前，有大股倭寇猖狂入侵了。到这时候，东南沿海各地倭寇，经过沿海军民十几年的艰苦奋战，以及戚继光、余大猷等抗倭将领的共同努力，基本上平息了。
戚继光24岁走上山东抗倭战场，就立下了“封侯非我意，但愿海波平”的宏图大志。历经14年的艰苦转战，他的足迹踏遍了山东、浙江、福建、广东四省沿海。他率领戚家军，屡战屡胜，令倭寇闻名丧胆。14年之后，在中国的疆土上，倭寇终于销声匿迹，戚继光的宏愿实现了。
这年，戚继光39岁，已是一个威严持重的将帅。他把目光移向中国北方，期待在那里大展宏图。