对于朱元璋的滥杀，皇太子朱标深表反对，曾进谏说：“陛下诛戮过滥，恐伤和气。”当时朱元璋没有说话。第二天，他故意把长满刺的荆棘放在地上，命太子拣起。朱标怕刺手，没有立刻去拣，于是朱元璋说：“你怕刺不敢拣，我把这些刺去掉，再交给你，难道不好吗？现在我杀的都是对国家有危险的人，除去他们，你才能坐稳江山。”然而朱标却说：“有什么样的皇帝，就会有什么样的臣民。”朱元璋大怒，拿起椅子就扔向太子，朱标只好赶紧逃走。
（四）加强控制
为了加强对臣民的控制，在地方上，朱元璋还设置了巡检司。巡检司遍设于全国各府县的关津要冲之地，专门盘查过往的行人，负责把关盘查、缉捕盗贼、盘诘奸伪。军民的行动一概限制在百里之内，如走出百里之外，必须事先请领路引，巡检司才能让他通过关津。
由于朱元璋是开国皇帝，明初皇帝的力量比较强大，到了明朝中后期文官的力量才变强大起来。朱元璋利用特务机构，派出大量名为“检校”的特务人员，遍布朝野，暗中监视。洪武十五年（1382年），出于监控官员的需要，朱元璋将管辖皇帝禁卫军的亲军都尉府（前身是拱卫司）改为锦衣卫，并授以侦察、缉捕、审判、处罚罪犯等权力，这是一个正式的军事特务机构，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和监狱，俗称“诏狱”，诏狱里采取剥皮、抽肠、刺心等种种酷刑审问和处罚犯人。朱元璋还让锦衣卫在朝廷上执行廷杖，有很多大臣惨死杖下，工部尚书薛禄就是这样被活活打死的。
吏部上书吴琳告老还乡后，朱元璋曾派特务到他家乡侦察他的活动，见一个农民模样的人从小凳上站起来，下稻田插秧，问道：“这里有个吴尚书，在吗？”那人拱手回答：“吴琳便是。”这个特务回去报告，朱元璋听了很高兴。博士钱宰被调到南京编纂《孟子节文》，罢朝回家，信口吟诗曰：“四鼓冬冬起着衣，午门朝见尚嫌迟，何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时？”在旁监听的特务向朱元璋报告了这件事。第二天上朝，朱元璋对钱宰说：“昨天作的好诗！不过我并没有‘嫌’你啊，改作‘忧’字怎样？”钱宰一听，吓出了一身冷汗，连忙磕头谢罪。有一次，大学士宋濂在家请客，特务立即向朱元璋报告。第二天宋濂上朝，朱元璋问宋濂：“昨天在家喝酒没有？请了哪些客人，吃的什么菜肴？”宋濂一一照实回答。朱元璋笑了笑对宋濂说：“说得都对，你没有骗我。”
有的时候，朱元璋还亲自出马，对臣僚搞特务侦察。弘文馆学士罗复仁秉性耿直，能言善谏，但因为他原来是陈友谅的部下，朱元璋对他很不放心。有一天，朱元璋想看看罗复仁在家干什么，就亲自跑到城郊罗复仁的家中去私访。罗复仁正在粉刷他的几间破房子，他见到朱元璋到来，忙叫妻子抱过来一个小凳让朱元璋坐。朱元璋见状，把他夸奖了一通，说：“贤士怎么能住这样破烂的房子？”于是朱元璋下令赐给他一座城里的大宅第。
（五）兴文字狱
1370年，朱元璋下令设科取士，规定以八股文作为取士的标准，以“四书”“五经”为题，不允许有自己的见解，必须依照古人的思想。
同时，对于不肯合作的地主知识分子，朱元璋则想尽办法加以镇压。
明朝建立后，有一部分地主阶级文们住在何处？”他们回答说：“红寇乱时，避居在福建、江西两省交界处。”朱元璋大怒，认为他们把红巾军骂作红寇，影射攻击他是用不正当的手段夺得的天下，下令把他们押回原籍处死，并规定今后士大夫凡是不肯为君主效劳的，一概“诛其身而没其家”，通通杀头抄家。后来，朱元璋又逐步加强思想统治，制造了一系列的文字狱，屠杀了一大批因为文字触犯禁忌的地主文人。
朱元璋出身贫寒，并且早年做过和人认为朱元璋是发迹于起义军的贫苦农民，不配当坐金銮殿的皇帝，不肯同他合作。还有些在元朝做过大官的地主文人，因为怀念旧主的恩情，“身在江南，心思漠北”，不愿意为新朝廷效劳。他们采取自杀、自残肢体、逃往漠北或者隐居山林等各种办法，拒绝明朝的征调，不肯出来做官。朱元璋便使用各种严刑酷法，严厉加以镇压。贵溪儒士夏伯起叔侄两人，斩断手指，拒不出仕。朱元璋把他们抓来审讯，问他们：“过去世道动乱的时候，你尚，所以十分忌讳“光”“秃”等字眼，就连“僧”也不喜欢，甚至连和“僧”读音差不多的“生”也同样厌恶；他曾参加过红巾军，因此不喜欢别人说“贼”“寇”，连和“贼”读音相近的“则”也厌恶。有好多人因此送命，如浙江府学林元亮替海门卫官作《谢增俸表》，其中有“作则帝宪”一语；杭州府学徐一夔表文中有“光天之下”“天生圣人，为世作则”等语。朱元璋便硬说文中的“则”是骂他做“贼”，“光”是光头，“生”是僧，是骂他做过和尚。据说，有一年元旦夜里，朱元璋外出，发现一则灯谜：上画了一个女人，手里抱着一个西瓜，坐在马背上，其中马蹄画得特别大。对此，朱元璋大怒，认为这是暗讽马皇后是个大脚，于是即命查缉，将作灯谜的人杖责至死。状元张信奉训导诸王子时用了杜甫的诗句“舍下笋穿壁”为字式，竟也惹得朱元璋大发脾气，说他是讥笑天朝，下令处以腰斩之刑。
