夜已深了，戚家军帅帐内，灯火依旧通明。卫士们手执刀枪，四周巡逻，保卫主帅的安全。帐内，一盏灯笼下，有一个大的案几，上面堆满了东西，有军事地图，有战报，有各地来的公文，还有些书信。案几边有张大椅，戚继光坐在上面。他正盯着一张地图看，手边的一个文告明白地写着倭寇在福清、泉州、漳州、兴化等地登陆，共战舰68艘，人数2万左右。原来，平海卫之战后，倭寇遭到很大打击，但没遭到致命的创伤。不久，那些回国的倭寇，利用带去的珠宝财物，引诱来更多新倭寇，倭寇势力大增。
戚继光陷入深深的思索之中。他的部下连年征战，几乎没有休息的时间。战士又不是钢铁做的，能不累吗？他曾问过手下士兵：“最想干什么？”他们说：“最想打完仗好好睡几天。”戚继光心里清楚，即使是这么简单的要求，他也没有真正给予过。士兵们连年奔波，苦苦征战，往往行军到那里，只要不打仗，倒头就睡，有时就睡在雨里，睡在泥里，士兵们确也没睡过几天安稳觉。戚继光看在眼里，觉得对不住士兵，可为了抗倭大计，他又能怎么办？
他手边还有许多告急文书，“泉州告急，请予援助！”、“漳州发现大批倭寇！”、“兴化告急！”等等。戚继光还记得，那时是多么着急，那时怎么苦苦思索，后来估计敌人已经分兵，便分派陈大成、王如龙、胡守仁、金科等得力干将去剿匪。也忘不了送行的场面。他们虽是上下级关系，但情同手足，这是在多少次战斗中形成的情谊，特别真挚。他们很少不在一起作战，而这次，却没有戚继光的随行。远征前，依依惜别，他们说：“大帅，你放心，我们一定能扫平倭寇，咱们戚家军个个都是好样的！”戚继光送走他们，却怎么放心得下，他派的联络官，带去他的命令，带去他的慰回，带回他们的消息，带回他们的问讯。
当然，这些部下没给戚家军抹黑。他手边就有许多他们的捷报。一个月内，水军陆军都高唱凯歌，捷报12次，消灭倭寇3000人。戚继光曾是多么高兴，戚家军在他的指挥下，屡战屡胜，现在没有他现场指挥，戚家军照样打胜仗。这说明手下的将领都已成熟，他练将的目的达到了。
戚继光眉头紧皱，他在担忧什么呢？他时常办公到深夜，因为许多事都不能不让他操心。他想起那次泉州战役时，派人向广东求援，以共剿倭寇，而广东方面以种种理由，拒绝出兵。戚继光能不着急吗？他知道，他们怕削弱自己的势力。这样的事出现过好几次，因为这，战斗更加艰难，许多本该早就结束的战斗拖了好久，造成不必要的伤亡。还有，比如调运粮草物资等事上，许多地方官不予支持，使戚家军的战斗力受到影响。这些事上，戚继光是无可奈何的，因为他的职位只不过是副总兵，还没有那么大的权力，使他的命令在闽浙地区通行无阻。
手边还有一个报告，说军中瘟疫横行，1000多名士兵已病倒。戚继光时常去探望他们，这些士兵，远离家乡，水土不服，又有疾病缠身，该多么痛苦！戚继光能做的，就是拿出尽可能多的药，尽可能多的关心，安慰他们。
戚家军因战斗伤亡，疾病困扰，长期作战，战斗力急骤下降。现在可以打仗的只有5000人，是来时的一半。这还不是他最着急的，他最着急的是，倭寇不再分散行动，正在秘密集结，估计不久要有重大行动。戚继光很清楚：倭寇聚集起来，绝不下一万，攻城略地，后果会十分严重。他能调动的只有5000人，数量上就处于劣势，所以单凭自己的部队是不行的，应调动别的部队。调动别的部队应该有相应的权力，他的副总兵职位是没有这样职权的。苦苦思索之后，他下定决心，向朝廷要权力。
他给谭纶写了封信，说明了眼下的困难和要权的必然性，请求谭纶支持他。随后又给朝廷去了奏折，请求政府给他统一指挥浙江福建军务的职权，并把管理、调度的权力交给他。谭纶也上奏折，推荐戚继光，希望能委以重任，让他施展千里之才。
