（一）加强集权，整顿吏治
朱元璋登基以后，每天天不亮就起床办公，接见大臣，批阅奏章，一直忙到深夜，没有休息，也不讲究文化娱乐。他兢兢业业，一心想着如何巩固统治，使朱家王朝得以万世长存。
明朝刚刚建立时，社会矛盾还很尖锐。由于那些旧地主和战争后涌现出来行政机构的改革，首先要从地方上入手。元朝的行中书省是从大都的中书省分离出来的，它总管一省的行政、军事和司法，职权很大，后来四方起兵，中央根本指挥不动，俨然一个独立的王国。洪武九年（1376年），朱元璋首先宣布废除行中书省。分别设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分管行政（包括财政）、军事和司法，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，皆直接听从朝廷的指挥，便于中央的控制。防止了地的新地主拼命追求土地和财富，并用隐瞒土地和丁口等等办法，逃漏赋税徭役，把负担转嫁给农民，功臣宿将也倚仗权势，违法乱纪，贪污腐化，刚刚缓和下来的阶级矛盾又日趋激化，小股的农民起义不断发生，再加上统治阶级内部的各派系势力互相争权夺利，北方元朝的残余势力经常南下骚扰，东南沿海又有日本倭寇的侵扰活动，政治局势动荡不安，封建统治很不稳定。针对这种状况，朱元璋大力强化封建专制的中央集权制度，以加强对内镇压敌对势力，对外保卫国土的力量。
明初时期的官僚机构基本上沿袭了元朝的制度，经过几年的统治实践，朱元璋逐渐认识到其中的弊病，认为这种体制很不理想，特别是中书省的丞相，权力过大，容易产生擅权专恣，皇权旁落的弊端，于是朱元璋决心进行改革。方权力过重。接着，又进行了中央行政机构的改革。中央机构改革的重点是废除丞相制。明初中书省负责处理天下政务，地位最高。其长官为左、右丞相，位高权重，丞相极易与皇帝发生矛盾，明朝时以胡惟庸任相后最甚。
洪武十三年（1380年），有人告发中书省丞相胡惟庸的不法行为，朱元璋以擅权枉法的罪名将他抄家灭族，宣布撤销中书省，罢除丞相，并相应提高吏、户、礼、刑、兵、工等六部的地位，由六部分理朝政，直接对皇帝本人负责。这样，丞相的职权实际上就由皇帝来兼使，各行省的权力集中到中央之后，也就都集中到皇帝一个人的手里，朱元璋成了中国历史上权力最大的君主之一。
在军事上，原来设有大都督府，统领全国所有卫所的军队。后来，朱元璋觉得大都督府的权力太大，在废除中书省的同时，朱元璋又废除了管理全国军事的大都督府，将其分为中、左、前、后、右五军都督府，分别统领所辖的卫所军队，并和兵部互相牵制。并规定都督府只管军籍和军政，而由兵部掌握军令的颁发权和军官的铨选之权，若遇到战争，调遣军队和任命将帅均由皇帝决定。在皇帝作出决定之后，兵部发出调兵命令，都督府长官奉命出为将帅，带领所调集的军队出征。一旦战事结束，将帅即需交还将印，回到原职办事，军队也立即回归原来的卫所。经过这一改革，军权也集中到皇帝一个人的手中。但是朱元璋对将领们还是放心不下，觉得他们毕竟不是朱家皇室的人，未必可靠。他又实行分封藩王的制度，把他的儿子们封到各个重要的城市中去做亲王，用以监视驻守各地的将领。这些藩王都拥有一支护卫兵，少则三千人，多的达到一万九千人。他们还拥有指挥当地卫所守镇兵的大权，遇到紧急的事情，封地里的卫所守镇兵，在接到盖有皇帝御宝的文书的同时，还必须有亲王的令旨，才能调动。
（二）打击贪官
