腾讯研究院建立以后，公司首席技术官的熊明华说：“目前，中国互联网的研究主要集中在应用领域，它导致的直接后果是我们互联网对于基础和计算技术的掌控不足。从全球范围来看，这样的短板，将使中国互联网处于被动的跟随者之列，因此腾讯研究院将研发重点放在互联网基础技术上，通过自主创新的模式提高中国互联网的基础技术。此外，研究院的成立也将从机制上缩短技术普及用户的时间，使客户享受到技术创新带来的更优质的服务。”
腾讯研究院成立以后，为了研究院能快速、长期发展，马化腾制定了研究院的文化。研究院的文化主要有四个方面：第一，合作，研究院文化强调研究院团队合作和研究院与高校之间的合作；第二，创新，强调技术和产品应用的创新；第三，实用，强调研究实用的基础技术；第四，研究，强调学习、探索的科研精神。
2008年，四川汶川发生大地震，造成了毁灭性损害。地震过后，举国同心，为汶川捐款捐物。腾讯经过内部讨论，决定在成都市高新区投资5．5亿元，建立腾讯成都研发中心、信息中心和客服中心。2009年4月，研发中心第一期工程已经建成投入使用。
当媒体问马化腾为什么将新的研究中心建立在成都时，马化腾表示：腾讯对四川的信心持续不变，成都未来将成为腾讯在西南地区发展的枢纽城市。
马化腾将腾讯研究所的创新之路分成三个阶段，从建立到2004年是学习型创新阶段；2004～2006年是整合型创新阶段；2006年以后，经过上述两个阶段的创新，腾讯将进入战略性创新阶段。腾讯研究院的完整体系正在马化腾的领导下建立起来，相信不久的将来，腾讯会彻底摘掉“抄袭大王”的帽子。
腾讯的创新实例
中国经济学家熊彼得曾经给创新下了一条定义：所谓创新就是创造性的破坏。简单点说，就是破坏一个旧世界，建设一个新世界。
创新是破坏和建设同时进行的过程，所以创新者往往要承受巨大的压力。当年，斯蒂芬森发明火车的时候，很多人嘲笑他的庞然大物居然跑不过马车。可以想象心高气傲的史蒂文森所处的窘境，而这几乎是所有创新者必然面对的情况。可以说，创新之难，难于上青天。
网络经济和创新关系极为紧密，网络经济本身就是创新经济。从计算机的发明到计算机的普及，再到互联网的广泛应用，网络经济的发展伴随着人类智力的巨大创新。比尔·盖茨甚至认为，资本主义要靠创新来提高生产力，缓和社会矛盾。
中国互联网行业发展到现在，已经过去了二三十年，在此期间，先行者们对创新有着深刻的体验。网易创始人丁磊是典型的互联网创新者，他说：“我觉得创新是非常危险的事情，网易发展到今天，我很害怕创新。我觉得创新的风险非常大，尤其对于新公司而言，一不小心创新就把一家公司搞死了。”
创新的风险真的如此之大？丁磊说：“首先，创新需要很多钱。其次，创新的东西需要客户有一个逐步认识的过程。再次，如果客户不接受创新的产品，就要重新调整，克服很多技术难题。无论从哪方面讲，创新都是对一个公司的财务状况的一次挑战，所以说创新非常难。”
企业创新之所以难，最重要的原因是企业面临着生存的压力。一个创新项目不成功，企业就可能走向衰落。日本著名企业索尼公司，最初靠着随身听和电视机这两项创新走上了一条快速发展的道路。到了20世纪80年代，索尼对液晶平板电视等新技术估计不足，研制出一批没有市场推广价值的产品，最终导致公司巨额亏损。
丁磊在创业过程中，也曾经面临过创新产品市场反应平淡的情况，所以他说：“如果你想创新的话，首先要把别人的东西研究透了，你才能去创新。我们现在制定营销战略的时候，都是首先看我们的竞争对手在做什么，他们做完了，我们把他们的问题找出来，这样我们就可以少犯错误。”
在中国的企业家中，和丁磊持有同样看法的人很多，华为总裁任正非就是其中一个。在华为的发展过程中，有很多例子表明随意的创新非常危险。例如，华为曾经生产过一批准备销往欧洲的电信设备，公司某个工程师对设备进行了创新微调，却不料导致这批设备进入欧洲市场血本无归。吃到创新苦头的华为，此后设置了硬性规定：创新项目必须使用80%以上的既有专利，创新必须吃透前人的思想。
