陈寅恪说：即使是史料的“残余断片”，也可经过分析加工后作史实的证明。“欲藉此残余断片，以窥测其全部结构，必须具备艺术家欣赏古代绘画雕刻之眼光及精神，然后古人立说之用意与对象，始可以真了解。所谓真了解者，必神游冥想，与立说之古人处于同一境界，而对于其持论所以不得不如是之苦心孤诣，表一种之同情，始能批评其学说之是非得失。”而傅斯年的方法是“存而不补”、“证而不疏”，主张将材料依原来的样子整理，一旦整理好了，道理自然显明，显与陈寅恪观点有所不同。
总之，回顾陈寅恪学术与思想，我们看到他是中国文化民族主义史学的重要开创者。虽然与傅斯年及胡适派史学有一定联系，但毕竟原则迥别。他同意对旧文化要做更新，但于中国传统的情结绝难割舍。他主张吸收西学，但不同意以西学代替中学。他论述对西学的挑战应当主动应对。中国已有接受与容纳“西学”（假如佛学是中国文化史上遭遇到的第一个“西学”）的经验，此乃历史上道家与儒教对佛学的吸纳与扬弃。于今之西学，固也可以沿用故法：初以吸纳之，终以扬弃之。他的态度是明显的：一切的异域之学，纵其初也隆盛，其结果终将如玄奘引进之唯识之学，终无能力进入中国文化主流，“居中国最高之地位”，“亦终归于歇绝者也”。这就是陈寅恪的中国文化建设观。自然我们还要对陈寅恪自由与独立的学术观作充分的注意。中国文化历来人格、文品并重，陈寅恪在中国学术界的地位固因其文品也因其人格。他呼吁独立与自由的思想，且能身体力行，努力实践。这是文界至今隆重纪念他的原因，也是他倡导的文化民族主义史学的重要精髓所在。
张广智先生的《西方史学史》论述兰克史学时有以下的表达：兰克虽然被人们看作是客观主义史学的祖师，“可他本质上却是德国历史主义思想的继承人”，他远不是那种在历史著述中，“超然物外，消灭自我”的历史学家。他的史学中有“强烈的主体意识”，而“非以传言的纯粹客观为特征”。他无时不是在运用史学实践“评判过去，教导现在，以利于未来”。
书中又说：兰克史学与宗教发生紧密关系，在于兰克认为宗教无法以理性与抽象的原则予以把握，而靠非理性的直觉才能体验。因此历史的根本任务，就是“通过个体直觉地理解整体精神”，即“主导理念”，以揭示历史的本质。“这是兰克历史主义方法的重要特征，也是其方法论的核心所在”。从这个意义上说，陈寅恪一方面是重视实证的史学家，另一方面又具有“强烈的主体意识”。兰克对待宗教的态度，恰好是陈寅恪对待文化民族主义信仰的态度。他的民族文化史观成为他历史研究的“主导理念”与“主体意识”。从这个意义上，陈寅恪必从胡适、傅斯年、顾颉刚史学中分离出来。在实证方法的运用上，陈固然与胡适史学有同道之处，然而对民族文化的强烈信仰，使得陈绝对说不出“大禹是条虫”那样的话，得不出“尧舜禹抹杀论”那样的历史结论。
学界认为傅斯年也属兰克学派。那么，陈寅恪与傅斯年就有因缘关系，但他们之间还是有很大区别：其一，如果我们将兰克看作重情（宗教心情）的客观主义历史学家。陈寅恪发展的是重情（文化民族主义之情）的一面，傅斯年发展的是重“客观”（“史学就是史料学”）的一面。从个性上说，陈寅恪仿佛是“诗人”，傅斯年是“工匠”（丁文江在这方面尤其突出）。对待同一个史料，陈寅恪温存于情，傅斯年执着于物，取向不同，将他们分离开来。陈寅恪所得是兰克学派的真传，而傅斯年走向了偏颇。其二，傅斯年受五四影响深，受胡适、顾颉刚濡染也深，对传统表现出比较坚决的批判态度。而陈寅恪在这方面没有大举动，他与王国维同气相求，对传统取温情接续的态度。由上分析，大致可以看出陈寅恪与傅斯年乃至整个批判史学的离合关系。
陈垣论史料整理
