同治十三年十二月下旬，李鸿章不顾军机处令各地督抚原地维持地方不必吁请叩谒梓宫的寄谕，从保定的总督驻地赶赴北京奔同治帝大丧，他此行的实际目的是进京陈述其近代化的总体设想。他首先晤见了奕訢，双方意见一致，认为值此紧要关头，必须打破陈规，努力改革，实现近代化，这才是中国自强图存的惟一方法。李鸿章请奕訢向两宫太后陈述这种构想。
奕訢何尝不知道李鸿章所提建议的重要，数年前他也提过，曾有过宏图壮志，想要改变大清腐朽面貌，建立近代化新国家，但多处碰壁之后，很多计划都被搁置。如今，奕訢已不如当年那般有勇气和魄力了。此时的他不愿如教育大辩论时那样成为众矢之的，也不愿像同治年间那样为太后一一剖断。多年的在朝经验告诉他，两宫太后也不能定此大计，但他还是设法让李鸿章三次觐见太后。李鸿章借机将其关于经济、军事、外交、教育等全方位近代化改革的设想系统地向太后作了讲解。如奕訢所言，知识和经历均有限的太后也无法确定改革的正确与否。尤其对是否停止西征，将有限的资源用于建设近代海军巩固海防的提议不置可否。
当时京内外大员关于停止西征、建设海军的观点形成两种对立的看法，即近代史上的“海防”和塞防之争。前者如李鸿章，主张停止西征，巩固海防；后者则主张应以塞防为主。双方争执不下。奕訢和他的智囊人员向来是重视海防的，但对这种各执一端的争论，奕訢认为，这不是爱国与卖国之争，而是将有限的财力先用于何处的争议。如果能够开源和节流并举，是可以做到海防和塞防兼顾的。奕訢的观点遂成为大家一致赞同的观点。
军事上的近代化，离不开信息手段的近代化。同治十三年（1874年）台事钦差大臣沈葆桢在处理日本侵台事件时奏称：“台洋之险，甲诸海疆，欲消息常通，断不可无电线。”奕訢是早就想采用电报这项快捷方便的信息传播技术了。他详细向两宫太后讲解电报的功能，并说明信息手段近代化的重要性。两宫太后接受了奕訢和沈葆桢的意见，谕令沈葆桢等迅速办理闽台电报。英、美、德、法知道中国要铺设电报的消息后，抢先一步，诱使福州通商局草签了合同并开始施工，想借此攫取电报线铺设权。奕訢认为中国的电报一定要中国自办。他反复强调，并指示沈葆桢会同闽浙总督李鹤年“不在价值多寡”，宜及早买回、妥筹办理。但这时又出现了传统观念的阻碍。福建守旧士绅进言：“电线之设，深入地底，横冲直贯，四通八达，地脉既绝，风侵水灌”，求忠臣必出于孝子之门，架设铜线，如此不顾祖宗之丘墓之举，又怎能希望他们尊崇君亲上呢？面对以忠孝为护符的迷信论调，奕訢也无办法，闽浙设电报事因此久拖不办。与此同时，发生了另一件更令奕訢棘手的事情。
英国早就觊觎中国西南，并着手组织探险队先行探测西南的地理资源。同治十三年（1874年），当英国第二次组织探险队进入云南边境时，与边民发生冲突。英国翻译马嘉里和随行5名中国人被杀，这就是“马嘉里事件”。事件发生之后，英国公使立即向总理衙门递送了一份备忘录，提出交涉条件。奕訢与来京祭奠同治帝的李鸿章会商，认为需要通过处理马嘉里案调整中外关系和中央地方关系的策略。他认为处理中外关系，已经不能再按传统的观念行事，西方的国际关系准则不是不可接受的。在中央和地方关系方面，他认为当时只有总理衙门比较熟悉国际形势，奉行和平外交政策，其他各部衙门及地方则与总理衙门严重脱节，地方官吏大多厌恶与外国人打交道，甚至无视中央外交政策，抵制既成条约，给外国侵略制造了口实。局部冲突足以影响大局。奕訢于是作出努力，并在赫德的斡旋下，光绪二年七月二十四日（1876年9月11日），李鸿章赴烟台与英人谈判，签署《烟台条约》，满足了英人的一些要求，但坚决拒绝了英方关于惩办云南官吏的要求。至此，马嘉里案才告一段落。
