达尔文站在甲板上，看见这些岛屿的黑色熔岩上面，都被矮小无叶的灌木和矮树覆盖着，岛屿上有许多土丘和小山，热带的阳光中午晒在熔岩上，像火炉一般，所有的人顿时感到郁闷和酷热。
当贝格尔舰停靠到圣斯蒂芬港时，威克姆军官告诉达尔文：“你会在这里发现很多动物的，当心你一下船就会踩着一个。”
达尔文看见威克姆冲他做鬼脸，问：“我会踩着什么？”
谁知威克姆已经下船了，他头回过来冲达尔文大声说：“你会踩着一个大乌龟！哈哈哈。”
达尔文以为他在开一个玩笑，拿自己取乐，也就没有在意。
达尔文上岸后，果真发现了栖居在那里的海龟、陆龟、鲨鱼、蜥蜴、鹰和各种小鸟。这些动物都不怎么怕人，除了鲨鱼之外，它们都不躲避人。特别是那些巨大的行动蹒跚的龟类，它们大摇大摆地在陆地上行走，毫不惧怕人们，达尔文跟在它们后面，不过那些乌龟都太庞大了，达尔文想要抱起他们简直是不可能的。
达尔文好奇地问当地居民：“为什么岛上这么多的乌龟啊？”
居民多很淳朴，他们热心地回答达尔文的问题：“哈哈，你还不知道吧。加拉帕戈斯的意思就是海龟。”
“可这里都这么干燥，我看是陆龟才对啊！”
“陆龟也有，海龟上岸了就是陆龟了。”居民幽默地说。
“那这些海龟离开了海水怎么还可以活得这么久啊？”
“这你就不知道了吧？海龟固然是喜欢水的，但是我们这里一年只有几天才会下雨。海龟之所以能生活下去，因为它们能够爬行十二三公里的距离去寻找水源。一到水边就一头伸进水里，贪婪地喝个不停，直到喝够了才肯走。它们不但把肚子喝得鼓胀胀的，连膀胱和心囊里都贮满了水。”
正说着，达尔文就看见不远处一队海龟爬过，脸上是满足的表情，想必是刚喝饱了水。
突然，这个彪悍的当地人抡起刀子就杀死了一只龟，他说：“来吧，尝尝。当地的居民在干旱地区行走，口渴难忍的时候，就杀死一只海龟，喝掉它膀胱和心囊里的液体。”
出于好奇心，达尔文品尝了它的滋味，然后说：“稍微有点苦，但是很可口。不过，还是心囊里贮存的水滋味最美！”
“哈哈，你不知道用海龟肉炖的汤就更鲜美了，当地的居民都是以这些巨大的海龟为主要的肉食品的。走吧，我带你去尝尝。”说着，就邀请达尔文到他家里。
他一边走一边向达尔文说：“并不是每一种龟肉都好吃，我们基本上可以凭借龟背的形状来识别它是哪个岛上产的以及味道好不好。”
达尔文仔细地听他讲每个岛上海龟的不同形状和不同习性，他禁不住问道：“一群彼此离的很近的岛屿，地质构造和气候条件都相同，高度也差不多，为什么同一个物种在每个岛屿上会不一样呢？”
“这个你应该去问上帝！”那个人耸耸肩膀，表示不知。
当然达尔文并没有问上帝，他此时已经对上帝创造这些不同的海龟产生了怀疑。除了海龟之外，吸引他注意力的是那些鸟类。
达尔文在这里一共采集到26个类型的陆栖鸟类，除了一种是从美洲飞来的，其他25个类型都是这个群岛所特有的。他还发现，查理士岛上所有的鸟都属于一个种类——三环反舌鸟，阿尔贝马尔岛上所有的鸟都属于最小的一种反舌鸟，而詹姆士岛和查塔姆岛上所有的鸟都属于黑色反舌鸟。
他更为惊奇的是，同样是地雀属的鸟儿，在不同的岛屿上，鸟嘴的长短和粗细也都各不相同：又粗又大的是大嘴地雀，其次是勇敢地雀，又细又长的是舍契德雀，最后一种是小嘴地雀。
在船上的日子里，达尔文就看着这些采集来的地雀标本发呆，他的大脑在飞速地旋转，有一个问题始终萦绕不去：为什么会是这样，难道是上帝的杰作？
