赤眉将帅虽奉刘盆子为主，但不过貌似傀儡，无一禀命。建武元年（公元25年）腊月，赤眉将帅在长安宫殿中设宴，置酒商会。刘盆子出坐正殿，有中黄门等持兵后列。酒尚未行大众就离坐喧呼，互相争论，不成体系，这时有司农扬音眼见目睹急得要命，便起身拔出剑来，面向大家高声地说：“你们这些人都是已上了年纪并经过战争的锻炼过来可以说是已经成熟了的人了。今天是什么场合，今天是行君礼的场合，倒还没有一点纪律，反在这里扰乱秩序，像是做儿戏一般似的，难道这是宫廷所容许的么？若再不听话立即停止下来言归正传，就莫怪我无情无义了，定要格杀毋论！”大众听了不仅没有停止下来，反而不服气，霎时间更加闹做一团，口舌纷争，拳械并起。只见那刘盆子吓得发抖，幸亏中黄门这些卫士挟他下坐躲到后廷去了。扬音见阻止不住，秩序越来越乱，不可挡了，只好也走，这时好在有卫尉诸葛稚勒兵入卫格死乱党百余人，方得少定，扬音也亦得驰归。刘盆子遭此一吓，不敢出头，只是与黄门同卧同起苟延生命。
建武二年（公元26年）元旦，赤眉军又复大会聚到殿庭，式侯也就是刘盆子的哥哥刘恭，料知赤眉无成，已在前夜了，与弟商量，密教盆子嘱使让位，是日樊崇以下，俱请盆子登殿受朝，盆子尚有惧意，勉强跟着刘恭慢步走出来。首先由刘恭出面向大家说：“感谢诸君立我弟为帝，但立帝一年来，扰乱连连，这样下去恐怕将来大家都没有好处。何况我弟的下场更悲，因此我弟情愿退让宁为庶人，希望选择有贤才的人去为圣，请诸君考虑。”樊崇回答说：“现在大众目无组织纪律，秩序凌乱的现象的确存在，但这责任是在我等身上。这与刘盆子无关！”刘恭听说后，还是坚持要弟让位。这时又突然有一个人跳起来对准刘恭厉声说：“这里的事情难道就是你刘恭说了算么？你刘恭可不能再说话，否则我对你不容气！”刘恭被他一驳，也就有点害怕，赶紧找个空隙向外溜了。但盆子却记着他哥哥的话，急忙解下玺绶向众下拜并说：“今天我承蒙各位将帅推立为天子，但是宫廷里面一直无纪律，结党营私，我不能历行我的职责，人民仍然每天怨恨泄愤不止。我刘盆子自己知道我无能为力，所以请求大家干脆杀了我，以谢臣民！我刘盆子也无处逃避，若诸君不想杀我，怜我不死我感恩无穷。”说完泣泪如雨。樊崇等见他情词柔善不禁生怜，于是很快离开了坐位争得顿足，责备众人道：“臣等不像个做人的样子辜负陛下，从今以后，再不敢这样了。请陛下不必担扰！”说完纵皆起坐，由樊崇抱持盆子仍将玺绶佩上，盆子号呼多时，最终还是由樊崇等竭力劝解护送入内去了。
稍微平息了几天，不意赤眉等贼心未改，待人民城中秩序好转，悄悄返回，又口吐唾延，复去打劫，索性大掠一番，无论财货粮一股脑儿夺取过来。也正在这时大家正有味，大司徒邓禹领兵西来，大众无不惊惶失措，无心对敌，赶快收拾珍宝到处纵火把整个宫廷付诸一炬，才将刘盆子载出，拔队西行号称百万兵马，自南出去转掠城邑，驰入安定北地，沿途所过鸡犬皆空。
邓禹带兵征途上的一段经历
