（一）功不掩罪鳌拜被擒
康熙继位时年仅8岁，由鳌拜、索尼、遏必隆、苏克萨哈四位重臣辅佐。康熙六年（1667年）七月初七，康熙正式开始临朝听政。年仅14岁的康熙虽然亲政，但毕竟是个孩子，只有虚名而无其实，一切大权都掌握在辅政大臣鳌拜手中。鳌拜自恃对朝廷有功，倚老卖老，欺康熙年幼，不思辅佐治世，专事结当营私，成为朝廷的祸害。布木布泰太皇太后看在眼里，恨在心头。
最初几年，由于康熙年幼，鳌拜逐渐在朝中形成了以自己为核心的权力集团。“一朝权在手，便把令来行”。他不忘与多尔衮的旧仇，多次制造事端，打击两白旗的权势，致使八旗内部动荡不安，因此遭到朝廷内外的强烈反对，鳌拜名声日下。而他仍不思进取，强行压制反对意见，对政敌苏克萨哈恨之入骨，不除之不解其恨。苏克萨哈也不示弱，趁着鳌拜名声不好之际，向康熙进言：“臣等受命辅政多年，朝中诸事皆于臣等裁决，恐权力过大不利皇上日后亲政，依臣之见，皇上虽年轻，但已满腹经纶，诸事应归皇上决策才是。”
康熙人小志大，对此早已思量过，康熙六年（1667年），康熙决定开始躬亲大政。这时，苏克萨哈再次进言：“皇上亲政，国事日盛。臣愿往守先帝陵寝，安享太平。”他这是想以退为进，迫使鳌拜与自己共同放弃辅政大臣之职位的一条计策。但是，他把问题看得太简单了。他的这一举措非但没有取得预期效果，反到激化了矛盾，致使鳌拜终于有机会将长期积压的怨恨发泄出来。
没过多久，鳌拜纠集了遏必隆以及班布尔善等奸党，给苏克萨哈编造了二十四大罪状，上疏给康熙。鳌拜接到奏折，不问不审，立刻定其为死罪。康熙知道这是挟私报复，坚决不批。但鳌拜没完没了地逼康熙批示，甚至挥着拳头对康熙吼叫，搅得康熙日夜不宁，只能点头默许。鳌拜得了“圣旨”，将苏克萨哈及其长子内大臣查克思肢解处死，其余六子一孙和两个侄子斩首，并没收其家产，妻奴全部入宫。为进一步铲除苏克萨哈的势力，他连其族人统领侍卫等都统统杀掉，并将因株连的四十余人全部革职。
康熙在鳌拜的眼中只是个小孩子，因此并未将他当回事。每有朝事鳌拜常常越级而上，不讲君臣礼仪，目中根本没有皇上。有时，鳌拜竟当着康熙的面滥施淫威，对朝臣随意治罪，甚至把奏疏等机要公文带回家中与心腹讨论……康熙对此早就十分不满，但因羽翼未丰，除掉鳌拜的时机还不成熟，他只好装聋作哑地等候时机。
鳌拜横蛮暴戾，滥杀无辜，朝廷内外怨声载道，也激起了众大臣的不满，言官熊赐履激愤地上书康熙，指出：“由于奸贼当道，政事极其纷乱，国家也因此受到削弱，再不加整顿，后果可危。”年轻有为的康熙帝在布木布泰太皇太后的支持下，决定收回大权，康熙从侍卫中选拔身体强壮并效忠于自己的少年武士，每日练习摔跤格斗。鳌拜以为这是小孩玩耍游戏，并未在意。