军情危急的局面下，谭纶的奏折很快有了效果。1563年冬天，戚继光被任命为福建总兵官，镇守福建全省及浙江金华、温州二府地方，兼顾水陆军事务。
不出戚继光所料，11月21日，倭寇聚集2万多人，围攻仙游县城。仙游县官陈大有，还有陈贤、殷功等官员率领全城百姓，拼死守卫。
兵贵神速，戚继光亲自督阵，戚家军兵发仙游。同时，谭纶也率兵赶来。二人把军队驻扎在离仙游二十余里的俞潭铺和沙园一带。戚继光调的另外几支队伍还没来，只有戚继光和谭纶的军队6000人，敌我力量悬殊，不宜决战。
中军帐中，戚继光和谭纶正在商量对敌之策。谭纶说：“兵不厌诈，敌众我寡，不能让敌人看出我们的虚实。咱们应实行扰兵之计，派小股人马骚扰他们，令他们坐卧不宁，造成假象，迷惑他们。”
“这是好计，可这股扰兵必须勇敢善战，否则有去无回，还算什么扰兵。”戚继光说。
“这样吧，咱们挑选500勇士，让他们暗中接近倭巢，寻机骚扰。”
“好，就这么办吧。”戚继光沉思一下，说：“我们应尽量分散敌人的兵力，所以想让前来的胡守仁和蒋伯清的部队抢先占领附近的铁山。他们依据险要地势，和倭寇相持，可分去敌人许多兵力。”
谭纶点头称是，说：“福宁一带的倭寇又在蠢蠢欲动，如果趁我们防守空虚，攻打省城怎么办？”
“咱们调兵一支，让监军汪道昆率领，返回福州防守，就没事了。”戚继光说。
“如果进攻仙游，兴华、闽江、闽北的倭寇来增援怎么办？咱们必须派兵守住要道，才能切断倭寇之间的联系，这样就可以专心对付仙游的倭寇了。”谭纶说。
于是谭纶下令，调动各路军队把守要塞。一路追剿闽北的倭寇，以防止他们深入。一路防守闽江、兴化，防止倭寇偷渡。这样，围攻仙游的倭寇成了一支孤军。
第二天，戚继光到仙游城附近观察敌情。他站在一座小山上，向敌营望去。倭寇营地铺天盖地，漫山遍野，把仙游城围了个严严实实。倭寇正拼命攻城，疯了一样，下来一批，又上一批，十分凶猛。城头士兵勉强应战。戚继光早得到战报：城中火药短缺，少数守城官兵胆怯、动摇，形势十分危急。
巡视回来，戚继光立刻派遣自己的亲兵180人，趁黑夜轮流往城里送火药；另外派兵一支，进城协助共同防守。他又下令，军队前移，驻扎到离倭寇更近的石马。石马一带遍地丛林，戚继光四处安排人马摇旌旗，擂战鼓。丛林之中，看不清虚实，只听到战鼓声声，只见旌旗飘飘，似有千军万马，倭寇们惶惶不安。他又故意调动军队，使敌人更加迷惑。倭寇素知戚家军厉害，戚家军不主动出击，他们探不清虚实，也不敢轻举妄动。这些疑兵之计，使倭寇不敢四处抢劫，给守仙游城的官兵也减轻了许多压力。
仙游城已经被围一个月了，几乎天天都有战斗，双方伤亡很大。
12月20日，倭寇发起猛烈的进攻。他们抬着竹牌、木梯等攻城工具，直逼城下。城上军民奋不顾身，坚决抵抗。倭寇见城上防守严密，便集中全力攻打城西北的水关，那里的防守比较弱。倭寇砍倒木栅栏，冲破土城墙，蜂拥爬城。守城勇士陈二、林志宽眼见倭寇快要爬上城墙，冲上去挥刀砍杀，不幸被鸟铳打死。一时间，一部分倭寇已经爬上城头，后面的倭寇凭着木梯也源源不断地爬上来。如果不及时把这股倭寇赶下去，仙游很快会陷落。勇士刘君芳、吴育、丘世修等拼死守住自己的阵地，和敌人展开血战。特别是刘君芳，身体已负伤多处，鲜血染红了战袍，不知是敌人的血还是自己的血。他奋勇冲锋，一连砍倒好几个倭寇，吓得倭寇不敢再往上爬，纷纷沿梯后退。最后终因流血过多，他牺牲在城墙上。勇士李以仁等拼死冲到城外，焚烧敌人的竹牌、木梯，敌人阵势大乱。戚家军乘机在石马大放鸟铳，擂战鼓，大声叫喊，倭寇以为大军来到，不敢再战，退回营地。仙游暂时得到解救。
