时有青州太守得知董宣处死了公孙丹等三十多人，大为恼火。便参奏他滥杀无辜。董宣等九人，因此被收进监狱，并被判处死刑。
正当董宣就刑时，皇上特使飞马如至，宣读圣旨，把董宣等送回监狱。后董宣问帝特使为何不杀，他说皇上了解了事实真相。董宣接着说：“水丘岑是执行我的命令处斩犯人的，罪过不在他，请把我杀了，放出水丘岑。”使者将情况告之光武帝，帝下诏放了水丘岑并诏令董宣为宣怀令。
正因这段往事的浮现，所以当时京城洛阳的皇亲国威专横跋扈，连他们的奴隶也伏势欺人为非作歹，地方官皆不敢过问。要改变这种状况光武帝想到了董宣，因此才把他调进京城任洛阳令，约束皇亲权贵们的不法行为。从而才出现了上述路斩湖阳公主奴仆的事情。
沛太后郭氏病亡 诸王子宾客遭殃
建武廿八年（公元52年）沛太后郭氏病殁（郭氏建武十七年废后称中山王后，又于建武廿年改封沛太后），光武帝命长礼棺殡。令东海王强（原废太子，郭氏长嫡子）奉葬北郊，并使大鸿胪郭况的儿子郭潢，（帝女清阳公主的丈夫）协同东海王刘强去办理丧事。
自东海王强以下诸弟从前虽已封王，但是都还留在京都未尝就国。其中郭氏所生就有五人，阴氏所生也是五人，其中庄已立为太子，其余的也都在京城。光武帝虽废郭后，但还是信任她看管这些孩子。一大批的孩子在一齐读书学武，但也各有爱好，有的爱修名誉士，有的广结交游，谁人门下都有客人，多约数百，少则数十人。这时候有一个王莽从兄王仁的儿子叫做王磐。自王莽灭亡后，幸得免祸，家富如故，平时表现得很文雅，江淮一带地方很是著名。他也经常来到京城洛阳与士大夫往来，就是诸王所居住的地方亦常见王磐的足迹。
故伏波将军马援有一侄女嫁与王磐为妻。马援却不喜欢他。特别听到说他常出入藩王居住的地方，越很为他担忧，曾与他姊的儿子曹训说：“王氏已为废族，为了子石的好处（磐字子石）理是应该隐居避处。他反在京浪游，妄求声誉，我想他不免遭殃呢？”至此还不是他而且连他的儿子王肃也是一样来往北宫，经常在王侯住地玩游。一次他偶尔与司马吕种说起：“国家储王子都已经壮年了，还不放下去防边建业，还留在京城和那些无事的人一齐交朋作客，将来总要犯法一起进监狱呢！”并说：“吕种你自己一个管理皇宫的住宅的人都须警戒啰，否则将来说不定都会被株连呢？”吕种听了似信非信，思想诸王势力大，可以无忧，因此把马援的话丢过脑后。哪知郭氏殁后，就有人向朝廷告状，说是“王肃父子是漏网余生，怎是我朝王侯的宾客呢？这样乱七八糟的，国家是要出乱子的！”光武帝得到奏书一看，心里很是着急，怎能允许漏网的王莽后代在王子中活动呢？便指示郡县收捕王肃父子，并及诸王宾客。这样辗转牵引入狱的就有千余人，吕种亦遭连坐，他不禁悔叹说：“马将军真神人哩！”且同时又有从前刘玄败没，光武帝封刘玄子刘鲤为寿光侯。那鲤为纪念父仇把刘盆子兄刘恭刺死，亦要追究责任。但他又与沛王辅即郭氏次子友善，这起案子相连刘鲤亦下狱，沛王也一同被累。
光武帝恨上加恨，遂将王肃父子并诸王宾客相继处死。沛王刘辅入狱三日经王侯力保才释。乃与其他诸王一并遣令归国。诸王奉诏不得入朝辞行。
唯皇太子庄，春利渐高留居东宫。光武帝想为选师傅，辅导储君。因此向群臣咨询要他们各举所知，太子舅阴识已受封原鹿侯官拜执金吾。群臣齐上言其为太子师傅。独博士张佚进说道：“今陛下册立太子究竟是为天下起见呢，还是为阴氏起见呢？若为天下起见，应该是用天下贤才，不宜专用私亲！”光武帝点头称善，并说“为天下的大事今博士的知识我可都要向你学习，何况太子呢！”因此当下拜张佚为太子太傅。张佚直任不辞受职而退。还有太子少傅一缺，另任博士桓荣为之。太子庄敬礼不襄！
