第三，纯善之道与现实之恶的关系。唐高宗显庆三年（６５８）四月，东明观道士李荣与大慈恩寺慧立进行了辩论。李荣以“道生万物”立义，慧立诘难曰：“先生云‘道生万物’，未知此道为是有知，为是无知？”李荣答曰：“《道经》云‘人法地，地法天，天法道’，既为天地之法，岂曰无知？”慧立难曰：“向叙道为万物之母，今度万物不由道生。何者？若使道是有知，则惟生于善，何故亦生于恶？据此善恶升沉，丛杂总生，则无知也。”又说：“既而混生万物，不蠲善恶，则道是无知，不能生物，何得云天地取法而为万物之宗始乎？”慧立的诘难从表面上看是要李荣回答“道是有知还是无知”的问题，实际上却牵涉到纯善之道与现实之恶的关系。慧立认为，如果道是有知的，那么，从逻辑上推，现实世界的一切事物都应当是道有意识的创造，纯善之道就应当惟生于善，但在现实生活中却是有善亦有恶，这种现实中有善有恶的现象，佛教可以从“众生业力所感”来加以解释，强调善恶“皆自业自作，无人使之”，而道教从“道生万物”出发实在是难以对此作出解答。根据现实生活中的“善恶升沉，丛杂总生”，就可见道应当是无知的。但无知的道，就不可能生物，又如何能成为“万物之宗”呢？李荣站在道教信仰的立场上，当然要坚持道是至善的，这才能为修道提供终极的依据，但他又必须正视现实之恶的存在，那么，有知的纯善之道与现实之恶是怎样的关系呢？对此，李荣不可避免地陷入了两难之境。实际上，这场饶有兴味的义理之辨直接关涉到了道教教义本身在面对现实人心时是否具有说服力的问题，因此也成为唐代道教思想家包括杜光庭积极探讨的问题。
第四，道与言的关系。唐高宗龙朔三年（６６３）六月，李荣又根据《升玄内教经》立“道玄不可以言象诠”义而开讲道论。但佛教徒灵辩则认为这个题目本身就是一个悖论。既然道绝言词，玄理本寂，不可用思虑、情智、言语来度量，那为何还要开题议说呢？李荣答曰：“玄虽不可说，亦可以言说，虽复有言说，此说无所说。”他本想沿用魏晋玄学“得意忘言”的方法来强调在理解了言语所表达的道理后，就可以抛弃语言的形式，直契道之本义，但由于他的立义采用了“不可以”的词语，反而使自己陷入了被动。虽然李荣急中生智地说出了“玄道实绝言，假言以诠玄，玄道或有说，玄道或无说，微妙至道中，无说无不说”等富有思辨性的话语，但却被灵辩一言道破：“此是《中论》龙树菩萨偈！”从而被扣上了“窃菩萨之词，作监斋之语”的帽子。灵辨进一步责难：“玄理是可诠，可使以言诠。玄理体是不可诠，如何得言诠？”
虽然李荣以“晓悟物情，假以言诠，玄亦可诠”来回答，但他并没有明白玄理是可以言说的，而玄理体是不可言说的道理，因此针对灵辩的诘难“玄体不可诠，非诠不得诠”时，李荣只好又是“不能答”。道与言的矛盾直接关系到人类的精神是否能够触及作为终极实体的道的问题。换言之，如果人的言语无法确切地描绘窈冥恍惚之道，那么，道是否就会处于人类的精神视域之外呢？如果是，那么修道者又如何来体悟那超言绝象之道呢？因此，道与言的关系既成为唐代重玄学着力探讨的理论问题，也成为杜光庭道教思想中的一个重要的发展向度。
第五，无限之道与有限之肉体的关系。唐高宗显庆二年（６５７）六月，道士李荣立“六洞义”，拟以佛法“六通”为言来宣扬道教神仙思想。李荣以“洞”言“通”。僧人慧立在向李荣询问了六洞的名数后诘问道：“言洞者，岂不于物通达无拟义耶？”并追问：“老君于物得洞以不？”李荣答曰：“老君上圣，何得非洞。”
