达尔文从贝格尔舰航行归来，在家里度过短暂而欢乐的假期以后，就到了格林威治，他把标本从贝格尔舰上卸下来。然后四处奔走，找人洽谈有关标本收藏的事情。
可是，洽谈的结果却令达尔文十分失望，他找到了很多大人物，却没有什么大的进展。既没有官方的资助，也没有得到博物馆的支持。这种漠视标本的态度，令达尔文感到心寒，他没有想到自己五年来历经千辛万苦得到的这么珍贵的标本，最后却遭到如此冷遇。
心灰意冷之余，达尔文找到了亨斯洛教授，向他说明了情况。亨斯洛教授决定带他去拜访莱伊尔教授。
达尔文是莱伊尔的忠实支持者，在过去五年的航海时间里，他深受莱伊尔《地质学原理》的启迪，对他充满了崇敬之情。可是，莱伊尔这么有名气的人会不会像达尔文以前遇到的大人物一样忙于自己的事情，而对他的来访不冷不热呢？达尔文心中又充满了胆怯。
见到莱伊尔教授以后，达尔文惊喜地发现，他是一个面目和蔼、语气温和、态度谦恭的人，达尔文喜欢和这种人打交道。在莱伊尔家里，达尔文受到了热情的接待。
达尔文把自己遇到的冷遇和制定的详细计划诚恳地告诉了他。出乎意料的是，莱伊尔教授对此表示了极大的同情，他甚至给达尔文出主意：“我十分同意你的计划。对于你以后的工作，要想成功地开展，最适合你的地方是伦敦和剑桥。在剑桥，亨斯洛教授会给你必要的帮助；在伦敦，我也很乐意提供给你一些力所能及的帮助。不过，以后的工作还是由你自己去做。”
达尔文见自己还没有开口请求，莱伊尔教授就同意他的计划，并且主动允诺提供给他帮助，这令达尔文十分感动，至少他所拜访的那些大人物中，没有一个像莱伊尔这么友善和仁慈的。
拜访完毕，达尔文对亨斯洛教授说：“再也没有比莱伊尔更热心，更和蔼的人了。”
亨斯洛教授说：“查理，到剑桥来吧，把不同的科排列一下，并且把同科的东西归集在一起，然后等待相应的人来要标本。”
达尔文听从莱伊尔和亨斯洛教授的意见，顺利地接洽和处理了自己的采集品，并于12月13日到剑桥租住在费兹威廉街公寓中。
在达尔文看来，剑桥还是一个很悦人的地方，但欢乐气氛已不及从前的一半了。走过基督学院的天井时，看着熟悉的环境，却没有熟悉的旧友，物是人非的感觉徒增了很多惆怅之情。
这段时间里，达尔文在著名的结晶学家和矿物学家威廉·哈罗斯·米勒的指导和协助下，专心整理和潜心研究自己的岩石和矿物等标本，写地质论文和《考察日记》。
达尔文刚刚回国不久，就被推举为地质学会会员。如今，经过几个月的精心整理，达尔文写作出了几篇分量很重的论文，在地质学会上一一宣读，那些大人物们渐渐开始关注他了，《动物学会会报》上，屡次出现谈论达尔文带回来的动物学标本的论文。
1837年3月6日，达尔文离开剑桥，住在哥哥伊拉兹马斯的家里。不久便在附近的大马尔博鲁街36号租到了一所房子，这所房子地理位置十分优越，东边是英国博物馆，北边是动物园，都离他的住所不远。
刚刚安定下来，达尔文就马不停蹄地继续写他的《考察日记》。每每夜晚降临，人们都去参加派对了，达尔文依然在清幽的灯辉下埋头苦干，他现在正努力地赶工，为了出版《考察日记》不惜放弃其他一切事情。
经过约定，菲次·罗伊写前两卷，达尔文写第三卷。对于这本书的结构，达尔文早已有他自己的主意。他决定，采用一种自然科学家写日记的方式来写，但也不完全按照日期次序，而是主要按照到达地区的次序来写。内容大部分是动物习性，再添加地质、地形和人物等片段的描写，拼凑成一盘什锦菜。