光武帝封禅
建武卅年（公元54年）仲春，光武帝命驾东巡。行至济南从驾诸臣，俱表达和陈述光武帝功德，宜就泰山行封禅礼。光武帝不许，他下诏说：“朕即位三十年，百姓怨气满腹，吾谁欺，欺天乎！”曾说泰山不如林放乎，何事污七十二代之编录，若郡县远遣吏上寿寿盛虚美，必髻令屯田特诏。
诏书既下群臣既不敢复言。待至光武帝东巡已毕，即奉驾还宫，好容易过了两载，已是建武三十二年（公元56年）。光武帝偶然读到一本叫做《河图会昌符刀》的书，上面有说：“赤列之九会命岱宗。”不由的迷信起来，暗想前次东巡郡臣们劝我封禅。当时我没有看见过此书，还说封禅无益所以驳斥，今天看见书上明写着截文如此。莫非真要我行此古祀，乃命虎贲中郎将梁松等计得九世封禅共三十六事，又有司空张纯等上书奏请，自古定命而帝。治世之隆必有封禅以告成功焉等语。
这书呈入批准照行，司空张纯又忙将汉武帝封禅旧例辑成编文。光武帝即以汉武帝出巡带了御史大夫同行为由，此次带张昭伴驾东出，择空二月吉日启行。既到东岳封泰山禅梁父帷刻石文无非是歌功颂德的套话，封禅礼告成准备回朝。不料张司空忽然得病，医药无效一命呜呼。光武帝不免扫兴，当即拨司马使护丧，自己亦还宫，改建，武三十二年为中元元年。提太仆冯鲂为司空，哪知司徒冯勤也是一病不起，只好提拔司隶校尉李欣为司徒。
这时正当孟冬，蒸祭到来，光武帝又使司空冯鲂告祠高庙，遣吕太后赐刘挟吕，不配食高庙。光武帝又戏言了一番，经事中拦谭郑兴等。拦谭怏怏就道得病死亡。光武帝乃谈经义，太子庄进言劝早睡养神，帝摇首说：“我乐为此事，不觉疲劳呢。”话虽如此，终究年老力衰，不堪烦到，竟于中元二年（公元57年）染病不起在南前殿归天。
2、讨伐内外
赤眉军拥刘盆子为帝
更始二年，刘秀虽已称帝，但当时的社会环境亦处在错综复杂的战乱中，刘秀统领千军万马，采取各个击破的方略，横扫一切反动势力，最后光复天下一统。其战斗经历、战乱形势逐一介绍如下：先是那赤眉渠帅樊崇等竟从华阴长驱驰入迫近长安。原来赤眉部队分道西进，接连打败刘玄诸将，以后使会集在华阴。正当想会议下步打算时，有方望弟、方阳来了。他是为兄报仇而来，请迎樊崇的。他说：“更始荒乱，政令不行，部下诸将多半离心，今将军正好前往破之。”樊崇刚出个好字，方阳又说：“今将军拥众甚盛，西向帝都乃尚无一定名号，反使人呼为盗贼，如何可久了，不如先求立宗室，仗仪讨罪，那样才名正言顺，自不敢有人反抗了。”樊崇徐徐答着：“你说得自有道理，我当照行。”原来崇部下有一齐巫尝托词，景王附身为崇所信。景王就是高帝孙刘章，当时虽参与讨平诸吕，复安刘宗，得由朱虚侯晋封城阴王。殁后谥曰为景。樊崇得方阳计议，就很思想求立景王后裔。便叫齐欧探访景王后人，可巧军中掠得刘氏两名，一名茂一名盆子，原是一门兄弟，盆子最幼，此时正在为樊崇部将右校。刘侠卿牧牛，呼为牛吏，侠卿查盆子简历。确实景王嫡派，当下报知樊崇，樊崇嫌他出身卑微不足服众，因此再去寻觅景王支裔共得七十余人，及与盆五兄弟互叙世系。