对于创新的理解，马化腾显然走到了时代的前头。相比中国互联网公司腾讯的创新有两个特点：第一，马化腾很重视创新，成立腾讯创新中心和腾讯研究院就是这一思想的体现。第二，腾讯的创新非常稳健，绝不冒进。它习惯从模仿开始，逐步掌握精髓，再进一步创新。
2008年5月，在上海召开的CBC宽带产业论坛上，马化腾发表了《我们与中国互联网一起成长》的演讲，阐述了腾讯的创新三部曲理论体系。
马化腾说；“从现在的发展趋势来看，中国互联网即将迎来四个发展趋势。第一是行业趋势，会有越来越多的中国互联网公司实践围绕核心用户群体的多元化战略，开展全业务布局。第二是商业趋势，在未来的十年时间内，中国互联网最具发展潜力的商业模式是网络广告和电子商务。第三是应用趋势，无线互联网将渐渐取代现有模式，成为一种新风尚。第四是技术趋势，网络安全、存储、视频多媒体、数据挖掘、中文处理、分布式网络将成为切入未来互联网核心领域的六大基础技术。在上述四个趋势的带动下，互联网社区将突破时空的局限性，实现人与人之间的信息共享，用户将可能在任何时间、任何地点，以任何终端、介入方式满足用户的信息获取、信息沟通、休闲娱乐等需求。”
马化腾认为，中国互联网企业能够迅速崛起的原因是本土企业具有创新精神。他表示，中国互联网想要进一步发展，应该从建构创新文化着手，加强人才和技术的积累，深入研究客户需求，整合技术创新和应用型创新。这样，中国互联网企业将开创新的互联网模式，实现领跑世界互联网的梦想。
最后，马化腾总结腾讯的经验，提出了“学习型创新、应用型创新、模式型创新”的三部曲。
马化腾说：“创新是从学习和模仿开始的。”
腾讯的OICQ就是模仿ICQ。但是模仿不是简单地抄袭，马化腾在模仿ICQ开发OICQ的过程中，做了很多改善。例如，ICQ的全部信息储存于用户端，一旦用户换一台电脑上网，以往添加的好友就会丢失；此外，ICQ只能和在线好友聊天。对于以上两点，OICQ都进行了改进。OICQ的好友信息都储存在固定的服务器内，这样就避免了好友丢失的现象。OICQ还实现了离线消息功能，它甚至还为网友提供了个性化头像服务。这些改进虽然都是细枝末节，却给用户带来了方便，很好地满足了用户的需求，所以OICQ广受好评。
创新需要的元素都有哪些？最重要的莫过于创新型人才。在学习型创新阶段，腾讯曾爆出35万元年薪招聘人才的新闻，马化腾对此解释说：“对于腾讯来说，业务员和资金都不是最重要的，最重要的是人才。业务可以拓展，资金可以吸收，而人才是唯一不可替代的，是我们最宝贵的财富。”
马化腾为腾讯制定的规章制度中，最重要的就是利用激励机制留住人才，发挥人才潜能，这个机制的实施不仅直接决定了腾讯的创新效率，还创造了创新的企业文化氛围。腾讯相关负责人说：“有两类人将是腾讯研究院重点关注的，一类是高端人才，尤其是在业内有影响力的人才，另一类是重点院校的高材生。对于这些优秀的人才，我们将提供自由、宽松的工作环境，良好的发展空间，以及可以媲美任何一家互联网公司的薪酬，对此我们有充足的信心。”
马化腾提出的第二部创新是深入研究客户需求，整合技术和应用的应用型创新。
在腾讯发展的过程中，马化腾始终坚信一点：要把客户需求当成企业发展的动力。腾讯首席技术官熊明华说：“腾讯认为，创新的出发点就是正确理解用户的需求。这种需求不仅仅是不同用户年龄的需求，还包括不同应用场景的需求。”
在对用户进行细分的时候，腾讯不仅考虑到用户从小学到中学、再到大学，不同年龄段对沟通、娱乐等的需求，同时还考虑到用户在家庭、学校、单位等环境下的不同使用需求。为了更好地感受用户需求，腾讯在深圳和广州都建立了用户研究和体验中心，应用国际上流行的研究方法进行研究。
正是通过以上各种方式，腾讯搜集、整理了一大批用户体验资料。在此基础上，腾讯将用户研究转化为创新应用，熊明华对此表示说：“我们对客户的关注不只停留在我们的想象中，除了我们的产品名字，其余的一切都要依客户需求进行改进。”
