哥伦布回到了海地岛的圣多明各，准备休息一个时期，等恢复了健康以后，再向西去作一次考察。岛上的伊莎贝拉镇和新建立的圣多明各镇分别由迪亚戈和巴索洛缪两人治理。
贵族们在岛上胡作非为，把土著人当做牛马般地驱策役使，获得的财富则吞入私囊。哥伦布兄弟如果偶尔有些小过失，贵族们就夸大其词地蓄意渲染，写信向国王和女王打报告，极尽毁谤、中伤，把一切过错归咎于哥伦布一人。
而就在这个时候，西班牙国内又发生了一些对哥伦布极为不利的事情。
1498年葡萄牙人达伽马乘船东行，绕过非洲的好望角，第一次从海路到达东方的印度。达伽马受到了印度国王的热情款待，并且带回来大量的珠宝、丝绸和香料。葡萄牙人拼命夸奖达伽马的成就，嘲笑哥伦布的远征，讥讽西班牙王室的无知。
伊莎贝拉女王和斐迪南国王气得直咬牙。
这一天，一些大臣和以前跟着哥伦布远航的王室监督官来到了王宫，他们围着女王和国王，七嘴八舌地议论开了：“瞧瞧，哥伦布给我们带来了什么？再看达伽马带回来的又是什么？”
“哥伦布是个十足的骗子！”
“投机者！”
“我们向天主起誓，哥伦布决没安好心！”
“我们花了多少钱？死了多少人？”
“达伽马看到的是什么？是奇妙的建筑、繁华的大城市，无数的黄金、钻石、珍珠和香料，可哥伦布看到的又是什么？印第安人！印第安人！”
“鬼才知道哥伦布到的是什么地方！”
“是地狱！是恶魔的殿堂！”
伊莎贝拉女王气得用她的羽毛扇子拼命扇，斐迪南国王突然站起来，大声喝道：“滚！你们都给我滚！我知道怎样对待这个恶棍！”
几天以后，一艘帆船载着内务大臣博瓦迪利亚离开了加的斯港。他带着国王的密令，直向海地岛驶去。
博瓦迪利亚是一个阴狠狡猾的人，他心中打定主意，不管哥伦布有无罪责，反正先把他拉下总督的宝座，由自己以代理人的身份接管下来再说。
就在这个时候，海地岛上不少西班牙人不听哥伦布的指挥，进行公开叛变，他们占领大片土地，强迫印第安人当奴隶，而且要求海军上将承认他们这样做是合法的。
哥伦布伤透了脑筋，这样一来，使他再一次西航考察的计划完全落空了。
不久，博瓦迪利亚的船到了海地岛。哥伦布在圣多明各热情地欢迎了王室派来的使臣。这位干练的、老奸巨猾的亲王博瓦迪利亚是懂得怎样行使他的权力的，他一走进议事厅，就当众宣布了王室威严而含蓄的命令。
任命内务大臣博瓦迪利亚亲王为海地岛及新发现的一切陆地的总督，海地岛的一切事宜均由新任总督博瓦迪利亚负责全权处理。
博瓦迪利亚宣布的这一决定，立刻得到叛变者的支持，因此他更加趾高气扬，随即又下令逮捕了海军上将哥伦布的两个弟弟，而且给他们两人上了沉重的镣铐，关进一个陈旧的炮台里。
哥伦布闻讯立刻赶来，他责问博瓦迪利亚说：“你为什么把我两个弟弟扣押起来？”
博瓦迪利亚冷笑着回答：“有人控告你企图将此岛占为己有，而且对待土著人暴虐残忍。如今我奉了国王之命来拘捕你，把你押解回国，接受国法制裁，我看你还是乖乖地认罪吧！”
国王竟然派人来拘捕哥伦布回国，他的一片忠诚遭到了难以辩白的误解。哥伦布满腔悲愤，双眼冒火，但他紧闭嘴唇，极力地忍耐着。
哥伦布心想，我是清白无辜的，女王陛下对我最为了解，只要回到国内，向国王和女王面禀一切，就可洗雪冤屈，还我清白。
博瓦迪利亚是代表国王的全权使者，他狐假虎威，拿着鸡毛当令箭，我并不是对他有所畏惧，只是要遵守国法，做一个忠实国民，所以暂时不和他计较。
“好吧！请上镣铐。”哥伦布凛然无惧地伸出双手。
哥伦布是一位伟大的航海家、探险家，几十年的海上生涯，为理想、为抱负而艰苦奋斗，他具有过人的胆识和勇气，也有钢铁般的坚强意志。
可是，无情的岁月在他脸上刻画出明显的痕迹，一头的白发，满脸的皱纹，但双眼炯炯有神，犹有一种凛然不可侵犯的神色。
“咔嚓”一声，扣上手铐的那一幕，使很多人眼含热泪，别过头去，不忍目睹。
博瓦迪利亚住进了哥伦布的住宅，占有他的一切物品和文件，并把属于哥伦布个人所有的财产分给那些叛变者。
博瓦迪利亚干完这一切以后，便开始无休止地审讯哥伦布，审讯一直持续了两个月。最后，博瓦迪利亚给哥伦布定了一条“残忍和不能管理地方的人”的罪行，押回西班牙。
哥伦布的第三次远航就这样结束了。