慧立又进一步问道：“若使老君于物通洞者，何故《道经》云：‘天下大患莫若有身，使我无身，吾何患也？’据此则老君于身尚碍，何能洞于万物？”慧立指出，老君“于身尚碍”，又如何能够通达万物呢？换言之，按照道教的说法，老君即是道，当然于物通达无碍，但老君又有身体，而有身体即有碍，连身体都不能通达，又怎能通达万物呢。这里，既对老君的上圣地位提出了质疑，也以道教信仰的老君为例揭示出了道教的无限之道与有限之肉体的矛盾。
以上争论情况，大都是由佛教徒的记载而保留下来的，因而其中表现出了佛教对道教的一些偏见和佛教徒站在佛教立场上的扬佛抑道，但从所争论的问题来看，则确实都是道教亟待发展和完善的重要理论问题。
唐高宗时期的佛道之争基本上是在比较宽松的环境中进行的义理之辨。在辩论过程中，佛、道双方都有意地通过“杂嘲”对方来讨好皇上，据载“每嘲，上皆垂恩欣笑”。这与唐高祖时傅奕崇道排佛而导致的佛道之争的严峻气氛是截然不同的。这次义理之争从一个侧面反映了大唐帝国文化的繁荣，以及佛道二教理论竞相发展的趋势。但不可否认，当时道教的理论在佛教的挑战下显得相对薄弱，有时还暴露出了理论上的内在矛盾。
然而，佛道二教的这种义理之争没有能够继续下去。这是因为武则天出于政治的需要而崇佛抑道，多次下令禁止二教之间往来论辩，这就使得长安的二教之争逐渐沉寂下来。虽然其时还有僧人玄嶷造《甄正论》三卷，以滞俗公子与甄正先生问答的形式来指责道教经书教法皆为伪妄，但其中表现出的宗教门户之见超过了理论上的争论。安史之乱以后，以廷辩方式展开的佛道之争很少再有理论研讨的意义，大都只是成为一种仪式或礼节。这从一个侧面表明，到唐玄宗时，儒佛道三教经过相互论争，共探义理，融通汇合已成潮流。在这种的形势下，三教之间的思想交锋越加淡化。但从另一个方面来看，这也反映了随着佛道融合的深入以及道教重玄学与道性论的出现，道教也通过理论建设而在不断地完善自己并逐渐消弥自身理论中存在的内在矛盾。事实上，佛教对道教理论所提出的挑战有时恰恰成为道教思想的理论增长点，因为几乎每一次论辩都有预先设定的话题，而无论是话题的选择，还是围绕着话题所展开的论争，都会促使道教重新思考自己的立场、观点和方法。从一定意义上说，佛教的挑战从反面对消弥道教理论上的内在矛盾起到了积极作用。
从道教实践上看，魏晋神仙道教所推行的炼丹术在唐代帝王的支持下得到了新的发展，同时，它的弊端也逐渐暴露出来。
由于丹药的主要成分是“金银铜铁锡谓之五金，雌雄硫砒名曰四黄，朱汞鹏硇硝盐矾胆命云八石”，这些化学物质本身就有毒性，有的甚至还有剧毒，因此，许多希望通过服金丹以成仙的人，“不悟金丹并诸石药，各有本性，怀大毒在其中，道士服之，从羲轩已来，万不存一，未有不死者”。服用金丹不仅不能延长生命，有时反而会损害肌肉、破坏神经、改变性格、加速死亡。唐代许多帝王也不能幸免。例如，唐太宗在贞观二十二年（６４８）命天竺方士耶罗迩婆娑研造延年之药，第二年就因服胡僧制作的长生药患暴疾而毙命。唐宪宗“季年锐于服饵，诏天下搜方奇士”，他不听谏官之言，服食了道士柳泌的丹药。