之后，邓旭初和校长范绪箕、副书记刘克等赴京，向教育部提出有关扩大学校人事权、财政权和办学权等12项要求。为了获得这些自主权，邓旭初代表上海交大党委郑重地向教育部做出承诺，学校在行使这些权利时，愿承担相应的责任：1.保证交大的教学质量有一个比较高的水平，教育部可以通过各种渠道进行考核；2.保证按合同规定完成国家下达的科研任务，否则愿承担经济责任；3.学科建设要有明显的发展和提高；4.办事效率和经济效益有显著提高。如达不到上述要求和目标，或者有违反政策之处，学校领导甘愿受党纪国法制裁。这就立下了“军令状。”
上海交大的承诺得到教育部的支持，同意交大试点。取得一些自主权后，邓旭初决心把该项改革推向深入。
为了进一步改变领导权力过分集中的状况，邓旭初责成学校有关部门制定了《上海交通大学关于实施责任制、扩大系（所）自主权的暂行规定》，在领导体制上实行系（所）、室主任（所长）负责制。
这项改革出台后，基层积极性大增。
一些系主任上任后，立即立下“军令状”：
工作上不去，自动辞职。一位系主任是位中年党外知识分子，他担任系主任后，将铺盖搬到学校，住在学校里，全部精力都放在工作上，这是以前少有的。还有一位系主任上任后，第一件事就是制定“计算机科学与技术”这门重点学科的远景发展规划，提出到1986年，在计算机科学理论、计算机软件、计算机组织与系统结构、计算机器件与设备、计算机应用等5方面，力争达到国际先进水平的设想。
权力下放，职责明确，激发出基层工作者的创造性和积极性。权利下放了，党委并没有撒手不管，而是集中精力管好党的工作，加强党在政治思想方面的领导，保证改革的顺利进行。
至此，交大的管理体制改革在风风雨雨的洗礼中不断走向深入。
1月21日上午，在北京中南海一间朴实的办公室里，国务院副总理万里接见了邓旭初、刘克、朱雅轩等上海交大领导。
“我看过你们交大管理改革的材料，你们的改革搞得不错。去年，我就对教育部领导同志说过，你们交大改革的路子是对的，应当支持。”
理解、关心和支持，像一股热流，迅速流遍邓旭初全身。
万里接着说：“我国的知识分子并不多，可是有的又使用不当，他们的潜力没有充分发挥出来。现在的管理办法，不利于人才流动，有些有本事的人没有被使用，压在那里，你不用，又不让人家走，使他们无用武之地。学校师资近亲繁殖，四代同堂，又不流动，是不利于学校发展的。现在三四十岁的年轻人很想干一番事业，打打天下，但往往被老年人所压抑。尤其是搞什么几代同堂，论资排辈，这是最坏的。你们交大流出去500多人，这是不容易的。交大能办到的，为什么其他学校办不到，这个问题至今没有人回答我。
“改革不会是一帆风顺的，必然会有各种风言风语，必然会得罪人。凡是冒尖的人、冒尖的事没有不受攻击的，历来如此。你们要有精神准备。”
万里副总理越说越激动，他从沙发上站起来，走到邓旭初跟前，看着邓旭初那期待与渴求交织的目光，说道：“改革不会是一帆风顺的，必然会有各种风言风语，必然会得罪人。凡是冒尖的人、冒尖的事没有不受攻击的，历来如此，你们要有精神准备。农业改革以来，形势很好，粮食增产。有的人肚子吃饱了，还是骂我们复辟资本主义，大概不吃饭才是‘社会主义’。首都钢铁公司是管理效率很高的企业，很有成效，也挨人骂……。”
万里副总理停了片刻，进一步告诫说：“我们准许改革不成功，但不准不改革。30多年的历史证明，不改革是没有出路的。我们的改革是探索性的，改革会有成功，也有可能失败。你们交大的改革要继续坚持下去，教育、生产、引进等各方面的工作大学都要介入。你们就从现在开始，在教学、生产、引进上作出成绩来，树立个榜样。”
万里最后指出：“我们进行改革根本目的，是要多出、快出、出好人才，就要坚持‘快’、‘多’、‘好’三条。你们的改革就按这个方向办。所谓‘好人才’，就是能为四化建设的有用之人。教育也要讲效益，讲社会实践，讲对社会的贡献。你们注意了高等教育与经济建设密切结合，为四化建设服务，这是对的，如果学校培养出对两个文明建设没有用的人，那就是出废品；如果培养出对社会进行捣乱的人，那更糟糕。今天，我之所以抽时间见见你们，就是表示对你们管理改革的支持。”