腾讯以客户需求为中心的例子很多，“QQ”直播是典型的一例。这个看似简单的产品在研发的过程中，包涵了腾讯对用户使用习惯、技术趋势等很多方面的研究成果，并在创新中心内部平台上进行了反复测试，因而一进入市场便受到广大用户的欢迎。
在商业理念上，马化腾非常赞同陈天桥所说的：“整合也是一种创新。”所以，腾讯也一直致力于整合各种技术和运用，同时建立自己的创新体系。
腾讯始终致力于建设完善的创新体系，熊明华说：“创新的体系是腾讯发展的重要原因，正是基于用户研究中心、创新中心和研发中心的紧密合作，才使得各种创意能快速收集并顺利转化为产品。”
马化腾提出的创新三部曲的第三部是模式型创新。互联网市场竞争激烈，一般的技术创新很容易被其他公司模仿，甚至在此基础上造出更好的产品。为了使腾讯能快速、稳健地发展，马化腾提出了模式型创新的概念。在互联网领域，只有那些掀起改革浪潮的公司才能脱颖而出。例如美国著名互联网公司谷歌，它正是通过一场搜索引擎的创新改革才走向辉煌。
腾讯的发展，何尝不是一场改革型创新呢？腾讯的即时通讯软件QQ虽然最初不过是OICQ的翻版，但是在经过一系列的改进之后，已经成为人们的一种新的生活方式，深刻地改变了人们的生活。除此之外，腾讯在即时聊天工具基础上发展起来的门户网站、电子商务、网络游戏等等，开始了盈利模式的创新，通过移动以及电信增值服务、互联网增值服务和网络广告三种方式，腾讯迅速成为中国最大的互联网公司。
腾讯在具备了创新意识的同时，还学会了拿起法律武器维护自身的创新利益。
2003年初，马化腾决定将腾讯的法务部作为一个部门独立出来，并打出招聘广告：腾讯现招聘知识产权研究员2名、法务高级专员1名、专业律师1名，应聘者要求具备以下资格……
法务部的建设完成后，第一个任务是为新产品建立一整套涵盖域名、商标、专利、商业秘密等的全方位保护体系，有针对性地制定相应的知识产权保护策略。
腾讯的法务部正在实施知识产权复合保护战略，其具体做法有以下三种：
第一，版权+商标权。2000年，腾讯开始用企鹅卡通形象来代言公司的产品，也正是在这时，企鹅不仅被腾讯进行了版权登记，同时还进行了商标注册保护。在商标保护方面，腾讯的策略是对核心商标进行全类注册保护。随着腾讯的发展，QQ和企鹅已经成为中国著名的品牌标识。法务部独立以后，腾讯不但对企业名称、域名和软件产品名称进行了商标注册，更是将腾讯的经典广告用语“Q人类、Q生活”进行了商标注册。
第二，版权+商业秘密保护。腾讯对一些已经创作完成的作品，如设计图纸、软件代码等，以周密的商业秘密保护措施加以保护。
第三，版权+专利保护。在专利保护方面，腾讯将专利管理数据库系统与专利申请项目跟踪系统连接在一起，实现专利申请的整套电子化流程和管理。
经过法务部几年的工作，腾讯的创新利益得到了最大化的保护。2008年8月，腾讯在一次发布会上，正式宣布已经获得了102项专利版权。而此前，2008年6月发布的《腾讯专利统计季报》上显示，截至2008年第二季度，腾讯共申请专利1787项，获得授权项目86项。短短月余时间，腾讯获得专利的总量便超过了100项，这是对腾讯专注于创新最好的认可。
在腾讯法务部的建议下，腾讯除了进行防御性国内专利申请外，还将眼光投向海外，在美国、韩国和欧洲等互联网发达的国家和地区提出专利申请。2008年7月，从韩国传来好消息，腾讯以“一种实现即时通讯中铃音服务的方法及系统”在韩国获得了首个国外专利授权。
到目前为止，腾讯申请的专利主要是商业模式上的专利。例如成功开发了中国移动增值业务员商业模式的移动QQ，这在2008年广东省知识产权局会议上，被授予中国专利优秀奖。除此之外，腾讯在技术上也有可称道的专利注册。例如深受用户称许的QQ快速传文件功能，就有超过20项的发明专利。
从腾讯的创新之路能够看到，腾讯不仅在产品、盈利模式上实现了创新，对创新的保护意识更是有所提高。在马化腾的带领下，腾讯将继续走在创新的路上。