《调查报告》在充分肯定了上海交大的管理体制改革后，提出了存在的问题，认为定编使各单位人员基本固定，会影响师资队伍的结构；创收与学科发展关系处理不好会影响学术水平的提高；“自费”工资改革的说法和做法的现实性值得研究；交大工改与工调对比，拉开差距过大等。
为了全面阐述交大改革的实际情况，回答《调查报告》中提出的问题，1983年11月14日，邓旭初和上海交大党委起草报告《对〈关于交通大学管理改革与工资改革的调查报告（草稿）〉的几点看法》。指出：“第一，交大定编，不仅有人员数量上的规定，更重要的是还有人员素质结构上的规定，根本不会影响进一步人员流动及素质结构的改善；第二，交大在改革过程中，反复强调并密切注意正确处理国家科研、基础科研和应用科研的关系，坚决克服单纯追求经济收入的思想，交大在国家重大课题研究中取得了显著成效。在关于新疆建设的重大课题研究中，我们几乎没有向对方收取什么费用。作为一所理工科大学，面向社会和经济建设是学科发展的需要，也符合中央文件的精神；第三，工资改革中，为了克服吃大锅饭，打破论资排辈，按贡献大小来决定升级，我们拉开了校内人员的工资差距，这正是交大工资改革的优点之一。”
上级领导看了交大的报告，给予了肯定。事后，当上海交大改革的影响风靡全国时，调查组一些同志说当时有压力，有些写法是违心的。
正当此时，校财务科去银行提奖金款，却吃了闭门羹，对方说：“大学属事业单位，建国以来，没听说过大学能发奖金，也没有这类文件，不能给交大提钱。”
交大自费工资改革是得到上级部门批准的，为了奖励有贡献的教师，从本校科研收入中提成，也符合国家教委和财政部文件的规定，那么为什么不让交大提钱呢？
邓旭初让人询问对方。对方说：“交大在搞平均主义！”
邓旭初说要去有关部门当面说明情况，对方不予理睬。
邓旭初愤怒地说：“真正在搞平均主义的，你们不去管，为什么偏偏抓我们交大？”
对方说：“别人的我不知道，我就是要抓你们交大！”
这是什么逻辑，真正打破大锅饭的变成平均主义的倡导者，实行大锅饭的成了平均主义的反对者。
一个调查组刚走，又来了一个“财神爷”卡住了交大的经济“命脉”，这到底是为了啥？
邓旭初焦虑地徘徊着：交大自费工资改革，没有向上面要过一分钱，只是要取得有关领导认同，为什么连这一点也这样“难产”呢？
邓旭初打起精神，决定据理力争，决不妥协，他让党办向有关部门打报告，要求他们当面听取交大的汇报。正巧，第二天有一位《人民日报》记者来访，党办接待同志就告了这一状。记者问：“这位不让提款的同志是谁，姓什么，叫什么？”
党办同志立即拿起话筒打电话。对方问：“……问名字干什么？”
“我旁边有位人民日报记者，想在报纸上为他扬扬名。”
“你等等，”稍等片刻，说：“通知你们财务科，马上来提款。”可见“文革”
流毒未清，人民日报能胜过规章制度，舆论监督是十分重要的。
改革像是爬山，爬上一座山，还有一个岭。出现了问题要改革，改革中又出现新的问题，又要进行新的改革，循环往复，不断深入，每走一步都会留下改革者深深的脚印、滴滴汗水和心血。
面对改革中遇到的重重困难，邓旭初希望能得到上级的支持，他多次请示向上级领导当面汇报，1983年12月17日，上面同意听取交大当面汇报了，邓旭初的心是何等地激动，何等地高兴！他恨不得马上就飞到领导的办公室，把心里话全部倒出来。领导工作很忙，时间安排得紧紧的。邓旭初等在外面，心中把要讲的话像放电影一样在脑海中不知放过多少遍。等到上午11点，终于排到交大了，邓旭初迫不及待地大步走进领导办公室。
……
结果，邓旭初在失望中回到了学校。
6.扩大基层自主权
长期以来，我们的管理权过分集中，管得过死，上面管了许多不该管，管不了，也管不好的事，学校整个机关运转不灵，效率低下，基层干部无所适从，束缚了手脚。
