随着农地流转市场化进程的深入，农户兼业对农地流转的弊端逐渐显现出来，农户兼业经营现在已成为进一步推动农地流转的一块绊脚石，使土地规模经营难以实行，阻碍了农业现代化的进程。我国农村土地制度把农民的身份权和土地权利捆绑在一起。2003年颁布的《土地承包法》规定，农民进入小城镇务工或定居，仍保留原土地的承包权，而进入大中城市务工定居，则要放弃原土地的承包权而得不到任何补偿。因此，对于进入大中城市务工定居的新生代农民工来说，市民化就意味着要失去土地权利，却又得不到相应补偿，这在一定程度上增加了市民化的机会成本，从而降低了新生代农民工市民化的意愿；对于进入小城镇务工定居的新生代农民工来说，市民化虽然不会失去土地权利，但是，在中国现行土地产权制度安排下，农地流转的内生机制还不健全、外部的市场环境也不成熟，农地流转相当困难，大部分新生代农民工只有将承包地交由家人耕种或抛荒。上述几种结果要么提高了市民化的成本（包括机会成本），降低了市民化意愿，要么降低了市民化的能力，从而阻碍了市民化进程。
（五）宅基地流转受限，农民进城后在农村住宅和宅基地大量闲置浪费
宅基地是农村建设用地的重要组成部分。农村建设用地是指农村用于建设用途的非农业用地，主要包括乡镇企业用地、宅基地、乡镇公益事业和公共事业用地，宅基地占其总量的70%。由于人口和土地要素流动的严格限制，宅基地长期担负着农村居民基本的生活保障功能。作为农村建设用地主体部分的农村宅基地的闲置，引发了两个严重的宏观经济问题。一是土地配置失衡。当前城市化进程中的土地紧缺和农村宅基地闲置并存，土地资源在我国推进工业化和加速城市化的进程中并没有从统筹城乡的整体战略上得到合理的配置。二是资产收益失衡。农村宅基地的闲置导致农民在参与城市化进程中收入结构中财产性收入的匮乏。当前城乡居民收入差距日益拉大的一个重要根源是城市居民拥有各种财产性收入，而流入城市的农民则缺乏必要的财产性收益。农村宅基地及房产是农村居民最为重要的一项资产。在当前大力推进城市化和农民市民化的过程中，农村宅基地闲置问题如果被忽略，不仅会影响土地资产流动性和配置效率，而且影响宅基地使用者能否获得合理的财产性收入。由此，我们可以得到如下结论：宅基地的保障功能已经弱化，资产功能正在增强。农民在城市化的推动下，已经逐渐成为城市居民，由职业和身份改变所引发的居住场所也已经发生变化。长期以来农村宅基地作为固定居所的保障功能弱化，其已经不能适应市场经济条件下职业和身份变更的需要。而进入城市的农民在宅基地保障功能弱化的同时，对宅基地使用权流动性等相应的资产性功能的需求增加了。市场经济背景下，农民在城市化后，目前所有解决的关键问题是宅基地资产形态的货币化问题。而长期计划经济时期形成的宅基地使用权的凝固化，如同股票等证券资产的非流通性一样，土地财产权利的凝固化导致城市地价房价攀升的同时，数额巨大的农村宅基地资源不能得到资产变现，农民宅基地的持有成本即机会成本不断增加，土地使用权人的资产性收益不能得到实现。
（六）土地补偿标准过低，农民缺少利益表达权
随着城镇化、工业化进程的加速，大量农村集体所有的土地通过土地征用转变为城市国有土地，从农业部门转移到非农业部门。农村土地征用范围和数量不断扩大，征地制度也在不断完善。但农民在征地过程中的弱势地位没有得到根本改变。从理论上讲，征地过程实际上是政府购买农村集体土地所有权的过程，它是一种交易行为，只有在双方自愿的基础上形成的交易价格才是合理的，才能实现供求双方的交易剩余最大化。由于农民土地产权的不完整，实际上形成一种政府垄断土地市场的交易价格。农民在土地价格形成中并没有太多的发言权，只是垄断价格的被动接受者。制度缺陷客观上造成了农民土地财产并没有得到有效保护，也没有获得应当享有的土地增值收益。从实际操作来看，现行的征地制度缺陷主要表现在两个方面：（1）公共利益界定的模糊性。由于现行征地范围既没有明确的、罗列式的具体规定，也没有法律明确的机关界定公共利益，所以存在“公共利益”征地被扩大和滥用的现象。在现实的理解和使用中，公共利益成为了一个可以容纳任何虚假和贪婪的“筐”：只要冠之以公共利益之名就可以蛮横地征地，刻薄地补偿。农民在各种“公共利益”面前，往往缺少话语权。（2）土地征用补偿标准不合理。现行的产值倍数法以及正在推广的征地区片综合地价法都是政府主导确定补偿的具体标准，这些补偿标准往往是不合理的。