康熙八年（1669年）五月的一天，鳌拜谎称有病没有上朝，实际上是与亲信在家密谋策划。康熙以探病为名，突然亲自来到鳌拜府上，直抵卧室。根本没有病的鳌拜见康熙突然驾临显得非常紧张，也非常气愤，竟不跪迎圣驾，一点不讲人臣礼节，狂妄到了极点。这时御前侍卫和托发现鳌拜频顾坐席，面露奸笑，感觉情况有异，便警觉地疾步上前将席子掀起，竟发现藏有一把短刀。按照大清法律，见皇上时身边不能有武器，否则要斩首。但鳌拜对此一点也没有表现出惊恐的样子，满不在乎，且看你能把我怎么样的意思。此时的康熙心里清楚地知道，这是在鳌拜府上不是在宫廷。鳌拜久经沙场，十分勇武，且心狠手辣，真要动手，卫士不一定占上风。现在到了箭在弦上，有一触即发之势，稍有不慎，将遭灭顶之灾，不由得心里发凉。但康熙表现得却非常冷静、沉着，他淡淡地说：“刀不离身乃满族故俗，不足为怪也。”一句话，化解了紧张局面。康熙起驾回宫前还着实劝谕安抚了鳌拜一番，让他保重身体，以此来迷惑鳌拜。
回宫后，康熙越想越怕，立即入见祖母太皇太后，备述详情。布木布泰太皇太后深感形势危急，委屈也难以求全，除掉鳌拜势在必行，宜早不宜迟，遂与康熙商定了捉鳌计划。经过深思熟虑，决定采取欲擒故纵的策略，给鳌拜一种错觉。于是，康熙挑选了几十个身强力壮、反应敏捷的满族少年进宫，大张旗鼓地与他们练习“布库”（满族的传统体育游戏，近似于摔跤），让鳌拜觉得他是一个胸无大志贪玩爱耍的孩子。满朝文武也都认为小皇帝玩心太重。一切准备就绪，康熙八年（1669年）五月十六日这天，康熙根据祖母太皇太后的安排，以下棋为名召索额图进宫，商量擒鳌拜一事。索额图是已故首辅大臣索尼的次子、康熙的叔丈人，威望很高。他原任一等侍卫，康熙七年（1668年）六月改任吏部右侍郎。不久，又复任一等侍卫，重新回到皇帝身边。遵照祖母太皇太后旨意，在行动之前，康熙将鳌拜的党羽以各种名义先后派出，命其胞弟内大臣哈巴、亲侄侍卫苏尔马、死党理藩院左侍郎绰克托、工部尚书都统济世等人，分别到察哈尔、科尔沁、苏尼特、福建等地出差，使鳌拜孤立无援。
康熙在宣鳌拜进宫前，对那些参加布库的满族少年做了交代。太皇太后认为，如果此举成功，当然是天大的好事，如果失手，也无关紧要，可以推托是借此检验一下孩子们的勇武之威，属于少年不懂事的荒唐行为。进可攻，退可守。
没过多久，鳌拜就大摇大摆地进入皇宫。这时，正在做布库游戏的小孩蜂拥而上，一下子就把鳌拜摔倒在地，并且结结实实地捆了起来。直到这时，鳌拜还没弄清楚是怎么回事。这时，康熙宣布鳌拜“上违君父重托，下则残害生民，种种劣迹，难以枚举”。经过审问，列举其大罪三十条，本应立斩，但念其是顾命辅臣，又有战功，且效力多年，免其一死，革职籍没，与其子一道终身监禁；党羽一律处以死刑。同年，鳌拜死于狱中。
除掉鳌拜，康熙掌握实权以后，紧紧依靠宿臣老将，如索额图、杰书、图海等人，采取了一系列革新朝政的措施，深得人心。医治战争的创伤，逐步恢复和发展社会经济，改变了生产倒退、民生凋敝的困难局面，使久困于战乱和饥荒的百姓得以休养生息。
（二）削平三藩绥靖寰宇
铲除鳌拜集团以后，年轻的康熙又经历了“三藩”作乱的考验。“三藩”是投顺清朝后封为藩王的三个明臣的总称，即云南的平西王吴三桂、广东的平南王尚可喜、福建的靖南王耿精忠（袭其祖耿仲明、父耿继业爵位）。三藩本身或他们的父祖辈都是叛明降清的汉族将领，靠镇压农民起义、背叛明朝起家。他们受封藩王后，拥兵自重，逐渐形成了三个封建割据的独立王国。
