开始是同治八年，慈安、奕訢和同治帝联合起来按祖制处死了安德海，一时中外无不称颂，而慈禧的心中却留下了积怨。同治十一年关于给载淳立后一事，双方又再起争执，意见相左。慈安所争的阿鲁特氏后来被立为后，而慈禧所争的凤秀的女儿只屈居慧妃之位，慈安获胜，慈禧记恨，双方矛盾加深。同治帝死后，慈禧费尽心机立醇亲王之子4岁的载湉为帝，本想趁皇帝年幼，一手遮天，把持朝政，谁料光绪帝入宫后，因慈安太后性情温和，不像慈禧那样严厉，所以小皇帝喜欢亲近慈安太后，对慈禧却相当地疏远。这使慈禧感到恐惧。要是小皇帝被慈安唆使来反对自己，威胁自己的地位，该怎么办？慈禧的恐惧心理，随着光绪帝年龄的增长，与日俱增，对慈安的防范心理也日渐急切。双方矛盾渐如水火，因此便有种种关于慈安是慈禧害死的推测和传说。
据载，咸丰帝临死前，曾交给慈安太后一道密谕，要她好好约束叶赫那拉氏。慈禧听说后，行为便不太敢张狂。光绪朝时候，慈禧再度垂帘，慈安对政治有倦怠意，不多过问政事，有时甚至不出来垂帘摄政，慈禧更加纵恣无度。她一人召见廷臣，有事竟不复禀慈安，慈安太后内心多有不平。光绪七年发生的一件事让慈安太后瞠目，这一年慈禧骤患重病，遍征中外名医医治均告无效，惟有薛福成的哥哥薛福辰给慈禧太后诊脉后，得其病因，开药慈禧太后服用后，病得痊愈。后得知薛福辰所开药剂均为产后滋补之药，慈安知慈禧失德，决定好好劝劝慈禧，让她保全皇家体面。一日，摆酒宫中，庆贺慈禧大病痊愈，忆及协力清除肃顺及同治十余年的垂帘听政事，慈禧悲不自胜，话语很讨慈安的欢心。慈安听后，也对慈禧坦诚相见道：“你我都是年过半百之人，不知何时均要去见先帝了，幸得20余年来你我能同一条心。既然这样，我也不瞒你，先帝升天之前，曾交给我一物，是关于妹妹的，现在看来是没什么用的了。此事不要声张出去，以防外人怀疑我姐妹二人表面上和好而暗地里互相嫉妒。”说完从袖中取出文宗遗诏，给慈禧看。慈禧看后，面色顿变，惭愧不已。慈安见慈禧有真心悔过之心，索要过函文，随即于灯烛上烧了。慈禧又是羞惭又是愤怒，表面上仍做感激涕零状，内心窃喜。以后时日里，慈禧对慈安甚为恭敬，慈安以为是自己的规劝起了作用，孰知慈禧已有歹意。
又据说，慈禧欲害慈安的念头始于慈安亲见了慈禧的不轨行为。立载湉为帝，并非慈安之意，后垂帘听政制度建立，慈安则多持斋念佛，长居宫中，朝中事实际由慈禧把持，慈禧从此为所欲为。当时都门有位唱戏的武生叫杨月楼，得到慈禧的专宠，随意出入宫禁，每次进宫即恒久不出。一日，慈安有事欲告知慈禧，突然前往慈禧居所，适逢慈禧不在，却见杨月楼袒卧于慈禧的床上，慈安惊惧，叫来宫中婢奴，授意此事不得张扬。后慈禧处死杨月楼，慈安虽久惊怒，实际并未追究，慈禧更加疑惧。遣宫婢多次进献慈安食盒，慈安不疑，受而食之，不久即死去。
又有一说，称是因李莲英起事。李莲英因得慈禧太后宠幸，仗势胡为。一日慈安太后乘辇车过某殿，李莲英与小太监角力，对慈安置若罔闻，慈安怒以杖责之，并到慈禧住处教训了慈禧一顿。慈禧不服，两人闹翻。不几日，即传慈安暴崩一事。
当时民间流传的说法有多种，但多数经不住仔细分析。张尔田指出：慈安的病况，可详见翁同龢日记，哪里有食盒外进之猜疑？二十年来，排满思想，深入人心，时人不痛诋清代则不快，即使是光绪帝的日讲起居注官恽毓鼎的《崇陵传信录》也断不可信。学者金梁也在《清帝外纪·清后列传》中，对慈安焚烧遗诏和慈禧进献毒盒事，提出质疑：“手敕既然焚毁，敕语内容又从何而知？食盒外进，又有谁见到了呢？”
这么说，慈安的死就与慈禧无关了吗？也不尽然。当时的翁同龢、张之洞等人根据种种迹象，也心存疑惑。
翁同龢的日记中留下了诸多疑点。皇帝皇后生病，按清祖制，应先由军机、御前大臣详细了解情况后传御医，然后御医诊断、开药方，药方应交军机、御前大臣传视，以显示慎重。而慈安九日患病，当日并未见医方发下，这是为什么呢？慈安因偶感风寒，却不到一天就骤然崩逝，死后第二天公布的五个药方，均未说明致病原因，这又是为何？死后第三天，似乎为了消除人们的疑虑，所发药方才写上“伤感过甚，诸症骤发”的含混言语，且药方上也没有御医庄守和的名字。凡此种种，不能不让人生疑。