在强化专制主义的中央集权统治的同时，朱元璋还严厉整肃吏治。元末吏治的腐败，激起了大规模的农民起义，这给了朱元璋深刻的教训。
朱元璋出身贫苦，从小饱受元朝贪官污吏的敲诈勒索，他的父母及长兄死于残酷剥削和瘟疫，自己被迫从小出家当和尚。他说：“老百姓的力量是可怕的。如果当权者办事不当，上违天意，下失民心，发展下去，天怒人怨，没有不灭亡的。”上就成为皇帝在地方的军权代表，他们代替皇帝监视各地的将领，起到屏藩王室，翼卫朝廷的作用。
经过一番改革和经营，朱元璋把全国的军政大权都集中到中央，最后统一归皇帝一人掌握，封建专制主义的中央集权制度发展到了高峰。朱元璋认为这套严格的统治制度，是确保朱家王朝“万世一统”的最好制度，特地编写制定了一部《皇明祖训》，要求他的子孙必须世代遵守，不可加以改变。
中央的监察机关原来称为御史台，朱元璋在洪武十五年（1382年）把它改为都察院，下设十三道监察御史。都察院的职权是监察百官，辨明冤枉，凡有大臣奸邪、小人构党、擅作威福、扰乱朝政，或者贪污舞弊、学术不正、变乱祖制者，都要随时检举弹劾，十三道监察御史在朝监督一切官僚机构，出使到地方则是巡按、清军、提督学校、巡盐、巡茶、巡马、监军等，他们的官阶只有七品，但是他们什么所以，在他参加起义队伍后就发誓：一旦自己当上皇帝，先杀尽天下贪官。朱元璋即皇帝位后没有食言，果然在全国掀起轰轰烈烈的“反贪官”运动，矛头直指中央到地方的各级贪官污吏。他召见文武百官，对他们宣布：“我从前在民间时，看见州县的官吏大多不爱惜百姓，他们往往贪财好色，饮酒废事，对民间的疾苦无动于衷，我的心里恨透了。如今要严肃法纪，发现贪官污吏和虐待百姓者，坚决治罪，决不宽恕。”话都可以说，什么大官都可以告发。特别是巡按御史权力更大，他代表皇帝出巡，按临所至，小事立断，大事也可直接奏请皇帝裁决。此外，在中央还设有六科给事中，负责监督六部官吏，并与都察院互相纠举。这些“天子耳目风纪之司”，起着为皇帝排除异己的鹰犬作用。
明政府制定了许多法律章程，对各级官吏的职权、任务以及应当遵守的事项，都做出了详细的规定。对官吏的违法乱纪行为，也定出了具体的惩处办法。朱元璋对贪污的官吏的处罚是非常严格的。例如朱元璋规定对贪污六十两银子以上的官员格杀勿论。当他发现御史宇文桂身藏十余封拉关系拍马屁私托求进的信件后，立即派人对中央各部和地方官府进行调查。结果显示从上到下贪污腐败现象极其严重，他龙颜大怒，立即诏令天下：“奉天承运，为惜民命，犯官吏贪赃满六十两者，一律处死，决不宽贷。”并称：从地方县、府到中央六部和中书省，只要是贪污，不管涉及到谁，决不心慈手软，一查到底。
朱元璋敢于从自己身边“高干”开刀。胡惟庸是凤阳定远人，洪武五年（1372年）由右丞相升任左丞相。胡惟庸在被罢官之前，仗着自己的丞相地位，骄横跋扈，专恣擅权，朝中生杀罢黜之事，他往往不待奏闻即自行决断。内外诸司的奏章，他必先行拆阅，于己不利的即藏匿不报。他还大肆结党营私，排斥异己。朝廷内外的势利之徒，竞相向他贿赂，奔走于他的门下，形成一个势力集团，威胁皇权。此外，他私自收受的金帛、名马、珍宝、器玩不可胜数。开国大将蓝玉，居功自傲，私蓄奴婢数千人，恃势横暴，在军擅自罢免将校，进止自专，不听命令，北征回来，夜过喜峰口，守关将士未及时开关迎纳，他纵兵毁关而入。明政府明令禁止贩卖私盐，他令家人私行贩卖，破坏盐法。他侵占东昌民田，御史按问，他竟下令驱逐御史。功臣宿将的腐化堕落，妨碍着统治效能的提高。1378年，朱元璋决定对中书省采取行动。