文字狱从1384年一直延续到1396年，长达十三年，造成了人人自危、不敢提笔的局面，以致文官们不得不请求设计出一种标准的文牍的措辞，以免犯忌。
（六）休养生息
明朝建立伊始，中华大地经过近二十年战乱的破坏，田地荒芜，经济凋敝，到处是破烂不堪的景象。河北平原遭受战争的破坏最为严重，很多地方道路阻塞，积骸成丘，人烟断绝。文化一向比较发达的汉中地区，也是荒草丛生，虎豹啸吟。往日的繁荣胜地扬州，被朱元璋的军队攻占之后，城中仅余居民十八家。人民力竭财尽了，地主贵族难以榨取地租，封建政府的税源也近于枯竭。面对此情形，为了巩固封建统治的经济基础，朱元璋下决心推行“休养生息”的政策，大力恢复和发展生产。明洪武元年（1368年），朱元璋刚称帝不久，外地州县官来朝见，朱元璋对他们说：“天下初定，老百姓财力困乏，像刚会飞的鸟，不可拔它的羽毛；如同新栽的树，不可动摇它的根。现在重要的是休养生息，让他们生产。”他要求各级官吏把“田野辟，户口增”作为头等大事来抓，并规定官吏的考核都要上报农桑的治绩，违反的要降职、处罚。
农业是封建社会最主要的生产部门，受到朱元璋的特别重视。在封建时代，恢复和发展农业的主要措施是奖励垦荒和实行屯田。经过元末的农民战争，不少官僚地主死亡逃散，他们霸占的土地有的回到了农民的手中，有的则荒废了。朱元璋下令，凡是战争中抛荒的田地，被他人耕垦成熟的就成为耕垦者的产业，如果原来的田主回来，则由官府另外拨给同等数量的荒地作为补偿。这实际上是对农民在战争中取得的胜利果实的一种承认。
对那些无主的荒地，朱元璋则鼓励农民积极开垦。
明洪武元年（1368年），朱元璋接受大臣建议，鼓励开垦荒地，并下令：各处荒芜的土地，允许百姓开垦，永为业田，并且全部免三年租税。他还采取强制手段，把人多地少地区的农民迁往地广人稀的地区；对于垦荒者，由政府供给耕牛、农具和种子；并规定免税三年，所垦之地归垦荒者所有；还规定农民有田五至十亩的，必须栽种桑、棉、麻各半亩，有田十亩以上者加倍种植。这些措施大大激发了农民垦荒的积极性。过了两年，又规定北方郡县荒芜田地，不限亩数，授予无业的农民耕种，每户十亩，另给菜地二亩，有余力多种的，则不限亩数，并全部免除徭役三年。后来还规定，在陕西、河南、山东、北平等布政司以及凤阳、淮安、扬州、庐州等府，允许农民尽力开垦荒地，官府不得征派赋税。许多逃亡的农民纷纷回乡垦荒，变成了拥有小块土地的自耕农。
此外，明朝政府还大力推行屯田。屯田包括了民屯、军屯和商屯。民屯主要是迁徙无业的农民和降民、罪徒，从地狭人稠的地区前往地广人稀的地区去垦荒屯种，由政府发给路费，有的还发给耕牛、农具和种子，三年不征赋税。如洪武三年（1370年），迁徙苏州、松江、嘉兴、湖州、杭州的无业农民四千多人到凤阳屯垦，又迁徙沙漠遗民三万二千余户到北平屯种，还迁徙山西泽州（今山西晋城县）、潞州（今山西长治）民到河北。整个洪武时代，屯垦的移民总数估计达到几十万户，他们后来大多也变成了小自耕农。
军屯由卫所军队管理。明军士屯守比例是：边地军队三分守城，七分屯田；内地军队二分守城，八分屯田。每个军士由政府拨给五十亩土地，并提供种子、耕牛和农具，屯田的头几年不必纳税，后来每亩地交税一斗，其余的收获物留本卫所作为军粮。明朝初年全国有一百多万军队的军粮，大部分出自军屯的收入，朱元璋曾自夸说：“我养兵百万，不费百姓一粒米。”
商屯是军屯的一种补充。开始，明朝政府实行“中盐法”，令商人运粮到边境的卫所，然后发给价值相等的盐引，商人再持盐引到产盐区领取食盐，运到指定地区销售。后来，商人干脆在边塞地区招募农民垦荒，就地缴粮，以减省运费，这便出现了商屯。军屯和商屯的发展，使边境大量的荒地得到了开发，促进了边疆地区的经济发展。