陈垣认为，人类的寿命有限，史料的增加却是无穷，譬如唐宋人研究历史只须研究到唐宋为止，现在就要研究唐宋以后的历史；不止这样，唐宋人研究历史的范围只局限于中国及中国附近，现在因为交通便利东西文化接触的结果，就要把范围扩大到全世界去。这么一来，若是不想法子先把中国的史料整理起来，就不免要兴庄子的“吾生也有涯，而知也无涯，以有涯随无涯殆已”之叹了。他强调：中国史料断不能放弃。中国史料这么多，使人感觉到无从整理的困难，就有人主张索性把这些史料统通烧了。但是这种焚书的办法到底不是根本的解决。譬如蒙古西藏，我们暂时不能积极经营，断无把它放弃之理。我们若是肯都来想法子，把这些史料都弄成整个有用的东西，或很容易运用的史料，那自然就不用烧了。反之，我们若是自己不来整理，恐怕不久以后，烧又烧不成，而外人却越俎代庖来替我们整理了。他又归纳出整理史料的8个方法。他首先注意中国书籍翻印的改良。他认为中国的书籍多半不分句，不分段，不分章节的，至于标点符号更是绝少了，越是有名的著作，越是没有点句。要整理史料，，加以标点符号更佳。
他还注重类书工具书的改良：中国工具书虽然不多，但也并非完全没有；不过旧式的工具书缺点顶多，若不加以改良，其利用恐亦有限。现在随便举出几个例来：（一）《历代地理志韵编》，这一部书成于百余年前，内容系将各史地理志所有的地名按韵编成，然后在每个地名之下注以当时系郡系县与历朝沿革。这部书算是研究地理历史良好的工具书，但是却有不少缺点，最明显的，第一本书是按韵编的，要检查本书须先了解检韵的大概，要不然，就很难利用了。其次是排列不得法，往往是几个地名一行行地连下去使检查的人不能一目了然。（二）《纪元编》，这部书也是成于百年前，是专门讲年号的，譬如我们要检查某个年号系属于某朝某帝，按那年号的末一字音韵检去便可检出；但是这部书也犯了同样的毛病，排列并不整齐，而且年表内每页年数又并无一定，是很不方便的。（三）《说文通检》，这部书成于五十年前，自从这部书出现以后检查《说文》简便了许多；但因有一个大毛病，就是检查的人须先知道他所要查的字是属于哪一部，而后才能查出，这又是不便于普通学者了。且此书排列法亦不整齐，不便寻检。（四）《读书记数略》，是一部专门汇集有数字关系典故的参考书，例如：三纲五常这一类的典故都可以从那里检出。不过这部书也有缺点，就是未分数先分类，其分类又非常繁琐，每每谓一名词不知其应归何类，即须检阅数卷而后得。总而言之，中国的工具书无论在编制方面，排列方面都是应加改良的，要做到小学生都能利用才行。他还要研究者注意“书籍装订的改良”、“笔记的整理”、“文集的整理”、“群书编目汇纂”、“重要书籍索引”、“分类专题编集”，同时还论档案的重要性、整理档案的方法。
关于书籍装订的改良，他说中国书籍的装订往往是只顾形式不问内容，只求每函每套册数厚薄的均等，而不问每函每套的内容是否相关联的，并且于目录的编置更无一定，有时使检阅的人感到无限麻烦。例如《全唐文》，凡千卷，里面收集所有唐代的文章，以人为单位依次编成。这部书虽然有总目和每卷的详细目录，但是因为目录是配登在每卷之首的，使检查的人要检某人的某篇文章在某卷，非花了许多时间从头到尾慢慢检查过不可，否则就检不出。他还说，中国书的装套也不讲究，往往把一人一类的文章不装在一套内，而随意归入上套或下套。这些都是装订方面的缺点。他感叹道：倘若能够把总目录和每卷的目录统通集合起来另订成册，那么检查《全唐文》的人不是要便利许多吗？
笔记的整理。陈垣说，唐宋以来，笔记的著作日多一日，因为笔记有杂志的性质，内容非常复杂，篇章不拘短长，所以较易写作。这种笔记看来好似无关重要，其实是绝好的社会史风俗史的资料，有许多的东西在正史里寻不到，在笔记里却可以寻到。但是，他笔锋一转说，我们现在对于笔记的使用却还有许多困难。一来笔记的分量多，内容复杂；二来笔记的编制非常不经济，除了极少数的每段有目之外，其余的不是完全无题目，便是有题目而无总目。要想从笔记里寻材料，除了以披沙沥金的法子慢慢去找寻以外，着实没有办法。所以笔记题目的整理是非常必需的，无目录的加上目录，有目录的加上总目，有总目的编为索引，使检阅者可以一目了然。
文集的整理。陈垣认为中国文集在所有书籍中占最多数，《四库全书》亦以集部为最多，便可以看出中国文集的多了。但是中国文集虽然每篇必有目录，而常没有总目录，就是《四库全书》里的文集也全是没有总目录的。他认为这实在是一个大缺点。倘若编辑一个总目录或索引，对于研究学问者一定大有帮助。
