值得注意的是，战后清王朝统治阶级中，对外认识发生变化的，并非仅仅奕訢、文祥等少数几人，而是大有人在。如署理户部尚书沈兆霖战前曾是积极主战派，条约签订后，言论为之一变，说：“（夷人）火器胜于中国，能及远而有准”，“夷以万余众入城，而仍换约而去，全城无恙。则该夷之专于牟利，并无他图，已可深信。”李慈铭也说：“窃谓夷以数万里浮海孤悬之军，长驱入都，据坚城以自便，中国溃丧不复能师，使意在土地，则燕蓟既在手中，当早有变易以新耳目，而往返请期，惟和是议。”所以，他们认为，“夷人不足虑”，“果能示以诚信，尚易羁縻”。冯桂芬等人也有类似的看法。
奕訢正是在这种认识基础上，作为这部分人的代表，把他们的新认识集中概括起来，于1861年初与文祥、桂良等人一起上了《通筹夷务全局酌拟章程六条折》。
奏折通观全局，首先回顾了清代夷祸的经过，接着他们认为夷人志不在攻城掠地，与前代蛮狄并不相同，如果以信义加以笼络，可以“驯服”。进而，奕訢等人分析了农民革命、西方列强与清政府三者之间的相互关系之后，又提出了“综计天下之大局，是今日之御侮，譬如蜀之待吴”的策略思想，把太平天国农民革命同西方列强侵略者给清政府造成的危害作了比较：“发捻交乘，心腹之患也；俄国壤地相接，有蚕食上国之志，肘腋之忧也；英国志在通商，暴虐无人理，不为限制则无以自立，肢体之患也。”从而提出了“灭发捻为先，治俄次之，治英又次之”的战略目标。
最后，奕訢等人提出了贯彻其外交方针的六条章程，提出在北京设立总理各国事务衙门，专办洋务；南、北通商口岸分设大臣；各省办理外交事件互相知照，以免歧误；以及令广东、上海选派四名懂外国语言文字的人来京差委，各通商口岸内外商情并各国新闻报纸按月咨报总理各国事务衙门，以便了解夷情等具体措施。
咸丰帝阅览了奕訢等人的奏折，朱批道：“惠亲王、总理行营王大臣、御前大臣、军机大臣妥速议奏。”惠亲王绵愉等人遵旨详细阅读之后，认为奕訢等人所议各条“按切时势，均是实在情形”，建议“按照原议各条办理”。咸丰帝遂于1861年1月20日颁发上谕，正式予以批准施行。但是朱谕比奕訢原奏多了“通商”二字，说“京师设立总理各国事务衙门，着即恭亲王奕訢、大学士桂良、户部左侍郎文祥管理，并着礼部颁给钦命总理各国通商事务关防派”，企图把总理各国事务衙门的职权限制在通商事务范围之内。对此奕訢不愿接受，据理力争，强调通商事宜，上海、天津已有南北通商大臣驻扎专理，总理衙门在京不便遥控。更重要的是，洋人虽然惟利是图，“而外貌总以官体自居，不肯自认为通商，防我轻视。今既知设有总理衙门，则各国与中国交涉事件，该夷皆恃臣等为之总理，藉以通达其情。若见照会文移内有通商二字，必疑臣等专办通商，不与理事，饶舌必多，必滋疑虑”，因此坚决要求去掉“通商”二字。奕訢等人态度坚定，言词恳切，最后咸丰帝终于批了“依议”二字。但还是力图限制总理各国事务衙门的权限。比如，在奕訢的奏请当中，本有“事宜机密者，即令各该大臣、将军、督抚、府尹一面具奏，一面径咨总理衙门”的要求。但咸丰帝批示道：“至各省机密事件，（自）应照例奏而不咨，如事关总理衙门者，即由军机处随时录送知照，亦甚便捷，着无庸由各口先行咨报总理衙门，以归划一。”目的是防止总理衙门与各省发生直接关系，而使皇权受到侵越。
尽管咸丰帝力图限制总理衙门的职权，但随着中外交涉的日益频繁，特别是后来随着洋务运动的兴起，总理衙门的职权不断扩大，不仅办理外交、通商事务，而且凡与洋务相关的，如铁路、电报、学校、关税等等，都属其职权范围，因而有“洋务内阁”之称，与军机处之间，虽无明显的对等关系，却有实际上的分工，即军机处只管对内事务，总理衙门则主管对外事务。
鸦片战争前的中国长期实行闭关锁国政策，和外国之间向无经常的外交往来，因而，在清朝中央政府体制中，一直没有专门的外交机构。仅由礼部、理藩院、鸿胪寺分管所谓“朝贡”事务。鸦片战争后，国门被打开，清政府设置五口通商大臣。这是以钦差身份领职的兼差，名义上办理通商事务，实际上承担战后处理外交关系的重大任务。可是，经过第二次鸦片战争，中外交涉广达政治、经济、军事、文化各个领域，“向由外省督抚奏报，汇总于军机处”的处理外事惯例显然不合时宜了，既非专官亦无专署的五口通商大臣也不能胜任外务。当时，奕訢就指出：“近来各路军报络绎，外国事务头绪纷繁，驻京之后，若不悉心经理，专一其事，必致办理迟缓，未能悉协办理。”西方列强，为保障既得利益并谋求日后的扩张，也十分不满清朝的外交处理办法，英国公使魏妥玛就曾说过：“如能设立专办外国事务地方，则数十年求之不得。”