价值和补偿低估通过两种方式对农民工市民化产生影响。一是农地价值低估会降低农民工承包地流转的愿望和收益，从而降低农民工市民化的意愿和能力；二是征地补偿低降低了农民工从土地征用中获取的收益，进而降低了农民工市民化的能力。
从第一种方式看，由于多年来，农产品价格偏低、农业生产成本偏高，而且农业税负过重，各种提留繁多，农地净收益很低，甚至为负值，再加上农地流转受到很大限制，所以农地的流转价格十分低廉，很多农民工选择无偿转包甚至抛荒的方式，只有极少数的农民工以很低的价格将农地转包或租赁给他人。因此，由于农地价值低廉，农民工从农地流转中获取的收益相当有限，一方面降低农民工对承包地流转的愿望，使农民工无法彻底割断与承包地的联系，降低农民工市民化的意愿；另一方面降低了农民工从农地流转中获取的收益，不利于农民工市民化能力的提高。
从第二种方式看，征地补偿低降低了农民工从土地征用中获取的收益，极大的降低了农民工市民化的能力。征地补偿低，主要缘于两方面的原因：一是征地补偿标准低。被征用土地的补偿费根本不能反映土地作为稀缺资源的价值，补偿标准的计算是基于农业用途的土地收益，完全没有考虑土地增值收益权与失地农民和农民工市民化的问题。二是征地补偿分配不合理。据调查，在征地补偿分配格局中，农民仅得到青苗补偿费、劳动安置费等，占整个补偿费的5%，集体组织与政府部门分别得到25%和70%。
三、农村土地产权制度改革
农民工与土地的矛盾关系表明：一方面，农民工正与乡村社会渐行渐远，另一方面，他们又总是徘徊在城市化的大门之外。这无疑形成了城市化的一种悖论：需要农民工进城参与城市建设，但又不能满足其进城需要；需要提高城市化率，但又无力承载农民工大量进入城市的负担。归根结底，就是农民工缺乏在城市立足的经济基础。从城市人口增加的角度来看，城市化水平的提高应体现为农业人口进城导致的城市绝对人口的增长。但城市化还有一个内涵提高的问题，即随着城市化水平的提高，城市人口的生活质量随之提升。而农民工身在城市却不能享受城市文明，正是城市化外延和内涵两种扩张步调不一的真实反映。可见，只有对当前的农民工与土地之间的矛盾关系进行改革，才能破解中国城市化的困局。其中具有代表性模式有以下几种：
（一）枣庄模式
2008年9月14日，山东枣庄成立了中国第一家农村土地使用产权交易所，首批为徐庄土地合作社的280户农民颁发了土地使用产权证。
枣庄市农村土地制度改革由三个部分组成：发放土地使用产权证、建立农村土地使用产权交易市场、发展农村土地合作社。首先，发放土地使用产权证。持证人在产权期限内，可依法使用、经营、流转、转让土地，也可作价、折股作为资本从事股份经营、合作经营或抵押担保。其次，建立市、区、乡镇三级有形的农村土地使用产权交易市场。市建“三农”服务中心，区和乡镇分别建立农村土地使用产权交易服务中心和交易服务所，解决市场缺位问题。再次，发展农村土地合作社。在土地确权和建立产权交易市场的基础上，政府引导农民走合作化经营的道路，农民把土地流转给土地合作社，形成以土地为纽带的紧密经济联合体。枣庄在改革过程中，为规避农民失地的风险，采取如下措施：一是规定合作社基本成员中农民不低于80%，出资获得的附加表决权总票数不超过本社成员基本表决权总票数的20%，保障了农民对土地的长期控制权。二是在土地合作社中引入了农业保险机制，政府给予保费补贴，大大降低了合作社土地使用权的抵押风险。三是规定土地合作社只有最多不超过1/3部分可抵押贷款，土地使用权抵押年限不能超过3年，保证农民不会长期全部失地。
（二）成都模式