元和十五年（８２０），唐宪宗丹毒发作，“日加燥”，“燥益甚，数暴怒责左右。”宦官陈弘志等人担心会因此而被杀，乃先下手为强，将唐宪宗杀死。时年唐宪宗才四十三岁。唐穆宗上台后，即命人将道士柳泌等杀死，但不久自己却又陷入道士所编织的长生不死的美梦之中，开始服饵金丹。据清代赵翼《廿二史札记》卷十九《唐诸帝多饵丹药条》记载，“唐诸帝多饵丹药”，其中唐太宗、宪宗、穆宗、敬宗、武宗、宣宗等皇帝的死都直接与服食金丹有关。皇帝尚且如此，王公大臣、文人雅士因服食金丹而亡者更是不胜枚举。由此可见，道教所宣扬的“白日飞升”，常常只是因服食了金丹中的剧毒物质而导致的迅速死亡而已。
服食丹药即可长生成仙的美梦在实践中步步破灭，那么，上清派所倡导的存思行气又如何呢？存思行气虽然可以帮助人们强身健体，延年益寿，但最终并不能达到道教徒所向往的肉体永存的目的。僧人法琳在《辩正论》中批评道教时，也曾分析了肉体不得永存的道理。他说：“检道所宗，以气为本”，神仙道教所宣扬的修道术，不过是沿袭着传统的“道者气也，保气则得道，得道则长存”的思路而来的，但“考三气之内，有色有心，既为色心所成，未免生死之患，何得称常？”气乃至色和心，都是形而下的存在，本身都有阴阳消长，生灭变化，故难逃生死之患，永存不死如何可能？僧顺法师在《答道士假称张融三破论》时也对道教的“道者气”的思想进行了反驳，他说：“道若是气，便当有聚有散，有生有死，则子之道是生灭法，非常住也。”如果道是气，便应该有聚散变化，那么，道本身也就有生有灭，不可常住。这样，从理论上看，那些以“保气”为要旨的修道术也就不可能从根本上解决人的长生不死问题，学仙最终难免于一死。佛教徒的观点可说是击中了上清派存思行气术的根本要害。
道教在实践中的诸种弊端和肉体长存的虚幻性，不仅使道教的炼丹术招致了社会舆论的强烈批评，而且也直接影响到了道教的生存与发展。因为炼养修道如不能使人成仙，这就会从根本上动摇道教信仰的核心——得道成仙。这个问题的严重性就促使道教积极地在实践上进行改革，寻求发展的新路径。
今天，当我们翻开唐代一些着名道士如成玄英、李荣、王玄览、司马承祯、吴筠、李筌、杜光庭等人的着作，就可以发现，追求生命超越，进入得道成仙之境虽然还是他们的宗教目标，但是他们已不像魏晋神仙道教那样执着地追求肉体长生。例如，当有人针对道教的无限之道与有限之肉体的内在矛盾而责难曰：“道本无象，仙贵有形，以有契无，理难长久，曷若得性遗形者之妙乎？”上清派道士吴筠就回答道：“夫道至虚极也，而含神运气，自无而生有。……是以炼凡至于仙，炼仙至于真，炼真合乎妙，合妙同乎神。神与道同，即道为我身。所以升玉京，游金阙，能有能无，不终不殁。何为理难长久乎？”吴筠借助了传统道教的精气神三关锻炼的思路：
炼凡成仙（即炼精化气），炼仙成真（即炼气化神），炼真合妙（即炼神合道），架起了沟通有无、形神之间的桥梁。值得注意的是，吴筠在传统的精气神这三个连环概念的基础上，突出了“神”的作用，强调含神运气，神与道同，使“神”成为下连形体精、气，上升超越之道的中介。这不仅从根本上改变了葛洪以“药”作为沟通形与神的中介，修正了上清派只注重存思行气的方法，而且突出了人的精神在修道中的地位与作用。唐代道教将修道、修仙归结为炼形修性，重新回归到老庄的追求精神超越的理想之境上来，这就导致了“心斋坐忘”、“即心是道，即道是心”、“悟心真一”等用语在唐代道教中比比皆是。而“神”、“心”等概念的凸现，则表明道教仙学产生了根本性的变化，即通过修炼人体内部的精气神以达到“形神俱妙”逐渐取代了肉体长生说。