《烟台条约》签订不久，左宗棠呈上的关于西征军攻克新疆乌鲁木齐的奏报让奕訢兴奋了好些天。在报捷折中，左宗棠还特别提及军机处和户部筹措军饷是胜利的主要原因，特别向奕訢表示了真诚的感激之情。西征军的节节胜利，使盘踞新疆南八城和吐鲁番的阿古柏政权惶恐不安，英国方面想以代阿古柏政权乞降为名，阻止中国收复新疆，从而以新疆阿古柏政权为屏障，防止印度落入俄人之手。左宗棠的复函中透彻地分析了英人意图的本质，并充满必胜信心地称：“无须英人代为过虑也”。奕訢见到前敌将帅有如此的见识和信心，就放手让左宗棠全力收复新疆。光绪三年十一月十四日（1877年12月18日），沦陷12年之久的喀什噶尔重回祖国怀抱，之后，南疆诸城全部收复。
在维护国家主权的同时，奕訢还积极扩展机器大生产的领域，发展本国工业。就在改革事业初见成效之时，光绪二年，南方五省发生大水灾并相伴随着社会风气的恶化，反对变革的清议派借此机会，以“灾异说”攻击朝政，称当时朝政为以恭亲王为首的枢臣所把持，腐朽拖沓至极，无法对当前灾害采取有效措施；进而又以“华夏优越论”反对中国的近代化，以“道德”和“清议”压制改革。改革再次遇到了重大的阻力。奕訢明哲保身，极力保持超然事外的态度。改革派人数虽多，呼声却很小。清议派因有慈禧做后盾，声势浩大，压过了改革派。改革派人士很是失望。
光绪五年三月（1879年3月），日本悍然吞并琉球，并立为冲绳县。光绪六年，中俄战争乌云密布。之后筹建海军，建设铁路，越南、朝鲜问题等，都需要奕訢和总理衙门去交涉，一项项地去处理。
正当奕訢忙得不可开交的时候，光绪七年三月初十日（1881年4月8日）戌时（晚7时至9时），慈安太后钮祜禄氏突然死去。对慈安太后究竟是怎么死的，大家有种种的疑问，一时间传说纷纭。
慈安在咸丰二年立为皇后，慈禧当时不过为贵妃，位在慈安之下。咸丰帝死后，慈禧的儿子载淳继承皇位，母以子贵，慈禧也被封为皇太后。在等级森严的封建社会中，慈安的正宫皇后身份，与慈禧在名分上的差别，对慈禧的掌权形成一种威胁，使慈禧永远不可能凌驾于慈安之上。慈禧与慈安之间的矛盾，就由此而产生了。
在咸丰灵前的“礼节细故”之争，两宫太后都落得不高兴；此后，这种争端频频发生。光绪六年在致祭东陵的时候，又在礼仪上发生了激烈的争执。这种争执实际为地位之争和权力之争。多年来，两人之间的矛盾一直或明或暗地存在着。
咸丰帝死后，肃顺等八大臣辅政，不太把两位太后放在眼里。这时的两宫太后为了能除掉这个共同政敌，过从甚密，虽说或多或少都存在一定的矛盾，但在当时的情况下，比较容易化解。政变成功后，慈禧因惧怕祖制的嫡庶之分，小心谨慎不敢失礼，遇事均与慈安太后商量，以示对东宫的尊重。加之恭亲王奕訢在中间调和，有话就直说，两宫太后之间看上去是一团和气。然而此后发生的一系列事情加深了两者的矛盾，增加了慈禧对慈安的仇恨。