成都作为城乡统筹综合配套改革试验区，于2008年率先在全国启动以“确权颁证”、“还权赋能”为核心的农村产权制度改革。一是“确权颁证”。成都市以实现农村资产资本化和建立健全归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅的农村产权制度为目标，在全市范围内开展农民承包地和宅基地确权颁证工作，进一步明晰了农民承包地、宅基地以及集体建设用地的权属，从法律上确认和保障了农村集体与农民之间以及村民之间的利益关系，保障了农民权益，为市场配置资源基础性作用在农村的有效发挥、促进城乡生产要素自由流动奠定了基础。二是“还权赋能”。“还权赋能”是成都市农村土地产权制度改革的核心，其中包含着两个方面的含义：还权，即不但要把农村集体土地的农户使用权、经营权还给农民，而且要把由此派生出来的转让权也还给农民；赋能，即赋予农民产权以更为全面和多样的权能。三是“交易平台建设”。市场是实现产权交易优化资源配置和确保权能得以实现的有效手段和必经之路。成都市在基本完成“确权颁证”工作后，搭建了农村产权交易平台，以促进生产要素在城乡之间的自由流动和优化配置，带动土地资产的流动、集聚、资本升值，激活沉睡的农村资源，将农地潜在的土地权益变成现实的资本，变成农民的收入流。
（三）嘉兴模式
嘉兴模式的“两分两换”，就是按照“土地节约集约有增量，农民安居乐业有保障”的要求，以“农业生产经营集约、农村人口要素集聚，提高农民生活水平和生活质量”为目的，将宅基地与承包地分开，搬迁与土地流转分开；以承包地换股、换租、换保障，推进集约经营，转换生产方式。以宅基地换钱、换房、换地方，推进集中居住，转换生活方式。嘉兴通过“两分两换”把农民分散、凝固的生产和生活资料通过流动市场的力量实现了价值增值，增加了农民财产性收入，解决了农民的社会保障问题，赋予了农民进城的资本，实现农民生产和生活方式的转换，从而使城市化和工业化同步；通过城市化和社会转型来进一步推进经济的转型和发展，从而实现经济社会的统筹发展和城乡统筹发展。不过，嘉兴“两分两换”土地改革政策并不具备普适性，其之所以能够成功开展，是由当地独特的经济环境决定的-经济发展水平较高，能支撑起较高的社会保障体系，且农民的非农业就业率高。
虽然“两分两换”土地改革政策在嘉兴取得了成功，但是其“土地换社保”的政策却得到了一定程度的质疑：一是“土地换社保”政策所换来的大多是单一的养老保险，保障水平低且层次浅；二是“土地换社保”政策仅仅解决了农民生存问题，而很难解决农民未来的发展问题；三是社会保障是政府应赋予每个公民的权利和义务，不能让处于弱势群体的农民来有偿“购买”；四是政府将本该由被征地农民直接以货币形式获得的征地补偿费、安置补助费强制性地作为社会保障费用予以缴纳，剥夺了被征地农民自由安排自己财产的权利。
（四）重庆模式
所谓“地票”，就是将闲置的农民宅基地及其附属设施用地、乡镇企业用地、农村公益公共设施用地等农村建设用地复垦为耕地而产生的建设用地指标。按照“占补平衡”原则，通过“地票”交易，转让给有建设用地需求的对象。其基本做法是依据土地利用总体规划，将若干拟复垦为耕地的农村建设用地地块和拟用于城镇建设的地块共同组成建新拆旧项目区，通过建新拆旧和土地复垦，最终实现项目区内建设用地总量不增加、耕地面积不减少、质量不降低、用地布局更合理的土地整理工作。
地票制度最大的特点是通过市场交易实现城乡建设用地空间上转移、价值上放大，克服了农村建设用地地宗交易存在剪刀差的缺陷，地票价格的高低直接与拍卖价格挂钩，与级差地租无关，无论是靠近城市的郊区土地，还是偏僻的远郊区县的土地，都有可能获得大体相当的土地价格。在这样的制度条件下，地票制度为增加农民的财产性收入创造了条件，坚定了在城镇务工多年的农民工转户进城的决心和信心。转户农民工在地票交易中变现农村土地财产，实现带着财富与尊严进城，提高进入城镇后的生活保障水平和未来发展能力。
从本质上讲，地票制度只是国土资源部实施的城乡建设用地“增减挂钩”试点政策的一个升级版本，尚处于试点阶段，同样存在一定的争议和分歧。但是，地票制度作为中国农村土地制度改革的一项重大创新，为我国农村土地的市场化改革提供了一个示范，实现了农村建设用地远距离、大范围置换，一方面农村闲置土地有序退出，解决农村建设用地浪费问题，激活农村要素市场，使固化的土地资源转化为可以流动的资本；另一方面，城市建设用地有计划增加，解决城市建设用地紧张的矛盾，有效调剂了中心地区与偏远地区、发达地区与落后地区的建设用地空间分布，促进土地集约利用和优化配置。
（五）扬州苏州模式