大司徒邓禹接光武帝令迅速入关扫平赤眉，但他尚逗留构邑。不敢急着前进。一是想多征得一些兵士粮草，二是想做好工作留住冯愔、吴歆二将监守构邑，谁知二将权位相等彼此闹成意见，互相攻杀，歆被愔击死。此愔非但不肯服罪反还想领兵抗禹，累得禹无法行权，不得已奏报洛阳，光武帝得知后派人了解了一下冯愔在部队里最亲的人是谁。当得知他的亲近人为护军黄防时，便胸有成竹地对来使说：“你回去与邓禹讲，此事不必担忧，抓住冯愔有黄防就行。”待来使自去以后，光武帝又遣尚书宗广持节去见邓禹并嘱他暗示黄防。果然不到月余，防已将冯愔抓住，交与宗广宋府送都门。也正在这个时候，又有原来刘玄手下大将即原来绿林新市兵将领王匡、成丹等因赤眉肆虐凌辱降将。于不为所容，又来投靠宗广。想通过宗广带他们投靠光武帝，可是走到安邑时，他们又生心怕去洛阳。光武帝不受纳，便想逃亡，为宗广所觉察，将他们一一诛死了。但冯愔还是押送至朝廷，膝行谢罪叩首无数，光武帝欲行宽大赦罪勿诛。
邓禹自从冯愔抗命军威有损。一时又不敢南行，只好徘徊在河北一带，于是又有梁王刘永自称为帝。他招致西防贼帅佼强，联络东海贼董宪，琅琊贼帅张步据有东方。此外还有安定人卢芳，诈称武帝曾孙刘文伯煽惑愚民且与匈奴结和亲约，匈奴迎芳出塞立为汉帝，然后再派胡骑送他回安定，气焰也是嚣张。
就是傀嚣在长安造反，自刘玄围住突出后奔还天水，又仍然在招兵买马，蟠踞故土，自称为西州上将军。邓禹闻他名震西州，乃遣使去奉诏，命为西州大将军并还要他专制凉州事宜，好在嚣参书有礼愿与禹联和，禹才放心下来，往击赤眉。至赤眉将帅在长安蠢欢作乱，闻禹兵将到惧窜惶出。禹探得长安空虚，才信道进军，飞速赶到长安屯兵昆明池，号召从将领到士卒一律斋戒三日，严明军纪安抚百姓。朝廷得知这些情况后下诏嘉奖，并加封邓禹为梁侯，并赏了各功臣。
郭夫人母舅造反
真定王刘扬与绵蔓县贼勾通私下谋反！光武帝得知消息后，乃令将军耿纯持节前往，借着行赦为名探验虚实。扬为光武帝妻郭夫人母舅。从前光武帝曾投依到真定得纳郭氏结为姻亲，至光武即位，刘扬忽然生了异志。不愿称臣。他与光武帝的世系相均，为高祖九世孙。当时刘扬正好颈上长出了个肉瘿，他便有意借着这颈患瘿造出一条奇闻说什么：“将来一定是他得天。”这种自编的预言意欲借此欺人传闻远近。
耿纯既然到了真定，他探得这些讹言后便确定刘扬谋反属实，乃遣扬相见。刘扬又因耿纯亦为真定刘氏，颇也有舅表亲谊关系。故预料耿纯来见不会为难他什么。并且还有胞弟刘让及从兄刘绀两个人的属部万人作后盾，还怕什么一个轻吏呢？于是刘扬便带了部分将士及弟兄二人昂然出城，亲至驿舍中拜会。耿纯从容出舍相迎，把扬引入内厅，互相答礼，又请扬兄弟也一同进来。刘扬兄弟不以为意，就令将士留在门外，大踏步迅速进入舍中。耿纯与刘扬周旋片刻，只说有密诏到来，应当闭门阅读！等门一关闭，立即指示从使把扬兄弟三人拿下，三人还声称无罪。经耿纯详细宣读反状，才说得他兄弟三人哑口无言。于是诏命一传，三首并落，当下开门走出宣布刘扬兄弟三人逆案，并举首示众，众皆目瞪口呆，耿纯随即宣布大众无罪，众人尤服，耿纯更入真定城，慰抚刘扬家属，尽听取他们的意见方才还报。光武帝心里高兴，乃照原先曾许诺刘扬其子可世袭，而封刘扬子刘德为真定王执尝父业，真定算已平定。
邓奉造反
