咸丰帝封奕訢为恭亲王之后，只让他充任一些礼仪性的工作，如每年宣宗成皇帝（道光帝）的周年忌辰，都是遣恭亲王奕訢祭慕陵。慕陵行敷土礼，并行大飨之礼，也由恭亲王奕訢代理。咸丰三年三月，咸丰帝又命奕訢管中正殿、武英殿事，也属闲散职务。此时的奕訢，可以说是基本上还游离于清廷政治舞台之外。奕訢也清醒地知道，皇上对自己心存顾忌，因此处处谨言慎行，韬光养晦，藏才示拙。但是，随着大清政局内外交困，危机四伏，奕訢作为清王朝统治集团的一员，便逐渐被推上了政治舞台。
早在道光末年，清政府的黑暗统治和沉重的封建剥削，以及外国资本主义侵略势力所造成的巨大灾难，促使人民群众不断走上反抗的道路。道光三十年（1850年）咸丰帝即位时，人民的这种反抗已遍布全国。道光三十年十二月初十日（1851年1月11日），在广西桂平金田村终于爆发了洪秀全领导的大规模的太平天国农民起义。咸丰帝刚刚即位，洪秀全即起事金田；这样，1851年既是咸丰元年，也就成了太平天国元年，中国大地上出现了两个政权、两个年号。这对刚刚即位不久的咸丰来说，真是时运不济。当时有朝内大臣认为这是由于咸丰帝当年在基福宫出生，堂内悬有“洪范五福”的匾额，这“洪范五福”正是洪秀全起事犯乱的先兆。这自然是无稽之谈，徒增笑料而已。
就在洪秀全在金田振臂一呼之后，太平天国农民军长驱而进，势如破竹，克永安、破全州、占道州、夺郴州、取汉阳、陷武昌。至咸丰三年（1853年），沿江东下，连克九江、安庆、南京。攻陷南京之后，天王洪秀全进入南京城，以硝烟未散、血腥犹存的两江总督衙门为天王府，宣布将南京改名为天京，定为国都。此时，太平军总兵力已达六十多万。此后，林凤祥、李开芳率部继续北伐，直逼京城；胡以晃、赖汉英继续西征。
就在太平军节节胜利、步步紧逼的同时，天地会起义、福建小刀会起义、福建永春起义及捻军起义一时风起云涌，大清帝国成了点燃的火药桶。
为了扑灭这场来势凶猛、眼看就要焚毁江山社稷的大火，咸丰帝调兵遣将，先后起用林则徐、周天爵、李星沅、徐文缙等名臣；重用姚莹、严正基、丁守存、江忠源等干才；调用乌兰泰、向荣等勇将。然而，百般努力均无济于事，大火很快席卷了半壁江山，眼看就要烧到皇城脚下。在此危急存亡之秋，咸丰帝惊惶失措，问计于朝内文武大臣，满朝文武一筹莫展。气得咸丰帝“啪”的一拍御案，大声怒道：“成何体统！内外文武大臣，视国如家者固不乏人，然泄泄沓沓，因循不振，禄位之气重，置国事于不问者，亦不复少！”众人见皇上发怒，无人敢言，纷纷垂头。咸丰见众人个个萎靡不振，垂头丧气，更加气愤：
“国家有大政事，特交会议诸王公大臣等，自应公同会集，虚衷商榷，讨论精详，方于政事有益。……近年以来，凡遇会议事件，或托故不到，或推诿不言，或藉端闲谈，置公事于不问。其首先发言之人，或目为擅专，或笑其浮躁。甚至遇有交议，并不会集，一任主稿衙门委之司员书吏，分送片稿，各衙门堂官，随同画诺，或明知未协而不肯言，或依违将就而退有后言。似此因循委卸，相习成风，又何以用会议为耶？嗣后诸王大臣等，如遇特旨会议事件，务须遵照旧章，共同面商，虚心筹酌，迅速定议具奏，毋得推诿耽延，仍蹈积习，有负朕集思广益之至意。此旨着各衙恭录悬，俾触目警心。”
王公大臣们对皇帝特旨交议的事件，尚且如此敷衍，其他可想而知。由此可见，庙堂上下已是一派“万马齐喑”、死气沉沉的可悲气象。