经过大半年的艰苦卓绝地写作，1837年7月，达尔文的《考察日记》第三卷终于完成并修改好了，他把全部书稿交给菲次·罗伊，以便同他负责的前两卷一起付印，达尔文甚至连承印的伦敦出版商科隆都找好了，可是，由于菲次·罗伊患病，尚未把前两卷编写好，因此，科隆就先行排印了达尔文的第三卷。
初到伦敦时，达尔文成了莱伊尔家里的常客，他经常同莱伊尔探讨一些地质学方面的问题。
有一天，达尔文说：“莱伊尔教授，我在太平洋和印度洋考察的时候，发现了那里的珊瑚礁很奇特。”
莱伊尔说：“你有什么看法？”
达尔文谦逊地说：“这个……因为您是权威，我一个毛头小伙子刚入门，不敢怎么置喙。”
莱伊尔爽朗地说：“科学在于敢于质疑，敢于打破成见，你但说无妨。”
达尔文索性就谈开了，他说：“按照您的观点，珊瑚礁是火山口上升才造成的。可我认为，珊瑚礁是因为海底下降，把珊瑚虫带到海洋深处才形成的。”
说罢，达尔文不好意思地颔颔头，他看到莱伊尔先生半眯缝着眼睛，一副思索的模样。
莱伊尔教授说：“好小子，你真够锋芒的啊！这可是我多年研究的领域啊。不过，你的观点还是很新颖，说得也挺在理。你有没有成文啊？等写成文章了拿来给我看看。”
达尔文毕恭毕敬地递上自己前几天写的论文《从珊瑚构成物的研究，推导出太平洋与印度洋中某些地区升降情形》，并说：“先生，我已经写好了。”
过了几天，达尔文收到莱伊尔教授的信，他在信中说，“听了您论述珊瑚礁一课后，好多天我总是想到下沉陆地的顶端，您这个意见是完全正确的。我已经写信给相关部门，催促他们在地质学会下次会议上宣读你这篇论文。我必须永远放弃自己的火山口理论，珊瑚岛是正在下沉的陆地做着最后奋斗时，把自己头部向海面上举起的产物。地质学家可以借助珊瑚礁的现状，去寻求出海洋底层上升和下降的区域。另外多提一句，您关于南美洲陆地上升的许多实际资料，充分证实了我过去提出的安第斯山脉在缓缓上升的理论，谢谢您不远万里给我带回的资料。”
读完莱伊尔教授的信，达尔文内心充满了震动。莱伊尔是地质学的权威，当一个自然科学的新秀来驳倒他多年研究的课题时，他没有企图抵制打压，而是用心地倾听思考，并且精心地呵护、鼓励、培育新人，表现出了一个正直科学家应该具备的品格。
这期间，达尔文还抽出时间兢兢业业地撰写关于南美洲和各岛屿的地质记述。由于工作繁重，达尔文终于累倒了。碰到任何激动的事，他都会感到筋疲力尽，心跳加速。
9月下旬，达尔文接到医生的判决书，“达尔文先生，您的身体很不好，您患了心悸症，最好果断停下手中的一切工作，到乡间去住几个星期。”达尔文听从医生的劝告，回到了施鲁斯伯里老家。
达尔文一刻都不能停止工作，这种静养的日子多少让他感觉到乏味。于是，他又跑到麦尔的乔赛亚舅舅家里。
舅舅带着达尔文在他的领地上散步看风景。下雨天刚过，空气清新湿润，沁人心脾，小径两旁的草叶上带着水珠，欲滴未滴。走到牧草地的时候，两人铺下塑料纸席地而坐，随兴而谈。
“哇喔，这些土堆好可爱！”达尔文看着草地说。
“这些都是蚯蚓的粪便。别小看这粪便，他们的学问可大了。”
达尔文竖起耳朵，问：“有什么学问？”
“这些小土堆其实掩盖着蚯蚓洞穴的入口。”
“是吗？”达尔文索性捡起一根小棍棍，扒开小土堆，果然露出一个很小的洞口。达尔文顺着这些洞口在草地上挖掘土洞，认真地观察和记录蚯蚓排粪和土壤的形成。
舅舅在一边说：“据我多年观察的结果，我认为，蚯蚓排粪所形成的土壤，使地面建筑的石灰、煤渣和砖石等下沉。”