学校缺乏自主权。从招生到分配，从职称评审到人事变动再到财务管理等，大大小小的权利，都集中在上面主管部门。曾有一件事令邓旭初念念不忘。1978年，有个美国代表团访问上海交大。当时天气很热，邓旭初说：
“天气这么热，请客人们喝瓶橘子水吧？”但当时外事权利也很集中，校外事办的干部不敢做主，说这要请示上海市外事办。上海市外事办一位“小辫子”说：“你交大不能请他们喝橘子水，不然摆不平”。邓旭初听后，很不是滋味：“你干脆撤掉我吧！一个大学党委书记，连买瓶橘子水的权利都没有。”
这件事给邓旭初留下深刻的印象。
1978年访美期间，邓旭初深为美国高校基层的办事效率之高，权利之大所打动，回国后，他决心突破现有的教育体制的禁锢，闯出一片新天地。
1978年，录取研究生糜解时，上面领导曾打电话说“此人不可录取”。
上面有言在先，下面谁敢动。但邓旭初敢，他要根据邓小平说的“有成分不唯成分，重在政治表现”，行使一次自主权，于是想尽了办法，在全国第一个录取了家庭成份不好而本人表现好的研究生糜解，突破了唯成分论，但也冒尽了风险，触犯了有关上司。
1979年12月6日，在一次全国高校教务处长工作会议上，邓旭初和复旦大学校长苏步青、同济大学校长李国豪、华东师大校长刘佛年不约而同地提出教育部应向高校下放自主权，并接受了人民日报记者的采访。邓旭初说：“教育部该统的没有统，不该统的统得太死，有人说，大学办不好，该打校长的屁股。其实打不着。目前事无巨细，惟上面意旨是从，校长没有多少自主权，屁股何从打起。拿教材来说，统一教学计划，统一教学大纲，统一教材，甚至统一习题，要求各校办成一个样；拿经费来说，专款专用，不准机动；拿人来说，上级不批准，优者进不来，劣者送不走。要想把大学办好，大学应有适当的自主权。”
他接着说：“我主张对大学的规模、专业设置、教职工编制、师生质量的最低要求等，可由国家统一规定，根据学校规模，拨给学校若干经费指标（包括外币），由学校自主使用。领导机关可以监督检查。学校还可以根据学校实际，同国外直接取得联系。如果能给大学适当自主权，就能在不增加国家负担，不减少国家收入的前提下，利用学校现有的设备人力、技术，实行奖励制度。但是目前，原有制度像紧箍咒一样把学校限制得死死的。
邓旭初和其他几位校长的发言在人民日报刊登出来后，教育部门有关领导极为不满地说：“‘文革’后，我们刚出来工作，权还没收回，就要放权。”
不久召开全国教育工作会议，由各高校领导出席，邓旭初进京后见到各兄弟院校的领导，感到他们对自己很有戒备，甚至有人说邓旭初等四人是“新四人帮”。在分组讨论中，邓旭初索性把心中长期淤积的不平统统倒出来，与会人员听后也深有同感，不仅没有责备他，大家反而表示理解和同情。事情就不了了之了。
学校缺乏自主权，权利集中在上级；学校内部又何尝不是，学校内部的权利集中在校部机关，基层缺乏自主权。上海交大实行人员流动和岗位定编后，干部少了，事情多了，大家都争着干工作，本是好事。但是由于改革没有触动学校的领导体制，权利过分集中，事无大小，样样皆管。下面千条线，上面一根针，机关干部忙于文山会海和事务堆中。基层为了解决一个问题，层层报批，公文漫步旅行，在消耗中前进，有时一压几个月。有责无权，有权无责，阻碍了改革的进程，基层争分夺秒工作，有时为了把事情办好，只好“绕道”走，却又遭到非难。长此以往，刚调动的教师积极性有可能丧失。不改变这种权利过分集中的状况，不扩大基层自主权，学校改革很难深入下去。
随着改革的逐渐深入，邓旭初越来越感到，解决高校缺乏自主权问题的迫切性。
1983年2月18日，邓旭初召开学校研究室主任、科以上干部会议，谈了对学校实行责任制，扩大基层自主权的设想。他说，学校缺乏自主权，阻碍了学校的发展；基层缺乏自主权，阻碍了教职工积极性的发挥，当前学校机关体制不适应改革的需要。为此，我们要向上级要求几项自主权，同时学校要下放给各系、所、室等基层一些自主权，为此，必须做出努力。