张之洞觉得事情蹊跷，曾致信李鸿藻：“此事实出非常，殓奠一事，翰林院一向是派人轮班前往的，但至今未见知会一声，也没听说到底是派了谁去？”并请教李鸿藻，“现在是应静候呢？还是应径直前往呢？即使翰林院没有被派，应当没有大碍吧？敬请指示，不甚感激。”张之洞对慈安逝世后的殓奠的反常迹象也不知如何是好，所以写信求教李鸿藻。事过多年，荣禄才透露了殓奠的秘密。当时荣禄任内务府大臣，慈禧避开了那些好“遇事生风”的翰林院，派荣禄亲自前往殓含，并谕示荣禄：“尔等详细视殓，勿令人有疑辞。”荣禄听慈禧这么一说，反倒胆战心惊，殓奠时，未敢多看一眼，赶紧殓毕退下了。慈禧这种欲盖弥彰的做法更显示了背后藏有不可告人的隐密。
慈安丧葬事，慈禧令减杀礼仪。据翁同龢的日记记载，慈安的梓宫是用的楠木，但却是由厚度不过一寸七、八分的多块木头拼成，这与慈安正宫的地位是不相符的。慈禧修园、自我享乐那么舍得花银子，对已作别人世的慈安却如此地苛刻，不知居心何在。在谥号问题上，慈禧又一反历代皇后所上谥法的规则，欲以“钦”字居首，以否定慈安的正宫地位。后翁同龢等人极力抗争，说：“贞者，正也。此乃先帝所命也”，且穆宗同治帝尊崇慈安二字，天下人对此也熟闻，谥号中必须用“贞”、“安”二字。最终，在坚持下，慈安才得谥号“孝贞慈安裕庆和敬仪天祚圣显皇后”。
至慈安崩逝，慈禧也不放过与她在地位上的争夺，慈禧对慈安的仇视之心可见一斑。虽没有确凿的证据证明慈安就是慈禧所杀，但多方面事实反映，慈禧难脱干系。
慈安之死，对慈禧、奕訢均有影响。对慈禧来讲，慈安的死为其专权扫清了道路。尽管慈安生前清心寡欲，极少参与政治，不像慈禧那样有谋略和魄力，然而慈安的存在本身，对慈禧的专权就是一股巨大的威慑力量。有慈安在，慈禧就不敢那么明目张胆、恣意妄为。慈安一死，政权尽归西宫，慈禧可以惟己独尊、专执国政而无所忌惮。从此两宫垂帘局面变为一宫独尊，光绪帝还未成人，慈禧大权独揽，人们尊称她为“老佛爷”，慈禧开始成为名副其实的清王朝的最高统治者，奕訢的势力也就更加削弱了。
慈安的死，无疑使奕訢在最高统治集团中少了一个可以依靠的力量。多年来，慈安和奕訢与慈禧之间均有矛盾，奕訢多以“嫡庶之分”为由，通过支持慈安压制慈禧的嚣张气焰，慈安也多倚重和信任奕訢，无形之中，奕訢和慈安形成一种联合力量，来共同对付慈禧。如咸丰陵前的席次之争，诛杀安德海等等。慈禧感到势单力薄，也在努力培植自己的势力。如在内务府、军机处相继安排进自己的人或者是牵制奕訢势力的人。慈安在时，尽管奕訢曾屡受打击，但因慈安的倚重，他依然能保住军机处的位子、执掌军机处大权；慈安一死，形势大变，慈禧不再受约束，同时由于自己的党羽势力大增，她对奕訢也就不再顾忌了。
慈安的死，使慈禧位及最尊，慈禧培植的势力也随之抬头，奕訢派势力则相应遭到压制。清议派攻击他的改革，七弟奕譞也攻击他崇洋媚外，这两种力量的抬头，使奕訢日益陷入孤立的境地。
七弟醇亲王奕譞早就想夺取奕訢手中的大权，这可以追溯到同治年间。当时两兄弟就因政见不同而不合，奕譞思想保守固执，对奕訢重用汉人、提倡向西方学习，表示不赞成。他曾向慈禧上折，“请摈除一切奇技淫巧，洋人器用”。对奕訢“外敦信睦，隐示羁縻”的外交政策，奕譞尤其表示反对，在1870年天津教案的处理上与奕訢发生过激烈的争执，严厉指责和全盘否定奕訢的对外政策。1870年和1873年，奕譞曾两次密奏慈禧和亲政后的同治帝，两折的意思分别为请求剥夺奕訢掌管的外交大权和表示对奕訢掌管军机处中枢大权不满。奕訢上奏抗辩，此事作罢，但恭亲王和醇亲王两人因此隔阂日深。同治帝死后，光绪帝继位，醇亲王以太上之尊，依靠慈禧支持任用私人，结党结派，势力逐渐盖过了奕訢。
慈安死后的一段时间，鉴于恭亲王的谙练老成，长于外交，慈禧并没有马上逐他出军机处。至1884年，中法战争爆发，清军节节败退，慈禧才算找到了一个恰当的借口，以奕訢为替罪羊，与奕譞合力，罢免了奕訢的一切职务，取得了双方多年来矛盾斗争的决定性胜利。从此，奕譞取代奕訢，活跃于晚清的政治舞台上。当然那已是后话了。