一天，胡惟庸的儿子骑马在大街上横冲直撞，结果跌落马下，被一辆过路的马车轧了，胡惟庸将马夫抓住，随即杀死。朱元璋十分生气。十一月又发生了“占城贡使”事件。占城贡使到南京进贡，把象、马赶到皇城门口，被守门的太监发现，报与朱元璋，朱元璋大怒，命令将左丞相胡惟庸和右丞相汪广洋抓进监狱。但是，两丞相不愿承担罪责，便推说接待贡使是礼部的职责，于是，朱元璋便把礼部官员也全部关了起来。
两相入狱，御史们理解了皇上的意图，便群起攻击胡惟庸专权结党。于是，1380年，朱元璋以擅权枉法的罪名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，以后不再设丞相。
明初的中书省下属吏、户、礼、兵、刑、工六部。大量留用元朝的旧官吏，以及一些靠造反起家的功臣。可他们有恃无恐，贪赃枉法。朱元璋决意对这些官员进行惩处。
洪武十五年（1382年），户部官员与地方官府勾结，预先于空白报表盖印然后私自填充虚假支出数额，营私肥己，贪污财物。朱元璋发现后，立即将各地衙门管印的长官全部处死；副长官打百棍边疆充军。三年后，又查出户部侍郎郭桓和各司郎中、员外郎与各地到中央缴纳课税的官员结成贪污团伙，采取多收少纳、捏报侵欺手段，贪污国库物资，折合粮食达两千四百万石的犯罪事实。他将这些贪官统统处死，各省、府、县牵连人员无一幸免，一时几万贪官人头落地，受到不同程度处理的人就更多了。洪武二十五年，户部尚书赵勉伙同老婆内外受贿十几万银两东窗事发，结果夫妻二人双双成了刀下鬼。
洪武十六年（1383年），刑部尚书开济接受一死囚家贿银万两，用另一死囚做替死鬼。他还勒索其他罪囚家人钱物，并导致一家二十口人全部自杀的悲剧。洪武十九年，刑部郎中、员外郎受贿虚报死亡并私放两死囚。这些大贪官都被朱元璋斩首。洪武十八年（1385年），工部许多官员借营建宫殿之机，虚报工匠、工役人数和天数多领工银，发放时克扣工钱以便私吞银两。朱元璋在一次突击检查中就查处了侍郎韩铎、李桢贪污受贿案，并且带出了中央专门派去监督工部的工科给事中。兵部侍郎王志把征兵之机当做生财之道，接受逃避服兵役的世袭军户所送贿银达二十三万两。朱元璋把他也送上了断头台。洪武十九年（1386年），礼部侍郎章祥伙同员外郎辛钦，竟然私自侵吞皇帝赏赐公主婚礼的银两，也被朱元璋拿了个正着。朱元璋为了监督各级官吏行为，专设都察院御史和六科给事中职位。然而这些监督部门也被腐化了。洪武十九年，都察院御史刘志仁奉命去淮安处理一宗案件。到达后他故意拖着案子不审，吃了原告吃被告，勒索两家许多钱物，还诱奸良家民女，后被朱元璋处死。朱元璋又查出六科有六十一个给事中存在不同程度的贪污受贿行为，于是一一做了处理。
朱元璋发明“剥皮实草”的残酷刑法处置贪官。一天，朱元璋在翻阅一批处死贪官的卷宗时突发奇想：百姓痛恨的贪官一刀斩首太便宜了他们，何不采取挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑？他还创造了“剥皮实草”刑法，把那些贪官拉到每个府、州、县都设有的“皮场庙”剥皮，然后在皮囊内填充稻草和石灰，将其放在被处死贪官的公堂桌座旁边，以警示继任之官员不要重蹈覆辙，否则，这个“臭皮统”就是他的下场。这种触目惊心的举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。