达尔文说：“这么浩大的工程，那这些可爱的小家伙儿们得排多少粪便啊？”
乔赛亚说：“据我测定，蚯蚓每年平均堆积在地面上的土壤厚度为0.22英寸。”
蚯蚓和土壤的关系引起达尔文巨大的兴趣。在施鲁斯伯里和麦尔度过一个月的修养时间以后，达尔文就赶紧回到了伦敦寓所，开始撰写论文。一个星期的时间，达尔文就把自己观察到的结论形之成文了。
十一月一号，在地质学会上，达尔文宣读了他的最新论文《论植物土壤的形成》。几经修改之后，达尔文把它发表在《伦敦和爱丁堡哲学与自然科学》杂志上。在论文中，阿尔文阐述了自己和舅舅的新见解，蚯蚓这种懦弱的小动物，其实是土壤的制造者，它们吞食了石灰、煤渣和砖石，但是排泄出来的粪便却是土壤。
这篇论文宣扬的结论与当时权威理论相冲突，因此发表出来以后，引起了广泛的争议。达尔文为了这个专题，进行了长达四十多年的观察、试验和研究。
在贝格尔舰的五年航行中，达尔文学会了节省时间的金科玉律，那就是要注意每一分钟，这个习惯他保持了一生。从乡间休养归来，达尔文就马不停蹄地开始积极著写《南美洲的地质》一书，同时做《论物种变异》笔记，关于物种变异的研究一直都是他宏大的志愿，现在终于要付诸实施了，这让他很激动。同时，达尔文获得了财政部一千磅的资助，帮助他完成计划。
地质学会很早就建议请达尔文担任该会名誉秘书职务，达尔文多次迟疑不决不只是因为要忙碌于著述等工作，最大的一个原因是他的健康状况不好，医生曾力劝他放弃全部写作，甚至放弃改正校样，好好休息几个星期。他经过反复思考，终于在1838年2月16日应允就职，因此，他开始经常参加会议，记录讨论内容和论文摘要以及联系各会员等。在地质学会秘书这个职务上，达尔文干了三年之久。
渐渐地，达尔文开始声名雀跃，1839年1月24日，达尔文被推选为英国皇家学会会员。还记得当时达尔文在剑桥大学读书时，一个朋友特纳看到达尔文在研究甲虫，无意地但是却十分有预见性地说了一句话：“查理，我敢预言你有一天会成为皇家学会会员的。”当时达尔文听罢甚觉荒唐可笑，他认为自己是一个智力平庸的人，能做到不给家族丢脸就很好了。没想到现在，达尔文真的成为皇家学会会员。
莱伊尔在写给塞治威克的信中说，“达尔文参加任何地质学家的团体，都会给它增添光荣。他努力地工作，并且正在成功地写书和参加我们的讨论。在会上，米切尔博士刻薄地对南美洲提出了很多问题，这些问题听起来非常无礼和离题，但是达尔文都对之做了耐心而详细的解答，最终使米切尔博士沉默下来。在这之前，我还的确没见过谁能够如此成功地使他沉默下来，或者说，如此巧妙地向他的脊背上浇了一桶冷水。因此，我们便可以对米切尔博士那篇十五分钟粗制滥造夸夸其谈的文章视而不见了。”
1838年的一天早晨，阳光明媚，鸟儿啁啾，空气清新。饱睡了一晚的达尔文感到精神爽朗，他坐在早点桌上，仆人送来一封信。达尔文一看是二姐卡罗琳的笔迹，赶忙拆开看，他急于了解施鲁斯伯里家里的情况。
要知道，达尔文现在过的是一种很忙碌的生活，尽管他希望可以这样继续下去，但是这种生活有着许多严重的缺点，主要是它不给人时间去看望家里人。在已过的三年中，他曾盼望着能住在施鲁斯伯里，但现实是他只能在几个月内同施鲁斯伯里亲爱的家人们相聚一个星期。
达尔文拆开信，刚读几行就感觉到二姐卡罗琳的喜悦之情。原来，卡罗琳要结婚了。他未来的姐夫是乔赛亚舅舅第二个孩子，也是长子，祖孙三代同名的乔赛亚·韦奇伍德。