三藩中吴三桂是头号人物，他是辽东（今辽宁省辽阳市）人，武举出身，在明朝末年，曾任辽东总兵，镇守山海关。农民起义军领袖李自成攻克北京后，曾经招降过吴三桂。然而，由于农民军策略有误，反而使他投到了大清的怀抱中，充当清军入关的先锋，引清军攻入北京城内，残酷镇压了李自成起义军。接着，他又配合清军镇压各地人民的抗清斗争。因此，吴三桂被清统治者倚重，受封为平西王。
尚之信的父亲是尚可喜，原为降清明将。清初，尚可喜带兵入关，后来镇守广州，受封为平南王。其长子尚之信，粗暴凶残，养狗取乐，随意杀人，甚至以割人肉喂狗为戏。尚之信甚至连父亲都不放在眼里。父子政见不合，尚之信渐渐将父亲晚年的藩王大权掌握在自己的手中。
耿精忠的祖父耿仲明，也是叛明降清的将领，后被封为靖南王，其子耿继茂及孙耿精忠承袭其职。耿精忠对福建劳动人民肆意盘剥压榨，而且生性骄奢淫暴、肆意妄为。他发怒时，常剥人皮以泄恨，每年剥人皮数十张。耿精忠野心极大，谋反称霸一方的念头早已有之。
吴三桂、尚之信、耿精忠合称“三藩”，他们都怀有分裂叛乱的野心，在对抗中央的统一目标下，他们逐渐结成了反对中央政权的死党。他们残酷地搜刮民脂民膏，每年花两千多万两银子去养活自己的军队，致使“天下财赋，半耗于三藩”。这时，他们又期望依靠这支军队为自己卖命，去发动大规模的武装叛乱，把广大劳动人民重新拖入分裂混乱的灾难之中。康熙帝亲政时便意识到三藩割据的隐患，并且注意到吴三桂等人的分裂之心蓄谋已久，渐成尾大不掉之势，若不及早清除，迟早要祸及国家。因此，康熙帝早就有撤藩的打算。亲政后，他亲自书写了“三藩、河务、漕运”的条幅悬挂于宫中柱子上，把解决三藩问题作为朝夕不忘的首要大事。当康熙帝收到吴三桂和耿精忠为掩盖自己叛乱意图而假意要求撤藩的疏文以后，便先交给大臣们讨论，结果反对撤藩的人占了绝大多数，而同意撤藩的人却只有几个。反对撤藩者提出了种种理由。有人认为，移藩后要派军队去原藩地镇守，劳废甚大；更有的人甚至为吴三桂求情，说他镇守边关，物足民丰，并无谋反的征兆。议政王贝勒大臣们也议论纷纷，莫衷一是。只有兵部尚书明珠、户部尚书思翰、刑部尚书莫洛等少数人坚决主张撤藩。
康熙征求祖母意见，太皇太后以她丰富的政治经验和敏锐的洞察力指出，三藩叛乱蓄谋已久，早有叛逆之心，撤藩与否，他们都会谋反。她又讲述了汉初吴楚七国之乱的教训，支持康熙下定决心解决三藩问题。康熙得到了祖母太皇太后的支持，更增加了他撤藩的决心。康熙十二年（1673年），康熙帝颁布谕令，命吴三桂、耿精忠同时撤藩，还籍家乡，将地方行政权移交给有关的总督、巡抚，以消除叛乱隐患；同时，特派侍郎折尔肯、学士傅达礼赴云南，户部尚书梁清标赴广州，吏部侍郎陈一炳赴福建，催促办理撤藩事宜。
实际上，吴三桂、耿精忠假请撤藩，不过是为了试探一下康熙帝的态度，没料到康熙帝竟认真起来，居然真的要撤藩。