邓奉本系光武帝姐夫邓晨兄之子。从征有功，官拜破虏将军。因吴汉出略南阳，兵多侵暴，连邓奉故乡新野县中都遭蹂蹋。当邓奉回到乡里看到自己的房子都破坏了，不由的怒气填胸。竟纠合地痞流氓造起反来，立即攻入淯阳追赶守兵。遭他这样一来，尚有堵乡人董欣，吉聚人许邯亦纠集一些人响应邓奉，四出骚扰。董欣带兵攻入宛城，拘住南阳太守刘欣。幸亏汉扬化将军坚镡尚未远去，一闻宛城失守，便引兵夜里赶至城下，使将士悄悄登城，斩关守兵纳入自己兵士一鼓而进。董欣未曾防备，势难招架只好弃城窜去。逃归堵乡。光武帝这时已得军报，派岑彭为征南将军征讨。邓奉、董欣且起再添将助彭又正碰上王常。王常曾被刘玄封为邓王。如今刘玄败死，便又来投靠原来同自己一齐破莽军的战友刘秀，刘秀高兴地接见并面授他为汉忠将军，叫他与朱祐、贾复、耿弇、郭守、刘宏、刘嘉、耿植等一同南下，统由征南大将军岑彭节制，彭率众至吉聚击破许邯，再顺便进攻堵乡。董欣向邓奉乞援，邓奉率精锐万余往救董欣。两人并力拒守，岑彭等连攻数月尚不能克。到了建武三年（公元27年）夏，光武帝下诏亲征，带领大军出都行至叶县遇见董欣下将带着数千人沿途阻拦。巧值岑彭又引兵杀到，来个前后夹攻，一霎时扫得精光。光武帝又进军堵阳，邓奉不禁胆怯，夜奔淯阳，董欣独立难支，自缚出降。积弩将军傅俊，骑都尉藏宫奉着帝命与岑彭等追赶邓奉，驰抵至长安，追上了邓奉的兵，当然再战。邓奉只好抵死格拒，酣斗好多时，互有杀伤。忽然听得光武帝亲率人马来接应了，汉军就更加奋勇，杀死奉兵无数。邓奉想逃无路，逼迫投降，光武帝记邓奉前功，且想赦罪，但岑彭、耿弇等进谏不肯，乃将邓奉正法示人，唯许邯、董欣幸得免难。
乱端不已，一击即平
自从刘玄败死，诸将吏散处南方，不肯归服从命洛阳。光武帝召集诸将会议出师。当下向大众分析了目前的敌势。他说：“郾城最强，次为宛城，何人敢率兵进击？”还不等语音落下，即有一人起立道：“臣愿攻郾城！”光武帝见是执金吾贾复，就笑说道：“有你去击郾城，我就放心了！”接着光武帝又说：“那么宛城就是大司马吴汉去了。”两人便各领兵自去。
郾城守将尹尊号由刘玄封为郾王，与贾复相持月余，城中食尽因此出降。宛城为宛王刘赐所守，一经汉兵到达他便退保洵阳。未几日也亦即归降。两处先后报捷。光武帝因刘赐是本族兄弟并前曾共事过，还力保举自己渡河抚安州郡。所以召赐入见，封为慎业侯。再命贾复进略召陵新息不几统得平定。
在抗寇取得胜利的喜悦、凯歌声中，又有贾复的部将经过颖川郡时妄杀了农民，正值河内太守寇恂调往颖川，发现并查明后立即将贾复部将枭首示众。但是当贾复得知此消息后，他感到自己已经丢脸，自己的部将被别人杀掉岂不被藐视了吗？因此怒气满腹前去见恂，恂听说贾复持怒而来，料无好意，不愿与见。光武帝得知后，先召贾复班师，再征恂入朝。寇恂奉命进竭见复在御座前急起欲避，光武帝立即站起高声怒喝两将：“天下未定，两虎怎得私斗，我希望你俩和解尽释前嫌。”说着赐令共坐，宴叙甚欢，进出殿外时又复令同车并出，因此两人自然释怨平争言归于好。
再说大司马吴汉方自宛城取得胜利以后，又奉令往略南阳。忽然又听得报告说：擅乡贼与五陵贼会合侵犯魏郡清河。便督诸将至内黄进击五陵贼，大破贼众，收至五万余人。吴汉又与檀乡贼连战数次，无不获胜，斩首数万，降服数万，余众窜死崖谷，河左才又获得安宁。光武帝复遣吴汉还定南阳。加下浬阳、郦穰、新野、诸城，复与偏将军冯异北击五陵诸残贼所到皆歼。汉兵所向皆捷！光武帝接得捷报亲往抚慰。增封吴汉乘邑由午阳侯晋封为广平侯。此外，随汉同征尚有建义大将军朱祐，大将军杜茂，执金吾贾复，扬华将军坚镡，偏将军王霸，骑都尉刘绎，马武，阴识等亦各有功绩，俱得奖叙。独阴识为阴贵人丽华亲兄受封阴乡侯，阴识便叩头固让。识尝是小心谨慎，不以贵戚自骄却是难得的人。