9月26日，万里副总理再次听取邓旭初和朱荣林关于上海交大人才引进情况汇报，他说：“我国高等教育非改革不可，这是确定无疑的。要允许大胆探索，大胆试验，大胆改革，这个方向不能改变。你们交大要按自己的设想的计划改革下去，不必理睬社会上的风言风语。”
万里强调：“搞改革，必然要得罪一些人。改革中失去利益的人中总有些要骂娘，怕挨骂的就不能搞改革，你要改革，就会得罪反对改革的人。
……我们党中央号召改革，凡是搞改革的，都会得到政府的支持。凡是阻碍改革的，我们都不允许，这是个原则问题，上海交大的改革是党中央、国务院肯定的，要放心大胆地干下去。现在国际、国内形势对我们十分有利，我们要善于学习国外有益的经验……你们交大校友众多，应当充分发挥这方面的优势和作用。”
万里同志在上海交大改革处于最困难时刻的多次接见，大大鼓舞了邓旭初改革的决心和勇气。
1984年2月16日，时任中共中央政治局常委、中央军委主席的邓小平同志，中央政治局委员王震和上海市委有关领导，在上海亲切接见上海交大党政领导和教授代表共50多人，并合影留念。当天下午，王震同志来校传达了邓小平同志的意见时说：“邓小平同志对你们的管理改革工作非常关心，非常支持，对你们在改革中取得的成绩表示满意，他对你们在当前改革中认真贯彻中央和国务院的精神非常高兴”。
小平同志接见上海交大同志的喜讯传来，全体师生员工群情振奋，欢欣鼓舞。党委在2月18日、19日两天，分别召开了常委扩大会和党委扩大会，2月23日召开了全校讲师、科级干部和党支部委员以上的教师、干部会，就交大在此大好形势面前，应该怎么办的问题，作了讨论。学校党委号召：交大师生员工团结起来，在三中全会路线的指引下发奋图强，苦战四年，誓把教学、科研水平提高到全国最前列。会后，全校上下掀起了为尽快完善管理改革，誓争四年内，教学、科研水平达到国内最前列而献计献策的热潮。3月15、16、20日党委和行政领导分别听取了13个系关于开创新局面的汇报，有关重点学科建设、重点科研课题、研究成果预测以及研究开发企业等等的汇报。
2月16日，中共中央书记处研究室的一个内部刊物刊登了《上海交通大学党委关于改革高等理工学校的管理》一文；2月17日，人民日报、光明日报、解放日报、文汇报等都以显著位置以“邓小平对上海交大改革表示满意”为主题作了报道。2月18日文汇报发表“这里升起改革的曙光——上海交大管理改革见闻”的长篇通讯；3月29日，上海市委转发研究室“上海交通大学管理改革初见成效”的调查报告；4月13日市委对各级党组织提出要求：上海交通大学管理体制改革的基本经验具有普遍的意义，对各条战线都有启迪，要学习他们的好经验，要结合自己的实际推动改革工作。
4月5日，市委书记陈国栋、胡立教、市长汪道涵等市领导和教卫办负责人来校视察，详细了解了交大管理体制改革的进展情况。一致肯定改革的方向是对的，并希望不断完善。
5月15日，在第六届全国人大二次会议的政府工作报告中，充分肯定了上海交大的管理改革。报告指出：“近年来在教育科研战线上已经进行了一些有益的探索和试验，上海交通大学等院校改革管理体制，层层扩大自主权，实行定编定员，人员流动，挖掘学校科研潜力，承担经济建设研究课题，制订教师工作规范，明确干部岗位责任制，试发岗位津贴和职务工资，提高了教学质量，出现了科研新局面。”
一阵阵捷报，好像春风一样滋润着人们的心田。全校师生群情振奋，欢欣鼓舞。党委号召交大师生员工团结起来，在三中全会路线指导下，发奋图强，苦战四年，誓把教学、科研水平提高到全国最前列。
就这样在怅惘与希望、困难与喜悦交织的日子里，邓旭初迎来了1984年的春天。但春天，还不是庆祝收获的季节，改革的道路还是那么的漫长……