唯前西安侯刘孝及盆子兄弟总算是景王直接的，樊崇乃率众进至郑县，令在城北筑起坛来，设立景王神位，祷告一番，然后书札为符共备三分，置诸筐中，两份系是空札，唯一份写着上将军三字。上将军的名义系樊崇创说，他以古时天子将兵，尝称上将军，因将这三个字作为代名。刘孝年长先就筐中摸取。一看不得一字，刘茂继进也摸了一个空札。独刘盆子取得上将军符号，樊崇便要刘盆子，面向南面领众朝谒，再拜称臣。盆子年仅十五，就叫他接受这样的大礼，他不禁吓得想哭出声来，樊崇忙劝慰说：“不要怕，好好藏符。”那盆子因惧成愤，竟将符号往地上掷去，赶快又跑到侠卿那边去，穿着牧牛衣与其他牧牛儿一齐去闲游。侠卿只好将盆子锁在后堂，不准出入，就是樊崇等亦不再来问候。看来不过是图假名，号召愚弄人民而矣。樊崇本来想自己做个丞相，但不会书算，只好将丞相位让与了徐宣，自为御史大夫，逢安为左大司马，谢禄为右大司马，其他人如扬音以下，尽为列卿或称将军。
一段日子总算稀里糊涂地过去了，樊崇依方阳的胡扯也胡乱做作了一番，那刘盆子是个偶像，任他们拨来扔去，玩弄手掌。一切事情作为办妥。樊崇也重新整顿好即位，即便西向再进了。
更始皇帝刘玄之死
刘玄称尊三载根本毫无建树。部下诸将多半另有打算了，再加上赤眉兵已经入关，守将闻风瓦解，因此关中大震。河东守将王匡、张印又为汉前将军邓禹所破，已奔回长安。他们目睹当前形势便私下里与诸将说：“河东已失，赤眉且乘，我军不如先掠长安，再去南阳。事若不成就再去湖池为盗，免得在此同尽呢？”诸将均不以为然。便由张印去找刘玄，劝玄东归，玄不理睬，张印只好退出到了傍晚即听到刘玄下令要王匡、陈牧、成丹、赵萌等出屯新丰、李松把兵转移去守边拒寇。看到刘玄的这些举动，张印心里不好受了。他便去与将军申屠建等密谋想劫刘玄出关，建等也很赞成，还有御史大夫隗嚣至光武即位也劝玄让位，归定河北，玄哪里肯从。所以隗嚣与张印等通谋指日劫持刘玄，不料被玄知道了，竟先诱申屠建入殿，伏甲出发把建杀死，一面使召隗嚣。他早已防着装病不去，刘玄遂使亲兵围住嚣第并捕张印。嚣与门客突围夜出奔还天水，印即号召部属反攻玄宫，玄亲督卫士且战且守。那张印纵火烧门，烈焰飞腾急得刘玄走投无路，慌忙开了后门挚妻子本骑百余人，奔往新丰，投于赵萌，萌女为刘玄夫人，见玄夫妇狼狈来投，当即纳迎。玄与岳父谈了张印叛乱，并疑王匡等亦有异志，意欲一并除去，萌乃为玄设计。诈传玄令，并召王匡、陈牧、成丹三人入营议事，陈牧、成丹闻召即至，突被萌兵杀出砍死了事。只有王匡命不该绝，偏偏迟了一步，当有人报知风声，匡急忙拨营入都，与张印合兵拒玄。刘玄遣赵萌收抚陈牧、成丹两营兵马往攻长安。张印、王匡据城相持，连日未下，玄再遣使至摄城召还李松，自与松督兵援萌，猛击长安城门。张印、王匡出虞失败分头窜去，玄乃得返入长安。故宫被毁只好徙居长信宫。
不久闻得赤眉又到来遣将军李松领兵出御，自与赵萌闭城拒守。有侍郎刘恭系刘盆子长兄，以前入关跟着刘玄受封戎侯，此次听得赤眉拥弟为帝来攻长安，不得不主动去找刘玄请罪。刘玄无暇究治，把他关入监狱。但望李松杀退赤眉，哪知李松败报传入都中，不但松军败死多人，连李松都捉了去。刘玄心慌意乱，忙召赵萌入议战守，偏是持久不至，再次推促，反报称不知去向，累得刘玄仓惶失措，顿足呼天。忽又有一吏入报道：“陛下快走，赤眉又入都了。”玄吓得发抖地说：“何人敢放赤眉入城？”吏说是李松弟弟李泛。刘玄不及再问抢步出宫，上马独行，奔至城门，门已大开，再加鞭急驰。