赤眉灭亡
赤眉兵在长安城官廷内外乱极一时，人民叫苦不迭。军内将士互为争折，虽号称百万大军，急闻得汉将邓禹领兵将到随即就逃窜外奔！邓禹乘机入关执民。兵驻长安城内。那赤眉兵内讧窜出长安后出吴西行入陇，想继续掠夺。陇右方为隗嚣所据。听到赤眉军将到，便遣将杨广统率锐卒迎头痛击，杀得那赤眉兵七零八落，慌忙回走，所掠财物抛弃殆尽。只好宿逃进入山谷中暂避追兵，又遇大雪冻死多人。没奈何，又打听到长安邓禹的兵力不多，就想返回长安去。但是又一想长安城内外遭上次掠劫已十室九空，今无从再掠，且长安城由邓禹守，驻兵虽不多，但也料知一时难下。考虑去考虑来最后决定不如往发汉朝陵墓或可劫取遗藏免至落空。决定一公布，一哄而往闯入陵园。吓得守陵吏民逃得精光。那些赤眉便可另意掘坟。最注意的是后妃各冢。连棺椁尽被劈开，有几椁用玉匣为殓，尸皆未烂，面目如生，查汉制收殓后尸，自腰以下要用玉为包扎长一尺阔二寸半重至两足，用黄金缕缀系叶玉匣，尸骸得借宝玉精华历久不朽。谁知这种奢华的制度，反使各女尸身后不安，当时短命致死，颜色未衰却被赤眉贼触动淫心，意把她剥去衣服，赤条条地卧在地上侮辱一番。更可怪的是吕后遗骸，全然不变，面色反比活时娇嫩，至此也竟受淫污，得到污辱后尸色才变。独霸陵为文帝陵，众知素求俭德如所幸慎夫人等故，赤眉不去发掘。宣帝陵为汉中豪帅延岑引众居守赤眉不敢过犯。
邓禹闻赤眉发掘陵墓赶紧令将士往击，反为赤眉所败，伤亡甚众。禹乃督兵自出，行至云阳又接长安警报，被赤眉乘虚捣入。长安失守，累得邓禹无路可归。不一会听到说赤眉将逢安往攻延岑，也想乘隙进袭。好容易又到了长安城下，正要麾兵攻扑，偏又来了赤眉将谢禄。一场交虞，邓禹又是败走。不得已退至高陵。军中随带粮食又不多了，渐渐难以维持，因此特奏报洛阳，急求接济，光武帝得报筹划再三，已知邓禹兵困，此时只有偏将军冯异，智勇兼优可代禹任，乃特召冯异入见，嘱令西征。冯异拜命出都，光武帝亲自送至河南。并又嘱咐了一番：“要爱将惜兵，要怜民重情除暴立功！勿负朕望！”冯异顿首受教，拜别西进。所征途中宣布威德，民皆威服群盗受降。光武帝还居洛阳，连接冯异军书知异威爱并用，定能胜任，乃决计召还邓禹。正在这个时候又有邓禹奏称刘玄旧将廖湛嘉因军事冷含，就谷方阳，正好乘便招过来。光武帝只好准禹所请，令禹代向嘉问好，禹当然照行。嘉妻为来歙女，弟歙系光武帝姑子。与帝亲谊相关，因即劝嘉从命，嘉愿效顺。
光武帝因已遣冯异代邓禹，所以乃召归邓禹。邓禹得诏尚以无功为耻，未肯急于回洛阳，可巧三辅大饥，赤眉已走投无路。余众虽还有廿万。光武帝又得知此消息后便又部署好四方屯兵，堵截赤眉。因此使破奸将军侯进等出屯新安；建威大将军耿弇等出屯宜阳；一面令冯异择险邀击决歼虏，冯异奉命进驻华阴，正值赤眉东来即扼要拒击，先后六十余日交战至数十次，多胜少败，收降赤眉军五千余人。