达尔文看到这个消息，为自己姐姐高兴的同时，也开始思考起了自身的问题：自己是过一辈子单身生活，还是建立一个幸福的家庭？这使他的思想陷入了科学事业和婚姻家庭的矛盾之中。
达尔文在自己寓所内独处孤寂时，多次考虑过自己的婚姻和工作前途问题，因此用铅笔写下了两篇叙述自己苦闷心理的文章。
第一篇分为“结婚”和“不结婚”两节，考虑其后果的利弊。其中，他讲到要进行地质学、动物学和物种变异的研究工作，而且想去欧洲大陆和美洲，继续做考察旅行，同时也提出了居住在伦敦或郊区乡村对工作是否有利的问题。
第二篇也分“结婚”和“不结婚”两节，是对第一篇的答卷。其中考虑到将来的经济和地位等问题，希望能有相当的资金、财产或剑桥大学教授职位，维持将来妻儿全家的生活，让自己一生能持续不断地搞科学研究工作。其结论是“要结婚”。最后两段文字，说明了父亲对他的劝告：“要趁早结婚……”。
但是他又写了担忧的话，因为一旦结了婚，要成为家庭的奴隶，学不成法语，不能坐气球上天，不能去欧美两洲大陆。最后，他鼓励自己：“不必垂头丧气，听天由命吧——仔细瞧瞧四周吧——有很多幸福的奴隶哩！”
1838年11月9日，由于身体不适，达尔文再次来到麦尔舅舅家里，舅舅依然热烈欢迎了自己器重的外甥。
乔赛亚舅舅大加夸奖达尔文：“聪明的查理，上次你发表的那篇有关蚯蚓与土壤关系的论文我看了，我很赞同你的观点啊！”
达尔文谦逊地说：“尊敬的乔赛亚舅舅，那篇论文很大一部分是受到您的启发，我还得感谢您呢！”
达尔文的一番话说得舅舅喜笑颜开，可是乔赛亚像是想到了什么似的，他又说：“不过，据我所知，好像这篇论文引起的波澜不小。”
“是的，像一个石子投入了波心。”达尔文如实相告。
这时，小表姐埃玛正好给达尔文端来了一杯沏好的茶水，听了达尔文的话，脸上泛着红晕，达尔文看着羞涩的、端庄的、大方的、妩媚的小表姐，内心里也是一圈一圈的涟漪，他想自己这么喜欢小表姐，可从来都是遵从一般姐弟的交往礼仪，从未越雷池一步，更别说向她吐露心曲了。
乔赛亚舅舅的咳嗽声把达尔文从冥想中拉了回来，他接着说：“那篇论文引起了很多争论，有反对的意见也有赞同的意见。”
“这个当然嘛，有学术争鸣才好啊！不过，你打算怎么做，查理？”乔赛亚关心地询问。
“我也没有打算放弃，我正在做这个专题，实验室里养了很多蚯蚓，我想对他们观察记录，等资料翔实以后再做最后的定论，我愿意花一生的时间投入到这个专题里。”达尔文坚定地说。
坐在他身边的埃玛无限崇拜地看着他，看着这个决心坚定、有恒心有毅力的小伙子。
过了一会儿，达尔文支支吾吾地说：“舅舅，我想给您说一件事情，不知您会不会答应我。”
舅舅爽朗的一笑，说：“查理，别这么吞吞吐吐的，自从航海回来，你还没有这么不果断过哦。有什么就说吧，我能做到的绝对答应你。”
达尔文说：“亲爱的舅舅，您一直都是我的偶像，是我最崇拜的人，自从妈妈去世之后，我做什么事情都要来听取您的意见。在我人生的几次重大转折时，您都以高瞻远瞩的眼光给了我很正确的指导。可是……可是……”达尔文望了望埃玛，又望了望乔赛亚，吞了一口唾沫，鼓起勇气说：“可是，我现在想娶埃玛为妻，我请求您答应我照顾埃玛一辈子！”
达尔文说完，嘴唇都是哆嗦的，他十分紧张地看着乔赛亚。
埃玛听到一向倾慕不已的达尔文能说出来，内心里早已乐开了花，她在心里暗暗地期盼，“爸爸，快答应啊，这可是我等了好久了。您知道女儿的心思啊！”