谭纶下令，全境兵马都由戚继光统一指挥。让他尽快部署战事，全面反攻，以彻底歼灭倭寇，解仙游之围。
经多日观察，戚继光对倭寇部署有了一定了解。倭寇兵分四路，在仙游东西南北四门外，各有一个营地。各巢兵力以南巢最多。
事不宜迟，时机已经成熟，应速战速决。这时兵力还不如对方，这是对戚继光的一大考验。戚继光信心十足，指挥若定，他决定先合力进攻南巢，然后乘胜扫荡其他三巢。整个兵力作如下的布置：王如龙率兵为中左路，胡守仁率部为中右路，两军共取南巢；陈濠率兵为右路，取贼东巢；李超率部为左路，取贼西巢；金科率兵专管接应，哪里不行支援哪里；傅应嘉率兵绕道山岭，从背面包抄西巢倭寇。
1564年1月8日，大军分道出发。王如龙、李超部开至新岭扎营，胡守仁部开至天光岭扎营，陈濠部开至水沟扎营。这天夜里大雨不停，路上没一个行人。第二天黎明，大雾弥漫，对面不见人，各路军队自营地出发，摸索前进。
这天，仙游城下，战斗正紧。倭寇推着八座“吕公车”，缓缓前进。吕公车是一种十分厉害的攻城工具，高出城墙一丈多，可以容纳100多人。车子的前面、左面、右面都包了几层东西，有竹片、有木片、有棉毡，既不怕刀枪，也不怕火器。几百倭寇在吕公车的掩护下，离城墙越来越近。城上士兵不停地放火铳、放箭，可一点用也没有。车子靠近城墙，高处立刻放下梯子，搭在城墙上，倭寇沿梯子而下，转眼之间，城上多了许多倭寇，到处猛冲。倭寇不断地拥上城头，仙游城危在旦夕。
正在紧要关头，戚家军如神兵天降，从东西两边及时杀到。城上军民精神一振，奋勇争先，与倭寇展开肉搏战。
攻城倭寇见势不妙，停止攻城，转向戚家军冲去。中左路王如龙直冲倭寇南巢，中右路密切配合，一起猛攻。敌人支持不住，退回巢穴，坚守不出。戚家军砍断栅栏，杀个缺口，冲了进去。一边冲杀，一边放火，倭巢成了一片火海。倭寇死伤无数，戚家军已明令不准争割首级，只管继续杀敌。残敌支持不住，向东巢逃窜。
胡守仁率兵掩杀，和陈濠兵一同夹击东巢。东巢建在仙游大道上，狡猾的倭寇在这一带处处设伏。童子明率军杀到虎啸潭时，不幸中了埋伏，全军覆没。童子明部的失利并没有影响这边的战斗，其他各部英勇杀敌，不久攻破东巢。
与此同时，王如龙取下南巢后，乘胜直取西巢。西巢势力较弱，很快被攻破。东西两巢的倭寇突围出去，和北巢合兵一处，企图作垂死的挣扎。
倭寇们惊魂未定，忽见南方杀来大队人马。正中“戚”字大旗和“帅”字大旗迎风招展，旗下有一威风凛凛的将军，骑一乌骓马，他就是戚继光。两旁将士盔明甲亮，威风八面。倭寇最怕戚家军，更怕“戚老虎”，今见戚继光亲来，早已胆战心惊。戚继光手中马鞭一指，“金科，冲！”金科听到命令，立即率手下勇士，向倭寇阵营冲去。倭寇再无斗志，四散而逃。
戚继光端坐马上，哨兵来报，西巢也已攻破。他望着破败的战场，死尸一片，火光一片，心中不免感慨。他看看士兵们，因为恶战，现在还在激动不已。戚继光下令：“回城！”明军吹起胜利的号角，整队入城，受到城中百姓热烈的欢迎。
仙游之战，是戚继光继平海卫大捷后的又一重大胜利，也是戚继光以寡敌众而大获全胜的光辉战例，充分显示了他高超的指挥艺术、卓越的组织才能以及戚家军英勇善战、无坚不摧的铁军风貌。为此，谭纶特地向朝廷上疏，为戚继光请功，称赞他“以寡击众，一呼而辄解重围；以正为奇，三战而悉收全捷……盖自东南用兵以来，军威未有如此之震，军功未有若此之奇者”。