原来樊崇既得李松，便使人走到城门前叫李泛速开城门，否则将兄杀死！乞求救其兄当然开门。赵萌等统皆投降。刘恭尚留狱中，此时也脱械出狱，右辅都尉严本托词从玄。阴谋将刘玄献与赤眉为以邀功。因此劫玄至高楼领兵监守。樊崇等虽入长安没有见到刘玄，便颁令远近说：“刘玄来降封为长沙王，若过廿日来降不受了。”刘玄得此命令，只好遣刘茗往呈降书，当由樊崇准令投降。没奈何屈膝殿庭奉上玺绶，刘盆子不发一言，旁有丞相徐宣代为传令。张印、王匡等人怒目视玄，手中按剑，各人都想拔出杀玄，还是谢禄心怀不忍，急引玄退下。张印、王匡还是不愿放过挥玄出去，玄含泪被赶出。刘恭追呼说：“臣已力竭，愿得先死。”说罢即拔剑自刎，亏得樊崇很快阻止，恭请崇赦免刘玄，方才不死。樊崇还告刘盆子请赦刘玄为长威侯，盆子自然许可，就是张印等亦怕惧樊崇势力，才不敢抗争，刘玄始得暂保头颅。刘茗又进告樊崇说名实践前言，封玄为王，借失大信，崇也以为然，方封刘玄为长沙王。唯光武帝也得知刘玄下场，忧怀前宜也下诏封刘玄为淮阳王。
刘玄便依着谢禄和刘茗随时保护幸得苟且偷生。长安人民恨樊崇便去奔刘玄，张印却恨玄入骨，一得消息，正好借此名义把玄杀死，当下与樊说明利害。樊崇亦觉留玄贻患。张印说通谢禄，伪言去郊外阅马，邀玄同去，由禄指示士兵将玄挤落马下，用绳缢死。虽说刘玄当了两年多一点时间的过度皇帝，但得这般结局也很是可怜！
和平解放洛阳
刘秀在鄗邑立帝以后。授大将军吴汉为大司马，命令他率领朱祐、岑彭、贾复等十一将军往攻洛阳，洛阳为朱鲔所守，拼死拒战数月不下。这时光武帝自己亲率的部队自鄗城出至河阳，一路上宣传、号召，有刘玄部将禀邱细等立刻申请投降了过来，但得知洛阳情形后，便立意派遣使者致洛阳军前，嘱岑彭去招降朱鲔，因彭先前曾为朱鲔校尉，两人关系还可以。今要他持帝书入洛阳城，对鲔速降有一定把握！果然岑彭进城见得朱鲔后，将刘秀的招降书交与他揽阅后便有所动心，但是他提出了所担心的一个问题：“刘秀的亲兄刘縯被害时，他曾参与谋议，并且还劝过更始帝不能派刘秀北伐，因有这些事情的存在，他自己已感觉到负罪非浅！今若投降光武帝刘秀，恐怕他一定饶不了我。”因此，还是请岑彭代他向刘秀说不投降，岑彭只好回到刘秀身边把情况如实地反映出来。当光武帝刘秀得到这些情况的反报后，即胸怀大畅笑对众将说：“我刘秀不是个小人，今天和大家一齐欲举大事，还能够计较一切小恩小怨吗？”于是又由岑彭再去告诉朱鲔表达了刘秀的意思，朱鲔很受感动。加之这时的朱鲔虽有一定的兵力，但是必竟是座孤城，恐怕也是难以维持的，且长安的更始皇帝刘玄也被赤眉军所消灭，已无属可归了。故请投诚。且当由岑彭带着使者迎驾，光武帝使自河阳来到洛阳。见朱鲔面缚出城，伏地请罪，便令左右将朱鲔扶起，替他解缚好言安慰，朱鲔当然感激便引驾入城。
光武帝进了洛阳城，驻在骅南宫，目睹洛阳壮丽，与他处郡邑不同，便决定就此定都。封朱鲔为扶沟侯，并令他世袭。朱鲔已是满意，此后也就没有什么二心了。光武帝又令御史杜诗安抚洛阳人民，禁止军士侵掠。独有将军肖广纵兵为虐，杜诗便教育他要按光武帝的谕旨办事，要严明纪律，保持头脑清醒，才能赢得民心。肖广则听不进去，阳奉阴违，他的士兵骚扰如故。没奈何，杜诗只好面数他的罪行，把他格死。然后告诉光武帝，光武帝嘉奖了杜诗。嗣是洛阳城大安。
赤眉内讧撤长安