群书篇目汇纂。这是指的将重要书籍的篇目编成一部总目，使人一检即知某书的内容。
重要书籍索引。他说，上面所讲的是限于目录的索引，此处所谓索引，是以书做单位，把每一部重要书籍的内容凡是有名可治的，都编成索引，使检查者欲知某事某物系在某书之某卷某篇，皆能由索引内一索即得。西洋近出的书籍差不多都有索引，故学者研究学问时间极省而效能极高。倘若我们能够把重要史籍，如《左传》，如《史》、《汉》，如《资治通鉴》等都编出索引来，那么除了专门研究历史的以外，什么人都可以不读《左传》、《史》、《汉》、《通鉴》而能利用它们了。
分类专题编集。陈垣解说：分类专题编集是以题做单位，然后将群书中有关系的材料统通都编集在一起，使后来研究的人不再费时去搜集。例如：以运河或长城做专题，将所有书籍中有关运河或长城的材料都编集在一块便是。他回顾说：北平学术界曾有个关于古代铁器先用于南方的论战。他指出，倘若已经有了关于铁器专题的编集，那岂不是要省事得多吗？在说明自己史料整理8法的同时，他又十分注重档案的整理。他设问：什么是档案呢？即是未成书册的史料。现在北平所谓档案，多数是前清政府的文件，有些也是明末的，里面有很多重要史料。从前本来是存在内阁大库或军机处的，到了民国，经教育部组织，整理过一次，然而到底没有做成功。许多作废纸卖了，实在是可惜。为此他对如何开展档案整理也提出了自己意见。
中国文化的精华是经、史。六经皆史，史的意义不能低估。中国文化建设与重组，离不开新史学的提倡与史学文化的重组。对此陈垣是意识到的，他与许多进步的史学家一道，着力史界革新，关注文化更新。他们知道，中国如若出现崭新的史学，崭新文化的诞生也为期不远。他们还知道，要有新史学，须有新史料。因此要热爱中国的史料，并对其作新发掘与新整理，让尘封的史料转旧为新，能出新思想，能证新问题。汗牛充栋的中国史料本是一座文化宝藏，是中国优秀文化传统最明确的证物，也是当代建设新文化的最根本的依据。陈垣毕生注重史学建设，重视史料整理，可以说于新史料的建设中求新史学的建设，于新史学的建设中求新文化的建设。
梁启超1921年在南开大学讲授《中国历史研究法》着重说及“史料的搜集和别抉”。1926年到1927年在清华重开这个讲题，观点有了一些变化：
作小的考证和钩沉、辑佚、考古，就是避难求易，想侥幸成名，我认为病的形态。真的想治中国史，应该大刀阔斧跟着以前大史家的作法，用心做出大部的整个的历史来，才可使中国史学有光明、发展的希望。可见，民族史家的心思范围原本很大，不肯因“史料”而“史料”，沾恋自闭。他们的史料要为宏大的思想架构服务，转之为史家通“识”的印证。而不像胡适他们作细微茫然的考证，仅是摆显工夫的“科学”。这样，民族史家就主动与胡适等人的“国故研究”与“科学史观”划了一道分水岭。他们“有光明与发展希望的”的大思维，实在就是传统回归与民族复兴的大理想。
概而言之，民族史学家取得的成绩景观粲然，而其中蕴涵的文化民族思想更成为宝贵资源。萧一山在为自己的《清代史》作《引论》时说：“我是主张民族革命史观的”，写中国历史“必须以它为骨干，为史心。因为它——民族革命——整个支配了中国近代社会。一切都是以它为枢纽，而变动的。”这样的“民族革命史观”，将恒为中国“史心”，化为支撑中国现代文化大厦的精神支柱。
民族史学与西方思想
普遍的观点认为，民族史家属文化上的保守派，对西学一概保守与锢蔽。事实并不是这样，恰好相反，民族史家的西学热情不亚于批判史学家，民族史家同样在西学传播上做出成绩，他们的史学理论同样拥有西学资源的支持，这是在研究中学派乃至于民族史学的时候须引起重视的问题。
一、有关历史与科学关系的关注
1902年12月，留日学生汪荣宝在《译书汇编》发表辑译的《史学概论》，介绍日本著名史学家坪井九马三、久米邦武、浮田和民等的史学理论。“序论”论历史与科学的关系：