总理衙门的成立，虽然只是清朝统治者消极适应纷纭复杂的外交局势的产物，但它的成立，也是对中国闭关自守、盲目排外传统的抛弃，表明清朝统治者在事实上承认了国家主权平等、通过和平谈判解决国际争端等具有近代性质的国际准则，这比“或剿或抚”是一大进步。
总之，总理衙门的成立开辟了清朝外交的一个崭新局面。奕訢在筹建总理衙门的过程中，表现出外交眼光和政治胆略；而当时，咸丰帝对奕訢时刻心存猜疑，生怕奕訢权力过大，而使皇权受到侵越；肃顺集团也对奕訢充满嫉恨，惟恐其势力过大，危及自身利益。奕訢不可能淡忘了自己的前车之鉴，也不可能不知道自己微妙的处境。但是，他顶住压力，毅然上书，请求建立总理衙门，尤其是在总理衙门的权限问题上，他与咸丰帝据理力争，表现出相当大的胆量和勇气。
总理衙门的成立，也受到了西方列强的欢迎，当法使布尔布隆得知这一消息时，非常高兴，称赞这是“中外各国永敦睦好之最妙良法”。
奕訢实施他的新的外交方针的第二个表现就是仿效三国时期诸葛亮的“联吴抗魏”，试探向西方列强“借师助剿”，消灭农民起义。1860年11月23日，奕訢等人上奏咸丰帝，向其陈述了这一想法：“如藉夷兵之力驱逐逆贼，则我之元气渐复，而彼胜则不免折损，败则亦足消其桀骜之气。”但是咸丰帝惟恐引狼入室，祸患无穷，没有答应。除了以江苏巡抚薛焕为代表的极少数官员拥护这一策略，以漕运总督袁甲三、两江总督曾国藩为代表的绝大多数官员都持反对态度。而英国侵略者由于担心法、俄两国军队进入长江流域，影响英国在华利益，对清政府的“借师助剿”态度十分消极。当奕訢同魏妥玛私下试探这一问题时，魏妥玛明确告诉奕訢，“剿贼”本是中国国内之事，他国不应干涉，他国答应“借师助剿”，如果不是为了占据地方，那对他们有什么好处呢？不仅仅是法、俄会夺取城池，就是英国，也不敢说不会据为己有。英国占领印度不就是最好的证明吗？奕訢本人对“借师助剿”并非毫无疑虑，魏妥玛的这一番话，正好说中其心里的隐忧，于是暂时放弃了“借师助剿”的想法，主张“就现有兵力设法攻剿，不可贪目前小利而贻无穷之患”，并于1861年1月24日向咸丰帝表示，“若该夷来京再论及此事，臣等即据理折服其心，以杜诡谋。”
大难方夷，如何“自图振兴”？这是第二次鸦片战争之后，奕訢一直在苦苦思索的一个重大问题。战争中奕訢亲眼目睹了清朝武备废弛落后，不堪一击，亲自领教了洋枪洋炮的迅猛威力，深感中国武备，内不足以“剿贼”，外不足以御侮。因此，俄国公使伊格那提耶夫提出：“中国于制造枪炮及炸炮、水雷、地雷、火药及演放，均未得法”，表示欲派俄国匠役来中国教导时，奕訢深为赞赏。在伊格那提耶夫动身回国之前，奕訢特意前往俄国使馆，对1858年拒绝俄国提供武器和教官一事表示遗憾，并说当时环境不允许清政府接受俄国政府的建议，而现在，当中国备尝和欧洲军队作战的痛苦教训后，清政府就会另眼看待这类建议，表示了在武器装备方面向西方学习的愿望。
因此，奕訢在给咸丰帝的《奏请八旗禁军训练枪炮片》中第一次提出了“自强”的口号：“臣等酌议大局章程六条，其要在于审敌防边，以弭后患。然治其标而未探其源也，探源之策，在于自强，自强之术，必先练兵。现在抚议虽成，而国威未振，亟宜力图振兴，使该夷顺则可以相安，逆则可以有备，以期经久无患。况发捻等尤宜迅图剿办，内患除则外侮自泯”。把自强、练兵、制器联系在一起，标志着奕訢洋务思想的发端。咸丰帝采纳了奕訢的自强方略，并命两江总督曾国藩、江苏巡抚薛焕酌办。1861年，曾国藩在安徽建起安庆军械所，生产子弹、火药、炸弹，规模虽小，却成为我国近代军事工业的发轫，洋务运动的序幕由此缓缓拉开。
奕訢的努力，使古老的国度吹进了一股新风，吹响了后来同（治）光（绪）新政的号角，使这个老大帝国缓慢而艰难地走上近代化的历程。由此，奕訢以他敢于接受新事物的勇气和胆识，令充斥于大清王朝的那些狭隘、保守、迂腐、庸碌的大小官员相形见绌。