天京得知北伐军失利待援，1854年2月由夏官右副丞相曾立昌、冬官副丞相许崇扬、夏官副丞相陈仕保率军，从安庆出发，经河南，转江苏，在萧县西北一带过黄河，入山东，3月31日直逼距阜城二百余里的漕运咽喉要地临清城。
奕訢得知北伐援军渡过黄河，又请令胜保率万余清军赶往山东堵截。4月4日，当胜保的军队抵达临清外围时，北伐援军在猛烈攻打临清之后最终攻占了临清，可得到的仅是一座空城。北伐援军刚进城，就被清军围得水泄不通。阜城北伐军得知援军被围，于是自突围东去，攻占东光、连城，欲南下迎接援军，恰恰遇上僧格林沁率队赶到，困于连城。北伐军经协商决定派李开芳率马队突围而出，急行二日，偷袭高唐成功。距临清仅几十里之遥，只可惜援军据守临清数日，见城内无粮草，军心不稳，已于三日前南下弃城而去。这样，原本只有数千人的北伐军，一分为二，势力更弱。
随后，胜保率军将高唐团团围住。留守连城的北伐军，坚持到1855年3月，粮尽失守。林凤祥被俘，3月15日，在北京凌迟处死，僧格林沁因功晋封为博多勒克台亲王。胜保久攻高唐不下，先后受到拔去花翎和革职留任的处分。
连城北伐军被歼后，咸丰帝将胜保解京问罪，令僧格林沁移师进攻高唐。李开芳得知林凤祥部覆没，突围南下，入踞荏平县冯官屯。僧格林沁率队包围冯官屯，久攻不克后，引运河水淹冯官屯。5月13日，李开芳率八十余人突围被俘，被解送北京，6月11日英勇就义。
至此，太平军轰轰烈烈的北伐，在清政府动用全国力量的镇压下平息了。咸丰帝欣喜万分，对有功人员大加封赏。恭亲王奕訢被“着交宗人府从优议叙”。奕訢自入军机以来，一年当中，已先后被授予宗人府右宗正、宗令、都统、阅兵大臣等职，现又交宗人府“从优议叙”，可谓年少得志，荣耀之极。
踌躇满志之际，奕訢有点忘乎所以了，他忘记了自己与皇上之间曾经有过的微妙关系，以为皇上已经彻底信任了自己，渐渐显露出个性之中的锋芒。
咸丰五年（1855年）六月，也就是北伐的太平军被消灭两个月后，奕訢的生母博尔济吉特氏卧病不起。奕訢素有孝心，看见生母憔悴的面容，感慨万端：昔日皇额娘抚养自己和皇兄，悉心照料，无微不至，母子融洽，兄弟和睦。可如今风烛残年，兄弟俩身份和地位也判然两别，形同霄壤。皇额娘当年颇为先帝所宠，位列六宫之主，也曾有抚圣之功，如今恐将带着遗憾离开人世……
原来，博尔济吉特氏，是刑部员外郎花良阿之女，嘉庆十七年生。初入宫时封为贵人，很受道光帝的宠爱，道光六年十二月封静嫔，翌年四月晋为静妃。咸丰帝登上皇位之后，封其为皇贵太妃，奕訢对此很不满意。奕詝幼时生母全皇后暴崩，博尔济吉特氏视其为亲生儿子，将他抚养长大。奕訢认为，皇兄应该封她为皇太后才是，并时常提出这个请求，但咸丰帝一直认为有违祖制，没有同意。
太妃的病情一天比一天加重，奕訢的心情也一天比一天沉重。一日，咸丰帝前往康寿宫探视太妃病情，恰与奕訢相遇，便询问起太妃病况，奕訢当即跪下泣言道：“已笃！”并说若不封她为皇太后，恐将死不瞑目。咸丰帝仓促之间，不可置否，只是随口“喔喔”敷衍两声，未作明确答复。奕訢竟传矫旨，将生米煮成熟饭。最后，咸丰帝不得不在七月初一传旨，尊康慈皇贵妃为皇太后。此后，第八天，也就是七月初九日，康慈皇太后带着新封的封号死去。大清开国以来，只有尊嗣皇帝生母为皇太后的定例，从没有嗣皇帝尊先皇妃嫔为皇太后的先例。奕訢生母乃道光帝之妃，被尊为皇太后显然有违祖制。事情远非如此简单，奕訢乃先帝遗命亲王，其母又是六宫之主，咸丰一直担心他们母子联合起来，对自己不利，所以，奕訢强逼自己封其母为皇太后，显然刺中他心中最敏感的神经。