老奸巨猾的吴三桂玩弄两面法，一面恭恭敬敬地上疏康熙帝，表示接受撤藩的决定；一面死赖在昆明不走，暗中调兵遣将，抢守云南各地的关隘，所有的文武官员和过往行人，只准进，不准出，积极策划武装叛乱。最初，吴三桂虑及已做朝廷驸马的儿子吴应熊及孙子吴世森在京城的安危，有些犹豫不决。但经过手下众人的劝说，决定立即起兵。
吴三桂的反讯传到京师后，清廷大为震动。围绕着吴氏叛乱，清廷内部展开了激烈的争论。大臣魏像枢要康熙帝以舜感化苗民为榜样，以德服人，行“仁义”以平叛乱，说什么根本不用军队，只要皇帝一出招抚令，吴三桂便会偃旗息鼓，自动服从中央政府。以索额图为代表的反撤藩派认为，应尽快处死明珠等撤藩派，以谢罪吴三桂，同时，取消撤藩令，恢复三藩权利。早和吴三桂有勾结的西藏达赖喇嘛五世，也向康熙提出了“裂土罢兵”的建议。危难之际，孝庄太皇太后坚决主张撤藩，她指出，可调八旗劲兵一起平叛，“军需内协外济，足支十年，可无他虑”。
康熙听取了孝庄太皇太后撤藩的意见，不怕气焰嚣张的吴三桂的威胁，不走汉初诛杀晁错的老路，决心以武力平叛，不让分裂国家的阴谋得逞。随后，康熙下达了武装平叛的命令。他毅然调集大军，前往湖北、江西、陕西、浙江等地，镇压叛乱。鉴于三藩同举反旗，战火迅速燃遍了大半个中国，康熙帝通观全局，临危不乱，冷静指挥军务，他知道吴三桂是三藩祸乱之首，灭掉吴三桂，其他叛军便会不攻自破。于是，他确定了军事上重点打击吴三桂，以及对耿精忠和尚之信实行招抚的策略。康熙谕令：“停撤平南、靖南二藩。”并传令兵部，劝耿精忠诚心悔悟，即刻息兵，立功赎罪，仍可封官晋爵。他又指示吏部传令，凡在北方做事和生活的原吴三桂属下的文武官员人等，“概不株连治罪”“各宜安心守职，毋庸怀疑”。又通告已在吴三桂控制下的云贵等省的军民，不要听信叛军的利诱，只要能幡然悔悟，便可既往不咎。布木布泰太皇太后，见康熙调兵遣将有板有眼，法度森严，感到康熙已经成熟起来了，心中十分欣慰。她本人也日夜操劳，呕心沥血，全力支持康熙，在八旗将士出征平叛时，她拿出了平日宫中节俭下来的银两、绸缎作为犒赏，这使年轻的康熙更增添了平叛的信心和力量。
就在清军同吴三桂叛军激烈交战的时候，蒙古察哈尔部布尔尼也乘虚起兵。后院起火，形势十分危急，康熙立即求助于祖母太皇太后。太皇太后表现得十分冷静，她面授机宜，对康熙说：“现在大军南征，京师空虚，应先派使者前往察哈尔实行安抚，以麻痹布尔尼。大学士图海才略出众，可委任平叛。”康熙依计而行，起用图海。图海率数万家奴组成的队伍，很快就平定了布尔尼叛乱，既稳定了后方，又保证了前线对吴三桂叛军的战斗。到康熙二十年（1681年），三藩之乱平定，康熙亲自到布木布泰太皇太后的寝宫奏捷，他兴高采烈地说：“臣谨遵圣母太皇太后教训，终得绥靖寰宇，叛逆削平，今日万民同贺，实应感戴太皇太后恩训。”
历时八年（1673—1681年），波及十余个省区的三藩之乱终于被彻底平息了。这场战乱，也使清朝经受了严峻的考验。年轻的康熙帝在祖母太皇太后的鼎力支持和帮助下领导了这场艰难的战争，并取得了最终胜利，这也使他在满汉臣僚中的威望大为提高。康熙帝的统治更加巩固了。