但从历史上看，这种转型并非是一蹴而就的，唐代道教仙学中就呈现出不同的发展倾向：有的注重服饵丹药，继续保持追求肉体长生成仙的老传统，例如，陈少微撰《大洞炼真宝经修伏灵砂妙诀》就详细讲解了炼丹及服食的方法，并宣扬“每日清晨东向服一丸，服至此紫霞妙砂丹后，倏忽则含形而轻举，驾飞龙游于十天八极之外，岂不优游之哉？”有的既讲肉体成仙，又讲精神不死，表现出新旧交融的性质，例如，司马承祯认为：“身与道同，则无时而不存；心与道同，则无法而不通。”还有的则反对传统的肉体成仙说，提倡在修心养性上下工夫，将得道成仙归结为心性的彻悟、精神的解脱，例如，成玄英就吸收了佛教中观学“双遣双非”的思辨方法，认为宇宙万象乃至人的身体皆为虚幻，因此，“善摄生人，忘于身相，即身无身，故无地之可死也。”人如果能了悟到这一点，就能做到“外无可欲之境，内无能欲之心，心境两忘，故即心无心也”，在精神上达到“与道为一”的境界，从而“不复生死”。这些不同的倾向表现出道教正在进行变革。由此可见，道教实践上的诸种弊端是导致唐宋道教出现转型的重要原因之一。如果说这种转型在理论上主要表现为由注重对本体论、重玄学、心性论的探讨转向内丹心性学，那么，在实践上又主要表现为由外丹转向内丹，其结果是导致了对神仙内涵作出了新的解释。
内丹以人体内部的精、气、神为基础，以天人同构为思维框架来认识人的生命现象，将自然看作是一大宇宙，将人体看作是一小宇宙，试图从“修丹与天地造化同途”出发，通过效法天地自然来解决人的生死问题。虽然内丹也采用了外丹的名词术语和基本的修炼进路，但二者的根本区别则在于，外丹是指用炉鼎烧炼丹砂等矿石药物而成的、能使人服之“长生不死”的丹药；内丹则是指以身体为炉鼎，修炼“精、气、神”而在体内结丹，丹成则人可“成仙”。
外丹着重探讨的是物理现象，以物理变化规律来比拟人的生命现象；内丹则着重认识人的生理和心理现象，特别重视人的精神在修炼中的主导作用。正如唐代道书《通幽诀》所言：“气能存生，内丹也；药能固形，外丹也。服饵长生，莫过于内外丹。”内丹仍然是围绕着道教得道成仙的信仰而展开的，它虽然采用了外丹的理论和术语，但强调的却是修道不必外求，只须反身内求，以“不灭的心性”作为修仙之本，认为“夫仙者心学，心诚则成仙。道者内求，内密则道来矣。夫真者修寂，洞静则合真。神者须感，积感则灵通也。常能守此，则去仙日近矣”。这种以心灵的觉悟、精神的自由作为神仙的根本特质的看法，既标示出与葛洪为代表的丹鼎派的分歧，也彻底改变了建立在外丹基础上的道教仙学对长生不死的理解，直接促进了唐宋道教的转型。
内丹在中晚唐的生长发育既受到易学的影响，又承继了道教老学的传统，还受到佛教心性论的启发和儒家伦理道德的滋润。
正是在儒、佛、道、易多种文化要素的融会中，内丹才在五代北宋以后发展成为道教理论与实践的主流。因此，内丹的出现既与道教在实践中出现的种种弊端相关，也与道教紧紧地追随中国哲学由宇宙本体论推进到心性论的理论发展趋势相联。