奕訢虽然为其生母争得荣耀，却在政治上大大失分。咸丰帝对此事耿耿于怀，七月十一日发布上谕，减杀太后丧仪。接着七月十二日，又颁谕旨，决定大行皇太后不升太庙，谨升祔奉先殿。
咸丰帝减杀太后丧仪的做法，不能不激起奕訢的强烈不满，使奕訢同咸丰帝发生冲突。七月二十一日，皇太后梓宫安奉绮春园迎晖殿，咸丰帝即迫不及待地发布上谕，借名奕訢“于一切礼仪，多有疏略之处”，解除了奕訢的全部职务。同时命吏部尚书翁心存恭理丧仪，剥夺了奕訢办理亲生母亲的丧礼的资格。十月二十五日，皇太后梓宫奉安山陵，二十七日，咸丰帝怒犹未尽，再次发谕：“道光三十年正月十四日，皇考宣宗成皇帝升遐，朕与顾命大臣敬启密缄，亲奉朱谕，皇六子奕訢，封为亲王，钦此。朕祗遵遗命，于十七日降旨，封奕訢为恭亲王，并于恭撰慕陵碑文内，敬谨叙述。惟是中外臣民，但旨奕訢之封亲王，系朕即位后推恩，未知系皇考遗命，不足以传信后世。著将此旨付史馆，于实录本纪内，将皇考朱谕封奕訢为亲王，纂入道光三十年正月十四日遗命各条之此，以昭信史。”
这道上谕，实际上等于向中外臣民宣告：如果不是道光帝的遗命，咸丰帝根本就不会封奕訢为亲王。其恼恨之情，真是溢于言表，跃然纸上。
昨日还是一国军机领袖，权倾朝野，一夜之间变得一无所有，仅剩一虚空的“亲王”封号。真是祸福荣辱，旦夕之间！这对一位刚刚二十出头的年轻亲王来说，无疑是一个沉重的打击，他的心里在呼喊：我究竟做错了什么？究竟是什么力量主宰着这世间的一切？难道这世间就没有了真情和信任？没有谁能够回答他。
顿时，他是那么地伤心、无助，冥冥之中，他似乎看到了皇阿玛那慈祥的笑脸，他像一个受了委屈的孩子，任泪水泉涌般夺眶而出……
自恭亲王奕訢遭到咸丰帝罢斥，退出军机处之后，朝中文武大臣，因循积习，萎靡不振。虽互有短长，而事上以谄，接下以吝，却是惊人地相似。稍有事故，尽如盲痴，一筹莫展。堪担重任者，实无其人。在宗室近支中，咸丰帝其他几个兄弟，或才力平庸，或年幼无知，均难当军国重任。而咸丰帝又对汉人很不信任，这样一来，作为宗室近支的怡亲王载垣和郑亲王端华便受到信任和重用。但他们苦于汉文不甚通达，且自觉才短，于是合力向咸丰帝推荐肃顺。
肃顺，清太祖努尔哈赤侄子济尔哈朗的七世孙，郑亲王端华的异母兄弟。据载，此人生得“状貌魁梧，眉目耸拔”，为人豪放不羁，结交广泛，颇有游侠气概，而且机敏干练，又有惊人的记忆力，据说“接人一面，终生能道其形貌；治一案牍，经年能举其词。”步军统领称赏其才，将其举荐给咸丰帝，受到咸丰帝的召见，从此肃顺开始步步高升。咸丰四年，授御前侍卫，署正红旗满洲副统领，升工部左侍郎，旋调礼部左侍郎。
经载垣和端华鼎力举荐，咸丰帝也非常欣赏肃顺的干练果断的作风和超出当时诸人的见识，遂委之以重任。咸丰五年（1855年）五月，以筹办巡防，下部议叙。十一月，以恭勘慕陵（道光帝墓地）工程，并恭送孝静康慈皇太后梓宫暂安礼成，加一级。咸丰六年七月，授都察院左都御史，八月升理藩院尚书。八年二月，充查城大臣。九月，调礼部尚书，管理藩院事务，十二月调户部尚书。可见，肃顺真正发迹，是从咸丰五年开始，也就是奕訢罢退军机以后，仅仅四年时间，他由一个御前侍卫，升为户部尚书，真正可谓飞黄腾达。由于受到咸丰帝的赏识和重用，其权势渐渐凌驾于军机之上，军机大臣皆拱手听命而已。
从此载垣、端华、肃顺三人朋比为奸，权势日张，而肃顺更是恃宠而骄，飞扬跋扈。