达尔文整理着以往搜集来的鸟类标本，翻看以往记下的鸟类特性，达尔文苦思冥想，最后他想到了说服自己的答案，他赶紧记在笔记本上：根据调查和反复思考，我认为加拉帕戈斯群岛上的生物是从南美洲迁徙过来的。它们有的乘风而来，有的随着浮木漂泊来的，有的是攀附在大鸟的脚上来的……不管有多少物种能够漂流过海，最终能够幸存下来的总是少数，所以加拉帕戈斯群岛上的生物种类不像其他地区那么繁多。这些新来的物种，在环境条件的长期影响下慢慢地产生了变异，就发展成了现在的状况，它们不过是南美洲鸟类的变种罢了。在远离大陆的小岛上，这类变种是在特殊的生活条件下形成的。因此，各个小岛上的鸟都具有它们在南美洲祖先的某些特征，而又不完全一样。
写完这些，达尔文合上笔记本，他为自己发现这一真理感到兴奋不已，同时又感到忧伤，因为没有人能够承认他的这一套真理。一旦他的这一说法散布出去，别人一定会认为他是疯子，是在向权威的上帝挑战。
在这个时期里，达尔文也收到亨斯洛教授和家里姐妹的来信。亨斯洛教授告知达尔文，说他托运回国的所有标本箱都收到了。妹妹苏曾告诉他塞治威克教授拜访过他家里。
的确，塞治威克教授在给施鲁斯伯里私立中学校长巴特勒博士的信中说：“现在，达尔文正在南美洲进行着令人钦佩的考察工作，已经把大批无价之宝托运回了祖国。他出国去探险旅行，对他来说，这是世界上最崇高的事业。以前大家惟恐他会变成一个游手好闲的人，但是现在，纵使上帝舍弃了他的生命，他也将在欧洲的自然科学家中，获得显赫的地位。”
看到不远万里漂洋过海送来的家信，达尔文紧紧地把它们抱在胸口，几年来的漂泊孤独之情涌上心口，他禁不住潸然泪下。此时，他对家是多么热烈的眷念啊，上至父亲，下至老保姆南希，都使他牵念。每当他想到下一个秋季就可以在施鲁斯伯里看到树叶飘落、听到知更鸟的歌声，思乡之苦就平息了些。在唱那只半伤感半愉快的曲子《甜蜜家园》时，所有的前尘往事都浮现在眼前，他多么渴望再度安静地生活，没有任何新奇事物在身边。没有任何人能够体会到达尔文这种心情，除非他周游世界达五年之久。
贝格尔舰离开加拉帕戈斯群岛以后，航行到塔希提岛和新西兰，又经过澳大利亚横渡印度洋，再绕过好望角，回到大西洋。历时5年的环球考察就要结束了，船上的每一个人都在思念英国，思念家乡，好像任何一个地方对他们都失去了吸引力。
贝格尔舰满载着胜利的豪情，向着英国德文港方向返航了。
1836年10月2日，贝格尔舰终于到达了久别的英国海岸线。当天夜晚，可怕的暴风雨再次疯狂地袭来，达尔文上岸后，拖着疲惫的身体，独自乘坐飞快的邮政马车，在黑暗中冒着风雨，连夜急速向家乡赶。
10月5日清晨，达尔文终于到达了家门口，当时全家正在用早餐。见到久别的亲人，大家都怔住了，等反应过来时，悲喜交加。
在众人眼里，眼前的达尔文跟五年以前的模样是大大不同了，他的脸被热带阳光晒成了深棕色，前面的头发有些稀疏了，这使得他高高隆起的前额更加高耸，眼角也出现了深浅不一的皱纹。航海归来，他已经27岁了，可他看起来比实际年龄还要老。
老达尔文医生抱住儿子，老泪纵横地说：“我亲爱的查理，你终于回来了。”
查理说：“是的，父亲。我已经离开您五年有余了。”
姐姐妹妹们也都过来，脸上喜忧参半，分别拥抱了达尔文。
二姐凯瑟琳擦掉脸庞上的泪珠，假意抱怨说：“你不是说十月底回来吗？提前也不通知一声，大家的表情都没有准备。”
老保姆南希端来了盘子，说：“查理少爷，用早点了。”