朱元璋对自己培养的干部决不姑息迁就。为了培养和提拔新力量，朱元璋专门成立了培养人才的国子监，为没有入仕的年轻读书人提供升迁机会。他对这些新科进士和监生厚爱有加，还经常教育他们要尽忠至公，不为私利所动。然而洪武十九年，他派出大批进士和监生下基层查勘水灾，结果有一百四十一人接受宴请，收受银钞和土特产品。朱元璋在斩杀他们时伤心得连连叹气。
朱元璋制定整肃贪污的纲领——《大诰》。以近两年时间编纂的《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述了他对贪官的态度、办案方法和处置手段等内容。朱元璋下令全国广泛宣传这本书，还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。
作为开国之君的朱元璋，“人在政举”，借助自己的崇高威望，以极其残酷的法律严惩贪官污吏。其决心之大、力度之强、措施之精确，起到了强烈震慑作用。朱元璋从登基到驾崩，他的“杀尽贪官”运动贯穿始终，从没有减弱，但贪官现象却没有根除。他晚年只能发出“为何贪官如此之多，早晨杀了，晚上又生一拨”的哀叹。
另外，朱元璋还采取了一些抑制豪强的措施。豪强地主占有大量的土地，在乡里横行霸道，欺凌百姓，是造成社会动荡的一个重要因素。朱元璋几次下令把江南的富户迁到中都凤阳或者京师。如洪武二十四年（1391年）迁徙天下富民五千三百户到京师，后又移富民一万四千三百余户以实京师。迁到京师的富户，还被强迫承担各种差役。据说修筑南京城的时候，朱元璋下令富豪沈万三出资修建城墙的一半。这些豪强地主迁离乡土，减少了当地百姓所受到的欺凌和压榨。
朱元璋的这些措施，加强了国家的统一，并使社会矛盾得到了一定程度的缓和，政治局面也日渐趋于安定。他希望这种安定的局面能够长期保持，不再发生动荡。每日黄昏，便令专人在道路上敲打木铎，高声呼喊：“和睦乡里，教训子孙，个安生理，毋作非为！”五更时，又派专人在城门谯楼上吹起号角，高声唱道：“创业难，守成又难，难也难！”
（三）诛杀功臣
明洪武十三年（1380年）胡惟庸案发后，朱元璋即以胡惟庸案为武器，将胡惟庸的罪名逐步升级，由擅权枉法到私通日本，再升级到私通蒙古，最后发展到串通李善长谋反，朱元璋以专权枉法之罪杀了胡惟庸后，把与胡惟庸有亲戚、同乡、故旧或其他关系的臣属加以连坐株连，以致最后受牵连而被杀者达三万多人，最后太师韩国公李善长也受牵连，77岁的李善长全家被杀。
接着，朱元璋又于1393年杀掉功臣蓝玉。蓝玉是明朝开国大将，被朱元璋封为凉国公。1391年，四川建昌发生叛乱，朱元璋命蓝玉讨伐，临行前，朱元璋面授机宜，命蓝玉手下将领退下，连说三次，竟无一人动身。然而蓝玉一挥手，他们却立刻没了身影。这使朱元璋下决心要除掉蓝玉。1392年的一天，早朝快结
束时，锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，朱元璋随即令人将其拿下，并由吏部审讯。当吏部尚书詹徽令蓝玉招出同党时，蓝玉大呼：“詹徽就是我的同党！”话音未落，武士们便把詹徽拿下，审判官们目瞪口呆，不再审了。三天后，朱元璋将蓝玉杀死，抄斩三族，并连坐族诛和蓝玉关系较为密切的将帅一万五千人。胡、蓝两案，前后共杀四万人。两个大案之外，其他的开国功臣，包括朱元璋自己的亲侄子朱文正、亲外甥李文忠等，也分别以各种罪名被加以诛戮，只有少数人侥幸逃脱了被杀的厄运。