然而，就在满朝文武百官浑浑噩噩、一筹莫展之际，恭亲王奕訢再也按捺不住内心的焦虑，于1853年3月17日，也就是太平军攻占南京之前，同惠亲王绵愉、惇郡王奕誴一起，上奏咸丰，慷慨陈词，就储备火药、安抚难民、筹裕仓库，以及京城严门禁、整器械、训练辽京驻防官兵等问题，向咸丰帝提出建议，以保卫京畿，防止农民起义的烈火蔓延。这一奏议当即得到咸丰帝的高度赞赏。
这年四月十日（5月17日），咸丰帝交给奕訢一项差事，让他验看内务府所存金钟。这是根据奕訢的岳父兵部尚书桂良三月二十四日奏议作出的安排，原奏说内务府广储司银库现存大金钟三口，应通融变折，以济军需；另外，历年查抄获罪官僚家产亦应核实确数。经内务府回奏说，历年查抄家产所得款项已经陆续用光，库内无存，只有金钟三口，约重33000余两，未经传用。于是，咸丰帝便令奕訢负责此项金钟熔铸化钱事宜。
在此之前，咸丰帝只是让奕訢充任一些礼仪性的事务，这次，则是第一次交给奕訢关乎军国大计的实际工作。对于咸丰帝的信任，奕訢十分感激，他向咸丰帝表示将“始终奋勉，勤慎奉公，以期无负圣主委任之至意。”奕訢没有食言，他在这次工作中，“博访旁咨”，“实力讲求”，严防欺隐作弊，第一次表现出他干练的作风，由此进一步获得了咸丰帝的信任，兄弟二人的关系也进一步亲密起来。
奕訢等待多时的机运就要到来。
咸丰三年（1853年）九月，太平天国北伐部队逼近畿辅地区，形势危急。九月九日（10月11日），咸丰帝任命惠亲王绵愉为奉命大将军，科尔沁郡王僧格林沁为参赞大臣，率军出征，并分别授予两人锐捷宝刀和讷库尼素宝刀。次日，命令恭亲王奕訢署理领侍卫内大臣之职，办理京城巡防事务。领侍卫内大臣设于清初，是由皇帝亲自统领的上三旗（镶黄、正黄、正白）中选其子弟材武出众者为侍卫，并以勋戚大臣统领，名叫领侍卫内大臣，官阶为正一品。十三日，咸丰帝又颁谕旨，恩准奕訢佩戴“非特赏不能用”的金桃皮鞘白虹刀。
十月，咸丰帝又将他与奕訢在上书房读书时共同研制的枪法“棣华协力”和刀法“宝锷宣威”合编起来，亲自作序，又令奕訢为之作跋，此枪法、刀法之名乃是先皇生前所赐，借此表达希望兄弟二人同心协力的殷切愿望，奕訢对此绝对没有淡忘。咸丰帝此次重拾旧物、重提旧事，真可谓用心良苦，他希望奕訢和他能像儿时那样、像父皇所期望的那样，同心协力，共赴国难，因此他深情地对奕訢说：“分虽君臣，情原一体，惟期交劝交儆，莫负深恩，今日之协力非昔日之协力也。”
很快，咸丰帝又于十月初七日（11月7日）发布上谕：“命恭亲王奕訢在军机大臣上行走。”从此，奕訢以亲王身份入值军机，成为清王朝最高领导集团的主要成员。这一年，他刚好二十岁。虽然年轻，可他为等到这一天，经历了与他年龄远不相称的太多的委屈与忍耐、太多的磨炼与煎熬。
奕訢赞襄军务之后，首先全力围剿北伐军。他针对北伐军“分居镇海、独流二处”意欲分开清军兵力的企图，强调“必须大兵云集，四面合攻，方可一鼓歼除”。为此，他极力调和胜保与僧格林沁两支大军的矛盾，令其合力攻剿。咸丰四年（1854年）初，胜保所统兵勇已达三万多人，又调杭州将军瑞昌、山东布政使崇恩各统所部千人北上，而北伐军人数此时不足万人。
北伐军据守镇海、独流一百天，在兵员伤亡、粮食已尽、援兵不至的艰难形势下，不得不于1854年2月5日突围南撤，经大成县至河间府东城镇。奕訢知道一旦北伐军逃过黄河，就难以对付了，于是奕訢奏请咸丰帝命令僧格林沁率马队紧追，对北伐军继续实行合围。咸丰帝暗自惊佩其胸有全局，指挥若定。一月后，北伐军再撤至阜城，很快又被三万清军包围。北伐军孤军深入，劳师远征，早已人困马乏，几近强弩之末了。