最小的妹妹凯瑟琳说：“查理，你很久没回来，家乡的变化可大了。吃晚饭以后，我们一起去逛逛。”
达尔文连连答应，沉浸在家的温馨当中。
见到故乡的山水，分外娇艳；园中果木，更加郁葱；家中亲人，愈益健壮；游子归来，神貌焕发；真是五载别情，一时诉不尽。大家都赞扬他五年探险成绩伟大，达尔文看家人都把他当做重要人物，不禁有些不好意思起来。
晚上回来，达尔文赶忙写了几封信，寄给舅舅乔赛亚·韦奇伍德、亨斯洛教授和菲次·罗伊等亲友，报告平安返家的喜讯，不日即可会面畅谈，并且感谢他们五年来经常的热情关怀、支援和鼓励。
十月的麦尔气候宜人，风景别致。乔赛亚的住宅窗明几净，十分幽静。乔赛亚坐在沙发上，一边看报纸一边等着外甥归来探访。与此相反的，达尔文最小的表姐埃玛显得有点心神不宁，坐立不安，在屋子里晃来晃去。乔赛亚斜睨了她一眼，脸上会意地笑了。
乔赛亚打趣道：“你怎么是一副心急如焚的样子？”
埃玛的大姐说：“她盼望着她的心上人今天向她求婚，哈哈。”
埃玛又羞又恼，跑到大姐身边，追着要打她。
正当姐妹们嬉闹的时候，院子里有人喊：“查理少爷来了。”
姐妹们闻言，连同乔赛亚一起走出客厅，迎接马车上的达尔文一家。
乔赛亚看着备受自己器重的外甥，上上下下地打量了一番，说：“我真不敢相信，当年那个稚嫩的小伙子已经历练成一个男子汉了。”
达尔文医生说：“是啊，你看他头部的形状都变了！”
埃玛也站在一旁不好意思地打量着他。
一行人簇拥着走向客厅里，喝茶、聊天、嬉闹，好不痛快。
乔赛亚舅舅说：“接下来你准备做什么？”
达尔文谦逊地说：“托运回国的很多标本箱还得整理，我想把它们分类，再和菲次·罗伊合写一本航海日记。最后，我还想拜见亨斯洛教授，请求他介绍我去拜访莱伊尔教授，您知道，我在环球考察途中遇到很多地质方面的问题需要同他探讨。”
乔赛亚舅舅打趣他：“难道您还要违抗父命，你父亲让你做牧师怎么办？”
老达尔文医生说：“哦，乔赛亚，不要把我说成了一个老顽固。塞治威克教授已经到我家里来过了，我们谈得很深入，我的思想观念也转变过来了。既然查理一心想向生物学方面发展，而且已经做得这么好了，我也就放手让他去做吧。”
达尔文动情地看着父亲，说：“谢谢您，父亲！我不会让您失望的。”
旁边的埃玛高兴地说：“好哦好哦，查理，你终于可以做自己喜欢做的事情了。”
乔赛亚舅舅知道女儿的心思，他通情达理地说：“埃玛，你陪查理出去玩玩，我跟你姑父还有事情要谈！”
埃玛得令，非常高兴地拉起查理，查理也很喜欢跟埃玛一块玩。青梅竹马的两人手拉着手走到后花园里去了。
两人绕着潺潺的河流漫步，小河边有花朵在静悄悄地开，埃玛和查理用温柔的语气倾心交谈。达尔文给埃玛讲述途中遇到的酸甜苦辣，埃玛用心地听，时而跟随达尔文一起高兴，时而悲伤，心疼得要掉下眼泪。
达尔文觉得跟埃玛一起很舒服很快乐，看着眼前这么可人的姑娘，他多么想跟她共度一生啊。可是转念一想，刚回到家乡，自己什么都没有，拿什么给自己心爱的姑娘，总不能还靠父亲养活两人吧。于是，屡次到嘴边的话，达尔文又把它咽下去了。
每每此刻，埃玛都是动情地看着自己心爱着的人，她多么想听到他嘴中蹦出的誓言，可是，每次都失望了。
不知不觉天就黄昏了，埃玛温柔地说：“回去吧，爸爸和姑父等着咱们吃饭呢！”
达尔文拉着埃玛的手，什么话都没说。此时，他已经很成熟了，他知道聪明的人就是知道什么时候该做什么事情的人。他握住心爱的姑娘的手，传递着无言的力量。